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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
曹贝贝 兰培英 韩丽 刘玲玲 韦学雷 胡慧
【目的】研究猪传染性胃肠炎病毒（ＴＧＥＶ）ＨＮ－２０１２株ＯＲＦ３ａ和ＯＲＦ３ｂ基因的遗传变异情况。【方法】根据ＧＥＮｂａＮｋ公布的猪传染性胃肠炎病毒ＯＲＦ３ａ和ＯＲＦ３ｂ基因序列，分别设计合成１对特异性引物，通过ＲＴＰＣＲ从猪传染性胃肠炎病毒ＨＮ－２０１２株的ＣＤＮａ中扩增ＯＲＦ３ａ和ＯＲＦ３ｂ基因，经克隆测序后，将其基因序列与ＮＣｂＩ中不同来源的ＴＧＥＶ毒株的相应序列进行同源性分析，构建系统进化树并进行遗传变异分析，然后将ＯＲＦ３ａ和ＯＲＦ３ｂ基因亚克隆至真核表达载体，构建ＰＣａＧＧＳ－ＯＲＦ３ａ－ＦｌａＧ和ＰＣａＧＧＳ－ＯＲＦ３ｂ－ＦｌａＧ载体，转染２９３Ｔ细胞进行表达，利用ＦｌａＧ标签．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
董世娟 朱于敏 于瑞嵩 司伏生 石明明 张源淑 李震
从浙江地区分离的2株代表性样品与全国范围内流行的参考毒株进行比对和遗传进化分析,结果分为4个组,代表性样品与大部分国内的毒株落入G4-2组,与国内早期CH-S毒株核苷酸(氨基酸)同源性为98.4%~98.5%(99.1%~99.6%);以华南地区为主的2011-2012年分离的毒株自成一组,与中国其他地区的毒株的同源性为95.0%~97.2%,与其余3组比较有9个核苷酸的变异。遗传进化分析表明所分离毒株与大部分中国的流行毒株属于一个基因型;以2011-2012年中国华南地区为主的毒株成为PEDV的一个新的基因型;提示2011-2012年中国流行着2种PEDV的基因型。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
薛青红 张彦明 刘湘涛 郎洪武 邹敏 高金源 邓永
【目的】为分析2005-2007年间中国部分省区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的分子生物学特征,了解其遗传演化规律,查明中国目前PRRSV流行毒株现状。【方法】应用病毒分离方法从中国4个省份在2005-2007年间采集的81份疑似蓝耳病病料中分离到36株猪繁殖与呼吸综合征病毒,应用RT-PCR方法对36株PRRSV现地分离株的ORF5基因和Nsp2基因进行扩增和序列分析。【结果】36株现地分离株均属于美洲型PRRSV,ORF5基因全长均为603bp,未发现有基因缺失或插入,编码约200个氨基酸,分离株推导氨基酸序列变异主要发生在9～39位;36个分离株中有15株PRRSVNsp2...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
潘群兴 何孔旺 温立斌 郭容利 黄克和
应用基因重组技术,构建猪圆环病毒2型ORF2基因与白介素2基因(IL-2)的真核双表达载体并将其转染CHO细胞,通过RT-PCR、间接ELISA、Western-blot、间接免疫荧光检测(IFA)等方法验证基因的表达情况。结果表明:成功构建了猪圆环病毒2型ORF2基因和IL-2基因的真核双表达质粒pIRES-ORF2-IL-2,该质粒可在体外同时表达ORF2和IL-2。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李军星 王一成 袁秀芳 徐丽华 曹会敏 申世川 张鲁滨
CDT毒素是多种革兰氏阴性致病菌的毒力因子。为了阐明CDT毒素在副猪嗜血杆菌不同菌株中的分布及其遗传变异情况,本试验对从浙江省不同地区猪场临床发病猪中分离到的41个副猪嗜血杆菌分离株进行了CDT基因PCR扩增,并对其中21个分离株CDT 3个亚基进行了基因测序及氨基酸序列分析。结果表明:所有41个临床分离株中都可以检测到CDT 3个亚基的基因,其中cdtA蛋白的氨基酸序列在不同副猪嗜血杆菌菌株中最为保守,同源性≥97.8%;cdtB及cdtC蛋白氨基酸序列变化较大,同源性均≥92.1%。其中cdtB亚基与牛DNase I活性关键位点的氨基酸残基具有一致性,且这些位点的氨基酸残基在不同菌株中高度...
关键词：
副猪嗜血杆菌 CDT 同源性
[期刊] 华北农学报
[作者]
王小敏 何孔旺 张文文 王东田 周忠涛 张雪寒 周俊明 汪伟 倪艳秀 温立斌
为了克隆猪输血传播病毒2型(TTV2)ORF1基因,构建原核表达载体,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达猪TTV2 ORF1蛋白,并对其表达条件进行优化。利用普通PCR从猪TTV2阳性样本中扩增出TTV2 ORF1基因,利用分子克隆的方法将猪TTV2 ORF1基因克隆到原核表达载体pcoldI上,构建表达载体pcold-ORF1,在大肠杆菌中诱导表达带有6个组氨酸标签的ORF1融合蛋白。并对影响重组蛋白表达的3个因素,即诱导时间、诱导温度和IPTG浓度进行优化,确定了pcold-ORF1重组蛋白表达的最佳表达条件。SDS-PAGE分析结果表明,重组蛋白在BL21中高效表达,以包涵体形式表达...
关键词：
猪输血传播病毒2型 基因克隆 原核表达
[期刊] 中国农业科学
[作者]
潘增祥 张金璧 林飞 李齐发 谢庄 刘红林
目的借助比较基因组学、模拟分析和具体试验,快速获取直向同源序列结构和功能信息。方法通过"基于模式生物基因导向的EST功能注释法"鉴别出猪直向同源ESTs,以一个直向同源的线粒体磷酸载体编码基因SLC25A3为基础,结合组织表达信息,筛选卵巢组织中表达的ESTs序列进行该基因的虚拟克隆,并通过引物步移法进行具体的试验序列研究。结果鉴别、获取了直向同源基因SLC25A3的基因结构及功能信息,进行了试验具体研究,获得了该基因的cDNA全序列,实现了功能信息的物种间传递。结论结合基于模式生物基因导向的EST功能注释法和大量生物信息学工具,可以快速获得直向同源基因及其序列和功能信息,实现有价值信息在物种...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘文俊 王娟萍 姚敬明 吴忻 孟帆 韩一超 樊振华 薛翼鹏 米瑞娟 李红丽 赵岳
为了研究山西地区猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传变异情况,2014-2015年从山西地区11个地市收集的PEDV阳性病料中扩增到4株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传分析。序列分析结果表明,4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因与CV777毒株相比,无核苷酸插入和缺失,有部分核苷酸及氨基酸发生变异;4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.6%100.0%和98.7%99.6%,与CV777、疫苗株CV777 truncated和attenuated DR13
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韩雪蕾 刘榜 彭勇波 刘雪颖 张庆德
采用PCR-SSCP方法检测PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪及其杂交群体中的遗传变异,并分析其对胴体性状的影响。猪PPARGC1A基因第9外显子A1747C位点在通城猪(n=24)、瑞典长白猪(n=26)、英国大白猪(n=23)、长大通(n=43)、大长通(n=40)存在多态分布,在长白猪中只有AA基因型。基因型频率分析表明国外品种中CC基因型频率低于国内地方品种;性状关联分析结果表明:CC基因型个体的胸腰椎背膘厚、肩部背膘厚和三点平均背膘厚显著高于AA基因型个体,等位基因C是胸腰椎背膘厚和三点平均背膘厚的增效等位基因。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张保军 杨公社 孙超 龙火生 庞卫军 陈国柱 林亚秋 孟德连 屈长青 李影 张立杰 于太永
利用PCR-RFLP技术,对大白猪、长白猪、杜洛克、荣昌猪、内江猪、八眉猪、汉中白猪、汉江黑猪8个家猪品种和1个野猪种共368头猪LPL基因的第6和第8内含子进行遗传变异研究。结果表明:(1)在第6内含子的Sma -RFLP位点上,各猪种均存在多态性,长白、杜洛克、内江猪和八眉猪以AA和AB基因型为主,大白、荣昌猪、汉中白猪、汉江黑猪及野猪以AB和BB基因型为主;在Pvu -RFLP位点上,国外猪种均为DD纯合子,而国内猪种和野猪在此位点上均存在变异;(2)在第8内含子的Hind -RFLP位点上,国外猪种和荣昌猪表现出多态性,而国内其他猪种和野猪均为FF纯合子;在EcoR -RFLP位点上...
[期刊] 华北农学报
[作者]
卢晓艳 周永辉 李伟娟 张志远 刘肖萍 段二珍 夏平安 崔保安
扩增了自2006-2009年间从河南省不同地区分离的9株PRRSV株NSP2和GP5编码基因,并进行了序列测定和分析。结果显示,9株分离株NSP2全长2 850～2 937 bp,编码950～979个氨基酸,GP5基因全长603 bp,编码200个氨基酸,与CH-1a株比对,其中有7株分离株的NSP2基因均出现30个氨基酸的缺失。对9株分离株NSP2和GP5基因进行核苷酸序列分析并绘制进化树,结果表明,9株河南分离株都属于美洲型毒株,对9株PRRSV分离株NSP2和GP5基因同时进行序列分析,比较其变异结果是否一致,为进一步探寻PRRSV流行株遗传变异规律奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵丽 韩昊莹 张鸿鑫 卢婷婷 王文静 陈红英
为了分析河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株S和ORF3基因变异情况,于2015年1-12月收集河南省规模化猪场的150份PED疑似病料利用RT-PCR方法进行S和ORF3基因检测,共扩增到15株PEDV的S和ORF3基因,回收纯化PCR产物克隆至T载体,并进行序列分析,结果显示,15株S基因与CV777相比,核苷酸同源性为93. 6%~93. 9%,氨基酸同源性为92. 2%~93. 1%,而且存在不同碱基插入和缺失; ORF3基因与CV777相比,核苷酸同源性为97. 7%~100%,氨基酸同源性为93. 7%~100%,与疫苗毒株相比,不存在氨基酸的缺失现象。进化树分析基于S基因扩增的15株独立成群,与其他参考毒株亲缘较远;基于ORF3基因扩增的15个毒株与国内分离株、美国株及韩国株均有较近的亲缘关系,与经典毒株CV777株亲缘关系较远。对于S和ORF3基因在整个进化关系中,试验中的15个河南株均相对独立成群,与经典毒株CV777及国内所使用的疫苗株,亲缘关系较远,15株河南株的S和ORF3基因存在基因变异,为河南省PED的分子流行病学研究和防控提供技术支持。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李博天 李春琪 刘国平 谢军 曾攀 赵润泽 李桐 裴洁 郭利伟 伍锐 谭磊
【目的】通过系统性试验方案摸清我国华中部分地区猪圆环病毒3型（porcine circovirus 3）流行病学及遗传变异特点，为PCV3疫苗研究提供数据基础。【方法】对华中地区（湖北、湖南和河南）15个规模化养猪场的3 500份临床采集样品进行real-time PCR检测，分析不同猪群、不同组织器官、不同排毒量和对应流行病学症状特点关系。对部分阳性样本PCV3全基因组进行扩增、测序和分析。【结果】50.86%(1 780/3 500）被检样本为PCV3核酸阳性，不同发育阶段猪群PCV3均易感，保育猪、哺乳仔猪、生长育肥猪PCV3阳性率较高，分别为70.44%(498/707）、67.19%(596/887）、41.75%(177/424）。在不同组织器官和样品中，淋巴结、肺脏、产后胎盘样本PCV3阳性率为67.05%(59/88）、63.79%(74/116）、49.11%(55/112），血液、初乳样本PCV3阳性率分别为56.09%(502/895）、44.20%(278/629），且鼻拭子和唾液中均检出PCV3。出现猪繁殖障碍症状、厌食症状和呼吸障碍症状的猪群PCV3阳性率高，分别为44.43%(399/898）、36.43%(431/1183）、28.04%(233/831)。24条PCV3全基因组序列长度均为2000 nt，其全基因核苷酸序列同源性为98.4%—100%，与参考株PCV3全基因组的同源性为97.4%—99.5%。遗传进化分析结果显示，23株PCV3属于PCV3b亚型，1株属于PCV3a亚型。Rep氨基酸序列比对结果发现，PCV3-L2、L23和L14株分别在（N~(124)I)、（A~(183)E）和(V~(244)I)出现独特变异位点；Cap蛋白氨基酸序列比对结果发现，PCV3-L15、L21、L3和L19株分别在(T~(45)P)、（R~2K)、（R~(14)K)和（F~7L）出现独特变异位点。【结论】PCV3可感染不同发育阶段猪群，且分布于不同组织器官中；PCV3可通过垂直传播（如初乳和精液）和水平传播（如口鼻分泌物和唾液）感染猪群；PCV3感染可能与生猪繁殖障碍、呼吸障碍和多器官炎症和关节炎症密切相关。此外，被调查地区规模化猪场同时流行PCV3a和PCV3b两种亚型，其中PCV3b亚型为优势毒株。研究通过全基因组氨基酸序列分析发现部分独特变异位点位于Cap蛋白，这可能导致Cap蛋白赋予的免疫原性发生变化。对PCV3全基因序列的遗传进化做出详细阐述，为未来的PCV3疫苗研究奠定基础。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
郑其升 杨瑞锋 毕志香 李鹏 于春梅 曹瑞兵 陈溥言
根据GenBank公布的猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)VR2332株的核酸序列设计并合成1对特异性引物,用RT-PCR方法扩增PRRSV NJ-a株ORF6基因,将其连接入pMD18-T载体,经测序后克隆入原核表达载体pET-32a(+)上,构建原核表达载体pET-ORF6。阳性质粒转化感受态大肠杆菌BL21(DE3),经异醛-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)诱导,PRRSVORF6基因获得表达。以纯化的重组蛋白为抗原免疫家兔3次,获得抗PRRSV NJ-a株M蛋白的特异抗体。经Wes...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王小敏 何孔旺 周忠涛 茅爱华 俞正玉 汪伟 倪艳秀 温立斌 张雪寒 郭容利 李彬 于洋
从江苏某猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场采集的血清样本中分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)毒株,对该毒株的生物学特性进行了鉴定,并对其Nsp2和ORF5序列进行测定和序列比对分析。利用细胞传代的方法对PRRSV检测阳性,PPV和PRV检测阴性的猪血清进行病毒分离。通过RT-PCR、CPE和IFA对PRRSV分离毒株进行鉴定,并测定其TCID50。测序获得Nsp2和ORF5基因,并利用DNAStar软件进行序列同源性和进化分析。成功分离获得1株PRRSV毒株,该毒株能够在Marc-145细胞上增殖并产生细胞病变,免疫荧光检测可观察到特异性荧光,TCID50为105.5。Nsp2...
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