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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
徐春瑛 刘智 傅颖滢 李艳 许晓波 王厚江 陈杰
以猪整联蛋白α9(Integrin alpha 9,ITGA-9)基因为候选基因,通过相关分析发掘该基因与三元杂种猪滴水损失性状关联的分子遗传标记。采用PCR-SSCP和RT-PCR方法对98头洋三元杂种猪ITGA-9基因第3内含子进行多态性检测,分析其与滴水损失性状和ITGA-9基因表达水平的关系。结果表明:在ITGA-9基因第3内含子1791碱基处发现c.158+1731C>T突变,C和T等位基因频率分别为0.469和0.531。统计分析表明,CC型个体的滴水损失显著低于TT型个体(P<0.05),且CC型个体mRNA表达水平显著低于TT型个体。ITGA-9基因mRNA表达水平与相应的滴水...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
徐春瑛1 刘智1 傅颖滢1 李艳1 许晓波2 王厚江3 陈杰1*
以猪Integrinalpha9(ITGA-9)基因为候选基因,通过相关分析发掘该基因与三元杂种猪滴水损失性状关联的分子遗传标记。采用PCR-SSCP和RT-PCR方法对98头洋三元杂交猪ITGA-9基因第3内含子进行多态性检测,分析其与滴水损失性状和ITGA-9基因表达水平的关系。在ITGA-9基因第3内含子1791碱基处发现c.7698+1791 C>T突变,C和T等位基因频率分别为0.469和0.531。统计分析表明,CC型个体的滴水损失显著低于TT型个体(P<0.05),且CC型个体mRNA表达水平显著低于TT型个体(P<0.05)。ITGA-9基因mRNA表达水平与相应的滴水损失性状...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
高琛 韩萍萍 王彬彬 张倩 范丽娟 王欢 蒲广 刘航 张总平 牛培培 周娟 黄瑞华 李平华
[目的]本试验旨在鉴别影响苏淮猪肉滴水损失的关键基因及位点，为苏淮猪肉品质选育提供重要分子标记。[方法]屠宰301头苏淮猪（胴体重为58.67±7.47 kg），测定肌肉滴水损失，并分析含有SAP结构域的肌肉增强因子2激活基因（MAMSTR）rs337473375（C>T）位点、抵抗素基因（RETN）rs327132149（G>A）位点、兰尼定受体基因（RYR1）g.1843C>T位点、磷酸化酶激酶γ1基因（PHKG1）g.8283C>A位点，一磷酸腺苷激活蛋白激酶γ3亚基基因（PRKAG3）p.Arg200Gln位点和p.Ile199Val位点等6个已报道的影响滴水损失的候选基因功能位点在301头苏淮猪群体中的遗传多态性，使用SAS 9.2软件的混合线性模型分析上述基因多态性与苏淮猪肌肉滴水损失的关联性。[结果]苏淮猪群体肌肉滴水损失为（1.83±0.07）%，变异系数为67.88%。其中，母猪肌肉滴水损失极显著地低于阉公猪。5个候选基因的6个功能位点在苏淮猪群体中均存在多态性。其中，MAMSTR基因rs337473375（C>T）位点C、T等位基因的基因频率分别是0.661和0.339，该位点与猪肉滴水损失极显著关联；RETN基因rs327132149（G>A）位点G、A等位基因频率分别为0.032和0.968，该位点与苏淮猪肉滴水损失无关联；RYR1基因g.1843C>T位点C、T等位基因的基因频率分别是0.967和0.033，该位点与猪肉滴水损失显著关联，CC型为有利基因型；PHKG1基因g.8283位点在苏淮猪群体中未发现遗传多态性，但我们在该位点前一个碱基处发现新的突变rs697732005（A>G）位点，其G、A等位基因频率分别为0.264和0.736，此位点与苏淮猪猪肉滴水损失显著关联，GG型为有利基因型；PRKAG3基因p.Arg200Gln位点在苏淮猪群体中未检测到多态性，但该基因p.Ile199Val位点有多态性，G、A等位基因频率分别为0.834和0.166，且此位点与滴水损失有显著关联的趋势。[结论]综上所述，MAMSTR基因rs337473375位点、RYR1基因g.1843C>T位点和PHKG1基因的rs697732005位点是影响苏淮猪肉滴水损失的候选基因位点，可作为降低苏淮猪肉滴水损失的潜在分子标记。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张小白 昝林森 王洪宝 郝瑞杰 杨彦杰
【目的】研究秦川牛THRSP基因第一外显子184bp处C/T错义突变与部分肉质性状的关系。【方法】选取405头相同饲养条件下无亲缘关系的18～20月龄的秦川牛,利用PCR-SSCP技术对THRSP基因进行个体基因型分析;运用SPSS统计软件中的GLM模型分析该SNP与93头秦川牛部分肉用性能指标的相关性。【结果】该位点引发THRSP基因第51个氨基酸由缬氨酸(GTG)变为丙氨酸(GCG)。多态信息含量为0.3583,属于中度多态,杂合度为0.4676,有效等位基因数为1.8783。卡方检验显示该位点处于Hardy-Weinberg不平衡状态(P<0.01)。相关分析结果显示,该位点基因型与嫩度...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周利华 郭源梅 段艳宇 张志燕 杨凯旋 麻骏武
【目的】通过全基因组扫描,鉴别影响猪肉滴水损失数量性状位点(QTL)。【方法】采用EZ-滴水损失测定法和袋测定法,测定了白色杜洛克×二花脸资源群体884头F2代个体的背最长肌和半膜肌在采样后24和48 h的滴水损失。利用SAS软件分析了6个滴水损失性状间的相关性,以及滴水损失与其它肉质性状的相关性。检测了3个世代个体在19条染色体上194个微卫星的基因型。据此,应用QTL Express在线进行了影响滴水损失QTL的定位分析。【结果】滴水损失在两种肌肉间或两种测定方法间有较高的相关性(r=0.50—0.58,P<0.01)。滴水...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
姜爱文 郭鸿运 吴望军 刘红林
[目的]本文旨在利用Cas9蛋白/sgRNA体系，提高猪胎儿成纤维细胞的基因组编辑效率，为促进CRISPR/Cas9技术在猪上的广泛应用奠定基础。[方法]针对猪ROSA26位点的启动子区（包含第一外显子区）设计两条sgRNAs，并将其构建在PX459-Cas9-puro质粒上，以获得PX459-Cas9-sgRNA质粒。将sgRNA靶序列连同PAM序列构建在RGS-CR质粒上，以获得RGS-sgRNA质粒。使用PX459-Cas9-sgRNA质粒与RGS-sgRNA质粒系统共转染，筛选切割效率较高的一条sgRNA，并使用该sgRNA对猪胎儿成纤维细胞进行后续打靶实验。分别使用PX459-Cas9-sgRNA质粒和Cas9蛋白/sgRNA两种方法对猪胎儿成纤维细胞的靶位点进行基因敲除，将转染后的细胞提取基因组DNA，桑格尔测序检测打靶效率。[结果]成功构建了打靶猪ROSA26靶序列的PX459-Cas9-sgRNA质粒，及含PAM序列的RGS-sgRNA，且质粒测序结果显示序列插入正确；RGS-sgRNA筛选结果表明，sgRNA2的打靶效率极显著高于sgRNA1 (P < 0.01)，且sgRNA2无脱靶效应，因此后续使用PX459-Cas9-sgRNA2和Cas9蛋白/sgRNA2在猪胎儿成纤维细胞中进行打靶，并比较两者的打靶效率。在猪胎儿成纤维中，PX459-Cas9-sgRNA2质粒的打靶效率为16.67%，Cas9蛋白/sgRNA2体系的打靶效率为33.33%；[结论]Cas9蛋白/sgRNA体系较PX459-Cas9-sgRNA质粒提高了打靶效率约1倍，这对提高后续猪体细胞的基因敲入效率、促进基因编辑在猪上的应用有重要意义。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙超 王力 齐仁立 姜东凤
【目的】克隆猪Musclin基因,分析和预测其编码蛋白的结构与功能。【方法】从猪肌肉组织中提取总RNA,RT-PCR扩增获得Musclin基因,对其进行克隆和测序,并根据生物信息学分析方法,利用Tmpred、SignalP3.0、TargetP 1.1等分析软件,对猪Musclin蛋白的跨膜结构、信号肽、细胞定位、结构特征等进行分析和预测。【结果】猪Musclin蛋白主要集中在分泌途径上,存在于细胞外,其核苷酸序列与家兔的具有较高的相似性,氨基酸序列32～45位和55～63位存在2个可能的强跨膜螺旋区,该蛋白的空间结构以α螺旋、β转角和无规则卷曲为主;其1～26位氨基酸序列是一段信号肽,在26...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
代红梅 刘志朋 张霞 杨忠 曾日彬 王配 常勇诚 霍金龙
利用RT-PCR技术从版纳微型猪近交系睾丸组织中扩增出GSKIP全长编码序列并分析其分子特征，对GSKIP基因进行功能注释，分析其与非编码RNA(miRNA和lnRNA)间的调控关系，并构建ceRNA转录调控网络，进一步分析GSKIP蛋白的基本功能，构建多物种进化树和相互作用蛋白网络.通过RT-PCR获得了BMI GSKIP CDS区全长420 bp,该基因含4个外显子；基因功能分析表明，GSKIP主要参与Wnt信号通路；基因靶向作用分析表明，猪GSKIP受ssc-miR-181c、ssc-miR-181b、ssc-miR-181a、ssc-miR-335和miR-644-5p等5个miRNA的靶向调控；蛋白质结构分析表明，GSKIP包含1个DUF727结构域，α螺旋在二级结构中占比最高；多物种进化分析表明，BMI GSKIP氨基酸序列在哺乳动物中较为保守，与绵羊和牛的亲缘关系最为接近；蛋白互作网络分析表明，BMI GSKIP与10个蛋白存在相互作用.
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
豆芳芳 龚小庆 邹养军
【目的】研究苹果类泛素蛋白RAD23基因(MdRAD23C2)的功能,为抗旱苹果新品种的培育奠定基础。【方法】以秦冠苹果(Malus domestica cv.‘Qinguan’)为材料,克隆MdRAD23C2基因,对其进行生物信息学和定位分析,通过实时定量PCR分析其在不同逆境胁迫下(干旱、盐、碱和ABA)的表达模式。构建过表达载体转化农杆菌,采用叶盘法转化烟草,选取相应的转基因烟草株系,分析干旱胁迫下转基因烟草的相对电导率和丙二醛、叶绿素、过氧化氢(H_2O_2)、超氧阴离子■含量以及二氨基联苯胺(DAB)、氮蓝四唑(NBT)染色情况,探讨MdRAD23C2过表达对转基因烟草抗旱能力的影响。【结果】苹果MdRAD23C2基因编码序列长1 146 bp,编码381个氨基酸,其定位于细胞核和细胞膜中,可响应干旱、盐和碱等逆境胁迫。干旱处理2周,野生型烟草株系萎蔫程度明显,且DAB和NBT染色加深,相对电导率、丙二醛、H_2O_2和■含量均极显著高于转基因型烟草,而叶绿素含量极显著低于转基因型烟草,说明过量表达MdRAD23C2的烟草株系对干旱胁迫的耐受性明显增强。【结论】分离克隆了苹果MdRAD23C2基因,该基因可提高转基因植物对干旱胁迫的耐受性。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王印庚 毛明光 刘宗柱 张家松 陈贵平 廖梅杰 曲江波
以PolyI∶C(又称聚肌胞)为诱导剂,分别通过腹腔注射、浸泡和投喂3种途径诱导大菱鲆Scophthalmus maximus体内抗病毒蛋白Mx基因的转录,利用半定量RT-PCR方法检测干扰素下游基因-Mx基因的转录水平来确定该诱导剂的诱导效果。结果显示,以上3种途径都能高效诱导Mx蛋白mRNA的转录,均在48h之后达到高峰,其中以浸泡的方式更容易诱导Mx基因转录,且在120h时仍保持较高水平。Mx基因转录的时相变化证明了国产PolyI∶C可以通过多种途径诱导抗病毒蛋白Mx的表达,为实际应用中确定用药途径提供了理论依据。另外,实验初步建立了半定量RT-PCR方法,为检测鱼体内干扰素的表达提供了...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
曾勇庆 王根林 魏述东 王林云 王刚 包新见 曹洪防 石景胜
【目的】探讨肉质特性的构成实质和调控机制,为地方猪种的选育和利用提供依据。【方法】以30～90kg体重莱芜猪和40～100kg体重鲁莱黑猪共84头去势公猪为试验对象(每组6头),研究肌肉中胶原蛋白含量和性质(交联度)的发育性变化及其与肉质特性的关系。【结果】莱芜猪肌肉总胶原蛋白含量(TC)、不溶性胶原蛋白含量(IC)和胶原蛋白的溶解度(CS)以及肉质特性的大理石纹(MS)和剪切值(SF)在不同体重组间存在显著(P<0.05)或极显著(P<0.01)的差异。鲁莱黑猪肌肉中TC、IC、CS和可溶性胶原蛋白含量(SC)以及肉质特性的MS、熟肉率(CP)和拿破率(NY)在不同体重组间存在显著(P<0....
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
许静 代红梅 张霞 刘志朋 杨忠 李卫真 付仕颖 克比努尔·库尔班 霍金龙
【目的】Dickkopf样顶体蛋白1(DKKL1)是一种重要的顶体蛋白，为发掘其重要功能及潜在的临床价值，以版纳微型猪近交系(BMI)为对象，研究其睾丸组织中DKKL1的分子结构、转录调控特征和蛋白质功能。【方法】通过全转录组测序获得BMI DKKL1的表达量，使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)获得DKKL1编码区序列并分析其基因结构和蛋白质特征，使用UniProt数据库对DKKL1进行功能注释并分析DKKL1与微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)间的竞争性内源RNA(ceRNA)转录调控。【结果】获得的BMI DKKL1编码区全长为702 bp,位于基因第6号染色体上，有5个外显子和4个内含子；蛋白质功能分析表明，DKKL1包含233个氨基酸，具有疏水性，含磷酸化位点、信号肽和较多的无规则卷曲亚结构；系统进化和同源性分析表明，DKKL1氨基酸序列在哺乳动物间高度保守；蛋白互作分析显示，DKKL1与含螺旋结构域的蛋白155(CCDC155)、转录增强缔合域蛋白2(TEAD2)、RAS癌基因家族成员11B(RAB11B)等多种蛋白互作；基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析表明，这些蛋白富集在典型Wnt信号等通路上；GO功能注释表明，DKKL1在睾酮生物合成过程的负向调控、透明带穿透、顶体泡生成等方面具有重要功能；ceRNA转录调控网络分析表明，DKKL1被miR-15a和miR-15b靶向调控。【结论】本研究获得了BMI睾丸全转录数据，阐明了DKKL1的分子特征、蛋白质功能并构建了转录调控网络。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
孟丽平 赵德明 王金秀 宁章勇 马李颖
根据已发表的猪朊蛋白基因(PRNP)序列设计特异性引物,进行PCR直接扩增,得到了中国实验小型猪(CEMP)的朊蛋白基因(PRNP),将其克隆到pGEM-T Easy载体中。序列分析表明上述CEMP的PRNP基因ORF区全长为774 bp,编码257个氨基酸的前体蛋白,分子质量约为28.3 ku,其PRNP序列与已发表的猪PRNP序列(L07623)差异微小,仅在第4位氨基酸残基处有变异(Ser→Asn);绘制CEMP与其他15种属动物朊蛋白的氨基酸序列进化树发现,CEMP与多种哺乳动物朊蛋白的氨基酸序列遗传距离比较接近,与水貂最近,而与禽类朊蛋白氨基酸的遗传距离较远。
关键词：
中国实验小型猪 朊蛋白 克隆 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵彦玲 任子利 宁淑芳 杨小淦 卢晟盛 卢克焕
【目的】探讨猪孤雌胚早期发育过程中组蛋白H4K5乙酰化水平与组蛋白去乙酰化酶(HDAC1)基因mRNA表达水平之间的关系。【方法】收集早期猪孤雌胚(2-细胞、4-细胞、桑椹胚和囊胚),运用细胞免疫组化和激光共聚焦显微镜,通过检测这些胚胎的相对荧光强度来评判其H4K5的乙酰化水平;运用实时定量PCR的方法检测猪早期孤雌胚发育过程中HDAC1基因mRNA表达的动态变化。【结果】从2-细胞到囊胚开始,其H4K5的乙酰化均在细胞核内表达,且各阶段表达量逐步提高,至囊胚期达最高(分别为1124.77±127.78、1305.81±184.23、1795.19±318.67及2149.63±529.47)...
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