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[期刊] 华北农学报
[作者]
付言峰 赵为民 李辉 李碧侠 程金花 徐小波 任守文
为筛选猪总产仔数和产活仔数性状关键SNP分子标记或候选基因，采用Illumina porcine 50K芯片对同一猪场186头加系大白猪能繁母猪开展了全基因组SNP扫描，后又对扫描结果进行了质量控制、Beagle填充和SNP基因型分型，结合这些试验猪的表型性状测定和群体结构分析结果，进行全基因组关联分析(GWAS)。群体结构分析结果表明，试验所用的加系大白猪样本未出现群体分层现象；在18对(36条)常染色体上一共得到36 867个有效SNP标记，用于试验猪的GWAS分析。GWAS结果表明，这些加系大白猪所有胎次总产仔数共显著关联到2个SNP,分别为seq-rs323899658和seq-rs329781338,其中seq-rs329781338 SNP又注释到3个基因，分别为SSBP1、WEE2和KIAA1147。产活仔数共显著关联到7个SNP,分别为seq-rs81238474、seq-rs321377412、seq-rs340736313、seq-rs80782154、seq-rs81244816、seq-rs81467772和seq-rs329781338,这7个SNP中有5个SNP有基因注释，共注释到22个基因，分别为EphA1、TAS2R60、FAM131B、CLCN1、CASP2、TMEM139、TRBV21OR9-2、PRSS2、TRBV19、TRBV24-1、U6、SSBP1、WEE2、KIAA1147、NKX2-8、ALKBH3、HSD17B12、U6、HOMER2、WHAMM、FSD2和SCARNA15。候选基因GO功能和KEGG通路分析结果表明，这些基因GO功能中最显著的生物学过程为多生物过程的调控、分子功能为非跨膜/跨膜蛋白酪氨酸激酶活性，KEGG通路为错配修复。结合GWAS和基因功能注释结果，WEE2和EphA1基因可作为提高加系大白猪总产仔数和产活仔数的关键候选基因。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
张陈华 丁月云 王阳 殷宗俊
利用现代分子标记技术寻找影响猪产仔数的标记基因座,为应用标记辅助选择培育高繁殖率猪的品种或品系提供依据。本试验采用PCR-RFLP(AluⅠ限制性内切酶)分子标记技术,分析了55头圩猪母猪和63头定远猪母猪的PRLR基因exon 10多态性,并采用最小二乘法分析了PRLR基因多态性对产仔数影响的遗传效应。经检测,圩猪和定远猪exon 10上均存在丰富的多态性。圩猪和定远猪AA、AB和BB型频率分别为0.490 9、0.436 40、.072 7和0.507 9、0.396 80、.095 2;等位基因A的基因频率分别为0.709 1和0.706 3,A为优势基因。被测猪群的基因频率和基因型频率...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
马喜山 王爱国 刘桂芬 傅金恋
【目的】研究猪HB-EGF基因的多态性及其与产仔数的关系,寻找与猪产仔数相关的分子遗传标记,以加快猪育种进程。【方法】利用PCR-SSCP技术研究HB-EGF基因外显子多态性,利用最小二乘均数法对其与产仔数的关系进行分析,同时对两个多态位点的方差组分进行了分析。【结果】在两对引物(E5和E7)中各检测到一个多态位点,均出现3种基因型(AA、BB、AB)。E5位点:对于大白猪,在3～8胎中,BB型个体的TNB和NBA均显著高于AA型个体(P<0.05),在所有胎次中,BB型个体的TNB显著高于AA型个体(P<0.05),NBA极显著高于AA型个体(P<0.01),TNB和NBA的遗传主要受基因加...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
黄贺 狄生伟 田亚光 王希彪 李和平 张贵学
【目的】研究民猪促乳素受体基因PRLR的多态性与母猪产仔数的相关性。【方法】采用PCR-SSCP技术检测民猪PRLR基因多态性,最小二乘法分析其多态性对母猪产仔数影响的遗传效应。【结果】PRLR基因在民猪中存在多态性,B等位基因为优势等位基因;在PRLR-1座位,对于初产母猪,BB基因型母猪的TNB和NBA比AA基因型母猪分别多0.93头和0.78头(P<0.05);对于经产母猪,BB基因型母猪的TNB和NBA比AA基因型母猪分别多0.62头和0.74头(P0.05)。在民猪群中这两个座...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
付言峰 傅金銮 王爱国
利用本课题组已报道的猪繁殖性状候选基因的8个SSCP-SNPs标记,对995头长白猪和大白猪群体的遗传多样性进行分析,统计了各群体内SNP的多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(E)和遗传杂合度(h)。通过比较各SNP位点基因型关联的总产仔数(TNB)和产活仔数(NBA),找到了各猪群中的优势和劣势基因型。结果表明:8个SNP位点在2个猪群中的多态信息含量有3个为中度多态,5个为高度多态。IL-8基因C424G位点的AA基因型为2个猪群的最优势基因型,VEGF基因C1489T位点的AB型和IL-8基因Intron1 977A位点的AB型分别为长白猪和大白猪的最劣势基因型,3个多态位点的基因型...
关键词：
猪 产仔数 遗传多样性 多态性
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李平华 李杰 杨竹青 张志燕 杨斌 陈从英
【目的】分离影响母猪初情期的主效基因或分子标记。【方法】以白色杜洛克×二花脸资源群体F2代母猪为研究材料,利用Illumina猪60K SNP芯片分别对F0和F1及316头有初情期表型记录的F2代母猪进行基因型判定,通过单标记全基因组关联分析(GWAS)和连锁-连锁不平衡(LDLA)分析检测与母猪初情期显著关联的SNP位点或单倍型。采用标准关联分析、标记辅助关联分析和F值下降检验分析lin-28同源B基因(LIN28B)和跨膜蛋白38B基因(TMEM38B)3个SNP位点与母猪初情期的关联性。【结果】①与母猪初情期关联性最强的SNP为ASGA0032316,位于7号染色体(SSC7)33.07...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
徐盼 张震 章峰 杨斌 段艳宇
【目的】整合数字基因表达谱与全基因组关联分析鉴定白色杜洛克×二花脸Ｆ＿２资源群体的血液性状候选基因。【方法】白色杜洛克×二花脸Ｆ＿２资源群体在（２４０±３）ｄ屠宰，收集血液于抗凝管中进行血常规检测。利用ＩｌｌｕｍＩｎａ ６０Ｋ ＳｎＰ芯片对１ ０２０头Ｆ＿２资源群体进行基因分型。剔除基因型检出率５％的个体。检出率＜９５％、次等位基因频率＜５％、哈代－温伯格检验（ＨＷＥ）Ｐ
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘茁 彭莎莎 陈建芝 周亚林 李成刚 王丹
对水稻多样性群体(RDP–I)中的216份种质接种白叶枯生理小种P2并进行抗性鉴定，发现温带粳稻亚群平均抗性水平最高，其平均病斑长度最短；奥斯稻亚群平均抗性水平最低，平均病斑长度最长。通过全基因组关联作图鉴定了分布在水稻第1、2、4、6、7、8、9、10、11、12号染色体上的59个QTL，这些位点包含5个已知的抗白叶枯病基因。从较高阈值SNP位点以及附近2Mb区段进行候选基因的预测，筛选出40个抗白叶枯病相关基因，并最终鉴定出16个抗性较好的水稻种质资源。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
刘茁 彭莎莎 陈建芝 周亚林 李成刚 王丹
对水稻多样性群体(RDP–I)中的216份种质接种白叶枯生理小种P2并进行抗性鉴定，发现温带粳稻亚群平均抗性水平最高，其平均病斑长度最短；奥斯稻亚群平均抗性水平最低，平均病斑长度最长。通过全基因组关联作图鉴定了分布在水稻第1、2、4、6、7、8、9、10、11、12号染色体上的59个QTL，这些位点包含5个已知的抗白叶枯病基因。从较高阈值SNP位点以及附近2Mb区段进行候选基因的预测，筛选出40个抗白叶枯病相关基因，并最终鉴定出16个抗性较好的水稻种质资源。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
周李生 杨杰 刘先先 张志燕 杨斌 麻骏武
【目的】利用全基因组关联分析(GWAS)方法搜寻与苏太猪肉质性状相关的候选基因及分子标记。【方法】屠宰测定了150头苏太猪的背最长肌和半膜肌72 h pH值(包括72 h pH、45 min至72 h pH下降值)及72 h肉色性状(包括红度a,黄度b,亮度L和主观评分)。利用Illumina猪60 K SNP芯片,对这些个体进行基因型判定,用PLINK v1.07对获得的基因型数据进行质量控制,剔除检出率
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
代力强 吴律 董青松 闫鸽 曲静 王丕武
【目的】筛选与玉米粒长紧密关联的SNP标记和候选基因，为分子标记辅助选择籽粒较长的玉米材料及克隆相关的功能基因奠定基础。【方法】以80个核心玉米自交系作为关联群体，在2014年和2015年分别将其种植在吉林省长春市和梅河口市，收获后考种。同时采用Illumina Hiseq PE150高通量测序仪对关联群体进行全基因组重测序，将获得的高质量SNP标记用于后续玉米粒长的全基因组关联分析。【结果】不同玉米自交系的籽粒长度遗传变异较大，广义遗传力为83.67%，说明该性状主要受到遗传因素的控制。经过全基因组关联
[期刊] 中国农业科学
[作者]
沈曼曼 曲亮 窦套存 马猛 郭军 卢建 胡玉萍 李永峰 王克华
【目的】利用全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)技术解析产蛋后期母鸡脾脏重的分子机制和遗传特征,为改善产蛋后期母鸡的健康状况提供理论依据。【方法】利用东乡绿壳蛋鸡和白来航蛋鸡构建资源群体,以72周龄F2代501只母鸡脾脏重为研究材料。首先利用高密度600 K基因芯片对试验群体基因组进行SNPs检测。其次利用APT软件进行质控、BEAGLE软件进行基因型填充、PLINK软件进行主成分分析,GEMMA软件进行全基因组关联分析,最终获得脾脏重的显著和潜在显著关
关键词：
鸡 脾脏 全基因组关联分析 资源群体
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
崔爱君 徐永江 王滨 姜燕 柳学周
利用2b-RAD技术对119尾黄条(鱼师） (Seriola lalandi)个体进行测序，共获得黄条(鱼师）SNP分子标记26665个，对黄条(鱼师）个体的体质量和全长这2个重要生长性状进行全基因组关联分析，筛选与体质量和全长性状相关的SNP位点和候选基因。结果显示，黄条(鱼师）体质量性状中共筛选到17个体质量显著关联的SNP位点，找到17个可能的候选基因，全长性状共筛选到12个潜在显著关联位点，找到12个可能的候选基因。利用KEGG数据库对可能的候选基因进行Pathway分析，得知候选基因主要参与了细胞或组织生长发育相关的代谢通路调控过程，可能是影响黄条(鱼师）生长性状密切相关的重要候选SNP位点和功能基因，结果可为今后黄条(鱼师）种质资源可持续利用和育种提供遗传信息资料积累。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王继英 王海霞 迟瑞宾 郭建凤 武英
全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)是近几年发展起来的一种复杂性状研究的新方法。在过去几年中,国内外不少研究者对畜禽的重要经济性状、遗传缺陷性疾病、复杂疾病的抗性、品种的某些特征等性状开展了GWAS。这些研究不仅大大丰富了畜禽标记辅助选择中可利用的分子标记,而且为这些性状分子机理的探索研究提供了重要线索。本文对国内外畜禽GWAS中所用的群体、主要分析方法和研究结果进行综述,并对GWAS的研究应用做一展望,以期为进一步利用GWAS进行畜禽各种性状遗传基础的研究提供参考。
[期刊] 华中农业大学学报(自然科学版)
[作者]
房婉萍 雷小刚 杨彬 王亚 马媛春
全基因组关联分析（genome-wide association analysis,GWAS）是以高通量测序技术为基础，结合生物信息学和统计学方法，在全基因组水平上鉴定调控复杂性状的基因变异，是研究复杂农艺性状和遗传变异最有力和最有效的研究方法，其核心是研究遗传变异和目标性状之间的关联。GWAS研究检测到的关联位点一般很少，而且关联的位点仅能解释很少一部分性状变异。本文介绍了影响GWAS的主要因素，总结了GWAS在茶叶饮料消费、茶树重要农艺性状、茶叶品质和茶树群体结构研究中取得的一系列进展，提出了茶树GWAS研究中遇到的问题和未来的发展方向。
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