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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘德武 杜颖军 张豪 吴珍芳 张细权 杨关福
根据猪Leptin基因的已知序列设计引物(序列号:U66254、AF026976),PCR扩增产物用变性高效液相色谱技术(DHPLC)和直接测序法进行单核苷酸多态性(SNP)筛查,对其中的4个SNP位点(C3469T、C3952G、C4115T和C4227T)进行基因型与生长性状的关联分析。结果共获得35个多态位点,其中C4115T和C4227T位点在长蓝F2资源群中分别缺少1个基因型,且与各性状相关不显著;C3469T位点与猪的平均日增重存在极显著相关(P<0.01),TT型和CC型显著高于TC型;C3952G位点与猪的体长和眼肌面积等存在一定相关(P<0.1)。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
彭娜 曾丹 王晓清 王佩 罗志嘉 李潇 周先文
采用四引物扩增受阻突变体系PCR法对中华鳖的2个SNP位点进行验证,并统计其基因型频率。采用方差分析法分析2个SNP位点与中华鳖6个生长性状(体质量、背甲长、背甲宽、腹甲长、体高和裙边宽度)的差异。结果显示,只有A–1609G位点上的体高和裙边宽度有显著差异;这2个SNP位点的不同基因型共组成6种双倍型(去掉频率小于3%的双倍型D1、D6和D9),ANOVA分析结果表明这6种双倍型的6个生长性状间均存在显著差异,D4双倍型6个生长性状的均值最大,属于生长优势双倍型。筛选到的IGF2基因上的2个SNP位点具
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
樊佳佳 刘小献 白俊杰 于凌云
根据草鱼(Ctenopharyngodon idella)EST-SNP库中预测的柠檬酸合酶基因的1个Contig序列,设计引物扩增该基因的部分序列,然后采用PCR产物直接测序法筛选SNP突变点。测序的序列经比对后,共筛选到2个在内含子10上的SNP突变点:A-386G和C-499G。随机选择同批繁殖和同塘混养的144尾草鱼对2个SNP位点用Snapshot方法进行检测和分型,并统计基因型频率。A-386G位点的AA基因型占47.10%,AG基因型占38.41%、GG基因型占14.49%;C-499G位点的CC基因型占31.85%,CG基因型占46.67%,GG基因型占21.48%,均属于中度...
[期刊] 水产学报
[作者]
曹婷婷 白俊杰 于凌云 樊佳佳
通过佛山市白金水产良种选育场提供的草鱼EST库的醛缩酶B基因重叠群的2个Contig扩增该基因的序列片段,采用直接测序法,经过序列比对,共筛到C+687G、C+1042A和A117C等3个颠换SNPs位点。C+687G位于醛缩酶B基因外显子6的63 bp处,为同义突变;C+1042A位于外显子8的43 bp处,为错义突变;A117C位于内含子7的117 bp处。采用Snapshot方法对同一群体的296尾草鱼的这3个SNPs位点进行检测和分型,并统计基因型频率。3个SNPs位点中AA的频率分别为42.9%、32.8%、32.8%;AB的频率分别为42.9%、45.9%、45.6%;BB的频率分...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李长春 傅田 强巴央宗 唐晓惠 朱猛进 樊斌 熊统安 李奎 刘榜
利用改良等位基因特异性PCR(Modified Allele Specific PCR,M-ASP)结合PCR-RFLP以及直接测序方法对藏鸡和隐性白羽鸡生长激素(Growth Hormone,GH)基因内含子4(Intron4)的一个位点进行了SNP检测,并进行了该基因与藏鸡生长性状的关联分析。检测结果显示,GH基因Intron4的这个位点同时具有M-ASP和SacI-RFLP多态。测序结果表明,该位点发生了C→G的碱基突变,产生了CC、CG和GG三种基因型。两个等位基因和三种基因型在两鸡种中的分布基本一致。其中,基因型CC和等位基因C的频率最高。χ2检验结果表明,基因型频率或者等位基因频率...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
覃立立 蔡更元 张豪 陈瑶生 李加琪 王翀
【目的】性状的QTL位于多条染色体上,寻找猪骨和皮脂性状的新候选基因,为育种工作提供参考。【方法】本研究从NCBI搜索到可能与骨和皮脂性状相关的ESTs 177条,通过cDNA池法测序筛选到其中9条ESTs上有21个SNPs,在长-蓝家系F2代进行关联分析,并用辐射杂交细胞系技术对其中的4条ESTs进行定位。【结果】发现其中6个SNPs与猪的骨和皮脂性状相关。E53不同基因型在后躯骨重上的差异达到了极显著水平(P<0.01),在骨率、前躯骨重和皮脂率上的差异均达到了显著水平(P<0.05)。E82不同基因型在中躯骨重、中躯皮脂重上的差异均达到了极显著水平(P<0.01),在骨率、皮脂率、前躯皮...
关键词：
ESTs SNPs 骨性状 皮脂性状
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋成义 赵芹 高波 王宵燕 吴晗 周辉云 经荣斌 毛九德
【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息,揭示其在不同品种中的分布特点,阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点;其中,5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高,在培育品种中中等,在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明,该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现,AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体(P<0.05),而AB和BB基因型...
关键词：
猪 POU1F1基因 多态 生长性状
[期刊] 水产学报
[作者]
马冬梅 全迎春 樊佳佳 胡婕 白俊杰 刘浩
大口黑鲈为肉食性鱼类,传统养殖过程中使用大量的冰鲜鱼为饵料,冰鲜鱼的使用不仅增加了养殖成本,而且多余的冰鲜鱼残饵还会给环境带来严重的污染。为了保护环境并降低养殖成本必须减少冰鲜鱼的使用量,本实验以选育适合人工配合饲料饲喂大口黑鲈为研究目标,用人工配合饲料作为饵料驯化大口黑鲈幼鱼,在驯食后14和16 d,测定其体质量、全长、体高等生长指标。同时在大口黑鲈转录组测序分析获得的SNP位点中,选择其所在序列的基因功能与能量代谢有相关性的7个SNP位点进行SNaPshot分型,用SPSS 19.0进行卡方分析标记与生长性状的相关性。结果发现,序列Unigene031044中的C1332G位点、Unigene085384中的A741G位点和Unigene022319中的A284G位点在体质量、全长及体高性状上存在显著差异。这3个SNP位点所在的基因经预测分别与雌二醇17β脱氢酶12B (hsd17b12b)基因、长链酰基辅酶A合成酶家族成员1(acsl1)基因和琥珀酸脱氢酶组装因子2(sdhaf2)基因具有很高的同源性,推测上述3个SNP位点的变异可能影响了基因表达产物对脂肪酸代谢或三羧酸循环的调节功能,与大口黑鲈对人工配合饲料的利用能力存在密切的相关性。本研究筛选得到的与驯食相关的SNP位点为大口黑鲈功能基因多态性的进一步研究,及加快大口黑鲈食性改良与驯化育种的遗传研究提供了科学的参考依据。
[期刊] 华中农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王婷婷 黎煊 赵书红 雷明刚 刘望宏 刘诗尧
为便于开展种猪采食性状研究及满足测定设备智能化发展需求，设计了一套基于物联网技术和web技术的种猪性能测定信息管理系统。系统选取CAN总线进行数据双向传输，采用B/S(Browser/Server)前后端分离架构，前端基于Reactjs技术栈，后端采用flask web框架和MySQL数据库进行系统开发；2次测定试验结果表明，系统数据传输可靠性高，各功能模块满足预期设计要求，满足种猪性能测定实际使用需求；以杜洛克种猪为研究对象，分析了采食性状与生长性状间的表型相关，并构建了种猪达100 kg体质量日龄偏最小二乘回归（partial least square,PLS）预测模型，交叉验证结果显示PLS测试集平均决定系数为0.68，平均MAE为3.2 d，使用试验数据对PLS模型进行测试，测试结果表明可以使用采食性状与生长性状结合对种猪生长速度进行提前预测。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘梅 朱怡轩 王孝义 陈强 董新星 严达伟 李明丽
【目的】探讨PID1基因多态性对宣和猪肉质性状的影响。【方法】以119头宣和猪为本试验的试验材料，对PID1基因外显子3采取PCR产物直接测序的方法对其进行SNP位点检测，选择最小二乘模型对各突变位点基因型及单倍型组合进行肉质性状方面的差异分析。【结果】在宣和猪PID1基因外显子3区域共检测出4个SNP位点，分别为253643 bp处的T→C(T253643C)、253675 bp处的G→C(G253675C)、253734 bp处的A→G(A253734G)和253827 bp处的G→A(G253827A)。4个SNP位点均检测出3种基因型，分别以等位基因T、G、G、A及基因型TT、GC、AG、AA的频率最高。4个SNP位点共有9种单倍型和24种单倍型组合，其中单倍型CGGA和单倍型组合CGGA/TCAA的频率最高。各位点杂合度在0.4490～0.4997，都属于中度多态且都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P >0.05)，遗传多样性比较丰富。G253675C位点与大理石纹评分存在显著关联，其中GC基因型可显著提高大理石纹评分(P
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周建强 祁增源 韩银仓 刘秀 孙永刚
[目的]研究牦牛SMAD4基因SNPs与生长性状的关系,探寻与牦牛生长性状相关的分子标记。[方法]采用DNA测序和单倍型分型技术,对青海牦牛SMAD4基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析,并对多态位点的基因型及组合单倍型与牦牛生长性状的关联性进行分析。[结果]牦牛SMAD4基因在内含子区域存在6个突变位点,其中g.393A>G、g.555A>G、g.6525A>G和g.18360C>T均存在3种基因型,g.582A>T和g.6492C>T均存在2种基因型。连锁不平衡分析发现,6个位点间不存在强连锁不平衡效应。单倍型分析发现,在14种不同的单倍型中,单倍型H_1的发生频率最高。关联性分析表明,g.393A>G位点与体斜长、胸围和管围均显著相关(PG位点与体斜长显著相关(PT位点与体质量和体高均显著相关(PT位点与体高显著相关(PG位点与体质量显著相关(PT位点与胸围显著相关(P<0.05)。基因型组合发现,单倍型H_1H_(14)可能是影响牦牛生长性状的最优组合。[结论]牦牛SMAD4基因内含子区域上的6个位点与生长性状显著关联,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
薛磊 侯鑫 曾详健 陈晓雯 王军 王成辉
为探究中华绒螯蟹Kcna基因的结构、表达模式及生长发育中的分子功能，克隆了中华绒螯蟹Kcna（命名为Es-Kcna）基因的全长，并开展了生物信息学分析和时空表达模式研究；观察了干扰Kcna基因后中华绒螯蟹生长表型性状的变化；筛选了Es-Kcna基因的SNP标记并与种群地理分布、生长性状进行了关联分析。结果显示：Kcna基因位于中华绒螯蟹第46号染色体上，全长945 304 bp，含有9个外显子；其中，cDNA全长2 080 bp，开放阅读框1 584 bp，编码527个氨基酸；原子总量为8 433，分子结构式为C_(2719)H_(4210)N_(702)O_(787)S_(15)，预测蛋白等电点（pI）为5.23，相对分子量为59.81 kDa。系统进化树分析显示Es-Kcna基因与三疣梭子蟹Kcna基因的亲缘关系最近。荧光定量PCR结果显示Es-Kcna基因在蜕壳前期、蜕壳间期和蜕壳后期的肌肉、心脏、肠道等六种组织中均有表达，其中以肌肉组织中的表达丰度最高（P< 0.05）。与对照组相比，干扰Kcna基因的表达后，实验组蟹的体重、蜕壳增重率和第二步足长度显著降低（P< 0.05）；肌肉组织切片结果显示实验组步足肌肉肌纤维直径小于对照组（P> 0.05）。此外，在Es-Kcna基因的第8外显子上鉴定出1个SNP位点（A1 461G），该位点在辽河野生群体显著富集GG基因型，而在长江野生群体富集AA基因型。生长性状的关联分析表明，具有AA型个体的步足长度显著长于GG型个体（P< 0.05）。本研究为Kcna基因调控中华绒螯蟹生长的分子功能和遗传育种研究提供了研究基础，并为区分长江、辽河野生中华绒螯蟹提供重要参考。
[期刊] 华北农学报
[作者]
宋姗姗 刘宗岳 丛波 刘琳玲 宋兴超 彭英华
为了研究胰岛素样生长因子1受体(IGF-1R)基因外显子2和外显子11的单核苷酸多态性,分析该基因变异与水貂生长性状的关联性,以红眼白水貂、金州黑水貂和咖啡水貂共计235个样本的血液基因组DNA为模板,采用PCR产物克隆和Sanger测序技术,筛查IGF-1R基因SNP位点,将差异位点与不同种群的水貂生长性状进行关联分析。结果表明,红眼白、金州黑水貂的外显子2和外显子11上检测到2个SNPs:c. 207G> A和c. 1782G> A;咖啡水貂在外显子2上检测到2个SNPs:c. 207G> A和c. 218T> A,在外显子11检测到1个SNPs:c. 1782G> A。c. 207G> A和c. 1782G> A都属于无义突变。c. 218T> A位点属于有义突变,氨基酸发生改变,脯氨酸变为精氨酸。关联分析表明:c. 207G> A与金州黑水貂和咖啡水貂体长性状显著相关(P A与咖啡水貂的体长和体质量显著相关(P A位点GG基因型是水貂体长的优势基因型;合并基因型GGGA和GGAA可能是影响金州黑水貂体长体质量的有利基因型,认为IGF-1R基因可能是影响水貂生长性状的候选基因。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李彦宏 胡深强 王杰 贾先波 赖松家
【目的】探究家兔血管生成素样蛋白4(angiopoietin-like protein 4,ANGPTL4)基因第6外显子内的多态性及其与家兔部分生长性状的关联性。【方法】采用PCR产物测序法检测家兔ANGPTL4基因外显子内的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并应用PCRRFLP酶切分型技术对3个家兔品种(天府黑兔、伊拉兔和新西兰兔)共495个群体样本进行酶切分型,分析SNPs与3个家兔品种部分生长性状的关联性。【结果】ANGPTL4基因第6外显子中共检测发现3个遗传变异位点(c.823 G>A为非同义突
[期刊] 水产学报
[作者]
姜鹏飞 侯鑫 王军 陈晓雯 王成辉
为研究B类Ⅰ型清道夫受体(SCARB1/SR-BI)在中华绒螯蟹代谢、生长以及免疫等生物学过程中的分子功能，实验对中华绒螯蟹Scarb1的克隆及时空表达进行了分析，观察了RNA干扰该基因后的相关组织结构和类胡萝卜素含量变化，筛选了该基因的SNP标记并与生长相关性状进行关联分析。结果显示，中华绒螯蟹的Scarb1由2个外显子和1个内含子组成，开放阅读框为2 415 bp，编码805个氨基酸；系统进化分析显示中华绒螯蟹与三疣梭子蟹的氨基酸同源性高达80.51%，具有较高的物种间保守性。该基因在不同蜕壳时期的肝胰腺、肠道、血淋巴细胞、心脏、鳃和肌肉组织中均有表达，但在肝胰腺、肠道和血淋巴细胞中的表达量相对较高。RNA干扰Scarb1后，组织切片观察发现肝胰腺的肝小管管腔模糊并产生了部分空泡化结构，肠道内膜的肌肉层和黏膜下层处出现显著空洞现象；肝胰腺的颜色由黄色变成灰白色，其中的类胡萝卜素含量显著下降。在该基因的第一外显子筛选到1个SNP位点(C432T)与蜕壳后体重和壳长增长率存在显著相关性。本研究结果为Scarb1在中华绒螯蟹的遗传研究和育种应用提供参考。
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