精确地掌握物种的分布与种群动态是保护生物学的基础。然而,对于某些具有特殊生活史的物种以及群体数量非常少的种群而言,物种分布检测极其困难。DNA条形码技术与环境DNA(Environmental DNA, eDNA)的结合使以上困难得以解决。鉴于e DNA易降解、在环境中含量低的特性,探究其在环境中的持续存留时间对于后续准确进行定性与定量分析至关重要。本研究以中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)为研究对象,结合实时荧光定量PCR定量分析了水环境中eDNA随时间的降解情况,基于赤池信息准则(Akaike Information Criterion, AIC),选择了最适于eDNA随时间降解的统计模型。结果显示,当eDNA的释放源头被去除后,eDNA在水体中的含量与时间呈负相关关系,其在环境中的存留时间为30d左右。本研究旨在为合理规划物种的定性检测与定量评估提供理论依据,以期将人为因素造成的实验误差降到最低。

近年来,环境DNA(Environmental DNA, eDNA)技术作为一种新的水生生物调查方法发展迅速,在水生生态系统的研究领域被广泛应用到物种检测、生物多样性评价、生物量评估等方面。然而,很少有研究专门评价e DNA技术操作流程中不同的eDNA富集方法与提取方法对研究结果的影响,从而针对具体研究对象建立一套最佳的eDNA技术操作流程。此外,由于物种间生活习性的差异,不同物种释放到环境中的DNA量及DNA片段大小不同,因而,针对不同研究对象需采用不同的eDNA富集与提取方法。本研究以中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)为研究对象,采用滤膜法富集eDNA,结合血液与组织DNA提取试剂盒提取e DNA。选取直径为47 mm的玻璃纤维膜、硝酸纤维膜、聚碳酸酯膜、尼龙膜共4种材质的滤膜,每种滤膜根据其孔径大小设置0.45、0.8、1.2、5μm共4个梯度,取样水量设置500 ml、1 L、2 L共3个梯度。结果显示,滤膜材质、滤膜孔径大小及取样水体体积均对中国对虾的定性与定量分析具有一定的影响,其中,0.45μm的玻璃纤维滤膜过滤2 L水样能够检测到的DNA拷贝数最多,并依据此建立了一套中国对虾e DNA技术的操作流程,提高了中国对虾的检出率,为后续中国对虾的分布监测及生物量评估提供了基础。

为摆脱常规核酸样品提取步骤繁琐、耗时等问题，实现真正的现场快速检测，本研究致力于研制和优化一种适用于重组酶聚合酶扩增技术(recombinase polymerase amplication， RPA)与侧向流层析试纸条技术(lateral flow dipstick， LFD)结合的RPA-LFD技术的检测对虾肝胰腺中DNA样品的核酸快速制备试剂，即核酸释放剂。实验优选20～100 mmol/L Tris-HCl、50～250 mmol/L KCl、0.01%～0.10% 十二烷基硫酸锂(LDS)、0.5%～2.0%聚乙二醇辛基苯基醚(TristonX-100)、1～5 mmol EGTA_(2)Na、0.5～5.0 mmol/L牛血清白蛋白(BSA)、1～5 mg/mL明胶(gelatin)、0.01～0.10%海藻糖(trehalose)、1%～5%甜菜碱(betaine)等配制成核酸释放剂。以对虾肝肠孢虫(Enterocytozoon hepatopenaei， EHP)阳性样本和阴性样本对核酸释放剂各组分间配比进行优化，采集绿豆大小的对虾肝胰腺组织加入100 μL核酸释放剂，100 ℃加热3 min，取上清液进行RPA-LFD反应，测试各组分不同浓度配比。并以对虾急性肝胰腺坏死病(acute hepatopancreatic necrosis disease， AHPND)阳性样品及阴性样品作为检测模板对优化后核酸释放剂进行了再次验证结果显示，核酸释放剂的各组分最佳配比为100 mmol/L Tris-HCl、100 mmol/L KCl、0.02% LDS、0.5% TristonX-100、1 mmol/L EGTA_(2)Na、0.05%海藻糖、1 mg/mL明胶、0.5 mmol/L BSA、2%甜菜碱。经RPA-LFD方法检测可显著区分阳性和阴性样品。本研究优化的核酸释放剂，可适用于RPA-LFD检测对虾肝胰腺病原DNA样品的制备，有效避免了常规DNA样品繁琐、耗时的制备步骤，极大提高了核酸水平病原检测效率。

以凡纳滨对虾红体病病原菌副溶血弧菌为抗原,免疫兔获得高免血清,建立一种快速检测凡纳滨对虾红体病病原菌副溶血弧菌的ELISA技术。采用棋盘滴定法确定抗原和抗血清的最适工作浓度分别为106CFU·mL-1和1∶2000;病原菌检测灵敏度为每孔104CFU;抗血清与其它细菌标准菌株的交叉反应结果均呈阴性;阻断实验中的阻断率达75.88%;交叉反应和阻断实验结果表明该方法具有较高的特异性。将该方法标准化后检测了30份人工感染后的凡纳滨对虾和健康凡纳滨对虾,阳性检测率分别为93.3%和13.3%,表明该技术不仅能够检测已发病的凡纳滨对虾,而且能够检测带菌的凡纳滨对虾,这对于水产养殖业中疾病的早期诊断有着...

:以海捕中国对虾为材料 ,利用多聚酶链反应 (PCR)技术和核酸探针技术 ,对从中国对虾杆状病毒核酸随机文库中筛选的 4个片段 (大小分别为 80 0 ,1 1 0 0 ,1 5 0 0 ,2 5 0 0bp)用地高辛标记作为探针 ,进行斑点杂交 ,检测对虾杆状病毒。结果表明海捕中国对虾的鳃、中肠、肝胰腺、卵巢等组织检测为阳性 ,肌肉组织为阴性。实验表明中国对虾杆状病毒存在垂直传播的可能性

2011年春季对江苏连云港某对虾育苗场中国对虾Fenneropenaeus chinensis病死糠虾幼体分离到优势生长菌,对分离菌进行致病性、形态与生理生化特征及16S rRNA和gyrB基因同源性与系统发育分析。结果显示,引起糠虾幼体大量死亡的病原为哈氏弧菌Vibrio harveyi,菌株kx1对中国对虾仔虾和日本对虾仔虾的半数致死量LD50分别为2.0×106CFU/ml和7.0×105CFU/ml。为进一步明确分离菌株毒力基因的携带情况,进行了分离鉴定的4株病原菌对群体效应调节基因(luxR)、毒力调控基因(toxR)、溶血素基因(vhhA和vhhB)、金属蛋白酶基因(vhpA和vh...

对山东海阳和潍坊的2个养殖凡纳滨对虾群体取样,采用TaqManqPCR逐尾检测肝胰腺中的虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)载量,再将提取的DNA样品按5并1(5∶1)、25并1(25∶1)、50并1(50∶1)、100并1(100∶1)和150并1(150∶1)进行并样,检测并样的EHP载量。设定不同临界循环数为假定灵敏度,定性判断各单尾检测阳性及并样组阳性,比较不同并样模式与检测阳性率、诊断灵敏度、诊断特异性等之间的关系以及定量的准确性。结果表明,检测灵敏度过低,会降低高并样率检测的准确性;阳性率在30%以上时,高并样率的检测结果与单样品检测相符性很好;高载量感染的阳性率不低于6.7%时,50∶1以内的并样能准确得出检测结果;低载量感染的阳性率不低于16%时,25∶1以内的并样能得出较好结果;高载量感染的1.3%阳性率和低载量感染的8%阳性率可能导致所有并样出现假阴性结果;各种并样模式均有很好的诊断特异性,50∶1并样的诊断灵敏度与OIE标准推荐的5∶1并样的接近;各并样检测的EHP载量与单样品检测平均值之比在0.27～2.83范围,二者存在极显著相关性,各种并样模式的定量检测结果在数量级水平能大致反映样品的平均EHP载量。本研究为水生动物疫病诊断和流行病学调查的样品检测提供了参考依据。

于 1996～ 1998年采用DNA斑点杂交法 ,完成了共计 836份养殖对虾 ,2 13份对虾饵料和环境生物样品的检测。结果显示 ,对虾在每年的 4～ 10月都可检测出白斑综合症病毒 (WSSV) ,6月出现最高峰 ,阳性检出率达到 4 2 .6 % ;其次 ,为 7月和 5月 ,分别达 31.6 %和 2 4 .5 %。在对虾不同生长阶段 (包括亲虾、各期幼体、仔虾、幼虾及成虾 )均可检出WSSV ,其中以仔虾的带毒率最高 ,达 36 .4 % ,其次为糠虾幼体 ,达 34.6 %。体长范围 1.1～ 2 .0cm的仔虾阳性率最高 ,其次体长为 5 .1～ 6 .0cm的幼虾样品。检测的中...

中国对虾养成期间虾池水体和底质中细菌含量的变化高尚德，陈旭仁，吴以平（青岛海洋大学，２６６００３）（青岛教育学院，２６６００１）关键词养虾池，细菌数量，变化ＶＡＲＩＡＴＩＯＮＯＦＴＯＴＡＬＢＡＣＴＥＲＩＡＮＵＭＢＥＲＩＮＳＨＲＩＭＰＰＯＮＤＷＡＴＥＲ...

病毒检测在预防和控制对虾病毒性疫病实践中具有重要的作用和意义。为了提高对虾病毒检测的快速性和简便性,建立了一种可同时检测6种对虾病毒的RT-PCR方法,并利用该方法对来自广西沿海地区的130份病虾样品中的黄头病毒(YHV)、白斑综合征病毒(W SSV)、桃拉病毒(TSV)、肝胰腺坏死病毒(HPV)、传染性皮下组织坏死病毒(IHHNV)以及杆状病毒(MBV)进行了检测。检测结果:白斑综合征病毒发病率最高,检出率高达73.8%;传染性皮下组织坏死病毒发病率为18.5%;桃拉病毒检出率为3.1%;未检出黄头病毒、肝胰腺坏死病毒和杆状病毒。该RT-PCR方法扩增得到的片段经测序,结果与标准毒株的核酸数...

从患暴发性传染病的中国对虾组织中分离了一种病毒，经差速离心、密度梯度离心及Ｓｈｅｐｈａｒｏｓｅ２Ｂ柱层析纯化了一种形状为杆状的病毒。提纯病毒核酸电泳为一条带，分子量为２０ｋｂ。将提纯病毒免疫新西兰兔获得较高效价的抗血清并初步建立了酶联免疫吸附测定（ＥＬＩＳＡ）检测方法。可在六小时内完成对样品的检测，检测灵敏度达６０纳克（ｎｇ）。

用密度梯度离心纯化的对虾肝胰腺细小病毒（ＨＰＶ）颗粒免疫家兔制备特异性抗血清，并建立了一种反向间接血凝法以诊断ＨＰＶ感染。该方法的敏感性可达ｎｇ／ｍｌ病毒蛋白的检测限水平。通过对１０份已固定的患病对虾肝胰腺样品分别取一小部分进行检测，证实反向间接血凝法与组织病理检查的相符性良好，而前者具有方法简便、重复性好、试剂稳定和样品检测可在１．５—２小时内完成等特点，适合在现场推广使用。

【目的】十字花科作物根肿病是一种世界性病害,早期准确定量检测病原是实现有效防控的基础,研究旨在建立一种应用于水体中检测根肿菌的实时荧光定量PCR方法。【方法】采用近年已研究并发表的一对引物。建立并优化RT-PCR反应体系,利用大肠杆菌TG-1、大肠杆菌T1-1、大肠杆菌DH5α、肺炎克雷伯菌E3、枯草芽孢杆菌XF-1、解淀粉芽孢杆菌Y2、柑橘黄龙病病原菌、假单胞菌E12、成团泛菌L9、阴沟肠杆菌C6、荧光假单胞菌df等11种病原物进行RT-PCR特异性检测,并对灵敏度、可重复性进行评价。利用该体系分别检测不同接种浓度的水体中的根肿菌。【结果】得出标准曲线的回归方程为Y=-3. 452X+35. 118,其回归系数R2=0. 996,扩增曲线在1×101～1×107拷贝/μl范围内,具有较好的线性关系,扩增效率94. 833%,相邻扩增曲线间距均匀,1×101拷贝/μl为最低检测值。熔解曲线显示,所有产物具有单一峰形,有高度扩增特异性。重复性试验变异系数小于1%。在人工接种的水体中,检测下限至少为102个孢子/m L。【结论】建立的实时荧光定量PCR方法具有快速、特异、敏感和稳定等优点,为检测根肿菌在水体中的含量提供了技术方法。

本研究针对养殖对虾6种病毒,包括白斑综合征病毒(WSSV)、传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)、肝胰腺细小病毒(HPV)、桃拉综合征病毒(TSV)、对虾杆状病毒(BP)和传染性肌肉坏死病毒(IMNV),选择各自的基因分别设计特异性引物和探针,首先进行了单一病毒的PCR验证,在此基础上建立了同时特异性检测6种对虾病毒的多重PCR检测体系。对反应条件进行优化并进行特异性和灵敏度的验证。50μl反应体系,Mg2+的最佳浓度为5mmol/L,ExTaq酶最佳用量为3.75U,反应程序中最佳退火温度为55.5℃。6种病毒之间以及与对虾基因组都存在很好的特异性。最终经试验验证,该系统的检测灵敏度对...

根据Ｇｅｎ Ｂａｎｋ中公布的虾肝肠胞虫（ｅｎｔｅｒｏｃｙｔｏｚｏｏｎ ｈｅｐａｔｏｐｅｎａｅｉ）（ｅｈｐ）ＳＳＵ ｒ Ｄｎａ序列设计１对特异性引物，建立并优化了ｅｈｐ的ＳｙＢｒ Ｇｒｅｅｎ ｉ实时荧光定量ｐｃｒ（ｑ ｐｃｒ）检测方法。结果显示，该方法在６０℃的退火温度时扩增效果最好，产物的熔解曲线为１个单峰，构建的方法对８．３×１０１–８．３×１０８ ｃｏｐｉｅＳ／μｌ的ｅｈｐ ＳＳＵ ｒ Ｄｎａ片段的检测响应具有良好的线性关系，扩增产物阈值循环数（ｃｔ）与模板起始量的对数［ｌｏＧ（Ｓｑ）］的关系为ｃｔ＝–３．３６９ ｌｏＧ（Ｓｑ）＋３９．３６４（ｒ２＝０．９９２），扩增效率为９８．１％，检测．．．