【目的】获得猪CBR1基因不同拷贝形式编码区序列,了解其序列特征,分析猪CBR1基因不同拷贝形式的多态性及其与繁殖性能间的相关性。【方法】以五指山猪睾丸组织的c DNA为模板,采用克隆测序技术获得猪CBR1基因不同拷贝形式编码区序列。利用DNASTAR对CBR1不同拷贝形式编码的氨基酸序列进行分析。利用DNAMAN软件分析猪CBR1基因不同拷贝形式间的同源性,及其与多个哺乳动物间的同源性。利用Ex Pa Sy提供的Protparam在线软件分析猪CBR1基因不同拷贝的蛋白质理化特性。采集136头大白和47头长白繁殖母猪耳组织样,提取基因组DNA,采用PCR-测序检测猪CBR1基因不同拷贝形式的多态位点,分析其与繁殖性能的相关性。【结果】猪CBR1基因的3个不同拷贝形式均编码3个外显子,其编码区序列全长分别为870,870和846bp,其12—18位氨基酸残基均为保守的GlyXXXGly XGly序列,符合CBRs家族的结构特性。同源性比对结果显示,CBR1基因不同拷贝形式的CDS序列同源性达87%以上,不同哺乳动物间的CBR1基因的CDS序列同源性达82%以上,可见哺乳动物CBR1基因在进化过程中比较保守。CBR1的3种不同拷贝形式编码蛋白质的理化特性较为相近,均不稳定,且为亲水性蛋白,说明其3个不同拷贝形式可能在体内发挥着类似的功能。多态性分析结果显示,拷贝V1中发现5个SNP位点,拷贝V2中发现4个SNP位点,拷贝V3中发现2个SNP位点。大白猪中,拷贝V1的启动子上游153 bp处的A/T突变和外显子3的379 bp处的C/T突变,拷贝V2上游10 bp处的AC插入突变、外显子1—63 bp处C/T突变和内含子1—76 bp处G/T突变与产活仔数显著相关。长白猪中的SNP位点则与繁殖性能不相关。【结论】获得了猪CBR1基因不同拷贝形式的编码区序列,发现了5个与大白猪经产仔数显著相关的SNP位点,CBR1基因可能作为有价值的候选基因应用于大白猪的繁殖性能选育。

【目的】研究猪肉嫩度性状候选基因-半胱氨酸蛋白酶抑制素B(Cystatin B,CSTB)基因对肌肉宰后嫩化的作用,为研究嫩度性状的遗传机理提供理论基础。【方法】采用RT-PCR结合克隆测序的方法,从猪肌肉组织总RNA中克隆到猪CSTB基因cDNA序列,并推导出其编码的氨基酸序列。采用PCR-RFLP方法,分析了84头猪CSTB基因多态性及其与嫩度性状的关联性。【结果】CSTB基因开放阅读框全长294bp,编码98个氨基酸。同源性分析结果表明,猪与人、鼠、牛的CSTB基因cDNA编码区(CDS)同源性分别为81%、85%和89%,推测氨基酸序列同源性为83%、76%和85%。蛋白质结构同源建模...

在猪的RBP4基因的第1外显子和第3外显子处设计引物,成功扩增了该基因的第1内含子和第2内含子,与人和鼠的同源性分别为80%和78%,说明扩增正确。采用PCR-RFLP法对大白猪、杜洛克、长白猪、民猪和杂种猪的RBP4基因进行多态性检测。结果表明:该基因经限制性内切酶MspⅠ酶切后获得3种带型:AA,BB和AB型;除大白猪与民猪、长白猪与杂种猪外,其余各猪种间RBP4基因的基因型频率分布均差异极显著(P<0.01);该基因在长白、大白和杂种猪的MspⅠ位点处于群体不平衡状态,在杜洛克和民猪处于群体平衡状态;基因多态信息含量(PIC)计算,大白、长白、杜洛克、民猪和杂种猪均表现为中度多态性(0....

【目的】获得苏淮猪ＶＲＴＮ基因编码区序列，了解其序列特征和组织表达特征，分析苏淮猪ＶＲＴＮ基因ｉＮｓ２９１位点的多态性。【方法】以苏淮猪卵巢组织ｃ ＤＮＡ为模板，采用克隆测序技术分离获得苏淮猪ＶＲＴＮ基因编码区序列。利用Ｂｉｏ ＥＤｉＴ ７．０软件分析其序列特征和蛋白理化性质。利用ｃｌｕｓＴＡｌ Ｗ软件进行核苷酸和蛋白质序列比对分析。利用ｕｃｓｃ基因组浏览器与ＮｃＢｉ基因组数据库进行猪ＶＲＴＮ基因的染色体定位和基因组结构分析。利用ｓＭＡＲＴ软件预测蛋白质功能域，ｃＰＨＭｏＤＥｌｓ软件预测蛋白质三级结构。随机选取３头成年苏淮猪母猪，屠宰后立即采集心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、肌肉和卵巢等组织，提取．．．

［目的］本试验旨在研究梅山猪和苏淮猪ＢＭＰ４（Ｂｏｎｅ ＭｏｒＰｈｏｇｅｎｅｔｉｃ Ｐｒｏｔｅｉｎ ４）基因３＇－Ｕｔｒ区序列特征，分析苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区ＳｎＰ位点并了解苏淮猪和高繁殖力猪种梅山猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ ＳｎＰ位点多态性。［方法］采用克隆测序技术获得苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区序列；利用生物信息学方法分析其序列特征；利用池ＤｎＡ测序技术筛选ＳｎＰＳ，采用ＡＳ－Ｐｃｒ技术分析苏淮猪和梅山猪ＳｎＰＳ位点多态性。［结果］苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区序列长度为２６７ ＢＰ，含有一个（Ａｃ）９微卫星位点和Ｐｏｌｙ Ａ结构；在苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区２０ ｎ．．．

以大白猪、长白猪和杜洛克3个猪种共327头为试验材料,对2,4-dienoyl-CoA reductase 1(DECR1)基因第6至第10外显子区域进行SNPs筛选,分析SNP突变位点的遗传多态性;采用比较基因组方法,根据人DECR1基因全长序列设计引物,筛选猪DECR1基因的SNP,经PCR-SSCP技术和测序检测,发现Exon6和Exon8区域各存在1个SNP突变位点(C/T,C/G),但Exon6区域的SNP突变是无义突变,而Exon8的是错义突变;在对Exon8 SNP的遗传结构分析中,3个猪种中均检测到CC、CG、GG 3种基因型,说明猪群在该位点均具有丰富的遗传多态性。

Squamosa promoter binding protein like genes(SPLs)对植物开花具有重要的调控作用。基于转录组序列并利用RACE技术从光皮桦中分离获得BlSPL1基因,其cDNA序列全长1 825 bp,包含开放阅读框长1 170 bp,编码389个氨基酸,与桃PpSPL1(EMJ10405)的同源性最高(67%),属于陆地植物SPLs基因家族的group VII分支。表达分析显示BlSPL1在光皮桦芽、雌花、雄花、幼苗中均有表达,在雄花和幼苗中表达量较低,但在芽发育成雌花过程中明显上调,推测其可能对早期的雌花形成起调控作用。同时,从57个不同的光皮桦无性系中克隆...

【目的】克隆与杉木次生壁形成相关的Cl NAC1基因,在组织表达特异性分析基础上开展该基因的单核苷酸多态性(SNP)及其连锁不平衡(LD)分析,以期为深入解析该基因功能和开展LD作图提供重要依据。【方法】基于杉木根、茎、叶等混合样本转录组测序获得的相关数据,分离杉木Cl NAC1的c DNA序列,进行同源比对和进化树构建分析。利用实时荧光定量PCR技术(q PCR)检测Cl NAC1的表达模式。通过MEGA 6.0和Dna SP 5.0分析Cl NAC1在40个杉木无性系的SNP变异,以及LD衰减程度。【结果】分离到Cl NAC1基因c DNA序列1 286 bp,开放阅读框(ORF)长度为1 092 bp,编码蛋白质在N端含有1个由128个氨基酸残基组成的NAC结构域。相应基因组序列长2 546 bp,有3个外显子和3个内含子,且第1个内含子位于5’非翻译区(UTR)。系统进化树分析表明,Cl NAC1蛋白位于B分支,与拟南芥的NST1/2/3、毛果杨的Ptr WND2A/B等聚在一起,属于次生生长相关的NAC转录因子类别。Cl NAC1在雄球花中的表达量最大,在当年生成熟叶中最小;该基因在当年生半木质化茎中的表达量是未木质化茎的2.8倍,且在去年生茎木质部中的表达量比皮层大3倍左右。利用来自6个地理种源的40个无性系发现Cl NAC1内存在104个常见SNP位点,平均发生频率为1/24 bp,多样性水平达到0.012 53。编码区域有32个SNP位点,其中25个属于同义突变,7个属于错义突变。SNP多样性指数πtot、πsil、πs、πn在6个群体间的差异不显著,且不同群体的非同义突变多样性πn皆小于同义突变多样性πs。LD分析显示,当r2>0.1时,在6个群体中LD衰退序列长度在1 025~2 460 bp间变化,在基因内部LD水平已衰退至不显著。【结论】杉木Cl NAC1基因可能参与次生壁的发育。Cl NAC1在不同无性系间存在丰富的SNP变异,且在进化中主要受纯化选择作用。不同杉木群体中Cl NAC1基因SNP位点间的LD皆在较短序列长度内迅速消失,表明基于候选基因的LD作图策略在杉木关联作图研究中是可行的。

利用RT-PCR方法,首次从毛白杨成熟木质部cDNA文库中分离出PtSUS1 cDNA全长,并进行了测序和序列分析。结果表明:克隆的毛白杨PtSUS1 cDNA片段总长为2703bp,基因内部含有完整的开放阅读框架,大小为2415bp,可编码长度为805个氨基酸残基的蛋白质,所推导的蛋白质氨基酸序列与拟南芥AtSUS1、水稻OsSUS1的蛋白质氨基酸序列同源性分别为83.4%,75.7%。组织特异性Realtime-PCR结果显示,PtSUS1在成熟木质部表达丰度最高,在成熟叶片、根部和正在发育的木质部表达丰度中等,在韧皮部和形成层有少量表达,在嫩叶与顶端分生组织中表达丰度最低。在此基础上,组...

本研究以768只中国美利奴羊(新疆军垦型)为实验材料,采用测序和PCR技术分析KAP1.1(B2A)基因单核苷酸多态性。测序表明中国美利奴羊(新疆军垦型)KAP1.1基因存在30 bp的插入/缺失,12%PAGE电泳证实KAP1.1基因存在6种基因型:(341 bp)AA型、(311 bp)BB型、(281 bp)CC型、(341 bp/311 bp)AB型、(341 bp/281 bp)AC型和(311 bp/281 bp)BC型,基因型频率依次为0.0208、0.5534、0.0260、0.1589、0.0456和0.1953。检测到A、B和C3个等位基因,基因频率依次为0.1230、0....

为进一步了解鱼类MHC ⅡA基因的特点及其在免疫反应中的功能,采用同源克隆、RACE-PCR、巢式PCR等技术,从健康的尼罗罗非鱼体获得1 205 bp的MHC ⅡA基因cDNA全序列(Orni-DBA-0101,Genebank登录号:JF719813)及1 388 bp的基因组序列。序列分析发现,尼罗罗非鱼MHC ⅡA基因含4个外显子和3个内含子,开放阅读框长720 bp,编码239个氨基酸。从4尾尼罗罗非鱼中共得到8条不同的cDNA序列,分别编码不同的氨基酸序列。氨基酸序列比对后发现,序列间存在丰富的多态性,且主要集中在α-1区,多态性位点数远远高于半滑舌鳎MHC ⅡA基因。生物信息学分...

[目的]本研究旨在通过克隆大螟的乙酰胆碱酯酶基因ace,进行多态性分析,以便寻找抗药性相关的突变位点,为建立高通量药剂筛选方法和适宜的抗药性分子检测方法提供新途径。[方法]利用PCR和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆大螟的ace全长序列,通过分子特征和构建系统发育树对其进行验证。通过序列比对,分析不同地理种群大螟ace基因的多态性,寻找经典抗药性突变位点,同时测定相应种群的三唑磷抗性,联合分析相关的抗药性突变位点。[结果]克隆获得了大螟2个ace基因的全长cDNA,分别将其命名为Sinace1和Sinace2(GenBank登录号分别为MK641586和MK641585)。它们均含有乙酰胆碱酯酶家族的保守结构特征,系统发育树分析表明它们和鳞翅目近缘种的ace基因亲缘关系最近。关键靶标基因Sinace1在4个地理种群的97条基因序列中共发现了比率不同的107种核苷酸多态性位点和21种氨基酸突变类型,但未发现经典抗药性位点的突变。生物测定结果表明:不同地理种群的大螟对三唑磷的敏感性相差较小(1～5倍),对比分析也没有发现种群之间突变比率与抗性水平一致的突变位点。[结论]大螟ace1基因尚未产生可测定的抗药性突变,但本研究率先克隆报道了大螟的2个ace基因全长序列,并揭示了大螟不同地理种群ace1基因的主要多态性位点。

Wuschel(Wus)转录因子基因在维持干细胞群数量上具有关键性的调控作用。以模式植物拟南芥Wus为信息探针,在杨树基因组中共检测到2个Wus候选基因,并设计了基因特异的引物,从毛白杨形成层cDNA中分离得到长度分别为922bp和956bp的2个cDNA,其分别含有编码258个和264个氨基酸残基的完整开放阅读框。所推导的蛋白质氨基酸序列在结构功能域区域分别与拟南芥Wus蛋白的同源性为76.0%和74.9%,故将其命名为PtWus1和PtWus2。在此基础上,组合利用MEGA3.1和DnaSP4.0软件对毛白杨36株基因型个体的PtWus1和PtWus2序列进行比对和分析,分别检测到58个和...

　根据人、猪、牛的酪氨酸酶(Tyrosinase,TYR)基因部分序列(GenBank:AF237808,AF237809,AF181962,AY046527),利用Oligo6.0软件设计5对引物,对荣昌猪的TYR基因进行了PCR扩增,并用单链构象多态分析(SSCP)方法进行了多态性检测。结果发现,外显子1呈多态,其余3个外显子均呈单态。克隆测序首次得到猪的酪氨酸酶基因外显子2,3,4的部分序列(序列已被GenBank收录,登录号分别为AY236997,AY279998,AY242973),而且发现外显子1的多态是由于起始密码子上游第46位的G突变成A造成的。

甘露糖受体C1型基因(mannose receptor C-type 1， MRC1)是C型凝集素超家族的成员之一，其编码的甘露糖受体是一种模式识别受体，在先天免疫反应中发挥关键作用。MRC1基因在哺乳动物免疫反应中的作用被广泛研究，但在鱼类中的研究较少。近年来，随着高密度集约化养殖模式的发展，由病原微生物引发的疾病频繁暴发，其中嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)是常见的致病菌之一。本研究首次在鲤(Cyprinus carpio)全基因组范围鉴定MRC1基因，共发现11个基因拷贝，并进行了功能域预测、共线性分析、多序列比对和系统进化分析，结果表明MRC1基因在物种进化过程中保守程度较高。拷贝数比较分析发现，MRC1基因在不同物种中表现出不同程度的多拷贝现象，在多数鱼类中发现2个拷贝，而在鲤中发现多达11个拷贝。同时，比较了各拷贝在健康鲤脑、肌肉、肝脏和脾脏组织中的表达情况，发现在免疫相关组织脾脏中的表达量相对高于其他组织。进一步对感染嗜水气单胞菌4、12、24 h后在鲤脾脏中的表达进行差异比较分析，发现不同拷贝的表达特征各有差异，其中，HHLG13g0734在感染嗜水气单胞菌4 h后表达显著上调，HHLG13g0734在感染24 h后表现出极显著上调，HHLG3g0497在整个感染过程中表达显著下调，表明鲤MRC1基因只有部分拷贝保留了免疫相关功能及参与机体的免疫反应。本研究结果有助于进一步了解鲤MRC1基因在抵抗嗜水气单胞菌感染过程中发挥的免疫功能，并为分子选育抗病新品系提供一定的数据基础。