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[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭源梅 张勤 任军 周利华
【目的】研究猪F2代资源家系的群体结构对数量性状座位(quantitative trait loci,QTL)定位的影响,为QTL定位群体的构建提供参考。【方法】通过模拟的方法,模拟了18种不同的群体结构,研究F0代(亲本)、F1代和F2代群体大小、F0代和F1代公母比例以及祖代QTL基因频率等6种因素对QTL定位的影响。【结果】随着F2代群体的增大,QTL检测的效率明显提高,加性效应的估计值逐渐偏低,95%置信区间显著减小。造成加性效应降低的主要原因是QTL在两亲本群体中没有纯合。随着F0代母畜比例的增加,QTL 95%置信区间也明显降低;随着祖代QTL基因频率差异的增加,QTL检测的效率和...
关键词：
猪 资源家系 群体结构 QTL定位 模拟
[期刊] 中国农业科学
[作者]
兰旅涛 郭源梅 陈从英 杨斌 毛辉荣 任军 周利华
【目的】通过测量猪体长、体高、管围、胸围、胸宽、胸深、腹围和腿臀围等8个体尺性状,应用全基因组扫描定位影响猪体尺性状的数量性状位点(QTL)。【方法】在210日龄,活体测量白色杜洛克×二花脸资源群体129头F2个体的上述8个体尺性状,利用分布于猪18条常染色体和X染色体上的183个微卫星标记,对这129头F2个体及其父母和祖代亲本进行基因型检测。应用基于最小二乘线性回归分析的复合区间作图法在QTL Express进行在线QTL定位分析,并通过1000次的Permutation来确定不同显著水平的临界值。【结果】在8条染色体上共检测到19个影响猪体尺性状的QTL,其中位于4和7号染色体上的5个Q...
关键词：
猪 体尺 QTL定位
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈从英 郭源梅 杨斌 任军 黄路生
【目的】通过全基因组扫描,鉴别影响猪四肢骨骨骼长度,股骨和肱骨的骨髓腔长度、骨髓腔直径以及股骨骨壁厚度的数量性状位点(QTL)。【方法】在白色杜洛克×二花脸资源群体中测定132头240日龄阉割公猪29类四肢骨骨骼的长度、6类四肢骨骨骼直径以及股骨和肱骨骨壁厚度、骨髓腔长度和骨髓腔直径等表型性状。选择多态信息含量丰富并覆盖猪全基因组19条染色体的183个微卫星标记,采用最小二乘区间定位法进行猪全基因组扫描,定位猪四肢骨骼各性状QTL。【结果】在39个表型性状中定位到14个基因组1%显著水平QTL,14个基因组5%显著水平QTL和47个染色体5%显著水平QTL。除SSC11没有检测到QTL外,其它...
关键词：
四肢骨骼 全基因组扫描 QTL定位 猪
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李海彬 高方远 曾礼华 李勤修 陆贤军 李治华 任鄄胜 苏相文 任光俊
利用长药野生稻导入系T821B和籼稻保持系G46B构建的F2群体,对一次枝梗数(PBN)、二次枝梗数(SBN),二次枝梗数与一次枝梗数之比(二、一次枝梗数比,RSP)进行QTL分析。结果表明:在第3和6染色体上检测到2个控制一次枝梗数的QTL,在第4、6和7染色体上定位到3个与二次枝梗数相关的QTL,在第1、4、6、8、9和11染色体上发现7个影响制二、一次枝梗数比的QTL;第6染色体在水稻枝梗数的遗传控制上具重要作用。
关键词：
栽培稻 长药野生稻 枝梗数 QTL分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭媛 马指挥 王世雨 牛志鹏 杨晓雨 魏青 陈安琪 王林生
穗长是小麦重要的农艺性状，与产量构成因素密切相关。旨在研究小麦穗长遗传基因，筛选与穗长基因连锁的分子标记，为小麦分子标记辅助育种提供分子支撑。以科大116和科大101为亲本构建的F_2群体为试验材料，通过SSR分子标记，构建覆盖小麦基因组的遗传图谱，并结合完备复合区间作图法对穗长进行QTL定位。采用3 234对引物，共筛选出434对在双亲间具有多态性的引物，多态性引物的检出率为13.42%。通过BSA混池分析，共筛选出28个可能与穗长连锁的分子标记，其中16个标记通过262株群体验证与目标基因紧密连锁。通过QTL-IciMapping软件构建小麦染色体组的遗传图谱，标记间的平均遗传距离为38.66 cM,共检测出7个与穗长相关的QTL位点，分别位于3B、4A、4B和6B染色体上，其加性效应值均为正值，对表型性状遗传变异的贡献率在4.01%～23.16%。在4B染色体上定位出2个主效QTL位点，贡献率为17.59%～23.16%。其中，Qsl4B-2距离其最近的分子标记只有3.5 cM,为连锁最紧密的一个QTL位点，分析发现其可能为新的主效QTL位点。因此，4B染色体上可能存在与穗长相关的基因。通过分析预测，在4B染色体的yzu397456～yzu404917和yzu409422～yzu405167标记区间内，可能存在7个调控小麦穗长的候选基因，在穗中持续高表达。
关键词：
小麦 F_2群体 穗长 QTL 候选基因
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李朋朋 梁珊 陈兵 于莎 张椿雨 司龙亭 朴钟云
【目的】挖掘和分析芸薹种抗根肿病基因及基因间的互作关系,为芸薹种抗根肿病育种提供理论依据。【方法】以大白菜自交系‘BJN’为母本,芜菁自交系‘Siloga’为父本进行杂交获得F1。F1单株自交获得由140个单株构成的F2群体,用于遗传图谱构建。95个F2单株及其F3家系用于抗根肿病(CR)性状的QTL定位和上位性互作分析。利用1 214个分子标记和前人开发的与7个CR连锁的22个标记进行亲本间多态性筛选。根据作图群体的多态性标记基因型,采用JoinMap 4.0作图软件构建遗传连锁图谱。以采自甘蓝型油菜栽培地的根肿菌对2个亲本及其95个F2:3家系进行根肿病抗性鉴定。根据F3植株的发病等级,计...
关键词：
芸薹种 根肿病 QTL 上位性互作
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭小蛟 张涛 蒋开锋 杨莉 曹应江 杨乾华 游书梅 万先齐 罗婧 李昭祥 高磊 郑家奎
【目的】对水稻F8重组自交系群体穗长QTL进行检测,并比较分析相同亲本衍生的不同群体的遗传图谱、QTL位置、QTL效应的异同,鉴定稳定表达的穗长QTL,以期增加对穗长遗传行为的了解,且有助于通过分子聚合育种手段改良穗长性状。【方法】以籼稻品种泸恢99和粳稻品种日本晴(基因组测序)为亲本构建的F8重组自交系群体中的188个家系为研究材料,利用包含207个标记的遗传连锁图谱,采用基于混合线性模型的QTL定位软件QTLNetwork 2.0,对水稻穗长QTL进行定位和效应分析,并比较分析F8、F2群体的QTL定位和遗传图谱异同。【结果】在F8群体中检测到7个与穗长性状相关的QTL,分别位于第2、3、...
关键词：
水稻 穗长 QTL定位
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宿英 阮国荣 龙毅 杨斌 张志燕 邓玮芸 吴丽花 吕显山 艾华水 肖石军 任军 黄路生 丁能水
【目的】通过基于单倍型的病例-对照全基因组关联分析(GWAS)鉴别白色杜洛克×二花脸F2资源家系中影响猪阴囊疝的易感位点及位置功能候选基因,并在远缘纯种猪阴囊疝三联体核心家系(Trio)群体中进行重复验证。【方法】利用Illumina porcine 60K SNP芯片对1 020头白色杜洛克×二花脸F2资源家系阴囊疝群体(包含19个阴囊疝患病个体)进行扫描获取基因型。通过Plink v1.07软件对基因型数据进行质量控制;剔除个体基因型检出率<90%的个体,剔除SNP位点检出率<90%、哈迪温伯格平衡卡方检验P≤10-3和最小等位基因频率<0.05及性染色体上和无法定位的SNP位点。质控合格...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王飞 筴金华 张艳红 任炳琛 赵丽慧 庄青青 梁从飞 颜标 赵金良
以自行配组获得的尼萨F2家系与混合后代为材料,比较了不同交配方式后代幼鱼的耐盐性能、不同盐度下生长差异。结果显示,尼萨F2家系与混合后代的平均存活时间(MST)、50%存活时间(ST50)、96 h半致死盐度(MLS-96)均显著高于对照组尼罗罗非鱼。除家系2显著高于混合后代外,各家系的耐盐指标MST、ST50和MLS-96与混合后代间无显著差异(P>0.05)。除0 g/L下家系5的日均增重率显著高于混合后代外,同一盐度(15,20,25 g/L)下,各家系的日均增重率与混合后代间均无显著差异(P>0.05),尼萨F2体重变异系数在25 g/L盐度下表现最低。研究结果为尼萨杂交育种与生产利用...
关键词：
尼萨F 2 家系 混合后代 耐盐 生长
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
罗云 高保全 刘萍 李健 戴芳钰
以三疣梭子蟹莱州湾、舟山野生群体杂交(莱州湾♀×舟山♂)产生F2代家系63个个体及F1代亲本为实验群体,采用AFLP分子标记对其进行遗传分析。35对选择性引物共扩增出1742个位点,其中分离位点为417个,不分离位点为1325个,多态位点比例为23.9%。在分离位点中,符合1∶1孟德尔分离比例的位点为226个,占总分离位点数的54.2%;偏离1∶1孟德尔分离比例的位点为31个,占总分离位点数7.4%。符合3∶1孟德尔分离比例的位点为128个,占总分离位点数的30.7%;偏离3∶1孟德尔分离比例的位点为32个,占总分离位点数的7.7%。家系内基因多样性指数为0.130,Shannon指数为0.1...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周利华 郭源梅 段艳宇 张志燕 杨凯旋 麻骏武
【目的】通过全基因组扫描,鉴别影响猪肉滴水损失数量性状位点(QTL)。【方法】采用EZ-滴水损失测定法和袋测定法,测定了白色杜洛克×二花脸资源群体884头F2代个体的背最长肌和半膜肌在采样后24和48 h的滴水损失。利用SAS软件分析了6个滴水损失性状间的相关性,以及滴水损失与其它肉质性状的相关性。检测了3个世代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型。据此,应用QTL Express在线进行了影响滴水损失QTL的定位分析。【结果】滴水损失在两种肌肉间或两种测定方法间有较高的相关性(r=0.50—0.58,P<0.01)。滴水...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
余尘 温永仙
在Ｆ２群体中，采用经验贝叶斯统计方法（Ｅ－ｂａｙＥｓ）对谷类作物的胚乳性状ＱＴＬ进行上位性分析，并通过计算机模拟加以验证．研究表明，基于Ｅ－ｂａｙＥｓ的胚乳性状ＱＴＬ上位性分析，能准确地定位各ＱＴＬ，同时有效地估计出ＱＴＬ的各种遗传效应．
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
余尘 温永仙
在F2群体中,采用经验贝叶斯统计方法(E-bayes)对谷类作物的胚乳性状QTL进行上位性分析,并通过计算机模拟加以验证.研究表明,基于E-bayes的胚乳性状QTL上位性分析,能准确地定位各QTL,同时有效地估计出QTL的各种遗传效应.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
凌飞 张豪 蔡更元 陈瑶生 李加琪 王翀
【目的】鉴定影响猪重要经济性状的QTL。【方法】利用中国地方猪种蓝塘猪(16头母猪)与外来品种长白猪(8头公猪)建立了资源家系,对257头F2代个体的11个活体性状进行测定。根据美国肉畜中心(USDA-MARC 2.0)公布的猪连锁图谱,在1、4和8号染色体上大约每间隔10—20 cM选择一个微卫星标记,共21个标记,采用ABI 377 DNA序列分析仪进行微卫星基因分型,运用QTL Express软件包在http://latte.cap.ed.ac.uk网站在线分析,进行QTL定位分析。【结果】体高(body height,BodyHh)的QTL定位于SSC1的68 cM处,与标记SW218...
[期刊] 林业科学
[作者]
邓继峰 张含国 张磊 朱航勇 贯春雨
对17年生7个杂种落叶松自由授粉家系和3个对照子代测定林(共10个处理)的生长和材性性状进行遗传变异分析、相关分析、综合指数评价与选择。结果表明:生长与材性性状家系间、家系内均存在较大的变异,除单位面积管胞数量外,其他性状晚材的变异系数均大于早材;材积、管胞长宽比和树脂道比量变异系数较大(26.2%～85.3%)。基本密度、早材微纤丝角、管胞比量变异系数较小(1.4%～8.1%)。方差分析表明:处理间综纤维素含量,早、晚材微纤丝角,管胞长宽比,晚材径向直径、胞壁率、壁腔比,管胞比量差异显著;材积、管胞长、弦向直径、早材和晚材单位面积管胞数量差异极显著,家系遗传力为59.3%～92.7%,家系水...
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