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[期刊] 西南农业学报
[作者]
王印 李昕然 姜雪梅 徐志文
从GenBank发表的PCV-2全基因组序列,随机选择其中的32个全基因序列,做序列比对和同源性比较,绘制系统进化树,在注释中找到ORF1编码的rep蛋白氨基酸序列,用在线生物信息学工具对其进行亚细胞定位分析。结果基本符合"来自同一地区的基因序列同源性较高"的规律,表明了PCV的高度保守性,亚细胞定位分析发现其rep蛋白定位于核区的指数为0.76,这与病毒在宿主细胞核内复制分不开。结果同时表明其定位于过氧化物酶体的指数显著不同于其他(过氧化物酶体平均0.36,可变,溶酶体、线粒体均为0.1不变)这可能与pcv的组织嗜性以及复制靶细胞(多为单核/巨噬细胞)的原因相关。
[期刊] 华北农学报
[作者]
王凤芝 温立斌 何孔旺 姚火春 王小敏
为了鉴定类猪圆环病毒P1 VP1蛋白能否在体外自组装成病毒样颗粒(VLPs),首先PCR扩增P1 ORF1基因,利用p Fast BacTM1载体构建重组质粒,通过脂质体转染在Sf9细胞中表达P1 ORF1基因。然后通过RT-PCR技术及Western Blot分别从转录和蛋白质水平上鉴定该基因的表达,应用透射电镜观察该蛋白质是否形成了VLPs。结果显示,转染Sf9细胞后,第5天开始出现细胞病变;从接毒细胞中提取总RNA,经Recombinant DNaseⅠ处理除去基因组DNA后,RT-PCR能够扩增出362 bp的目的片段;收获接毒后72 h的细胞,Western Blot分析显示,P1 ...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
郭龙军 陆月华 黄立平 危艳武 刘长明
【目的】猪圆环病毒2型(PCV2)是引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(PMWS)的重要病原,其基因组ORF2编码的Cap蛋白为病毒的主要结构蛋白,起保护性抗原作用,对其进行抗原表位鉴定十分必要。【方法】本研究采用杆状病毒表达的重组Cap蛋白作为免疫原制备5株单克隆抗体,通过原核表达系统对ORF2基因进行了截短表达,先行对Cap蛋白抗原表位进行宽幅定位,然后利用合成多肽对Cap抗原表位做精确扫描定位。【结果】5株单抗中有4株针对同一抗原表位,坐落在Cap蛋白N末端核定位信号区,经多肽扫描证实,核心序列为26RPWLVHPRHRY36;另1株单抗(1D2)仅与重组Cap蛋白产生免疫活性反应,对4个分段...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
宁正元 王爱荣 林文伟 林德书 张冬梅 刘泓 周洁 王宗华
对拟南芥RSS1蛋白进行了一系列生物信息学分析,结果表明:该蛋白是一C端含有DNA_J结构域的辅助蛋白,其N端含有受体蛋白复合物AP-2结合区DPF/W和FxDxF区,中间区域含有可信度较低的丝氨酸富集区和谷氨酸富集区.该蛋白可能具有ATP结合活性、丝氨酸/苏氨酸激酶活性和磷酸酶活性,可调控细胞循环和蛋白的磷酸化和去磷酸化作用.利用洋葱表皮瞬时表达系统验证了RSS1-GFP融合蛋白定位于细胞核中,为进一步研究该蛋白的分子和生物学功能奠定了良好基础.
关键词：
拟南芥 辅助蛋白 J结构域 生物信息学
[期刊] 华北农学报
[作者]
曹正林 陈福源 黄玉兰 李有真 丁洪霞 夏凯旋 魏文琦
SAUR基因的生物信息学分析旨在揭示其结构、功能和进化关系，同时通过亚细胞定位，了解其在细胞中的位置，从而推断其生物学功能。这样分析有助于深入理解该基因在生物体内的作用机制和潜在应用，为调控防风种子萌发，缩短种子休眠时间和防风绿色栽培种植及育种提供重要理论和实践意义。研究进行了生物信息学分析，从防风克隆到2个基因SdSAUR32和SdSAUR23,分析这2个基因在防风种子不同休眠阶段的表现和亚细胞定位，以探究其生物学特征和功能。结果表明，SdSAUR32蛋白分子质量约为14.48 ku(pI为6.45),SdSAUR23蛋白分子质量约为10.29 ku(pI为8.00),均为亲水性蛋白；分析保守结构域的SdSAURs基因编码蛋白发现，SdSAUR32和SdSAUR23的保守结构域相同，都属于由生长素诱导的超家族成员；进化分析表明，SdSAUR32和SdSAUR23基因编码蛋白均与胡萝卜的亲缘关系最近。亚细胞定位结果表明，防风SdSAUR32和SdSAUR23均定位于细胞核；防风种子的不同时期都有SdSAUR32和SdSAUR23的表达，但芽期的表达量显著高于休眠期和解除眠期，因此，推测SdSAUR32和SdSAUR23可能在萌发和生长过程中起着重要作用。
关键词：
防风 SAUR 生物信息学 亚细胞定位
[期刊] 华北农学报
[作者]
温立斌 何孔旺 杨汉春 郭容利 俞正玉 茅爱华 倪艳秀 张雪寒 周俊明 吕立新 李彬 王小敏
为探讨类猪圆环病毒2型因子P1感染对猪抗病毒蛋白分子mRNA转录的影响,将P1分子克隆接种30日龄健康广西巴马小型猪,利用实时荧光定量PCR技术对猪外周血单个核细胞抗病毒蛋白分子PKR、2'-5'OAS2、 RNase L和Mx1的mRNA转录水平的变化进行了定量分析。结果表明,PKR mRNA转录在接种后8 d和40 d呈上调趋势;而2'-5'OAS2 mRNA在3 d和17 d下调,Mx1 mRNA也在接种后17 d下调;RNaseL mRNA转录水平则没有发生明显变化。研究揭示P1感染猪后,机体的抗病毒蛋白的功能受到了不同程度的影响。
关键词：
P1 外周血单个核细胞 抗病毒蛋白
[期刊] 华北农学报
[作者]
温立斌 何孔旺 杨汉春 王玉然
旨为预测类猪圆环病毒因子P1 VP2蛋白的B细胞表位。采用生物信息软件和互联网服务器,预测VP2的二级结构,分析VP2表面特性(亲水性、可塑性、可及性和抗原性),综合预测VP2的B细胞抗原表位。结果表明,P1VP2蛋白肽链的6-18和80-92区段为预测的B细胞表位优势区。多参数方案综合预测P1 VP2蛋白的B细胞抗原表位,为进一步鉴定表位及设计疫苗奠定了基础。
[期刊] 华中师范大学学报(自然科学版)
[作者]
周小东 万莉 蔡国才 雷行华
使用生物信息学的方法,分析武汉地区不同基因型、亚型的丙肝病毒的包膜E1蛋白,预测其二级结构、核苷酸变异性、糖基化位点、亲水性、跨膜区、信号肽、蛋白修饰位点、B细胞抗原.结果显示各HCV的包膜E1蛋白二级结构差距不大;序列始末段有数个氨基酸残基的差距,序列上存在高变异位点,基因型2a的型内一致性最高;序列大量糖基化,有多个糖基化基化位点;序列分布着亲水性区域,基因型1b的分值很高;基因型1b、6a、3b、3a多数亚型有1个跨膜区,基因型2a多数亚型有两个跨膜区;基因型1b、6a、3b、3a无信号肽,基因型2a都有信号肽;蛋白序列上存在多个不同修饰位点和B细胞抗原,各基因型、亚型之间有明显差距,具有较大异质性.该研究为揭示病毒感染机制和研制地区性疫苗提供一定的科学依据.
关键词：
丙型肝炎 生物信息学 武汉 包膜蛋白E1
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郑宽瑜 董家红 苏晓霞 方琦 郑雪 张仲凯
番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒编码的非结构蛋白NSs,可能在病毒复制、转录、抑制RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法对21个Tospovirus病毒成员的NSs序列进行分析,为进一步研究NSs的功能提供参考信息。从GenBank数据库中下载NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩阵分析,发现一些Tospovirus病毒成员之间的NSs氨基酸序列相似性很低,最低仅为7.1%;用ClustalX2.1进行NSs的氨基酸多序列比对分析,发现Tospovirus病毒成员的NSs相对保守区主要位于NSs的C端的位置,高度保守的氨基酸位点共有9个;PROSITE对NSs进行...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙超 王力 齐仁立 姜东凤
【目的】克隆猪Musclin基因,分析和预测其编码蛋白的结构与功能。【方法】从猪肌肉组织中提取总RNA,RT-PCR扩增获得Musclin基因,对其进行克隆和测序,并根据生物信息学分析方法,利用Tmpred、SignalP3.0、TargetP 1.1等分析软件,对猪Musclin蛋白的跨膜结构、信号肽、细胞定位、结构特征等进行分析和预测。【结果】猪Musclin蛋白主要集中在分泌途径上,存在于细胞外,其核苷酸序列与家兔的具有较高的相似性,氨基酸序列32～45位和55～63位存在2个可能的强跨膜螺旋区,该蛋白的空间结构以α螺旋、β转角和无规则卷曲为主;其1～26位氨基酸序列是一段信号肽,在26...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
郑璐平 林辰 吴祖建 谢联辉
通过RT-PCR克隆获得水稻条纹病毒(RSV)编码的蛋白NS2和拟南芥柯浩体蛋白Atcoilin的cDNA,将两者分别与表达载体pEarley102(带青色荧光蛋白,CFP)和pEarley101(带黄色荧光蛋白,YFP)同源重组.将构建好的重组载体分别转化到农杆菌EHA105中,通过农杆菌接种法将两者共同注射到本氏烟叶片表皮细胞中进行表达.在共聚焦显微镜下观察,NS2-CFP与Atcoilin-YFP能重叠在一起,表明RSV NS2定位于柯浩体.
关键词：
水稻条纹病毒 NS2 柯浩体 细胞定位
[期刊] 西南农业学报
[作者]
汪伟 王小敏 何孔旺 温立斌 倪艳秀
通过ＰＣＶ２病毒感染３Ｄ４／２１猪肺泡巨噬细胞后炎症相关细胞因子ｍＲＮＡ转录水平变化，探讨ＰＣＶ２感染后可能的致病途径。通过ＰＣＶ２病毒体外接种３Ｄ４／２１细胞，感染不同时间后，收集样品，采用荧光定量ＰＣＲ方法检测细胞因子ＩＬ－１β、ＩＬ－８及ＩＬ－１８ｍＲＮＡ转录水平的变化。结果显示ＰＣＶ２对３Ｄ４／２１细胞的ＩＬ－１β、ＩＬ－８转录主要起抑制作用，对ＩＬ－８转录起促进作用。推测其在体内的综合效应导致感染早期机体抗病毒能力降低，引起机体免疫抑制，影响机体特异性免疫应答的正常运转，为ＰＣＶＤ的发病创造了条件。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张二芹 滕蔓 罗俊 王瑞宁 许倩茹 邓瑞广 张改平
利用生物信息学软件对Henan-09-03株乙型脑炎病毒(JEV)病毒E蛋白(囊膜蛋白)进行生物信息学分析、预测,为研究JEV的E蛋白基因工程疫苗提供依据。结果表明:E蛋白的分子质量为53 k Da,等电点是7.75,消光系数是66 515,不稳定系数为27.05,疏水平均值为-0.007,无信号肽,有2个跨膜区、27个蛋白修饰位点、5个二硫键、15个蛋白质结合位点,二级结构为α-β混合型、三级结构以同源四聚体形式存在。
关键词：
乙型脑炎病毒 E蛋白 生物信息学分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
张二芹 滕蔓 罗俊 王瑞宁 许倩茹 邓瑞广 张改平
利用生物信息学软件对Ｈｅｎａｎ－０９－０３株乙型脑炎病毒（ＪｅＶ）病毒ｅ蛋白（囊膜蛋白）进行生物信息学分析、预测，为研究ＪｅＶ的ｅ蛋白基因工程疫苗提供依据。结果表明：ｅ蛋白的分子质量为５３ ｋ Ｄａ，等电点是７．７５，消光系数是６６ ５１５，不稳定系数为２７．０５，疏水平均值为－０．００７，无信号肽，有２个跨膜区、２７个蛋白修饰位点、５个二硫键、１５个蛋白质结合位点，二级结构为α－β混合型、三级结构以同源四聚体形式存在。
关键词：
乙型脑炎病毒 E蛋白 生物信息学分析
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韩长志 王娟
为明确黄单胞菌Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓｃａｍｐｅｓｔｒｉｓｐｖ．ｒａｐｈａｎｉ７５６ｃ（Ｘｃｒ）中存在的Ⅵ型分泌蛋白（ｔｓｓ）数量及其所具有的信号肽、保守ｍｏｔｉｆ等信息以及该菌中ｔｓｓ与其他病菌中同源序列之间的遗传关系，利用关键词对Ｘｃｒ蛋白质数据库进行搜索，并对Ｘｃｒ中ｔｓｓ氨基酸序列开展信号肽、跨膜结构域以及保守基序（ｍｏｔｉｆ）的生物信息学分析，同时，对Ｘｃｒ中所含有的ｔｓｓ与其他病原菌中同源序列之间的遗传关系进行分析．明确Ｘｃｒ中存在３个ｔｓｓ，分别命名为ｔｓｓ ａ、ｔｓｓ Ｂ、ｔｓｓ ｃ，上述ｔｓｓ均含有高于５０％比例的ａ螺旋结构，均定位在细胞膜上以及具有３个保守ｍｏｔｉｆ，而就信号．．．
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