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[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
代红梅 刘志朋 张霞 杨忠 曾日彬 王配 常勇诚 霍金龙
利用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系睾丸组织中扩增出GSKIP全长编码序列并分析其分子特征，对GSKIP基因进行功能注释，分析其与非编码RNA(miRNA和lnRNA)间的调控关系，并构建ceRNA转录调控网络，进一步分析GSKIP蛋白的基本功能，构建多物种进化树和相互作用蛋白网络.通过RT-PCR获得了BMI GSKIP CDS区全长420 bp,该基因含4个外显子；基因功能分析表明，GSKIP主要参与Wnt信号通路；基因靶向作用分析表明，猪GSKIP受ssc-miR-181c、ssc-miR-181b、ssc-miR-181a、ssc-miR-335和miR-644-5p等5个miRNA的靶向调控；蛋白质结构分析表明，GSKIP包含1个DUF727结构域，α螺旋在二级结构中占比最高；多物种进化分析表明，BMI GSKIP氨基酸序列在哺乳动物中较为保守，与绵羊和牛的亲缘关系最为接近；蛋白互作网络分析表明，BMI GSKIP与10个蛋白存在相互作用.
[期刊] 海洋渔业
[作者]
喻杰 付元帅 施志仪
甲状腺素(TH)在牙鲆(Paralichthys olivaceus)变态发育过程中具有重要的调控作用,其通过与甲状腺素受体结合并在甲状腺素受体结合蛋白的共同作用下发挥生物学功能。利用免疫沉淀和质谱分析法鉴定了牙鲆甲状腺素受体β(TRβ)的结合蛋白,并采用实时荧光定量PCR技术检测了结合蛋白在牙鲆变态过程中受外源甲状腺素调控的变化。从TRβ多克隆抗体与牙鲆胚胎细胞总蛋白的免疫沉淀复合物中鉴定得到了21个牙鲆蛋白,生物信息学分析显示它们参与到多种生命活动中。对其中7个代表性蛋白的基因在出膜后第21天(21 dph)和第28天(28 dph)的牙鲆仔鱼体内的转录水平检测发现,它们的表达在外源甲状腺素处理后均表现出显著变化,其中beta-F1-ATPase、Hsp90β、Cct6A、RPS15A、Slc25a5和EF1a的表达受外源甲状腺素处理显著下调,CK1截然相反,它的表达受甲状腺素处理显著上调;硫脲处理对所分析的基因则几乎都没有明显影响。本研究为进一步探究甲状腺素受体介导甲状腺素调控牙鲆变态提供了新的见解。
关键词：
牙鲆 甲状腺素受体β 结合蛋白 免疫沉淀
[期刊] 中国农业科学
[作者]
安秀红 厉恩茂 李敏 李壮 张修德 程存刚
【目的】克隆苹果茉莉酸信号途径阻遏因子基因ＭｄＪＡＺ１，并对其表达及蛋白互作进行分析，为进一步研究ＭｄＪＡＺ１的功能奠定基础。【方法】以ＴＩＦＹ及ＪＡｓ功能域为探针，在苹果基因组中进行比对，获得多个同源基因，对其中的一个基因设计引物进行克隆；利用ｄＮＡＭＡＮ软件对该基因编码蛋白的分子量、等电点进行预测；利用ｓＭＡＲＴ在线分析软件对该蛋白的功能域进行分析；利用ＭＥＧＡ５．０对该蛋白与拟南芥ＪＡＺ家族蛋白构建系统发育树；利用荧光定量ＰＣＲ分析该基因在苹果不同组织器官、茉莉酸甲酯及创伤处理下的表达情况；利用ＰｌＡＮＴ ＣＡＲＥ在线软件分析该基因启动子区域的顺式作用元件；利用酵母双杂交系统检测ＭｄＪＡ．．．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
许静 代红梅 张霞 刘志朋 杨忠 李卫真 付仕颖 克比努尔·库尔班 霍金龙
【目的】Dickkopf样顶体蛋白1(DKKL1)是一种重要的顶体蛋白，为发掘其重要功能及潜在的临床价值，以版纳微型猪近交系(BMI)为对象，研究其睾丸组织中DKKL1的分子结构、转录调控特征和蛋白质功能。【方法】通过全转录组测序获得BMI DKKL1的表达量，使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)获得DKKL1编码区序列并分析其基因结构和蛋白质特征，使用UniProt数据库对DKKL1进行功能注释并分析DKKL1与微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)间的竞争性内源RNA(ceRNA)转录调控。【结果】获得的BMI DKKL1编码区全长为702 bp,位于基因第6号染色体上，有5个外显子和4个内含子；蛋白质功能分析表明，DKKL1包含233个氨基酸，具有疏水性，含磷酸化位点、信号肽和较多的无规则卷曲亚结构；系统进化和同源性分析表明，DKKL1氨基酸序列在哺乳动物间高度保守；蛋白互作分析显示，DKKL1与含螺旋结构域的蛋白155(CCDC155)、转录增强缔合域蛋白2(TEAD2)、RAS癌基因家族成员11B(RAB11B)等多种蛋白互作；基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析表明，这些蛋白富集在典型Wnt信号等通路上；GO功能注释表明，DKKL1在睾酮生物合成过程的负向调控、透明带穿透、顶体泡生成等方面具有重要功能；ceRNA转录调控网络分析表明，DKKL1被miR-15a和miR-15b靶向调控。【结论】本研究获得了BMI睾丸全转录数据，阐明了DKKL1的分子特征、蛋白质功能并构建了转录调控网络。
[期刊] 水产学报
[作者]
杨佳睿 郝彤 李倩一 孙金生
为了构建中华绒螯蟹代谢过程研究的系统工具，实验在已经构建的中华绒螯蟹蛋白互作网络的基础上，首先采用邻接节点注释法对未知蛋白的分子功能进行预测。随后采用GO回溯法，构建了代谢蛋白网络并对网络中蛋白分子功能、亚细胞定位和途径分布进行了分析。分子功能注释中，确定了932 个蛋白的分子功能，占所有未知分子功能蛋白的97%。最终构建的代谢蛋白互作网络包含2 045 个蛋白及这些蛋白之间的15 927 条互作关系。网络中94.2%（1 926/2 045）的蛋白具有亚细胞定位信息，大多分布于有膜细胞器中；96.1%的蛋白（1 966/2 045）具有分子功能信息，大多具有催化活性和结合活性。进一步对确定了分子功能和亚细胞定位的蛋白在40 个KEGG子系统中的分布进行分析，发现参与翻译和氨基酸代谢过程的蛋白较多，也有一部分参与免疫和运输过程。本文的研究结果可为中华绒螯蟹代谢相关的蛋白功能、定位方面的研究提供重要的数据参考，对系统研究中华绒螯蟹代谢过程及代谢相关疾病具有重要价值。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
楼望淮 安娟 宋爱萍 陈素梅 蒋甲福 陈发棣 房伟民 管志勇
【目的】为了研究翻译起始因子4E在菊花中的表达特性及功能,克隆菊花翻译起始因子4E(CmeIF4E)基因,分析其表达特性并初步筛选得到菊花CmeIF4E的互作蛋白。【方法】根据已报道植物的eIF4E序列设计引物,采用RT-PCR和RACE技术克隆菊花eIF4E基因,荧光定量PCR及亚细胞定位分析菊花CmeIF4E的表达特性,并用酵母双杂交系统筛选其互作蛋白。【结果】克隆获得菊花eIF4E基因全长914 bp,其开放阅读框(ORF)654 bp,编码1条包含218个氨基酸残基的多肽,将该基因名为CmeIF4E,GenBank登录号为JQ904591。氨基酸序列比对和系统进化分析表明,菊花CmeI...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
许俊强 张新梅 吕霞 苏甜 张国平 张应华 许彬
【目的】为探索类钙调蛋白CMLs是否参与黄瓜性型分化过程，为进一步完善性型分化调控网络提供参考。【方法】通过克隆黄瓜CML8、ACS1G、ACS2及ACS11基因，qPCR检测CML8基因在不同花型中的表达量，酵母双杂交检测CML8与黄瓜性型分化主效基因编码蛋白间的互作情况。【结果】克隆得到黄瓜CML8基因，完整ORF 441bp，编码146aa，不含信号肽；不含跨膜域，为胞外蛋白，含4个具有Ca~(2+)结合能力的EF-hand结构域，不含有内含子，亚细胞定位在细胞膜和细胞质；克隆得到黄瓜性型分化关键基因F(ACS1G)、M（ACS2）及A（ACS11），序列比对表明三者的基因序列及编码蛋白序列与黄瓜数据库中的一致，且在雌花、雄花和两性花3种不同花型中的表达量差异显著，在雄花中差异极显著；酵母双杂交试验表明，CML8均可与ACS1G和ACS2发生互作，而不能与ACS11发生互作。【结论】成功克隆得到黄瓜CML8基因，且CML8可与ACS1G和ACS2发生互作，可能参与黄瓜性型分化过程，本研究首次探索类钙调蛋白参与植物性型分化过程，期望为钙信号系统参与植物性型分化提供参考。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
曾坚 李丽珍 沈梓欣 林墁 刘博婷 吴春来 李冰 胡伟 曾力旺
为探究2C型蛋白磷酸酶（protein phosphatase 2C, PP2C）在木薯响应非生物胁迫过程中的作用，利用木薯Arg7叶片cDNA扩增MePP2CAa基因，分析该基因序列、启动子活性、不同逆境和激素处理下的表达模式以及与ABA受体PYLs之间的互作关系。序列分析结果显示，MePP2CAa基因全长1 311 bp，编码436个氨基酸，具有PP2C家族的结构域特征，与橡胶树和麻风树的PP2C序列同源性最高，分别为78.95%和74.09%，在C端保守；qRT-PCR分析结果显示，MePP2CAa基因在木薯储藏根中的表达显著高于茎、叶中的表达量；不同逆境和激素处理结果显示，甘露醇、NaCl、ABA、MeJA、低温和SA处理可以显著诱导MePP2CAa基因的表达；MePP2CAa基因启动子序列分析显示，启动子包含ABA应答元件（abscisic acid responsive element,ABRE）、MeJA响应元件、干旱诱导元件等；酵母双杂交结果显示MePP2CAa能够与MePYL1互作。以上结果表明，MePP2CAa基因可能响应木薯的非生物胁迫。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李琪 杨昌恒 王永 林亚秋 向华 朱江江
旨在获得CIDEB、CIDEC基因的CDS,检测该家族基因在山羊不同组织中的表达量，预测其互作蛋白，为进一步揭示CIDE家族基因在脂代谢中的调控网络提供参考。主要利用RT-PCR克隆获得山羊CIDEB、CIDEC基因序列并利用在线工具分析CIDE家族蛋白的生物学特性，并预测其互作蛋白。利用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测了CIDE家族基因在山羊不同组织中的表达水平，并检测各互作蛋白在其表达水平最高的组织中的表达量，利用SPSS分析其表达量之间的相关性。克隆获得了CIDEB基因CDS区660 bp,共编码219个氨基酸，CIDEC基因CDS区714 bp,编码237个氨基酸。进化树分析显示，山羊CIDEA、CIDEB、CIDEC均与绵羊亲缘关系最近。RT-qPCR检测发现CIDEA、CIDEB、CIDEC基因分别在山羊瘤胃、肝脏、小肠中表达量最高。CIDEA与DFFB和ELOVL3在瘤胃中的表达量具有极显著相关性(P<0.01),与DIO2、TMEM26、PRDM16、PLIN1具有显著相关性(P<0.05)。CIDEB与DFFA和SDR39U1在肝脏中的表达量具有显著相关性(P<0.05)。CIDEC与PLIN2、GPLD1、ADIPOQ在小肠中的表达量具有显著相关性(P<0.05)。通过分析发现了与CIDE家族表达量具有相关性的基因，可为进一步揭示CIDE基因在脂质代谢中的作用及其调控网络提供理论基础，且CIDE家族蛋白均为脂滴相关蛋白，也可为进一步研究精确的脂滴形成机制提供参考。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
安秀红 张修德 陈可钦 刘肖娟 郝玉金 程存刚
【目的】克隆苹果(Malus domestica)中的TT2同源基因MdMYB9和MdMYB11,分析它们的序列特征,并对这两个基因在不同组织器官及光诱导条件下的表达特性及蛋白互作进行分析,为进一步解析这两个基因的功能奠定基础。【方法】采用同源克隆的方法分离得到MdMYB9和MdMYB11;利用DNAMAN软件对这两个蛋白的分子量、等电点等进行预测及对氨基酸序列进行分析,同时利用MEGA4.0软件构建这两个蛋白与拟南芥R2R3家族MYB蛋白的系统进化树;利用定量PCR检测这两个基因在不同组织器官、不同发育时期苹果果皮及种子和光照处理条件下的表达特性;利用酵母双杂交检测这两个MYB蛋白与花青苷合...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
曹佩 陈益存 高暝 郭浩波 汪阳东
[目的]鉴定与山鸡椒精油合成关键酶香叶基二磷酸合酶(LcGPPS)的互作蛋白,为揭示山鸡椒精油主要成分单萜物质的合成机理奠定基础。[方法]通过本地Blast搜索山鸡椒果实转录组数据库,采用RT-PCR克隆山鸡椒GPPS基因(编码异质GPPS小亚基的LcGPPS.SSU1)和山鸡椒GGPPS基因(LcGGPPS1和LcGGPPS3);利用qRTPCR分析其组织特异性表达模式,通过蛋白互作预测和酵母双杂实验验证LcGPPS.SSU1分别与LcGGPPS1和LcGGPPS3的互作关系。[结果]克隆得到LcGPP
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张晶星 马彦广 王辉丽 刘红梅 李伟
【目的】对油松JAZ基因家族特征及其与赤霉素负调控因子DELLA蛋白互作的功能域深入分析，旨在为解析针叶树以JAZ-DELLA为核心模块、茉莉酸（JA）-赤霉素（GA）介导的生长/防御平衡策略奠定基础。【方法】以油松全基因组数据为基础，筛选鉴定油松全部的JAZ家族基因成员，并分析其基本特征；构建多物种JAZ基因家族系统发育进化树，解析油松JAZ基因家族在系统进化过程中的特点；利用酵母双杂交技术，明确油松中JAZ与DELLA蛋白互作的功能域。【结果】油松中共鉴定得到53个JAZ基因家族成员，均具有TIFY和Jas保守结构，而且在degron序列中进化出了更丰富的变异。多个油松JAZ基因家族成员启动子区域包含响应JA和GA的顺式作用元件，并与模式植物中多个JAZ蛋白有着较近的进化距离。进一步实验发现，油松中5个JAZ蛋白（TIFY4、TIFY11、TIFY16、TIFY25、TIFY59）的Jas结构域与油松DPL(DELLA-like)蛋白存在相互作用，明确了油松中Jas结构域是JAZ蛋白与DELLA蛋白互作的功能域。【结论】明确了油松JAZ基因家族的基本序列特征，确定了油松中JAZ与DELLA蛋白互作的Jas功能域，为针叶树JAZ基因家族及JA-GA信号转导通路的深入研究提供了重要依据。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张蓓 刘同坤 黄菲艺 邵帅旭 吴小婷 侯喜林
[目的]开花基因FT是开花通路下游关键基因。本文旨在研究不结球白菜BcFT的亚细胞定位及互作蛋白的筛选,深入了解不结球白菜BcFT的功能及其调控机制。[方法]构建亚细胞定位载体p EZS-NL-BcFT,利用亚细胞定位技术研究BcFT的空间表达。通过酵母双杂交技术筛选与BcFT互作的蛋白,构建酵母双杂交诱饵载体p GBKT7-BcFT,转化酵母Y2H Gold菌株,验证自激活性和自毒性。对不结球白菜酵母双杂交c DNA文库进行筛选,得到与BcFT互作的片段,并根据基因片段进行比对,以不结球白菜c DNA为
[期刊] 华北农学报
[作者]
瓮巧云 黄聪聪 王娜 梁晨曦 刘高然 郝丛丛 邢继红 董金皋
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
陆秋萍 季锷 蒋明义
[目的]本文通过对水稻甘氨酸富集基因OsGRP1的研究,从分子角度及生理遗传角度分析其在ABA诱导的抗氧化防护中的作用,并探究OsGRP1是否影响植物抗氧化防护与植物细胞壁发育。[方法]克隆基因分别构建相应重组质粒,用酵母双杂交试验(yeast two-hybrid, Y2H)研究转录因子ZFP36是否与OsGRP1蛋白水平互作,并通过GST pull-down(glutamine-S-transferase pull-down)、免疫共沉淀Co-IP(coimmunop-recipitation)、双分子荧光互补试验(bimolrcular fluorescence complementation, BiFC)辅证互作的真实性。观察ABA和H_2O_2条件下不同时间处理野生型水稻幼苗后OsGRP1转录水平表达的变化情况,鉴定OsGRP1转基因材料并测定突变体中与抗氧化防护相关的CAT和SOD活性及OsCatB基因和OsSodCc2基因的表达量,利用遗传材料分析在干旱和氧化胁迫下的耐逆性。[结果]OsGRP1基因的CDS序列为642 bp,编码214个氨基酸。通过Y2H、GST pull-down、Co-IP、BiFC证实OsGRP1与ZFP36互作的真实性。ABA和H_2O_2等处理均可诱导OsGRP1基因的表达上调。超表达OsGRP1基因可以提高抗氧化防护酶CAT和SOD活性及诱导OsCatB和OsSodCc2基因上调表达,并且OsGRP1-OE水稻在干旱和氧化胁迫下的存活率明显高于野生型水稻,而OsGRP1-KO水稻在干旱和氧化胁迫下的存活率明显低于野生型水稻,证明超表达OsGRP1基因增强了水稻对干旱胁迫和氧化胁迫的耐受性。[结论]OsGRP1参与ABA诱导的抗氧化防护途径并增强了水稻对干旱和氧化胁迫的耐性。
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