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[期刊] 西南农业学报  [作者] 任春光  苏文文  饶念贤  龙云川  王加国  李苇洁  
【目的】探究猕猴桃苗不同生长时期根际土壤细菌群落组成及土壤养分间的相互关系。【方法】采用Illumina-MiSeq高通量测序研究猕猴桃苗不同生长阶段(生长前期、速生期、生长后期)的根际微生物群落结构组成及其多样性。运用CANOCO和R语言软件对土壤细菌群落与土壤环境因子间关系进行RDA和相关性热图分析。【结果】随着猕猴桃苗不断生长,土壤pH值、速效N、速效P均出现先升高后降低趋势,速效K则随着猕猴桃苗生长逐渐降低;高通量测序共得到25822个细菌OTUs,分属于28门53纲172科226属,其中变形菌门(Proteobacteria,35.84%)、酸杆菌门(Acidobacteria,17.69 %)、放线菌门(Actinobacteria,12.6 %)是猕猴桃苗不同生长时期土壤的优势菌门;土壤细菌群落多样性指数和丰富度指数在猕猴桃生长初期与速生期和生长后期有显著差异;不同生长时期相对丰富度大于1 %的菌门中,Cyanobacteria随着猕猴桃苗不断生长而逐渐减少,Actinobacteria、Latescibacteria、Acidobacteria的相对含量先升高后降低。【结论】猕猴桃苗根际土壤细菌群落组成和根际土壤养分发生变化受猕猴桃苗不同生长时期的影响,土壤根际主要养分和pH值是影响土壤根际细菌群落结构比例变化的重要因子。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 王灿  苏甜  张新梅  李子薇  许俊强  王绍祥  张应华  
【目的】为明确不同辣椒品种(系)苗期根际细菌群落结构的差异性,探讨地方品种辣椒和人工选育辣椒根际细菌群落特性,挖掘可能对地方品种定殖起关键作用的细菌群类。【方法】以云南文山地区地方辣椒品种(WG1、9F33)和人工选育品系(Y19278、Y19292)为研究对象,运用16S rDNA分析不同品种(系)对其根际细菌群落结构的影响。【结果】4个辣椒品种(系)根际细菌的Ace指数在370.82~376.48,Chao1指数在371.23~380.32,均显著(P<0.05)高于种植前土壤的309.24和308.24。种植前土壤的Shannon指数是6.7315,显著(P<0.05)高于其他品种(系)辣椒,尤其在运输与代谢方面。【结论】种植不同品种(系)辣椒均显著提高土壤细菌群落多样性和丰富度。地方品种辣椒(WG1、9F33)和人工选育品系辣椒(Y19278、Y19292)根际细菌群落结构存在显著差异,其之间出现显著丰度差异的根际细菌类型。此外相较于人工选育品系,地方品种WG1对根际细菌群落生命活动具有较高的诱导和促进作用,表现在运输与代谢相关的基因功能中。这对于下一步开发针对地方品种辣椒专用生物菌肥、土壤改良剂和生物药具有指导意义。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 米银法  马锋旺  马小卫  
【目的】研究低氧胁迫下,猕猴桃苗期体内活性氧代谢及抗性与抗氧化系统间的内在联系。【方法】用水培通氮气低氧胁迫法,研究低氧胁迫对‘秦美’猕猴桃(抗低氧型)和‘红阳’猕猴桃(低氧敏感型)两种抗性不同的猕猴桃实生苗抗氧化系统的影响。【结果】随胁迫时间的延长,两种猕猴桃叶、根内超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)和过氧化氢酶(CAT)活性增强,超氧阴离子自由基()、过氧化氢(H2O2)、丙二醛(MDA)含量增加;质膜透性(RPMP)增大,耐低氧的‘秦美’猕猴桃活性氧增加速度明显低于‘红阳’猕猴桃,抗氧化酶活性增加幅度明显高于‘红阳’猕猴桃;相同胁迫下,同种猕猴桃叶和根内抗氧化酶活性最大值出现...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 林标声  宋昭昭  张丽丽  范锦琳  林占熺  
以巨菌草不同生长时期的根、茎、叶为研究对象,采用Illumina Miseq高通量测序技术分析其内生细菌的组成.结果表明:巨菌草不同生长时期根、茎、叶内生细菌组成的多样性及丰度均有较大的差异.从门到属的水平看,巨菌草内生菌群组成均为拔节期较高,在同一生长时期为根>茎>叶;蓝藻菌门(Cyanobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)为主要菌群门类,罗尔斯顿菌属(Ralstonia)和乳球菌属(Lactococcus)为核心属.Heatmap聚类和主成分分析表明,根部、叶部来源的细菌菌群组成较为接近,茎部来源的菌群与根部、叶部有交叉.典范对应分析表明,各来源样本菌群的组成主要受温度的影响,其次为湿度和p H.
[期刊] 中国农业科学  [作者] 于天一   杨吉顺   吴正锋   张智猛   沈浦   郑永美   李尚霞   吴菊香   孙棋棋   吴月  
【目的】表征不同类型地膜对花生根际细菌群落和花生生长及产量的影响,探讨根际细菌群落与花生生长和产量间的相互关系,为进一步提高花生产量提供理论依据。【方法】设置4个处理并进行9年定位试验,包括露天对照处理(LU)、黑膜处理(HEI)、降解膜处理(JI)和普通膜处理(PU)。以2022年开花期和成熟期花生根际土壤为研究对象,借助Illumina MiSeq PE300测序平台,以16S rRNA基因为靶标,研究不同类型地膜对根际细菌群落结构和功能、花生生长和产量的影响。【结果】与对照相比,黑膜、降解膜和普通膜处理中花生产量分别提高-0.45%—2.34%、2.44%—14.36%和6.14%—24.69%。在开花期和成熟期,黑膜处理共改变了6种纲和属水平的根际细菌群落相对丰度,但相关性分析结果表明这些细菌群落与花生生长和产量无关;降解膜处理共改变了6种纲和属水平的根际细菌群落相对丰度,其中1纲(Blastocatellia)细菌群落与花生产量呈正相关;普通膜处理共改变了12种纲和属水平根际细菌群落的相对丰度,其中1纲(Acidobacteriae)和1属(Ellin6067)细菌群落与花生主茎高和侧枝数相关,1纲(Clostridia)和2属(Pseudomonas、Ellin6067)细菌群落与花生产量相关。根际细菌群落的功能预测结果显示,黑膜处理在开花期和成熟期降低了与氮代谢相关的氮呼吸和硝酸盐呼吸功能;降解膜处理在开花期降低了硝酸盐还原、氮呼吸和硝酸盐呼吸功能,在成熟期对氮代谢功能无显著影响;普通膜处理在开花期降低了需氧氨氧化和硝酸盐呼吸功能,在成熟期提高了这两种氮代谢功能。【结论】黑膜对花生产量和根际细菌群落影响不显著;降解膜具备改善成熟期根际细菌群落结构和增产的能力,但增产效果不稳定;普通膜的增产和改善根际细菌群落结构和功能的效果优于降解膜。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 宋宇  杨清海  曲贵伟  
【目的】探讨河蟹对水稻不同生育期根际土壤的细菌群落结构的影响。【方法】设置生物有机肥田和河蟹生物有机肥复合种养稻田的水稻大田实验,利用高通量测序技术分别对分蘖期、拔节期、抽穗期和成熟期的稻田土壤进行16S rRNA基因分析,并解析土壤理化因子对细菌群落结构的影响。【结果】河蟹引入生物有机肥田后,水稻的不同生育期根际土壤的pH和速效磷含量均提高,同时促进了分蘖期、拔节期和成熟期的Shannon指数及拔节期和抽穗期Ace和Chao指数的提升。两种稻田的优势菌门相近,均为放线菌门(Actinobacteriota)、绿弯菌门(Chloroflexi)、变形菌门(Proteobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteriota)。但生物有机田相对丰度最大的菌门是放线菌门,而河蟹田的则为绿弯菌门(Chloroflexi)。PCoA分析显示河蟹有机稻田各时期的群落结构与同时期的有机田群落结构差异显著。2种稻田不同生育期根际土壤细菌群落与土壤理化因子RDA分析显示放线菌门首要影响因子是全氮,绿弯菌门首要控制因子则是速效磷。【结论】河蟹引入生物有机肥稻田后土壤细菌的群落结构会随着生育期发生一定变化,而这种变化和土壤理化因子密切相关。
[期刊] 世界农业  [作者] 吴延军  
新西兰是世界猕猴桃第三大生产国,第一大出口国,然而2010年11月起新西兰发生的细菌性溃疡病(Pseudomonas syringae pv.actinidiae)正在对新西兰猕猴桃产业带来严重威胁。本文介绍新西兰溃疡病的发生现状,其中包括:溃疡病对新西兰猕猴桃的危害、病菌发生的症状及特点和新西兰对溃疡病的应对措施,分析并提出了新西兰溃疡病影响较大的可能原因。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 吴微微   韩雪   王继朋   孙年喜   李勇  
【目的】分析枳壳不同生育期根际土壤细菌群落组成及其与土壤环境因子的关系,揭示影响土壤细菌群落结构的关键环境因子,为枳壳合理的栽培管理和土壤培育提供科学指导。【方法】分别在枳壳花期、坐果期、采收期和越冬期采集根际土壤,采用高通量测序技术测定和分析细菌的群落组成及多样性变化特征。同时,采用化学分析方法对土壤理化性质和酶活性进行测定,并运用R语言软件对细菌群落和土壤环境因子进行RDA和相关性热图分析。【结果】枳壳采收期根际土壤pH值显著高于其他生育期(P<0.05,下同);土壤全氮、有效钾含量和过氧化氢酶活性均表现为坐果期显著高于花期和采收期;高通量测序共得到29 240个细菌OTUs,分属于24门、72纲、158目、253科、409属;土壤细菌群落丰富度在枳壳生育期中呈先升后降的变化趋势,在坐果期最高;在门水平上,变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteria)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)为优势菌门,占总丰度的82.53%~88.49%;在属水平上,鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、RB41、MND1、硝化螺菌属(Nitrospira)、Subgroup_10、Haliangium、Bryobacter和Dongia属为优势菌属,占总丰度的13.16%~19.49%;其中Dongia属菌群在坐果期明显增加,而Subgroup_10属菌群在越冬期显著增加。相关性分析表明,Haliangium属、Bryobacter属和溶杆菌属(Lysobacter)的丰度与土壤pH、有机质含量和脲酶活性呈显著正相关;而Subgroup_10属丰度与土壤有效氮含量呈显著负相关。【结论】枳壳根际土壤理化性质、酶活性及根际细菌群落组成均随生育期变化而发生波动,土壤pH和有效氮含量是影响土壤根际细菌群落结构变化的重要环境因子。
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 李黎  钟彩虹  李大卫  张胜菊  黄宏文  
猕猴桃细菌性溃疡病是一种严重威胁猕猴桃生产的毁灭性病害。近年来,该病在新西兰和意大利等猕猴桃出口大国爆发,并有世界范围内进一步扩散之势,给猕猴桃产业的发展造成了严重威胁。笔者基于国内外最新的研究报道,对猕猴桃细菌性溃疡病的发病症状、病原鉴定、快速检测方法、致病力差异、病原菌侵染机理、病害发生流行规律及防治技术等方面进行了综述,并探讨了该病害未来的研究方向与防治策略。
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 王月  董俊  吴群  汤小美  刘普  
分离猕猴桃溃疡病菌中的质粒,从质粒角度探索细菌的致病机制,分析其编码的主要基因、毒力因子。用试剂盒提取分离自安徽省岳西县猕猴桃溃疡病菌株JF8的质粒,对质粒DNA进行高通量测序及生物信息学分析。质粒基因组拼接显示菌株JF8质粒全长65 149bp,GC含量56.29%,包含45个假定蛋白(hypothetical protein)和38个有预测功能的蛋白。生物信息学分析发现,质粒携带多达8个直接参与基因重组和转移的转运蛋白(mobile element protein),5个基因直接参与细菌Ⅳ型分泌系统、1个基因参与细菌Ⅲ型分泌系统。基因ParA编码的蛋白是一个ATP酶,对质粒的分配以及维持质粒稳定具有重要作用,编码转录激活蛋白的基因LuxR与细菌的群体感应机制相关,影响毒力因子的表达和分泌,基因UmuC是细菌中SOS应答系统的组分之一,控制细胞中聚合酶Ⅴ的量。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 王灿   赵文麟   张新梅   许彬   罗文   解志强   张应华   许俊强  
【目的】为了解根际细菌群落结构和功能对黄瓜幼苗干旱胁迫的响应。【方法】采用盆栽控水法设置干旱处理D和正常处理N,利用Illumina NovaSeq测序技术测定黄瓜幼苗根际细菌群落结构和多样性。【结果】处理N的叶绿素和可溶性糖含量分别是2.440 mg/g和10.380 mg/g,显著高于处理D的1.547 mg/g和8.356 mg/g;脯氨酸和丙二醛含量为处理D(51.807 μg/g和54.848 nmol/g)显著高于处理N(32.628 μg/g和29.005 nmol/g);处理N的根系活力为32.670 μg/(g·h),显著高于处理D的20.714 μg/(g·h);处理N的SOD含量为324.826 U/g,显著低于处理D的578.363 U/g;黄瓜幼苗根际细菌群落中,门分类水平下丰度前5位的是变形菌门(Proteobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadota)、拟杆菌门(Bacteroidota)、酸杆菌门(Acidobacteria)及放线菌门(Actinobacteriota);α多样性指数(chao1、shannon、simpson)中各处理间无显著差异,但PCoA分析显示两处理间细菌群落结构差异显著;处理N与处理D相比,芽单胞菌显著升高,而拟杆菌和厚壁菌则显著下降;LEfSe结果显示处理D显富集以拟杆菌门和厚壁菌门为主的Muribaculaceae、梭菌纲(Clostridia)、芽孢杆菌纲(Bacilli)等有益细菌;根际细菌群落功能分析发现,处理D显著增加RNA加工和修饰、染色质结构和动力学、转录、氨基酸运输和代谢、碳水化合物的运输和代谢等相关功能的丰度,并上调与硫胺素等次级代谢物相关的合成途径及以糖类、氨基酸为主的降解代谢途径。【结论】干旱胁迫对黄瓜幼苗根际细菌群落结构有显著影响,促进根际土壤中以拟杆菌和厚壁菌为主的有益微生物显著富集,并对其细菌群落生命活动产生诱导和促进作用,使与硫胺素等次级代谢物相关的合成途径和以糖类、氨基酸为主的降解代谢途径丰度显著上调。期望为挖掘在干旱胁迫下对黄瓜秧苗生长可能有正向作用的土壤有益菌互作机制研究提供新思路。
[期刊] 林业科学  [作者] 王茹  罗莎莎  王如月  杨梦思  孙雅丽  虎海防  张萍  
【目的】探索不同生长时期核桃叶片中挥发性有机物特征,明确核桃叶片的挥发性成分;比较不同时期核桃叶片中挥发性成分差异,构建不同生长时期核桃叶片的挥发性有机物气味指纹图谱,为开展核桃种质资源叶片利用提供参考依据。【方法】采用气相色谱-离子迁移谱法(GC-IMS)对4个不同生长时期(5、6、7和8月)8个核桃品种叶片的挥发性物质成分进行检测;利用GC-IMS二维谱图、指纹图谱结合主成分分析(PCA)比较不同生长时期核桃叶片的挥发性成分差异。【结果】GC-IMS对4个生长时期8个核桃品种叶片共检测出102种挥发性成分,包括萜烯类12种、酯类30种、醛类24种、醇类19种、酮类9种、其他类8种,其中32种挥发性物质是4个生长时期核桃叶片共同检测到的组分,包括芳香醇、壬醛、桉叶油醇、桉叶油醇二聚体、正己酸乙酯、正己酸乙酯二聚体、乙酸戊酯、正乙醇、2-已烯醛、正己醛、庚醛、异丁酸乙酯、丙酸乙酯、2-甲基丁醛、异戊醛、乙酸乙酯、乙醇、异戊酸乙酯、3-甲基-1-戊醇、1-戊醇、丁酸己酯、丁酸丙酯。核桃叶片生长程度对其挥发性组分影响很大,‘温185’、‘新新2’、‘纸皮’、‘美国红核桃’、和‘紫金’核桃的挥发性物质总含量5—8月呈先增长后下降的趋势,6月挥发物质含量达到最高;‘山核桃’、‘美国东部黑核桃’和‘小果黑核桃’的挥发性物质总含量5—7月呈上升趋势,7—8月呈下降趋势,7月挥发性物质含量达到最高。不同生长时期核桃叶片挥发性物质种类和含量变化明显,部分挥发性物质随核桃叶片生长逐步减少。【结论】不同生长时期核桃叶片挥发性成分在物质种类上差异较小,但相对含量存在较大差异,其中萜烯类和酯类物质随核桃叶片生长发育先增加后减少,醇类物质随生长时期变化先降低后升高。
[期刊] 华中农业大学学报  [作者] 田龙  
以猕猴桃果实为原料提取并分离纯化,得到碱溶性多糖组分,通过采用正交试验得到提取碱溶性多糖的最佳方案。该多糖经层析方法和Smith降解等反应,证实其为单一组分。该组分多糖由葡萄糖为单一糖基组成,并证实该多糖具有β(1→3)及β(l→6)连接的糖苷键。
[期刊] 华北农学报  [作者] 戴良香  丁红  史晓龙  徐扬  张冠初  秦斐斐  张智猛  
为明确不同生育时期花生根际土壤微生物群落结构变化对盐胁迫的响应,以花育25为试验材料,采用盆栽试验设置3个盐胁迫梯度处理,研究盐胁迫对花生产量的影响,通过高通量测序技术分析盐胁迫下花生开花期和收获期根际土壤微生物群落结构变化。结果表明:在不同盐胁迫处理下花生根际微生物组成基本相似,但其多样性和丰富度在开花期和收获期有明显差异。高盐胁迫下开花下针期根际细菌群落多样性和丰富度较高,而收获期土壤根际微生物种类丰富度和多样性均降低;不同胁迫处理花生根际土壤的优势菌门均为变形菌门、放线菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、疣微菌门、拟杆菌门和Patescibacteria。盐胁迫明显提高了蓝细菌门及γ-变形菌纲、疣微菌纲、拟杆菌纲的相对丰度,尤以开花下针期明显;样本层级聚类结果显示,花生根际微生物菌群多样性差异受花生生长发育阶段和盐胁迫强度影响较大,盐胁迫处理下同一生育时期样本各聚为一类;KEGG代谢功能基因分析表明,所有处理菌群涉及碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢、辅助因子和维生素的代谢等功能基因丰度富集,而涉及信号转导、脂质代谢、复制和修复、异种生物的生物降解和代谢、其他氨基酸的代谢、折叠分类和降解等功能的丰度较低。盐胁迫处理使涉及物质和能量代谢、膜运输、翻译复制和修复以及信号转导等优势细菌功能基因丰度增加,花生百果质量和百仁质量降低,从而降低花生产量。因此,盐胁迫对花生根际细菌群落结构的变化和花生产量影响较大,通过改良土壤微生物环境来提高花生盐胁迫耐受性,为盐碱地区发展花生生产提供理论依据。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 索朗桑姆  何萍  简阅  刘盼盼  徐雨婷  陈诚欣  禄亚洲  兰小中  张二豪  
【目的】探究甘青青兰不同组织和根际土壤细菌群落结构组成及多样性。【方法】采用高通量测序技术对甘青青兰根、茎、叶和根际土壤细菌16S rRNA基因V5~V7区进行测序,并对甘青青兰不同组织和根际土壤细菌群落结构组成及多样性进行生物信息学分析。【结果】在甘青青兰不同组织和根际土壤中共获得2351个OTUs,归属29门、76纲、191目、319科和570属,且茎部(DtS)中内生细菌多样性指数最高,根部(DtR)中最低;青青兰不同组织和根际土壤中的优势菌门均是放线菌门和变形菌门;DtL和DtS中的优势细菌属均为芽孢杆菌和土壤红杆菌属,土壤红杆菌属和游动放线菌是DtR中的优势菌属,DtRS中的优势菌属为土壤红杆菌属和Gaiella属;从整体结果来看,茎部(DtS)和叶部(DtL)内生细菌群落结构组成相似,而根部(DtR)和根际土壤(DtRS)中细菌群落结构组成相似。PICRUSt功能预测结果表明,甘青青兰不同组织和根际土壤细菌中富含与黄酮类、黄酮苷类和萜类等物质合成相关的功能基因。【结论】甘青青兰不同组织和根际土壤细菌具有丰富的群落和功能多样性,且部分优势细菌属具有潜在功能价值,为开发利用甘青青兰中有益微生物资源提供了理论参考。
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