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[期刊] 华北农学报
[作者]
秦彩艳 霍金龙 王配 王淑燕 苗永旺 潘伟荣 査星琴 曾养志
通过NCBI下载猪近缘物种的KCNJ12基因序列,在线BLAST比对获得猪EST序列、参考基因组序列和高通量基因组序列。利用Lasergene软件电子克隆猪KCNJ12基因编码区序列及部分侧翼序列。针对编码区设计特异引物并以版纳微型猪近交系BMI为研究材料进行试验验证,同时应用半定量RT-PCR技术对BMI 31种重要组织进行了表达分析。研究获得了猪KCNJ12 1 290 bp的编码区序列(GenBank登录号:KC505155,对应的氨基酸登录号:AGK36093)。生物信息学分析表明,该基因编码429个氨基酸,预测的蛋白质分子量(Mw)为48.63 kDa,等电点(pI)为5.66。蛋白...
[期刊] 华北农学报
[作者]
何小龙 刘永斌 王峰 田春英 达赖 荣威恒
在单、双羔蒙古羊卵巢组织抑制性消减杂交的基础上,以其差异表达片段ADAMTS1基因序列为种子序列,采用GenBank的BLAST检索系统首先对蒙古羊的ADAMTS1基因序列片段进行了电子延伸,其次在获得蒙古羊AD-AMTS1基因的cDNA全序列后设计引物,采用RT-PCR方法进一步克隆了蒙古羊ADAMTS1基因。结果显示,试验所得序列与电子延伸序列的同源性为99.4%,序列长为2 420 bp包括836 bp 3'UTR区域和1 578 bp的完整开放读码框,共编码525个氨基酸。Blastn比对发现蒙古羊ADAMTS1基因序列与牛、猪和人的同源性分别为94%,87%,82%;对氨基酸序列进行...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
周军 陶建敏 彭日荷 熊爱生 蔡斌 徐锦涛 金晓芬 张斌 高峰 高建杰 章镇 姚泉洪
克隆了葡萄查尔酮合成酶基因4(CHS4),并采用半定量RT-PCR技术,以actin为内参,分析了CHS4在巨峰葡萄果实发育阶段不同组织的表达。对CHS4的序列分析表明:CHS4含有1个内含子,2个外显子;与CHS1、CHS2、CHS3在核苷酸水平的同源性分别为99.3%、92.6%和76.0%。半定量RT-PCR分析结果表明:CHS4在果皮、果肉、种子、叶片和根系中均有表达,在花后30d的果皮中表达强烈,随后迅速降低,到花后70d表达又增强;CHS4在花后30~45d的果肉中表达强烈,随后迅速降低;在花后45d的种子中也表达强烈,随果实发育,其表达逐渐下降。高温处理抑制CHS4在巨峰葡萄幼叶...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
包斌武 任倩倩 王晋鹏 李彦霞 冯芬 罗仍卓么 王兴平
【目的】旨在进行牛钙调蛋白依赖性蛋白激酶4(Calmodulin-dependent protein kinase 4,CAMK4)基因编码区(Coding sequence,CDS)的克隆、CAMK4蛋白的功能预测分析及CAMK4基因在西门塔尔牛各组织中的组织表达谱分析。【方法】采用RT-PCR结合测序技术获得牛CAMK4基因的CDS区,利用PortParam、ProtScale、SOPMA和DNAMAN等生物信息学在线工具进行CAMK4基因及其所编码蛋白质的序列分析,并利用qRT-PCR检测CAMK4基因在西门塔尔牛的心、肝、脾、肺、肾、肌肉和睾丸组织中的表达量。【结果】牛CAMK4基因CDS区的长度为801 bp,编码一条266个氨基酸组成的不稳定且无跨膜结构域的亲水的酸性蛋白质。牛CAMK4蛋白存在丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)残基的19个磷酸化位点,主要在细胞质中发挥作用。该蛋白质含有1个蛋白激酶C超家族(PKc_like superfamily)结构域和1个尿嘧啶DNA糖基化酶(PHA03201)结构域,同时,蛋白互作网络预测发现CAMK4蛋白可能与HDAC5、HDAC4、CAMKK1、CALM、CREB1、CALM2、PLCG2、CAMKK2、CALML3和CALML5蛋白有相互作用。CAMK4基因在西门塔尔牛睾丸组织中的表达量极显著高于心、肝、脾、肺、肾和肌肉组织。结合生物信息学分析结果,提示CAMK4基因可能参与调控细胞周期和免疫反应,并在精子发生及运动、精原干细胞自我更新等生物学过程发挥重要作用。【结论】本研究为进一步揭示牛CAMK4基因的功能和促进高繁殖力肉牛分子育种技术的研发提供基础资料。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王慧 罗军 胡仕良 席利萌 张犁苹 李芳 孙雨婷
【目的】克隆西农萨能奶山羊胰岛素诱导基因1(INSIG-1)编码区,并对其进行序列特征分析和组织表达规律研究。【方法】提取西农萨能奶山羊总RNA,反转录cDNA后进行PCR反应,对克隆得到的INSIG-1序列进行生物信息学分析。用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)检测INSIG-1在皮下脂肪、胸部肌肉、乳腺、肝脏、肾脏、心脏、肺、脾脏、瘤胃、小肠10个组织中的表达情况。【结果】获得西农萨能奶山羊INSIG-1基因1 014bp序列(Gen-Bank登录号JQ665439),其中编码区序列长度为831bp,编码276个氨基酸。西农萨能奶山羊INSIG-1编码区与牛(GenBank登录号NM_0...
[期刊] 华北农学报
[作者]
闫尊强 计亚楠 王鹏飞 张博 石海霞 滚双宝
旨在对合作猪StAR基因CDS区进行克隆及生物信息学分析,采用RT-qPCR方法检测StAR基因在不同组织中的表达量,以揭示其功能。结果发现,合作猪StAR基因CDS区长858 bp,编码285个氨基酸,与猪参考序列相比,第572位点处的A突变为G,导致第191位的赖氨酸突变成精氨酸,为错义突变,第791位点处插入1个碱基C,后续的20个氨基酸发生改变,导致移码突变;蛋白分子量90.95 ku,理论等电点8.87;消光系数33 835,不稳定系数41.49;含1个N-糖基化位点,二级结构主要由α螺旋和无规则卷曲构成,二级结构与三级结构基本一致;合作猪与猪、绵羊和黄牛StAR基因核苷酸序列相似性分别为99.77%,90.45%,91.78%;进化树结果显示,合作猪与猪亲缘关系最近,表明StAR基因编码序列具有种属特异性;StAR蛋白是不稳定的亲水性蛋白,无信号肽和跨膜区;StAR基因在脾、肾、肺等组织中均有表达,睾丸表达量较高,表明可能与合作猪睾丸发育有关。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴一尘 杜星 李平华 吴艳 王钧顺 刘红林 李齐发
【目的】获得苏淮猪VRTN基因编码区序列,了解其序列特征和组织表达特征,分析苏淮猪VRTN基因iNs291位点的多态性。【方法】以苏淮猪卵巢组织c DNA为模板,采用克隆测序技术分离获得苏淮猪VRTN基因编码区序列。利用Bio EDiT 7.0软件分析其序列特征和蛋白理化性质。利用clusTAl W软件进行核苷酸和蛋白质序列比对分析。利用ucsc基因组浏览器与NcBi基因组数据库进行猪VRTN基因的染色体定位和基因组结构分析。利用sMART软件预测蛋白质功能域,cPHMoDEls软件预测蛋白质三级结构。随机选取3头成年苏淮猪母猪,屠宰后立即采集心、肝、脾、肺、肾、下丘脑、肌肉和卵巢等组织,提取...
[期刊] 华北农学报
[作者]
邢晋祎 戈新 贾坤航 王建华 刘忠琛 李培培 张宝珣
生长分化因子11(Growth and differentiation factor-11,简称GDF11)是BMP/TGF-β超家族一员,编码一种在早期胚胎发育过程中起重要作用的骨形态发生蛋白,在确立骨骼模式中起重要作用。本研究旨在克隆里岔黑猪GDF11基因部分cDNA,并检测其在不同组织中的表达差异。结果表明,所克隆的猪部分GDF11基因序列为1 161 bp(GenBank:HQ657211),编码332个氨基酸,与人、小鼠、大鼠、牛、马、兔、斑马鱼GDF11氨基酸序列同源性分别为99.10%,99.10%,99.10%,99.40%,99.10%,98.80%,78.82%。荧光定量P...
[期刊] 华北农学报
[作者]
高泽仁 潘鹏丞 徐文文 陈宝剑 刘明君 关志惠 谢炳坤 覃兆鲜
为探究陆川猪骨骼肌生长发育过程中MyoD1基因所起作用,对陆川猪成肌细胞决定基因1(MyoD1)进行克隆,展开生物信息学分析,对其在陆川猪不同组织中的表达进行分析,以NCBI上已公布的野猪MyoD1基因序列为模板,进行特异性引物设计,克隆陆川猪MyoD1基因CDS区,并与NCBI已公布的野猪、牛、绵羊、人、小鼠、大鼠基因序列进行相似性比对,由此构建系统进化树,通过在线软件开展生物信息学分析,而后使用实时荧光定量PCR检测在陆川猪不同组织中MyoD1基因的相对表达量。陆川猪MyoD1基因CDS区全长960 bp,共编码319个氨基酸,碱基突变共存在5处,与野猪、牛、绵羊、人类、小鼠、大鼠的MyoD1基因CDS序列相似性分别为99.2%,93.0%,92.3%,90.0%,84.3%,84.0%,其中与野猪相似性最高,表明二者亲缘关系最为接近;陆川猪MyoD1基因原子总数为4 680,蛋白的分子质量为33.99 ku,分子式为C_(1457)H_(2296)N_(442)O_(471)S_(14);不稳定系数为63.87,表明其缺乏稳定性;等电点为5.63,属于酸性蛋白;不存在跨膜结构,存在35处磷酸化位点及1处糖基化位点;蛋白二级结构以无规则卷曲为主,占比60.69%。陆川猪MyoD1基因在背最长肌中的表达量最高,且显著高于其他组织,表达量最低的组织为肾脏。陆川猪各组织中均有MyoD1基因表达,且主要在背最长肌中表达,由此推测,MyoD1基因在陆川猪肌肉生长发育过程中可能起到至关重要的作用。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴田 谢从华
以马铃薯叶片为试验材料,其叶片分别经外源SA、MJ、ETH、ABA处理后,在不同时间点取样,提取总RNA,对Star基因的表达进行半定量RT-PCR分析。结果表明,Star基因能够被SA、MJ、ABA迅速诱导表达,而被ETH诱导表达的时间比较晚。可见,Star基因被4种信号分子诱导表达之间存在广泛的重叠,反映了在马铃薯抵御晚疫病菌侵染过程中Star基因参与了一个非常复杂的信号传递过程。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张兴举 唐中林 王志伟 杨述林 牟玉莲 崔文涛 马月辉 储明星 李奎
【目的】通过对猪TAF7基因初步的研究,为猪分子遗传育种提供基础分子生物学信息,为猪的遗传育种提供分子标记。【方法】以五指山猪为研究对象,克隆TAF7基因,分析该基因结构特点,然后利用IMpRH(the INRA-University of Minnesota porcine radiation hybrid,法国农业科学院-明尼苏达大学的辐射杂种克隆板)分析该基因在猪染色体上定位信息,利用半定量RT-PCR方法,分析该基因在成年五指山猪16个不同组织(心脏、背肌、淋巴、脾脏、肝脏、肾脏、肺脏、子宫、睾丸、胃、小肠、大肠、卵巢、胸腺、脑、脂肪)的表达谱信息。【结果】克隆得到长1701bp的五指...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王海鸿 雷仲仁
【目的】比较温度胁迫对两种生物型烟粉虱体内hsps诱导表达的差异。【方法】根据烟粉虱hsp70基因、hsp90基因和18Sr RNA序列,设计并合成引物用于实时定量RT-PCR,扩增产物连接到质粒pMD18-T载体上,重组质粒经筛选、签定和10×梯度稀释后作为模板,用于标准曲线的制作和样品检测,检测温度胁迫对B型和ZHJ-1型烟粉虱hsp70和hsp90mRNA转录水平的诱导情况。【结果】在受到34℃、37℃、40℃和43℃的高温胁迫时,两者hsps的诱导水平无显著差异(P>0.05);在受到4℃、7℃、10℃和13℃的低温胁迫时,B型烟粉虱体内hsps的诱导表达水平显著超过了ZHJ-1型烟粉...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李顺 蒋曹德 石萍 董然然 魏晋 田家伟
【目的】为了在猪中找到更多新的候选印记基因并分析它们在哺乳动物之间的保守性,以期为猪分子遗传育种提供基础分子生物学信息和分子标记。【方法】以长白与荣昌猪杂交F1代一月龄个体为研究对象,通过比较生物学的方法,克隆COPG2和MEST全长cDNA,并分析基因的序列特点,然后利用IMpRH(法国农业科学院的辐射杂种克隆板)分析COPG2和MEST在猪染色体上定位信息。通过RT-PCR产物直接测序方法分析了这些基因在一月龄F1代个体11个不同组织(心、胃、肌肉、肾脏、肺、肝、小肠、膀胱、舌头、脾和脂肪)的印记状况,并进一步利用Real-timePCR方法,分析其在一月龄F1代个体11个不同组织的表达情...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李晔 张宝乐 丁建华 张子敬 徐银学
为了探明G蛋白偶联受体6基因(Gpr6)的结构、功能与表达模式,克隆了含有完整阅读框的猪Gpr6的cDNA序列。利用生物信息学方法对Gpr6基因的结构及功能进行了系统研究,运用Real-time PCR技术对其在组织中的表达规律进行了分析,并利用构建的原核表达载体pET32a-Gpr6对其在BL21菌株中的最佳蛋白表达条件进行了筛选。结果表明:猪Gpr6基因的cDNA序列由1 664个核苷酸组成,编码366个氨基酸残基,等电点为7.63,相对分子质量为38.38×103,与牛、犬、人、黑猩猩、大鼠和小鼠的氨基酸相似性分别为91.2%、89.5%、88.3%、88.3%、86.3%和86.1%。...
关键词:
猪 Gpr6基因 组织表达谱 原核表达
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
马艳 朱馨蕾 杨长庚 张富春 尹伟伦
为深入研究胡杨的抗盐分子机制,并获得与之相关的抗逆基因,采用SMART技术构建了胡杨盐胁迫处理cDNA文库。经随机测序,得到一个编号为SSL061的EST序列,与欧美杨的脱水素基因有较高相似性,通过PCR快速扩增文库的方法获得了胡杨脱水素基因(Pedhn)。分析表明,该cDNA的长度为813 bp,拥有681 bp的开放读码框,共编码227个氨基酸。该序列包括两个重复的富含赖氨酸的K片段和由7个连续的丝氨酸残基组成的S片段,但是缺乏Y片段。RT-PCR结果表明,胡杨在未受胁迫的情况下脱水素基因的转录水平较低,而随着盐胁迫浓度的升高,脱水素基因的转录水平总体呈上升趋势。
关键词:
胡杨 cDNA文库 脱水素 盐胁迫
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