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[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵洪喜 刘军龙 李有全 杨聪山 赵帅阳 刘娟 刘爱红 谢俊仁 田占成 刘志杰 刘光远 殷宏 关贵全 罗建勋
【目的】环形泰勒虫（Ｔｈｅｉｌｅｒｉａ ａｎｎｕｌａＴａ）可以感染牛Ｂ淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞，并可使被感染细胞发生转化，体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库，筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞（即非转化宿主细胞）为试验材料，提取总ｒｎａ和ｍ ｒｎａ，反转录合成ｃ Ｄｎａ；然后分别作为ＴｅｓＴｅｒ和Ｄｒｉｖｅｒ，进行抑制性消减杂交（ｓｓｈ），构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库；对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息．．．
关键词：
环形泰勒虫 抑制性消减杂交 ESTs
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵洪喜 刘军龙 李有全 杨聪山 赵帅阳 刘娟 刘爱红 谢俊仁 田占成 刘志杰 刘光远 殷宏 关贵全 罗建勋
【目的】环形泰勒虫(Theileria annulata)可以感染牛B淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞,并可使被感染细胞发生转化,体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库,筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞(即非转化宿主细胞)为试验材料,提取总RNA和m RNA,反转录合成c DNA;然后分别作为tester和driver,进行抑制性消减杂交(SSH),构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库;对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息...
关键词：
环形泰勒虫 抑制性消减杂交 ESTs
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王芳 段玉玺 陈立杰 王媛媛 朱晓峰 王东
【目的】研究胞囊线虫侵染后大豆根部早期基因表达情况,从分子水平探索大豆的抗病机制。【方法】以抗大豆胞囊线虫(Heterodera glycines)3号生理小种的小粒黑豆(Glycine max)为材料,利用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,构建大豆胞囊线虫诱导大豆根部早期表达的SSH-cDNA文库,并结合反向Northern斑点杂交筛选阳性克隆。【结果】获得280个表达序列标签(EST),经CAP3软件聚类拼接,得到166个unique EST,在GenBank进行Blastn与Blastx同源比对,有119条EST与已知...
[期刊] 水产学报
[作者]
肖调义 葛熹凯 许宝红 苏建明 章怀云
采用抑制性消减杂交技术构建了三角帆蚌肝脏瘟病感染期抑制性消减cDNA文库。经检验,差异表达基因均被富集了210倍左右,证明构建的cDNA消减文库具有很强的消减效率。PCR鉴定发现,在随机挑取的阳性克隆中,95%的克隆均含有0.2~1.0 kb的插入片段,这些片段可能是三角帆蚌瘟病病毒感染后差异表达基因的cDNA片段。测序共获得214个有效cDNA序列,分别属于8大类,共98个基因。其中细胞分裂基因2个、细胞结构与运动基因9个、代谢基因10个、信号传导基因7个、细胞防疫基因10个、基因与蛋白表达基因20个、未知功能蛋白基因26个,GenBank中找不到任何同源序列的基因14个。结果说明,构建的差...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
陈浩 杨杰 成卫宁 仵均祥
【目的】分离和鉴定梨小食心虫(Grapholita molesta(Busck))滞育相关基因。【方法】分别以梨小食心虫滞育和非滞育幼虫为材料,通过抑制性消减杂交技术(SSH),构建梨小食心虫滞育与非滞育正、反向差减cDNA文库,从中筛选梨小食心虫滞育相关基因,并对其进行测序和分析。【结果】在获得的128个滞育特异和132个非滞育特异的EST中,有滞育差异表达EST 42条(17条功能未知)、非滞育差异表达EST 46条(22条功能未知)。对差异表达EST同源检索后推测,其功能大部分与滞育或非滞育特性相关。在滞育个体中,代谢酶和滞育关联蛋白基因表达量较高;在非滞育个体中,贮存蛋白和信号传递基因...
关键词：
梨小食心虫 滞育 抑制性消减文库
[期刊] 西南农业学报
[作者]
曾绍华 张聪 李明 屈会娟 张敏 阎文昭 蒲志刚
本研究以紫薯1号为材料,运用抑制性差减杂交(SSH)技术,构建了经黑斑病菌诱导12、24、36、48、60 h后的甘薯块根混合SSH cDNA文库。随机挑取103个cDNA克隆进行5'端测序,共获得87个非重复序列,其中包括29个重叠群,58个独立的ESTs,利用tblastx对87个序列在NCBI数据库中进行同源性比对。结果表明,在编号为14的EST中找到了"蔷薇"黑斑抗性muRdr1基因位点,基因全序列包括muRdr1A、muRdr1B、muRdr1C、muRdr1D、muRdr1E、muRdr1F、muRdr1G、muRdr1H、muRdr1I共9个基因。另外有2类基因的含量较高,一类是...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
何炎森 何玮毅 陈晓静
采用抑制消减杂交(SSH)技术,以多花水仙的栽培品种‘黄花水仙2号’黄色花瓣和‘金盏银台’白色花瓣的cDNA分别作为测试子和驱动子,建立正、反向抑制消减杂交cDNA文库.随机挑选正、反向文库各216个阳性克隆测序,对已知功能的uniESTs进行基因本体论(GO)分类分析,荧光定量PCR检测部分可能参与色素形成的uniESTs.结果表明:水仙花色差异表达正、反向消减文库经检验质量可靠,为分离花色形成相关基因奠定了基础;GO功能分类分析显示,水仙花色差异可能受到多个代谢途径的影响;经初步筛选得到11个与水仙花色形成相关的uniESTs,为进一步克隆基因全长和功能验证提供参考.
关键词：
多花水仙 花色 抑制消减杂交
[期刊] 中国农业科学
[作者]
戚元成 马雷 王菲菲 刘卫群
【目的】构建烟草打顶后根尖组织的消减文库,寻找调控烟碱生物合成的相关候选基因。【方法】以打顶株为测验子(tester)、以非打顶株为驱赶子(driver),利用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)和反向Northern杂交技术构建和筛选烟草打顶前后根尖组织消减文库,并对差异表达克隆进行生物信息学分析。【结果】构建了具有高消减效率的cDNA文库。PCR验证消减文库阳性克隆的插入片段为200—1 000 bp。经反向Northern杂交,从850个克隆中筛选到560个杂交信号差异明显的克隆,测序后得到273条有效序列。对273个已知功...
[期刊] 华北农学报
[作者]
李志勇 贾丽霞 董立 王楠 白辉 全建章 刘磊 董志平
为了研究十里香抗锈分子机理及其调控机制。以谷子抗锈十里香接种12,24,48,72,96 h叶片为材料,利用抑制差减杂交技术,构建了谷锈菌诱导的SSH文库,筛选十里香接种与未接种锈菌差异表达的基因片段,通过GenBank进行同源比对,对差异表达基因进行功能注释,并利用荧光定量PCR技术对部分差异表达片段进行表达分析。随机挑取差减文库中阳性克隆测序,共获得368个EST序列,插入片段大小为200~750 bp,通过网上Gen Bank非冗余数据库比对分析,发现其中32个EST与抗病相关。对与抗病相关的EST分析,推测WRKY转录因子、MAPK信号途径、钙信号途径、谷胱甘肽-S-转移酶、细胞色素P...
关键词：
抑制消减杂交 谷锈 谷子 表达序列标签
[期刊] 中国农业科学
[作者]
向飞宇 周金林 周勇志 龚海燕 沈杰
【目的】寻找镰形扇头蜱吸血后较吸血前唾液腺差异表达基因。【方法】以抑制消减杂交法分别构建镰形扇头蜱半饱血雌蜱和吸血雄蜱唾液腺以pGEM-T-easy为载体的cDNA文库,并测序进行生物信息学分析。【结果】分别测得247个雌蜱有效EST序列和168个雄蜱有效EST序列,并预测雌蜱可能含有5′末端和3′末端的EST序列分别为25个和44个,雄蜱可能含有5′末端和3′末端EST序列分别为53个和74个。随机选择非重复的24个雌蜱序列和21个雄蜱序列以RT-PCR方法验证消减效果;在吸血后唾液腺中,雌蜱有13个基因表达上调或新表达,消减效率为54%,雄蜱有9个基因表达上调或新表达,消减效率为43%。对...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张建文 王跃进 朱自果 王沛雅 张朝红
【目的】分离和获得中国野生华东葡萄抗霜霉病相关基因片段的EST序列。【方法】以高抗霜霉病的中国野生华东葡萄(V.pseudoreticulata)白河-35-1株系为材料,以田间接种葡萄霜霉菌的幼嫩叶片为处理,以田间自然生长的未接种幼嫩叶片为对照,分别提取RNA,采用抑制消减杂交技术构建抗霜霉病基因的消减正交和反交两个文库,在文库中,选择3个EST序列,用半定量PT-PCR检验构建文库中EST片段的表达情况。【结果】构建的文库中EST片段的大小在150～900bp,经筛选文库,得到正交库有效的ESTs85条,反交库ESTs29条,所获序列经过BLASTn和BLASTx网上序列比对,其中有78条...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
冯健 齐力旺 孙晓梅 韩素英 张守攻
以落叶松扦插生根率存在显著差异的2个全同胞优良无性系茎和根为材料,应用抑制消减杂交技术构建了扦插生根过程中2个差异表达cDNA文库,酶切效率检测、连接效率检测、差减效率检测结果表明:这2个落叶松扦插生根过程差异表达cDNA文库构建成功。利用PCR扩增和点杂交试验筛选阳性克隆,将阳性克隆测序,并经生物信息学分析,最终获得521个Un iEST。
关键词：
落叶松 抑制消减杂交文库 扦插
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陆广琴 欧阳珑玲 周志刚
对海带(Laminaria japonica Aresch).雄配子体抑制消减cDNA文库进行生物信息学分析,并通过Northern印迹杂交进一步验证了雄配子体2个优先表达的基因。结果表明,(1)由627个克隆产生的618条高质量cDNA可聚类成187条非冗余序列(NRS);其中93条Contig由524条cDNA拼接而成,剩下的94条为Singleton(只有单条cDNA),冗余率达69.74%。(2)5条NRS因与rRNA基因相匹配而不进行分析;60条NRS与GenBank中注释蛋白基因显著匹配;122条NRS无显著匹配。(3)大部分已知功能的基因与物质和能量代谢(26.7%)、生长发育(...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
曲宪成 尚晓莉 程翠 曲学伟 张勇 张开岳 蒋骄云
应用抑制性差减杂交技术构建了黄鳝(Monopterus albus)IV期卵巢和间期性腺的差减cDNA文库。正向差减杂交以间期性腺为试验方,IV期卵巢为驱动方;反向差减杂交以IV期卵巢为试验方,间期性腺为驱动方。将获得的差减cDNA片段连接质粒载体,然后转化大肠杆菌DH5α,最后获得的正、反向差减文库分别含461、678个重组子。经PCR扩增鉴定插入片段范围为200~2 000 bp。随机选取正、反文库共100个阳性克隆测序分析,得到90个有效基因片段,与GenBank进行BLASTx和BLASTn同源比对。进一步从文库中选取2个基因用于半定量RT-PCR,对文库质量进行验证。结果表明,所建文...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张映 陈钰辉 张振贤 方智远 连勇 刘富中
【目的】构建茄子单性结实差减文库,分离获得茄子单性结实相关基因,研究茄子单性结实形成的分子机制。【方法】以茄子单性结实品系D-10低温条件下无籽的子房和果实,以及适温条件下有籽的子房和果实为材料,采用抑制差减杂交(SSH)技术构建正向和反向差减文库。对阳性克隆测序、BLAST比对分析、GO(gene ontology)功能注释及分类和荧光定量PCR分析。【结果】正反向文库共获得了2 347个阳性克隆;测序、序列拼接后,共获得1 248个高质量的unigenes;将其与非冗余数据库BLAST比对后,有1 109个unigenes找到同源序列,139个unigenes无同源序列为新基因。1 248...
关键词：
茄子 温敏单性结实 抑制差减杂交 EST
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