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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
阮业召 姜家麟 罗维 郭小权 胡国良 刘平
通过提取猪传染性胸膜肺炎放线杆菌ApxⅠA基因组DNA,运用PCR方法扩增ApxⅠA基因片段,并采用TA克隆技术获得pMD18–T–ApxⅠA重组质粒,进行生物信息学分析。结果表明:成功获得长度为1 209 bp的ApxⅠA基因;ApxⅠA蛋白的理化性质稳定;ApxⅠA蛋白有磷酸化位点,但无糖基化位点;信号肽预测ApxⅠA蛋白无信号肽;ApxⅠA蛋白为亲水性蛋白,无跨膜结构;预测二级结构主要由无规则卷曲构成,占50.62%,α–螺旋占25.56%,β–折叠占23.82%,三级结构主要由无规则卷曲和β–折叠构成。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
刘军发 何启盖 陈焕春 吴斌 逯忠新 曹胜波 徐引弟 王革非 刘正飞
为了快速诊断猪的传染性胸膜肺炎 ,试验设计合成了 1对引物 ,建立了检测猪胸膜肺炎放线杆菌的PCR方法。猪胸膜肺炎放线杆菌Ⅰ型菌血清 2、5、6、9、10型均能扩增出预期片段 ;大肠杆菌、猪痢疾蛇形螺旋体、多杀性巴氏杆菌、鸡葡萄球菌和支气管败血性波氏杆菌的扩增结果均为阴性。用该方法检测了自猪肺脏分离的30个菌株 ,有 11株为阳性 ,19株为阴性。结果证实 ,本方法可以用于猪胸膜肺炎的快速诊断
关键词：
猪胸膜肺炎放线杆菌 检测 聚合酶链式反应
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
冯元璋 马萍 周碧君 程振涛 李建华 古飞霞
采用胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,App)外膜脂蛋白OmlA基因序列合成了1对特异性引物,建立了用于检测App的PCR方法。结果表明:经过PCR扩增,3株App分离株均能扩增出长约950 bp的预期DNA片段,而大肠埃希氏杆菌(Escherichia coli)、沙门氏菌(Salmonellasp.)、支气管败血波氏杆菌(Bordetella bronchiseptica)、多杀性巴氏杆菌(Pasteurella multocida)、葡萄球菌(Staphylococcussp.)、绿脓杆菌(Pseudomonas aeruginosa)、变...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
赵位 王吴优 程建国 田青 罗燕
【目的】对1株疑似肺炎克雷伯氏菌进行分离鉴定及全基因测序分析,并对发现的新基因kp05372编码产物进行生物信息学分析。【方法】采用传统的细菌鉴定方法和分子生物学方法,分别对采自麝粪便的1株病原菌的生理生化特征及16SrRNA序列进行测定;以小鼠感染试验和半数致死量(LD50)测试该病原菌的致病性;用全基因组测序方法对病原菌基因组进行测序分析,并对发现的新基因编码产物进行生物信息学分析。【结果】经生理生化试验和16SrRNA序列分析发现,分离菌株为肺炎克雷伯氏菌,命名为GPKP,其对小鼠致死的LD50为6
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵直 吴钢 王闵霞 朱旭东 蒲志刚 张志勇 彭正松 蔡平钟
以分离的3株苏云金芽孢杆菌质粒为模板,通过设计一对特异引物,PCR扩增得到3条全长3.6 kb的基因序列,其各自都包含一个完整的开放阅读框,编码序列全长分别是3468、3450、2697 bp(Genebank登录号分别为GQ385073,GQ385074,GQ385075);它们与cry1A类基因同源性都高达95%以上;分别编码1159、1150和902个氨基酸。并在此基础上采用生物信息学方法对这3个基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、跨膜结构域、疏水性/亲水性、亚细胞定位、跨膜结构域以及功能域等方面进行了预测和分析。为转基因抗虫植物和微生物杀虫工程菌的构建提供了基因来源。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张伟 方梅霞 聂庆华 张细权
利用生物信息学和比较基因组学方法,对猪TDRP1基因的结构、表达及功能进行分析,结果表明:(1)电子克隆获得猪TDRP1基因cDNA部分序列共776bp,包括119bp的5′UTR、561bp的编码区和96bp的3′UTR,共编码合成187个氨基酸多肽;(2)猪TDRP1基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为85%、76.1%、77.1%.编码合成的猪TDRP1蛋白与人、小鼠、大鼠之间的同源性分别为82.5%、71.1%和70.1%;(3)猪TDRP1蛋白的相对分子质量为20489.8,不含信号肽,为1个可溶性蛋白,同时也是1个非分泌性蛋白,存在4个二级结构区段;(4)基于cDNA及ES...
关键词：
猪 TDRP1基因 电子克隆 生物信息学
[期刊] 华北农学报
[作者]
吴晓云 阎萍 梁春年 郭宪 包鹏甲 裴杰 褚敏 丁学智 刘文博 焦斐 刘建
利用分子克隆技术获得了牦牛VEGF-A基因编码区序列,并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构等方面进行了预测和分析。结果表明,牦牛VEGF-A基因包含一个573 bp的开放阅读框,编码190个氨基酸;其编码蛋白属于亲水性蛋白,具有明显的信号肽。二级结构主要以无规则卷曲和α螺旋为主。VEGF-A基因编码产物氨基酸邻接系统树表明,牦牛VEGF-A与黄牛、绵羊和成都麻羊等物种的VEGF-A氨基酸遗传距离较近,具有高度同源性。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
陈凡 何启盖 陈焕春 吴斌 刘正飞 Ross Bowle Pat Blackall
利用14个血清型的胸膜肺炎放线杆菌的标准菌株制备诊断抗原,通过玻片凝集试验,琼脂扩散试验和对流免疫电泳,以标准抗血清作为参考,检验各种诊断抗原的灵敏性和特异性。分别用凝集抗原、超声波处理抗原和酚水抗原对来自湖北、湖南、江西、河南、安徽5省猪场的155份送检血清进行检测。结果表明可以对送检血清快速、准确地进行鉴别诊断和血清分型。
关键词：
胸膜肺炎放线杆菌 诊断抗原 血清分型
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
王辉 刁有祥 孟凡磊
将在含体积分数为0.050%、0.001%的尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD)的LB培养基中培养的血清5型猪胸膜肺炎放线杆菌(APP),分别以3×109CFU.只-1的菌量对30日龄小白鼠进行接种,观察不同NAD含量条件下培养的APP对小白鼠致病性的影响.结果表明:用0.001%NAD培养的血清5型APP对小白鼠的致病性较强,小白鼠接种APP后,多数表现肺脏严重出血;而用0.050%NAD培养的血清5型APP接种小白鼠后,只有少数小白鼠肺脏出血严重,多数表现为轻度出血.将上述条件培养的APP按常规方法制备油乳剂灭活疫苗,分别在第3周龄和第6周龄对小白鼠进行免疫接种,在2免后3周对免疫的小白鼠进行...
[期刊] 华北农学报
[作者]
闫尊强 计亚楠 王鹏飞 张博 石海霞 滚双宝
旨在对合作猪StAR基因CDS区进行克隆及生物信息学分析，采用RT-qPCR方法检测StAR基因在不同组织中的表达量，以揭示其功能。结果发现，合作猪StAR基因CDS区长858 bp,编码285个氨基酸，与猪参考序列相比，第572位点处的A突变为G,导致第191位的赖氨酸突变成精氨酸，为错义突变，第791位点处插入1个碱基C,后续的20个氨基酸发生改变，导致移码突变；蛋白分子量90.95 ku,理论等电点8.87;消光系数33 835,不稳定系数41.49;含1个N-糖基化位点，二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲构成，二级结构与三级结构基本一致；合作猪与猪、绵羊和黄牛StAR基因核苷酸序列相似性分别为99.77%,90.45%,91.78%;进化树结果显示，合作猪与猪亲缘关系最近，表明StAR基因编码序列具有种属特异性；StAR蛋白是不稳定的亲水性蛋白，无信号肽和跨膜区；StAR基因在脾、肾、肺等组织中均有表达，睾丸表达量较高，表明可能与合作猪睾丸发育有关。
[期刊] 华北农学报
[作者]
胡廷章 吴应梅 陈再刚 黄小云
半定量RT-PCR分析表明,水稻胚胎发育后期丰富蛋白基因OsLEA19a在水稻幼苗中的表达受干旱和高盐的诱导,说明OsLEA19a可能在水稻抗旱和抗盐中发挥作用。利用RT-PCR方法成功从水稻中克隆了OsLEA19a的cDNA。生物信息学分析表明,OsLEA19a基因编码一个由200个氨基酸残基组成的蛋白,蛋白分子量为20.48 kDa,等电点为5.89。OsLEA19a蛋白的5～48位氨基酸残基形成LEA_4结构域。OsLEA19a蛋白的二级结构有3个α-螺旋构象区域,没有伸展的β-片层构象,为亲水蛋白。进化树分析表明,OsLEA19a与单子叶植物第3组LEA蛋白的亲缘关系较近,而与双子叶植...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
程毅 周静煌 严准 高春生 李智敏 余永廷
为克隆和研究软腐病菌Dickeya dadantii的信号分子合成酶基因expI,从Dickeya属模式菌DSM–18020的基因组中扩增获得了基因expI。生物信息学分析显示,该基因全长639 bp,与Dickeya dadantii 3937的N–酰基高丝氨酸内酯(N–acyl–homoserine lactone,AHLs)合成酶基因同源性达99%;DSM–18020 expI编码的蛋白质相对分子质量为24 704,理论等电点为5.85,整个肽链中均匀分布疏水氨基酸,且比亲水性氨基酸多,没有信号肽存
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
洪艳云 黄志刚 易图永
南荻是一种高木质纤维素含量的禾本科多年生草本植物,但其中的高木质素含量严重制约了它作为能源植物的开发利用。采用RT-PCR及RACE方法从南荻中分离到G木质素单体形成的关键酶CCoAOMT家族的一个基因,将该基因序列递交到GenBank,登录号为JF965572。该基因全长工1206bp,含有一个786bp的阅读框,编码一个261aa的蛋白,分子量约为29kD。通过NCBI在线比对发现该基因的预测蛋白与同为禾本科玉米的CCoAOMT酶蛋白有很高的同源性,最高达到94.0%;氨基酸序列多重比较的结果表明,该基因编码肽链含有CCoAOMT类基因全部的保守序列元件;系统进化树分析表明,该基因与玉米的...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
俞兆曦 连总强 吴旭东 杨忠礼 李力 张锋 肖伟 赛清云
为研究兰州鲇（ＳｉｌｕｒｕＳ ｌａｎｚｈｏｕｅｎＳｉＳ）生长性状相关基因，运用ｒＴ－ＰＣｒ、Ｔａ克隆和核酸测序等技术对兰州鲇ＭｙｏＤ基因的ＣＤＳ区及全基因进行克隆和生物信息学分析。获得兰州鲇ＭｙｏＤ基因的完整ＣＤＳ区序列８１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ２７７５５１）及ＭｙｏＤ基因全序列１ ２１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ３３９１７５），包括部分５＇端６３ ｂＰ和３＇端５８ ｂＰ；ｏｒＦ区含有３个外显子和２个内含子，外显子长度分别为５１０ ｂＰ、８０ ｂＰ和２２０ ｂＰ，内含子长度分别为１５６ ｂＰ和１２３ ｂＰ，编码２６９个氨基酸残基组成的可溶酸性蛋白质；预测亚细胞定位Ｍｙ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
张梅娟 徐红红 马天意 钱朋智 沙伟
水通道蛋白是一类较小的跨膜蛋白质,在植物抵御非生物胁迫过程中具有非常重要的作用。为了研究砂藓水通道蛋白基因的生物学功能,利用干旱处理转录组测序获得的序列信息,克隆获得1个水通道蛋白家族中质膜内在蛋白基因序列,命名为RcPIP2。生物信息学结果显示,RcPIP2基因全长序列为1 267 bp,包含807 bp的开放阅读框,编码含有268个氨基酸残基的蛋白质。该蛋白质分子质量预测为28.3 ku,理论等电点为6.64,为疏水性较强的稳定性蛋白;无信号肽,为非分泌型蛋白;含有6个跨膜结构域。保守结构域分析发现,RcPIP2具有膜内在蛋白(MIP)家族信号序列、高等植物高度保守序列HINPAVTFG和2个天门冬酰胺-脯氨酸-丙氨酸(NPA)基序。二级结构包括α螺旋(37.31%)、β折叠(20.9%)、无规则卷曲(38.43%)。三级结构预测发现,RcPIP2蛋白质的立体结构为典型的四聚体形式,由4个圆筒状亚基和中间的孔道构成。系统进化树分析表明,RcPIP2与小立碗藓中的PIP2蛋白质亲缘关系较近,聚为一类。由此推测,RcPIP2基因为水通道蛋白家族成员。
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