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[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张玉梅 徐刚标 谷振军 安静
实验采用改良CTAB方法提取总DNA,以珙桐及其近缘种基因组DNA为材料,优化cpDNA非编码序列PCR扩增条件,优据优化的PCR扩增条件,首次筛选出适合于珙桐分子谱系地理学研究的cpDNA非编码序列和引物。结果表明:25μL PCR反应体系中含有50 ng DNA,10×Buffer,2.5 mmol MgCl2,0.4 mmol dNTPs,0.2μmolpri mer1,0.2μmol pri mer2,1.25 U Pfu DNA Polymerase。适宜的PCR反应程序为94℃5 min,94℃1 min,退火时间45 s,退火温度和72℃延伸时间依不同的引物和产物而不同,35个循...
关键词：
珙桐 cpDNA 非编码序列 引物筛选
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
何长青 王红霞 付甜 黄芳芳 闫丽君 徐刚标
利用单因素与正交设计试验,对影响观光木cpDNA-PCR扩增的主要因子进行优化,建立了观光木cpDNA-PCR最适反应体系(20μL),为:50 ng模板DNA、1×PCR buffer、0.2μmol·L-1引物、2 mmol·L-1MgCl2、0.3 mmol·L-1dNTP以及1 U Taq DNA聚合酶;筛选出了适合观光木分子谱系地理学研究的非编码区序列引物,为rpl32-trnL、psbJ-petA、3′rps16-5′trnK、atpI-atpH、petL-psbE。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
胡尚力 徐刚标 梁艳 刘雄盛 肖玉菲 郝博搏
伯乐树为国家一级保护植物,在研究被子植物的系统发育和古地理、古气候等方面具有重要的科学价值。cpDNA-PCR反应是在分子水平上确定伯乐树系统分类的基础。建立了伯乐树cpDNA-PCR反应体系,对影响扩增反应的因素(Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度以及模板DNA浓度)进行了优化,得到了伯乐树cpDNA-PCR扩增反应的最佳体系,并筛选出了适合伯乐树分子谱系地理研究的非编码区序列和引物。伯乐树cpDNA-PCR最佳反应体系为:30μL反应体系含有10×PCR buffer、2.9 mmol Mg2+、120 mmol dNTP、上下游引物各11μmol、DNA模版30 ng以及3个单位的Ta...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
于杰 闫化学 鲁振华 周志钦
【目的】通过对柑橘及其近缘属植物叶绿体4种编码序列的测定分析,获得能进行DNA条形编码的特征序列,为进一步研究叶绿体非编码区序列奠定基础。【方法】对柑橘及其近缘属植物59份样品进行matK、rpoB、rpoC1、rbcL测序,序列比对与人工校正,计算属间、种间、种内的遗传距离,比较序列间的差异,建立系统发育树。【结果】4种序列中,matK序列在属间、种间差异最大,与其它序列相比具有显著性差异,rbcL序列次之,而rpoB、rpoC1序列两者间没有显著性差异。【结论】matK序列是柑橘及其近缘属植物DNA条形码的未来研究中一个重要的候选片段。
关键词：
柑橘属 近缘属 DNA条形码 编码序列
[期刊] 林业科学研究
[作者]
叶学敏 于雪丹 付其迪 郑勇奇 张川红
[目的]筛选出高变异率的叶绿体DNA序列,以进行血皮槭天然群体的谱系地理学研究。[方法]以血皮槭16个天然群体为试材,对叶绿体基因组20个非编码区序列进行测序研究,并利用筛选出的高变异率cpDNA序列初步分析了其遗传变异。[结果]序列比对和系统发育分析结果显示血皮槭cpDNA种内变异非常低,9个cpDNA序列检测到不同程度的变异位点,其中只有4个序列psbJ-petA、ndhF-rpl32、trnD-trnT和trnH-psbA表现出较高的变异水平。[结论]筛选出的4个高变异率cpDNA序列,可以在分子水
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周沙沙 刘宝凤 魏琳琳 王景霖 刘建华 梁琛 乔利英 刘文忠
【目的】克隆绵羊UCP4基因的编码序列(CDS),分析CDS及其编码蛋白结构特点,并探讨其mRNA的发育性表达规律,以期为该基因的结构和功能研究奠定理论基础。【方法】利用RT-PCR技术从绵羊大脑组织中扩增出该基因的编码区序列,运用生物信息学方法分析UCP4蛋白的理化性质和结构特点。利用实时荧光定量PCR技术,对两个具有显著尾型差异的绵羊品种(广灵大尾羊和小尾寒羊)2、4、6、8、10和12月龄共计96个个体的8种组织(大脑、小脑、下丘脑、垂体、皮下脂肪、肾周脂肪、肠系膜脂肪和尾部脂肪)进行mRNA表达研究。【结果】绵羊UCP4基因CDS区长972 bp,编码323个氨基酸,分子量为35.73...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张锐 孙美榕 张红莲 杨捷 黄燕 陈绍红 杜慧 欧阳红生
猪肌生成抑制素基因myostatin(MSTN)的cDNA在去除信号肽后,对成熟蛋白编码序列PCR扩增出1.2kb片段,将该片段与pMD18-T载体连接,转化JM109受体菌细胞,筛选阳性克隆,并测序分析,结果表明其与设计序列完全一致。将该克隆载体的质粒DNA用带有BamH 和Sal 内切酶识别序列的另1对引物进行PCR扩增,将回收的1.2kbPCR目的片段定向克隆到pET28a(+)表达载体上,成功地构建了猪肌生成抑制素成熟蛋白编码的原核表达载体。对成功构建的表达载体阳性克隆在LB液体培养基中用异丙基硫代-β-D-半乳糖苷(IPTG)诱导表达,SDS-PAGE凝胶电泳显示,重组菌表达的MS...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
金刚 覃旭 龙凌云 王丽萍 覃剑峰 危丹妮 陈涛 蔡中全
以剑麻栽培种H.11648叶绿体基因组为对象,利用Codon W、CUSP、SPSS等软件分析其中的52条蛋白质编码序列的密码子使用特征.结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组编码序列的有效密码子数(Nc)分布于41.34～61.00,其密码子偏好性较弱;第3位碱基GC含量为30.22%,且其叶绿体密码子第3位偏好使用嘧啶;有效密码子数与GC3的相关性达到极显著水平.中性绘图、PR2-plot分析和Nc-plot绘图分析结果表明,剑麻H.11648叶绿体基因组密码子的使用偏好性是受到突变和选择等多重因素共同作用影响而形成的.
关键词：
剑麻 叶绿体基因组 密码子偏好性
[期刊] 水产学报
[作者]
王中铎 谭围 郭昱嵩 刘丽 刘楚吾 刘筠
运用通用引物长距PCR(Long-PCR)和常规PCR相结合的方法测定了鲈形目笛鲷科的4种笛鲷属鱼类(孟加拉笛鲷、四带笛鲷、千年笛鲷和马拉巴笛鲷)和军曹鱼科的军曹鱼线粒体DNA基因组全序列(GenBank序列号分别为FJ171339,FJ416614,FJ824741,FJ824742和NC_011219),得出所用全序列测定体系的方法通用性较强,操作简单。线粒体基因组的比对分析表明,测定的mtDNA基因组的绝大部分区段与GenBank中现有的脊椎动物的序列有较高的同源性。以军曹鱼外群结合GenBank中近缘笛鲷鱼类(勒氏笛鲷、蓝点笛鲷和黑带鳞鳍梅鲷)进行的聚类分析中,勒氏笛鲷与黑带鳞鳍梅鲷的...
关键词：
笛鲷属 线粒体基因组 分子系统进化
[期刊] 华北农学报
[作者]
王俊斌 李明 丁博 包曙光 王锐 谢晓东
为获得更多小麦抗逆基因资源,利用RT-PCR方法克隆了磷脂酶D基因(PLD),命名为TaPLDα,并对基因及其蛋白进行了生物信息学分析。结果表明,TaPLDα开放阅读框为2 394 bp,编码812个氨基酸残基,等电点5.30,分子量为92 kDa。序列分析显示,TaPLDα基因编码的氨基酸序列含有N端C2结构域及2个保守的活性中心。预测TaPLDα蛋白是一个亲水性稳定蛋白且定位于细胞质,其二级结构含28.82%的α-螺旋、20.07%的延伸链、6.03%的β-转角和45.07%的不规则卷曲。该蛋白不存在信号肽,无跨膜区。TaPLDα与水稻、玉米和拟南芥的PLDα氨基酸序列之间具有高度的保守性...
关键词：
小麦 磷脂酶Dα 基因克隆 生物信息学
[期刊] 水产学报
[作者]
徐梅 周志刚
本研究根据海带基因组及糖海带转录组数据库中获得的编码着丝粒相关蛋白ＣＥＮＨ３、Ｎｕｆ２和ＮｄＣ８０的ＣｏＮｔｉｇ序列设计特异性引物，利用ＰＣＲ技术自海带中克隆得到它们的开放阅读框（ｏＲｆ）序列，分别命名为Ｓｊ ＣＥＮＨ３、Ｓｊ Ｎｕｆ２和Ｓｊ ＮｄＣ８０，大小分别为４３２、１３６５和２１７２ ｂＰ，相应地编码由１４３、４５４和７２３个氨基酸组成的蛋白。同源序列比对表明，Ｓｊ ＣＥＮＨ３由氨基端尾巴和羧基端的组蛋白折叠域组成，后者包括４个α螺旋（αＮ、α１、α２和α３）和２个环（ＬｏｏＰ１和ＬｏｏＰ２）；但与组蛋白Ｈ３相比，Ｓｊ ＣＥＮＨ３的氨基端略长且序列不相似，同时组蛋白折叠域的α１、α２螺．．．
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
孟宪红 孔杰 刘萍 高焕
对33对中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)微卫星引物进行筛选,确定了其中11对引物的最优PCR反应条件,包括各对引物的退火温度、反应体系中引物、Mg2+、dNTPs含量等,为建立微卫星多重PCR技术、最终使微卫星标记成为中国对虾家系识别的有效工具奠定了基础。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
莫文娟 李少锋 邱乾栋 孙长忠 汤志敏 乔杰 杜红岩 傅建敏
【目的】通过测序法分析兰考泡桐与白花泡桐和毛泡桐在叶绿体ｒｐｓ１６序列上的遗传差异，旨在分析三者之间在叶绿体基因上的变化特点和规律，探讨其种间的遗传关系。【方法】选取兰考泡桐、白花泡桐和毛泡桐各１５个样本，对其提取的ＤＮＡ用ｐＣｒ扩增获得特异片段，并将其纯化与测序。利用软件ＣｌｕｓｔＡｌ Ｘ ２．０对所得序列进行排序；运行ＭＥＧＡ ４软件，进行多序列比对，分析其序列特征，并计算出Ｋ２ｐ遗传距离。【结果】（１）对获得的ｒｐｓ１６序列进行测定分析，得兰考泡桐序列长度分别为９３２ ９３３ ｂｐ；白花泡桐序列长度为９３２ ｂｐ；毛泡桐序列长度分别为９１６９１８ ｂｐ。对所得ｒｐｓ１６序列进行排序后的长．．．
关键词：
兰考泡桐 白花泡桐 毛泡桐 rps16
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李壮 黄玉碧
从小麦品种中国春中克隆了TaPhyB在染色体4D上的cDNA的全长编码序列,所得序列定位于4D染色体长臂上,被命名为TaPhyB3。通过中国春1D-4D-6D BAC文库的筛选,设计引物亚克隆得到光敏色素基因B的基因序列,其含有4个外显子和3个内含子。通过生物信息学软件的预测,该基因编码蛋白的功能结构域有6个:DAF DOMAIN,PHYTOCHROME REGION,PAS-ADOMAIN,PAS-B DOMAIN,HISTIDINE KINASE RELATED DOMAIN 1和HIETIDINE KINASE RELATED DOMAIN 2。编码序列与染色体倍数关系的分析结果表明Ta...
关键词：
小麦 蛋白结构 染色体 编码序列
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李培 阙青敏 王芳 李俊成 朱芹 廖柏勇 陈晓阳
[目的]优化相关序列扩增多态性(SRAP)体系内的不同组分,建立适用于红椿SRAP分子标记的反应体系,并进一步从SRAP引物组合中筛选出稳定、多态性好的引物组合,为红椿遗传多样性研究奠定试验基础。[方法]针对SRAP-PCR反应体系中5个因素各设置8个水平,先利用单因素试验确定浓度梯度,后在确定的梯度范围内选定4个水平,按照正交试验L16(45)进行优化,结合正交直观分析法和新复极差法对各因素进行优化筛选。[结果]确定最优体系为总体系25μL,模板DNA 25 ng,上下游引物各0.3μmol·L(-1)
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