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[期刊] 中国农业科学
[作者]
范运峰 赵启祖 赵耘 邹兴启 张仲秋 王琴 宁宜宝
【目的】分析CSFV3′-UTR一级序列和二级结构,为研究其对病毒复制、增殖和毒力的关系奠定良好的基础。【方法】利用RT-PCR技术扩增CSFV Thiverval株、HCLV株和Shimen株的3′-UTR并测序,使用DNAstar、Sequencher和RNAstructure软件进行CSFV3′-UTR基因组序列的比对分析和二级结构模拟。【结果】Thiverval株3′-UTR最长可达259个碱基,与母源株Alfort相比,含有32nt的插入,最短只有233个碱基,含有6nt的插入。HCLV株最长有244个碱基,含有17nt的插入;最短有233个碱基,含有8nt的插入。同时,疫苗株的插入...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
胡建和 张彦明 张显升 刘在新 韩雪清 季建莉 刘湘涛 谢庆阁
据已发表的 CSFV C-株序列 ,设计合成了 5′- UTR特异性 PCR引物对 P1- N 1及半套式下游引物N1′。从兔脾组织中提取总 RNA,应用 RT- PCR及 Half- nested PCR成功地扩增出了 CSFV5′- U TR,进一步将该片段克隆到 p MD- 18T载体质粒并进行了序列测定。与 Shimen株、AL D株、GPE-株、Holland C-株和 Russian C-株相应区段的比较分析表明 ,其同源性分别为 96 .2 %,95 .7%,96 .0 %,98.7%和 95 .4 %。 5′- U TR中发现的隐性 AUG起始密码子及茎环二级结构 ,可能在多聚...
[期刊] 世界农业
[作者]
袁东波 汤德元 曾智勇 汪忠荣
猪瘟是危害养猪业最大的烈性传染病之一,被国际兽疫局(OIE)列为A类法定动物传染病。国家对猪瘟的预防和控制一直都十分重视,尽管中国很早就研制成功了猪瘟兔化弱毒疫苗,并在预防猪瘟的发生中起到了积极作用,但由于近年来猪瘟的流行和发病特点发生了很大的变化,其流行形式从频发的大流行转变为周期性、波浪形的地区性散发性流行,出现了所谓非典型猪瘟、温和型猪瘟和无名高热综合征等,给养猪业造成了严重的经济损失。本文主要介绍了猪瘟病毒基因组结构与功能、病毒基因编码的蛋白产物以及猪瘟病毒新型疫苗的研究进展,为猪瘟的防控提供新的思路。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
丁芳 吕茂民 马玉媛 吴健敏 田克恭 毕丁仁 章金刚
【目的】构建以缺失不同功能区的猪内源性反转录病毒(PERV)5′非编码区(5′UTR)为启动子的萤光素酶表达载体,分析5′UTR的转录调控规律。【方法】将含有不同功能域的PERV的UTR克隆至萤光素酶表达载体上,转染瞬时表达细胞Cos-7,检测萤光素酶的表达。【结果】缺失R区的5′UTR显示出很强的启动子活性,U3重复区序列缺失的5′UTR启动子活性显著下降。UTR显示出较之LTR强的启动子活性。缺失整个U3区的UTR比仅缺失U3重复区的UTR启动子活性强。【结论】在R区有转录因子的结合位点可引起转录活性下降;U3重复区序列表现出增强子的活性。在5′UTR的下游序列中,包括引物结合区(PBS)...
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨秋丽 哈福 李大林 袁跃云 袁峰 霍金龙 苗永旺
促卵泡素是动物垂体前叶分泌的重要繁殖调控激素。采用PCR产物直接测序法对河流型和沼泽型水牛、牦牛和大额牛的FSHβ基因外显子3编码区进行群体变异检测,并进行了生物信息学分析。牛科物种FSHβ基因外显子3编码区均为231 bp。在水牛中共发现16个SNP位点,其中异义替换13个,推测4个异义替换对FSH功能有显著影响(subPSEC<-3)。沼泽型水牛中发现的SNP位点均与河流型水牛共享,但它们在两类水牛中的群体遗传组成不同。在普通牛、牦牛和大额牛中分别确定8,3,1个SNP位点,但只有SNP307是异义替换,普通牛与牦牛共享该位点,推测其对FSH功能无显著影响(subPSEC>-3)。在山羊中...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘丽霞 张丽 赵生国 滚双宝
为了探讨八眉猪DRA基因的遗传特性及其在抗病育种和猪-人异种器官移植中的应用前景,采用克隆测序的方法对该基因编码区进行多态性分析,并利用生物信息学方法预测该基因编码氨基酸的理化特性和结构功能,同时对该基因进行同源性分析。结果显示,八眉猪DRA基因编码252个氨基酸,编码区有5个核苷酸和2个氨基酸变异位点。DRA基因编码产物是一种不稳定的不可溶蛋白,二级结构为混合型,无规则卷曲所占比例最高。蛋白质功能预测结果显示,DRA基因免疫应答几率最高(4.405)。同源性分析发现,八眉猪DRA氨基酸与其他猪种的相似度在98%以上,与人的相似度达到83%,在CD4分子结合部位与人类相应的DRA仅存在1个氨基...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘筱 方晓敏 邹晓龙 赵芳 任守文
【目的】研究苏钟猪TLR4的多态性及其编码区第1 027 bp处突变对TLR4蛋白功能的影响。【方法】采用PCR-SSCP的方法检测TLR4在苏钟猪中的多态性并利用real-time PCR方法检测不同基因型(CC型和AC型)的猪肺泡巨噬细胞经脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)诱导后,TLR4及促炎症因子TNF-α、IL-1β表达量的变化情况,探讨该处突变对TLR4识别LPS的影响。【结果】①共检测到3个突变:G962A、C1027A、G960A,其中前两个为有义突变,且C1027A突变可引起编码氨基酸性质的改变;②LPS能快速诱导猪肺泡巨噬细胞中TLR4及促炎症因子TNF...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘丽霞 张丽 赵生国 滚双宝
采用克隆测序的方法对八眉猪DQA基因编码区进行多态性分析,并利用生物信息学方法预测八眉猪DQA基因的理化特性及其编码产物的结构功能。结果显示:八眉猪DQA基因编码255个氨基酸,编码区序列有14个碱基变异,11个氨基酸变异,外显子2区域表现出丰富的多态性。DQA基因编码产物是一种不稳定的水溶性蛋白,二级结构为混合型,三级结构由α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲组成。蛋白质功能预测结果显示,信号转导、受体、胁迫应答、免疫应答和生长因子的几率较高。研究结果为八眉猪的抗病分子育种和经济性状相关基因筛选提供理论依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马秋明 张建安 王强 朱小甫 王文江 何维明
根据GenBank公布的猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)Shimen株全基因序列,设计并合成2对引物,用RT-PCR方法对采自陕西省部分地区的30份CSF病料中,CSFV流行毒株的E2基因进行了扩增,并将其克隆入pMD18-T载体,转化感受态大肠杆菌DH5α。提取pMD-18T-E2重组质粒,进行BamHⅠ、HindⅢ双酶切鉴定,并对阳性质粒进行测序,将测序结果与HCLV疫苗株和shimen株E2基因及E2蛋白进行序列分析。结果表明,从30份病料中共扩增到10株CSFV流行毒株的E2基因;扩增的10株陕西CSFV流行毒株E2基因同源性为92.3%~9...
关键词:
猪瘟 流行毒株 E2基因 序列分析
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
许在恩 俞瑜 李兵娟 陈虹君 郭小勤
为研究倭竹族Shibataeeae中14-3-3非ε类基因的结构及其编码区单核苷酸多态性,分别从倭竹族5个不同属的代表种中获得14-3-3b,14-3-3c,14-3-3e,14-3-3f的基因全长。这些基因均包含5个外显子和4个内含子,编码序列(cDS)大小为771~789 bp。14-3-3b,14-3-3c,14-3-3e和14-3-3f编码区序列中分别有21,19,26和17个单核苷酸多态性(SNp)位点,SNp频率分别为1SNp/38 bp,1SNp/41 bp,1SNp/30 bp,1SNp/46 bp,基因核苷酸多样性(π)值分别为0.012 17,0.011 83,0.015 ...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
侯金秀 郑阳 李照耀 胡峰 陈熊男 张云娜 周斌
[目的]本试验旨在制备特异性鼠抗猪瘟病毒(CSFV)非结构蛋白NS3和NS5B的多克隆抗体。[方法]根据CSFV NS5B基因序列设计1对特异性引物,以CSFV石门株为模板PCR扩增NS5B基因,同时根据大肠杆菌对密码子的偏嗜性优化了NS3密码子,并将NS3和NS5B基因分别克隆至原核表达载体p Cold I,转化至大肠杆菌Rossetta 2(R2),经0. 1mmol·L-1IPTG诱导后进行融合蛋白的表达和纯化,常规免疫BALB/c小鼠制备抗血清。应用Western blot和间接免疫荧光技术鉴定了多克隆抗体的特异性。[结果]Western blot结果显示,该抗血清不仅能识别原核和真核表达的NS3和NS5B蛋白,也能识别细胞中感染的CSFV并产生特异性条带;间接免疫荧光检测结果表明,2种抗血清除均能与胞浆中的CSFV粒子发生反应外,也能识别宿主细胞中真核表达的NS3和NS5B蛋白。[结论]本试验成功表达了NS3和NS5B,且用其制备的抗血清具有生物学功能,为深入探究猪瘟病毒致病机制奠定了基础。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
吴旭锦 朱小甫
【目的】建立一种基于E0基因高保守性的猪瘟病毒(CSFV)RT-nPCR检测方法,为临床诊断提供一种可靠方法,同时对获得的陕西猪瘟病毒E0基因进行序列分析,揭示猪瘟病毒基因的分子衍化特征,为防控猪瘟提供参考。【方法】根据GenBank中的猪瘟病毒参考序列,设计并合成了2对引物,建立猪瘟RT-nPCR检测方法,并对该方法的灵敏度和特异性进行检测。用该方法对采自陕西部分猪场的32份疑似猪瘟病料进行检测,并对获得的8株流行毒株E0基因进行测序及同源性分析。【结果】建立了猪瘟病毒RT-nPCR检测方法,该方法检测CSFV cDNA含量的最低极限为6.7×10-5 ng/L,从BVDV、PRRSV、PC...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
吴旭锦 朱小甫
【目的】建立一种基于E0基因高保守性的猪瘟病毒(CSFV)RT-nPCR检测方法,为临床诊断提供一种可靠方法,同时对获得的陕西猪瘟病毒E0基因进行序列分析,揭示猪瘟病毒基因的分子衍化特征,为防控猪瘟提供参考。【方法】根据GenBank中的猪瘟病毒参考序列,设计并合成了2对引物,建立猪瘟RT-nPCR检测方法,并对该方法的灵敏度和特异性进行检测。用该方法对采自陕西部分猪场的32份疑似猪瘟病料进行检测,并对获得的8株流行毒株E0基因进行测序及同源性分析。【结果】建立了猪瘟病毒RT-nPCR检测方法,该方法检测CSFV cDNA含量的最低极限为6.7×10-5 ng/L,从BVDV、PRRSV、PC...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽群 韦康 王丽鸳 成浩 刘本英 龚武云
【目的】通过试验获得茶树CHS基因(CsCHS)gDNA序列,以进一步确定CsCHS基因结构;研究CsCHS编码区单核苷酸多态性,并结合茶树多酚含量进行关联分析,寻找基因中可能存在的与茶多酚含量存在显著或极显著相关关系的SNP位点。【方法】根据NCBI数据库中已有CsCHS序列设计特异性引物,再分别以基因组DNA和cDNA为模板进行PCR扩增,经克隆、测序获得CsCHS1、CsCHS2、CsCHS3三个基因的gDNA和cDNA全长序列,通过序列比对方法确定CsCHS结构。利用Compute pI/Mw、SOPMA等软件对所得序列进行生物信息学分析,预测和比较CsCHS1、CsCHS2和CsCH...
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