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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙超 王力 齐仁立 姜东凤
【目的】克隆猪Musclin基因,分析和预测其编码蛋白的结构与功能。【方法】从猪肌肉组织中提取总RNA,RT-PCR扩增获得Musclin基因,对其进行克隆和测序,并根据生物信息学分析方法,利用Tmpred、SignalP3.0、TargetP 1.1等分析软件,对猪Musclin蛋白的跨膜结构、信号肽、细胞定位、结构特征等进行分析和预测。【结果】猪Musclin蛋白主要集中在分泌途径上,存在于细胞外,其核苷酸序列与家兔的具有较高的相似性,氨基酸序列32～45位和55～63位存在2个可能的强跨膜螺旋区,该蛋白的空间结构以α螺旋、β转角和无规则卷曲为主;其1～26位氨基酸序列是一段信号肽,在26...
[期刊] 华北农学报
[作者]
曹正林 陈福源 黄玉兰 李有真 丁洪霞 夏凯旋 魏文琦
SAUR基因的生物信息学分析旨在揭示其结构、功能和进化关系，同时通过亚细胞定位，了解其在细胞中的位置，从而推断其生物学功能。这样分析有助于深入理解该基因在生物体内的作用机制和潜在应用，为调控防风种子萌发，缩短种子休眠时间和防风绿色栽培种植及育种提供重要理论和实践意义。研究进行了生物信息学分析，从防风克隆到2个基因SdSAUR32和SdSAUR23,分析这2个基因在防风种子不同休眠阶段的表现和亚细胞定位，以探究其生物学特征和功能。结果表明，SdSAUR32蛋白分子质量约为14.48 ku(pI为6.45),SdSAUR23蛋白分子质量约为10.29 ku(pI为8.00),均为亲水性蛋白；分析保守结构域的SdSAURs基因编码蛋白发现，SdSAUR32和SdSAUR23的保守结构域相同，都属于由生长素诱导的超家族成员；进化分析表明，SdSAUR32和SdSAUR23基因编码蛋白均与胡萝卜的亲缘关系最近。亚细胞定位结果表明，防风SdSAUR32和SdSAUR23均定位于细胞核；防风种子的不同时期都有SdSAUR32和SdSAUR23的表达，但芽期的表达量显著高于休眠期和解除眠期，因此，推测SdSAUR32和SdSAUR23可能在萌发和生长过程中起着重要作用。
关键词：
防风 SAUR 生物信息学 亚细胞定位
[期刊] 水产学报
[作者]
陈文波 李卫国 赵亚军
为深入研究胰蛋白酶在鱼类中的生理功能和作用机制,利用生物信息学的方法,成功获得了鲤3种胰凝乳蛋白酶原cDNA序列(ccTRP1、ccTRP2和ccTRP3)并对其进行了序列分析。结果表明,三者均含有一个长度为729bp的开放阅读框(open reading frame,ORF),编码由242个氨基酸组成的胰蛋白酶原,其中包括15个氨基酸组成的信号肽和5个氨基酸(LDDDK)组成的激活肽。总平均亲水性GRAVY(grand average of hydropathicity)分析表明,三者均是亲水性蛋白。氨基酸比对结果显示,三者具备胰蛋白酶原的保守结构特征,如含有催化三联体氨基酸(His-57、...
关键词：
鲤 胰蛋白酶原 表达序列标签 生物信息学
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李昊阳 施杨 丁亚娜 徐吉臣
扩展蛋白是植物细胞壁的重要组成部分,广泛存在于植物基因组中,具有疏松细胞壁组分、增加细胞壁柔韧性的作用,在植物的生长发育及抗性等多个方面起着重要的作用。全基因组序列分析显示,杨树中的扩展蛋白基因家族包含36个成员,分属于EXPA、EXPB、EXLB和EXLA 4个亚家族。系统生物信息学分析表明,杨树扩展蛋白基因具有保守的序列特征和稳定的蛋白结构,包括9种不同的内含子起源模式以及6个高频密码子。基因表达分析显示,该家族基因在杨树木材形成相关的组织/器官中表达丰度较高,对林木生殖发育也起着重要的作用。研究结果展示了杨树扩展蛋白基因家族的基本信息和特点,为深入研究杨树扩展蛋白基因的功能搭建平台。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韩长志 王娟
为明确黄单胞菌Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓｃａｍｐｅｓｔｒｉｓｐｖ．ｒａｐｈａｎｉ７５６ｃ（Ｘｃｒ）中存在的Ⅵ型分泌蛋白（ｔｓｓ）数量及其所具有的信号肽、保守ｍｏｔｉｆ等信息以及该菌中ｔｓｓ与其他病菌中同源序列之间的遗传关系，利用关键词对Ｘｃｒ蛋白质数据库进行搜索，并对Ｘｃｒ中ｔｓｓ氨基酸序列开展信号肽、跨膜结构域以及保守基序（ｍｏｔｉｆ）的生物信息学分析，同时，对Ｘｃｒ中所含有的ｔｓｓ与其他病原菌中同源序列之间的遗传关系进行分析．明确Ｘｃｒ中存在３个ｔｓｓ，分别命名为ｔｓｓ ａ、ｔｓｓ Ｂ、ｔｓｓ ｃ，上述ｔｓｓ均含有高于５０％比例的ａ螺旋结构，均定位在细胞膜上以及具有３个保守ｍｏｔｉｆ，而就信号．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘丽霞 张丽 赵生国 滚双宝
为了探讨八眉猪DRA基因的遗传特性及其在抗病育种和猪-人异种器官移植中的应用前景,采用克隆测序的方法对该基因编码区进行多态性分析,并利用生物信息学方法预测该基因编码氨基酸的理化特性和结构功能,同时对该基因进行同源性分析。结果显示,八眉猪DRA基因编码252个氨基酸,编码区有5个核苷酸和2个氨基酸变异位点。DRA基因编码产物是一种不稳定的不可溶蛋白,二级结构为混合型,无规则卷曲所占比例最高。蛋白质功能预测结果显示,DRA基因免疫应答几率最高(4.405)。同源性分析发现,八眉猪DRA氨基酸与其他猪种的相似度在98%以上,与人的相似度达到83%,在CD4分子结合部位与人类相应的DRA仅存在1个氨基...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘丽霞 张丽 赵生国 滚双宝
采用克隆测序的方法对八眉猪DQA基因编码区进行多态性分析,并利用生物信息学方法预测八眉猪DQA基因的理化特性及其编码产物的结构功能。结果显示:八眉猪DQA基因编码255个氨基酸,编码区序列有14个碱基变异,11个氨基酸变异,外显子2区域表现出丰富的多态性。DQA基因编码产物是一种不稳定的水溶性蛋白,二级结构为混合型,三级结构由α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成。蛋白质功能预测结果显示,信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答和生长因子的几率较高。研究结果为八眉猪的抗病分子育种和经济性状相关基因筛选提供理论依据。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张鹏 王莉 陈雯莉
应用NCBI、Expasy等在线生物信息学网站与生物信息学软件对蓝细菌各菌株的PipX进行多序列同源对比分析,获得保守序列,预测了二级结构与结构域,分析了pipX的基因簇等。分别构建了蓝细菌的16S rDNA进化树以及基于PipX的分子进化树,同时也对与PipX相互作用的NtcA和PⅡ构建分子进化树进行了比较分析,了解它们之间起源与进化的关系。由此推测PipX可能是蓝细菌氮代谢途径中除NtcA、PⅡ外的另一个关键调控蛋白,有着重要的生理功能。
[期刊] 华北农学报
[作者]
高慧 刘海军 黄亚群 陈景堂 祝丽英 赵永锋 张祖新
根据玉米B73和水稻的寡肽转运蛋白全长序列设计引物,通过RT-PCR直接扩增的方法从玉米自交系478中克隆到了寡肽转运蛋白基因,命名为ZmOPT0212(Accession number:HM021150)。ZmOPT0212开放阅读框为2 151bp,编码716个氨基酸残基,等电点8.87,相对分子质量为77.4 kDa。预测由该基因转录的寡肽转运蛋白其二级结构约含43.85%的α-螺旋、13.27%的延伸链、3.91%的β-转角和38.97%的不规则卷曲,含有14个连续的疏水片断,其中12个可能构成跨膜螺旋;预测该转运蛋白不存在信号肽,亚细胞定位存在于细胞膜上。同源性和进化树的预测分析显示...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张玉刚 韩振海
以苹果属植物小金海棠(Malus xiaojinensis Cheng et Jiang)为试材,将差异筛选消减cDNA文库得到的27个金属硫蛋白cDNA片段序列构建成本地数据库,通过电子拼接和RT-PCR相结合的方法,分离到了小金海棠金属硫蛋白基因MxMT2(Genbank登录号为GQ906589),该基因全长610个碱基,开放阅读框(ORF)为240bp,编码80个氨基酸,推测分子量7.74kDa。该基因具有金属硫蛋白基因的典型结构域特征,编码的氨基酸含有14个半胱氨酸Cys,分布在蛋白质的N端和C端,呈Cys-Cys、Cys-X-Cys、Cys-X-X-Cys形式排列。通过系统进化树分析...
关键词：
苹果属小金海棠 金属硫蛋白 MxMT2
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
林景卫 关山越 钟鸣 陈丽静 李浩戈 张丽 范文丽 李天来
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
罗梅 董章勇 宾淑英 林进添 吴仲真 李献锋
钙调蛋白(calmodulin,CaM)对生物体内多种Ca2+依赖的细胞功能和酶体系都有重要的调节作用。为研究扶桑绵粉蚧的信号转导受体蛋白,首次克隆了扶桑绵粉蚧钙调蛋白基因PsCaM的cDNA全长序列,其开放阅读框(ORF)包含447bp的片段,编码148个氨基酸。PsCaM基因由3个内含子和4个外显子组成。3个内含子的长度分别为73、81、72bp,分隔的4个外显子的长度分别为33、133、183、98bp。功能域分析结果显示:该蛋白具有2个EF-hand结构域,有13个Ca2+结合位点;该蛋白的理论等电点是6.21,属于稳定蛋白,且没有跨膜区域;通过同源建模获得了其蛋白的三维结构。多序列比...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周冠 汪阳东 陈益存 李鹏 张姗姗 张小平
以木本油料植物油桐为研究对象,通过预实验选择种子成熟过程中脂肪酸转变关键时期,构建油桐种仁cDNA文库,并进行部分测序。初级文库的滴度为1×106pfu.mL-1,重组率为99.7%,插入片段大小为0.5~2.5 kb,平均约1 kb。通过测序获得的功能基因类型主要包括抗性基因、油体蛋白基因、贮藏蛋白基因及种子发育相关基因等,还有大量的未知功能基因和其他基因存在,各类基因的表达丰度不一。着重对首次分离到的油桐油体蛋白oleosin基因序列进行了同源性和蛋白结构预测分析。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
张安勉 杨玉菊 王凤 李国泽 赵平 丁勇
【目的】克隆樟叶越桔稳定内参基因60S核糖体蛋白L9基因全长cDNA和基因组DNA序列，并分析其序列特征及密码子偏好性，为樟叶越桔中其他功能基因研究与遗传工程操作提供参考。【方法】在樟叶越桔三代转录组数据库的基础上，筛选60S核糖体蛋白L9基因cDNA序列并设计特异性引物，以樟叶越桔嫩叶总RNA和总DNA分别为模板，应用PCR技术扩增目的基因全长cDNA和基因组DNA序列，并克隆、测序、进行序列分析。同时使用EMBOSS、Codon W软件分析目的基因的碱基含量、密码子适应指数（CAI）、相对密码子使用度（RSCU）、同义密码子第三位核苷酸的GC含量（GC_(S3)）、有效密码子数（ENC）。【结果】克隆获得樟叶越桔60S核糖体蛋白L9基因666 bp cDNA序列（NCBI:ON637115）和2 224 bp基因组DNA序列（NCBI:ON584188），将该基因命名为VdRPL9。VdRPL9基因含有2个内含子，分别为1 616 bp的intron1、144 bp的intron2。VdRPL9基因转录的mRNA分子中完整开放阅读框长585 bp，其翻译编码194个氨基酸残基构成VdRPL9蛋白。从动物、植物和真菌RPL9蛋白高同源性特点推测不同生物界的RPL9基因在进化上极度保守，具有共同的祖先。相比于RSCU聚类树，RPL9蛋白序列系统进化树更能真实展现物种之间的系统发育关系。VdRPL9基因偏好性强的密码子（RSCU> 1）共有25个、且多以CG结尾，CAI和ENC的值分别为0.29和51.8，故推测该基因表达水平偏低。【结论】本研究首次报道了樟叶越桔中内参基因VdRPL9基因序列及序列特征，并分析了VdRPL9基因的密码子特征。这为进一步研究VdRPL9基因功能、优化改造VdRPL9基因的密码子，提高其在樟叶越桔中的表达水平，探究其表达调控及作用机制奠定了基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
白牡丹 王彩虹 田义轲 陈宝印 刘云龙
GA2ox是赤霉素合成代谢的关键酶,以苹果品种富士茎尖为供试材料,应用同源克隆技术克隆GA2ox基因,获得长度为1 656 bp的DNA序列和1 014 bp cDNA序列。对比分析表明,DNA序列存在3个外显子和2个内含子。GA2ox的开放性阅读框编码337个氨基酸残基,推断其相对分子量为37.679 8 kDa,等电点为6.41。蛋白质结构域检索表明,GA2ox属于依赖于2-酮戊二酸的双加氧酶家族成员;氨基酸同源性分析表明,GA2ox与已报道的其他植物的GA2ox氨基酸序列同源性为51%～97%;氨基酸聚类分析表明,苹果和梨首先聚类,其次是毛果杨。
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