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[期刊] 中国农业科学
[作者]
王琴 涂长春 黄保续 徐璐 盖华武 范学政 郭焕成 徐和敏 李金花 赵启祖 宁宜宝 郑然 沈青春
【目的】加强对猪瘟(CSF)流行病学信息的统一管理,随时掌握全球CSF数据,分析CSF传播来源,进行疫情预测预报。【方法】将猪瘟流行病学信息数据与数据库技术、GIS技术、生物信息学技术相结合。采用ArcGISDesktop、ArcMapObjects、Delphi和DNAStar 6.0等软件工具,在中国数字地图空间数据的支持下,建立了猪瘟流行病学信息系统,并命名为CSFinfo。【结果】该系统包含754株中国流行毒株、554株中国CSFV E2基因序列和欧盟CSF参考实验室数据库的642株CSFV E2基因序列,使中国成为继德国之后第二个拥有这种数据库的国家。【结论】CSFinfo可方便、快...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
施标 董世娟 朱于敏 于瑞嵩 李震
2010—2011年中国境内的猪流行性腹泻(PED)大流行给养猪业造成重大经济损失。因疫苗免疫无法控制疫病流行,因此学者普遍认为猪流行性腹泻病毒(PEDV)出现了新的变种。论文综合分析了这个时期国内学者PEDV分子流行病学的研究结果,又对国内新近分离的PEDV的11个毒株的全基因序列进行遗传进化分析,进一步确定了国内暴发流行的PEDV毒株已远离中国86年分离的毒株和欧洲毒株CV777,成为了一个新的基因型。毒株基因变异应该是造成免疫失败和仔猪死亡率高的主要原因。进一步分析发现分离毒株的全长基因序列和棘突蛋白(S)基因序列长度有差异,其他基因长度保守性强。S基因的变异率高于其他基因,特别是短期内...
关键词：
猪流行性腹泻 病毒 分子流行病学
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
朱罗罗 张庆利 万晓媛 邱亮 马芳 黄倢
为查明黄头病毒（Ｙｅｌｌｏｗ Ｈｅａｄ Ｖｉｒｕｓ，ＹＨＶ）在我国的存在和变异情况，本研究采用世界动物卫生组织（ｏｉｅ）《水生动物诊断手册》中ＹＨＶ套式ｒＴ－ＰＣｒ检测方法对２０１２–２０１４年采集的２９９份样品进行了ＹＨＶ监测，并对部分ＹＨＶ阳性样品基因进行了克隆测序及系统发育分析。流行病学调查显示，２９９份样品中ＹＨＶ的阳性率为１１％，我国养殖的中国明对虾、凡纳滨对虾、日本囊对虾以及罗氏沼虾的部分样品中均检出了ＹＨＶ，中国明对虾和罗氏沼虾是本次调查中新发现的ＹＨＶ自然宿主，而且ＹＨＶ在中国明对虾中的检出率最高。对６份较强阳性样品ＹＨＶ基因组ｏｒＦ１ｂ内１００２ ｂＰ的分型片段进行克隆测序和．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
杨展展 林强 付小哲 罗霞 刘礼辉 梁红茹 牛银杰 左绍志 张晓婷 李宁求
为探讨大口黑鲈蛙病毒(LMBV)的分子流行规律及在感染后的组织病理变化，实验对2019—2021年采集的723份患病大口黑鲈样品进行荧光定量PCR (qPCR)检测。结果显示，LMBV的阳性率为63.62%，挑选阳性样品接种鳜脑细胞(Chinese perch brain cells,CPB)，共获得93株LMBV。通过对分离株MCP、ATP酶、DNA聚合酶和甲基转移酶基因进行PCR扩增与测序分析，发现上述基因在LMBV分离株中均保守，其中MCP、ATP酶基因一致性均为100.0%、甲基转移酶基因一致性为99.7%～100.0%、DNA聚合酶基因一致性为99.8%～100.0%。选取1株LMBV毒株感染健康大口黑鲈，采用qPCR方法对不同组织中的病毒载量进行检测，结果显示，大口黑鲈蛙病毒在心脏、肝脏、脾脏、肾脏、胃、肠和脑等组织中均有分布，人工感染LMBV后的前5天病毒载量逐步升高；感染后第5天，心脏中病毒载量最高(9.5×10~5个/mg拷贝)，脑组织中病毒载量最低(2.9×10~2个/mg拷贝)。组织病理结果表明，LMBV可导致大口黑鲈多种组织坏死，其中肝脏、肾脏和心脏病变较为严重，典型病理特征包括肝细胞排列紊乱、肝窦扩张、核质疏散；肾组织细胞疏散、巨噬细胞破裂；心室外膜纤维坏死等。实验结果可为大口黑鲈蛙病毒病防控提供参考。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
邵萌 吕亚辉 杜谦 时乐 黄勇 童德文
【目的】调查陕西地区猪圆环病毒2型(Porcine circovirus type 2,PCV2)的分子流行病学变化趋势,为进一步预防和治疗猪圆环病毒病提供参考。【方法】于2010-2012年采集陕西西安、咸阳、宝鸡、榆林和延安等地区发病猪群中的141份样品。首先,采用PCR检测样品中PCV2感染情况;然后,通过基因型特异的PCR,检测PCV2阳性样品中PCV2a和PCV2b亚型的感染情况;最后,扩增、克隆和测序PCV2 ORF2基因编码序列,并通过生物信息学软件统计分析所获得基因序列的进化情况。【结果】141份样品中,117份检测为PCV2阳性,阳性率达82.9%,其中的33份病死猪样品中有...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵丽 刘永宏 焦海宏 张志峰 刘俊峰 陈兖州 温雅琴 刘博 李江涛 崔浩然 程波 张春光
【目的】确定新疆南疆猪养殖场是否存在PRRSV感染,以及感染的PRRSV毒株类型及基因特点,从而针对性的有效防制PRRS。【方法】设计7对引物,对疑似PRRS发病猪场组织样品进行RT-PCR、克隆、测序和序列分析。【结果】47例样品,35例PRRSV阳性,阳性率高达74.47%(35/47);35株均为美洲型毒株,其中有10株属于高致病性PRRSV,占总检测样品的21.28%(10/47),占阳性样品的28.57%(10/35);综合分析本研究采集样品猪养殖场不存在欧洲型毒株。【结论】新疆南疆存在美洲型PRRSV感染,且存在高致病性毒株。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
胡军勇 汤细彪 胡睿铭 刘望宏 倪德斌 吴斌
根据猪库布病毒的3 D基因设计1对引物,建立了两步法RT-PCR检测方法,使用该方法分别对CSFV、PRRSV、JEV、SIV、PEDV、TGEV、GARV阳性模板及包含猪肠道病毒3 D基因和口蹄疫病毒3 D基因的重组质粒进行PCR检测,结果从以上9种常见猪病病原的阳性模板中均不能扩增出323bp大小的PCR产物,说明该检测方法的特异性很好,能够用作临床样品的检测。敏感性试验显示,本试验建立的检测方法能够检测到的模板最低质量浓度为180fg/mL。应用该方法对湖北省各大猪场进行了临床病料检测,在采集的165份病料中有118份样品检测为猪库布病毒阳性。在4个发生腹泻疫情的规模化猪场进行了分群抽样...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张建武 庄金山 袁世山
【目的】对来自2006年猪病流行爆发地的组织样品进行多种病毒的检测,确定引起本次流行的致病病原及PRRSV的分子流行病学特征。【方法】利用(RT-)PCR对采集的样品进行PRRSV北美型和欧洲型、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪血凝性脑脊髓炎病毒(PHEV)、日本乙型脑炎病毒(JEV)以及瘟病毒的检测,对PRRSV阳性的进行ORF5的序列测定并分析。【结果】检测到16份PRRSV北美型阳性样品,PCV2阳性样品2份,其它病毒均未检到。PRRSV ORF5序列分析表明笔者分离到的PRRSV株可分为2个群。【结论】(1)PRRSV与2006年肆虐中国养猪业的猪病流行有直接关系;(2)2006年PRR...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
魏春华 徐叶 邓小莺 林志峰 毛婉 黄夏玲 戴爱玲 杨小燕 李娜 罗满林 刘建奎
[目的]分析我国东南地区2012-2018年规模化猪场猪圆环病毒2型(PCV2)的流行动态、基因组特性及病毒重组情况,为猪圆环病毒相关疾病(PCVAD)的防控和疫苗开发提供理论依据。[方法]对2012-2018年采自福建、江西、广东、江苏及浙江等省规模化猪场疑似断奶仔猪多系统衰弱综合症(PMWS)猪只的649份组织样本及血清样本采用PCR方法进行检测,对PCV2进行基因分型,并选取54份阳性样品进行PCV2全基因组同源性比对、系统发育分析和重组分析,同时对ORF2基因进行遗传进化分析和衣壳(Cap)蛋白氨基酸序列比对。[结果]东南地区猪场感染PCV2较普遍,PCV2阳性率为41.9%(272/649)。猪场存在PCV2a、PCV2b、PCV2d和PCV2e 4个基因型毒株,其中以PCV2d流行为主。基于PCV2全长核苷酸序列和ORF2基因的系统进化分析表明,54株PCV2毒株均分为4个基因型;PCV2e毒株检出率较低(仅为0.46%),其基因组全长1 777 bp,与其他基因型代表毒株的全长核苷酸同源性较低(91.0%～93.0%)。重组分析表明,不同基因型毒株间存在重组现象。Cap蛋白的氨基酸序列分析表明,不同基因型具有特征性的突变位点。[结论]东南地区猪场存在4种基因型PCV2,其中PCV2d为优势基因型,不同基因型毒株间存在重组现象。新基因型PCV2e的检出率较低。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张建武 庄金山 刘长龙 王小敏 袁世山
【目的】对采集自上海、江西、山东、江苏、河南和湖南等省的257份进行了PCV2的检测,确定中国PCV2感染情况及分子特征。【目的】设计一对针对PCV2ORF2的引物,利用PCR对其进行PCV2基因组的检测,对PCV2阳性的样品,进行了ORF2的克隆、序列测定和分析。【结果】结果显示PCV2阳性率为24.51%(63/257),并能从健康猪群中检测的阳性;各PCV2分离株间ORF2核苷酸序列同源性为84.4%～100%,氨基酸同源性为82.5%～100%,与所属群的不同而不同。【结论】中国有2个群的PCV2毒株在流行,以PCV2b群为主(70.97%,22/31),但也有PCV2a群毒株(29....
关键词：
猪圆环病毒2型 开放阅读框架2 基因型
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
李小平 万晓媛 张庆利 黄倢 董宣 王秀华 邱亮 宋增磊 程东远
偷死野田村病毒(CMNV)引起的病毒性偷死病(VCMD)使中国对虾养殖业遭受了严重的经济损失,为查明CMNV及其变异株的分子流行病学特征,本研究采用逆转录套式PCR (RT-nPCR)、逆转录环介导等温扩增(RT-LAMP)和TaqMan实时荧光定量PCR(TaqMan RT-qPCR) 3种方法,对2016～2017年中国沿海省市CMNV及一种新型野田村病毒——行动障碍野田村病毒(MDNV)的流行、分布和变异情况进行了分析。结果显示,养殖凡纳滨对虾、中国明对虾、日本囊对虾、斑节对虾和罗氏沼虾等种类中均可检测到CMNV阳性;在河北、山东、浙江、福建、广东和海南等省市采集的患病对虾中均存在CMNV。基于RT-nPCR、RT-LAMP和TaqMan RT-qPCR的检测结果显示,2016和2017年样品中CMNV的阳性检出率依次分别为11.8%和7.8%,6.7%和3.9%,17.7%和12.4%;基于上述3种方法检测结果计算得出,2016和2017年样品中CMNV的阳性检出率分别为26.8%和16.3%;基于RT-LAMP的分析显示,2016年样品中MDNV的阳性检出率为9.4%。本研究表明,中国沿海省市养殖虾类中VCMD的流行和危害仍不容忽视,RNA依赖的RNA聚合酶基因不断变异导致前期基于该基因开发的CMNV检测方法可靠性下降,检出假阴性风险升高;同时,发病对虾中出现了新的野田村病毒株系且具有较高的流行率,其传播危害风险值得高度关注。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
姜平 简中友 马志勇 蔡宝祥 张振兴
中国某地区猪繁殖和呼吸综合征流行病学调查及病毒分离姜平简中友马志勇蔡宝祥张振兴（南京农业大学畜禽传染病研究室，南京２１００９５）ＥＰＩＺＯＯＴＩＯＬＯＧＹＡＮＤＶＩＲＵＳＩＳＯＬＡＴＩＯＮＯＦＰＯＲＣＩＮＥＲＥＰＲＯＤＵＣＴＩＶＥＡＮＤＲＥＳＰＩＲ...
[期刊] 华北农学报
[作者]
王小敏 何孔旺 张文文 周忠涛 茅爱华 俞正玉 温立斌 倪艳秀 张雪寒 郭容利 吕立新 李彬 周俊明
研究2009-2010年我国部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)混合感染的情况。采用PCR和RT-PCR方法对采集自我国安徽、江苏、山东、浙江等7省的227份组织和血清样品进行PCV2和PRRSV检测。PCV2a感染率为15.9%,PCV2b感染率为44.5%,PRRSV感染率为45.8%,其中17份样品表现为PCV2a和PRRSV的混合感染,50份样品表现为PCV2b和PRRSV的混合感染,10份样品表现为PCV2a,PCV2b和PRRSV的混合感染,分别占样品总数的7.5%,22.0%和4.4%。猪群中PCV2和PRRSV的感染比较普遍,混合感染率也较高...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
熊毅 刘棋 盘龙波 王雯 罗廷荣 朱伟 韦友传 陆专灵 郭建刚 李华明
自2000年起从广西各地采集1563份犬脑、4份发病牛脑、1份发病猪脑和1份猫脑组织,通过对这些动物脑组织进行PCR检测及用小白鼠脑内接种试验分离出42株狂犬病毒株,并对N基因3’端455个核苷酸片段进行测序分析。根据核苷酸同源性及遗传进化树分析结果,广西狂犬病流行毒株可分成4个群,Ⅰ群有GX01、GX08、GX09、GX014、GX019、GX091、GX123、GX173、GX174、GX195、GX260、GX443、GX 452、GX510、GX520、GX BS、GXSL、GXGG、GXLA、GXHX、GXGL、GXNn iu、GXWXp共23株,它们的核苷酸同源性在97.6%~10...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘俊 王琴 范学政 徐璐 赵启祖 黄伟 汤波 沙莎 周远成 陈蕾 邹兴启
【目的】建立一种快速、敏感、特异地检测猪瘟病毒野毒的一步TaqMan-MGB荧光定量PCR方法,为临床鉴别猪瘟野毒和HCLV疫苗毒提供了准确可靠的工具。【方法】在猪瘟病毒基因组5′端非编码保守区设计一对猪瘟病毒通用引物和一条特异性MGB探针,通过优化,得到最佳反应体系和反应条件,进行特异性、灵敏度和临床样本符合检验。【结果】该方法在100～10-7范围内线性相关系数为0.998,检测极限达5.3×10-2pg病毒核酸;对24个质控样本检测结果显示,该方法能检测除猪瘟兔化弱毒疫苗(HCLV)以外的猪瘟流野毒株,其它猪相关致病病原检测阴性;对122份疑似猪瘟样本检测的结果与本实验室建立的RT-nP...
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