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[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
乔军 夏咸柱 胡桂学 谢之景 闫芳 杨松涛 黄耕
根据GenBank中报道的CCVInsavc 1株核蛋白基因(M)序列,用特异性引物对分离的CCVV1野毒株进行了RT PCR扩增,将扩增得到的PCR片段纯化后与pGEM T连接得到重组质粒pTM,并进行了核苷酸序列测定。结果表明,该基因全长为789bp,编码263个氨基酸,其中前17个氨基酸为信号肽。与CCV标准毒株Insavc 1M基因相比,两者核苷酸的同源性为92.1%;推导的氨基酸序列同源性为90.9%,差异主要发生在该蛋白的N端前1/3区域内。在推导的M蛋白氨基酸序列中,发现了3个明显的疏水区,提示该蛋白可能是一个反复跨膜的蛋白;在N端15～17,38～40,234～236位氨基酸...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
黄伟坚 姜焱 陈德胜 芦银华 张雪莲 陈溥言
应用PCR方法从PRVSH (上海株 )病毒培养物扩增了gG基因 ,克隆入 pcDNA3质粒 ,并进行了序列测定。结果表明 ,扩增的 gG基因片段长 1719bp ,包含一个 14 91bp的开放阅读框 (ORF) ,在起始密码子上游有TATAAAA盒 ,在终止密码子下游有AATAAA的 poly (A)尾 ,编码由 4 96个氨基酸组成的蛋白质。与Rice株相应的gG片段相比 ,核苷酸序列同源性达 97 1%。但推导的氨基酸序列同源性仅有 87 6 % ,主要是在编码区内插入和缺失核苷酸 ,出现了突变和移码 ,导致氨基酸序列同源性降低。gG具有膜蛋白的结构特点。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张冬峰 郑亚东 骆学农 王晓霞 陈轶霞 李辉 侯俊玲 景志忠 才学鹏
从甘肃景泰县疑似患羊痘的绵羊皮肤组织中提取基因组DNA,PCR扩增膜蛋白ORF23基因.序列分析表明,该基因由1113个核苷酸组成,编码370个氨基酸,A+T含量占69.90%,G+C含量仅占30.10%.绵羊痘病毒甘肃株ORF23基因与A株、NISKHI株之间的核苷酸同源性分别为99.6%和99.5%,氨基酸同源性分别为98.7%和98.4%;与皮肤疙瘩病病毒NW-LW株和山羊痘病毒Pellor株之间的核苷酸同源性均为98.2%.结构预测显示,ORF23膜蛋白为非分泌蛋白,具有一个O连结糖基化位点.可见,ORF23膜蛋白在不同的绵羊痘病毒流行株之间非常保守,具有潜在的疫苗和诊断研究价值.
关键词：
绵羊痘病毒 ORF23 膜蛋白
[期刊] 华北农学报
[作者]
吕春伟 朱峰伟 杨丽金 朱新产
对鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因进行克隆、测序、比对及蛋白质结构和功能等生物信息学分析,探究了非结构蛋白1的基因分子特征和理化特性及病理学相关致病机理。通过PCR、质粒克隆及核苷酸序列测定方法获得病毒YZ株非结构蛋白1基因序列,采用DNAsis、Mega 5.10、Blast等多种生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列和系统进化分析。结果显示,鹅细小病毒YZ株非结构蛋白1的基因全长1 881个核苷酸,编码627个氨基酸。与GPV-GB标准株、MDPV、ChPV、AAV的NS1基因序列存在很高的同源相似性,与MDPV的亲缘关系最近,提示番鸭和鹅细小病毒来自共同的祖先,其宿主的不同而演化为不同的...
[期刊] 水产学报
[作者]
陈秀荔 赵永贞 彭敏 杨春玲 蒋伟明 李咏梅 曾地刚 马宁 黎铭 陈晓汉 吴铁军
为研究凡纳滨对虾围食膜蛋白在IHHNV感染虾体过程中的作用,实验采用SMART技术构建了凡纳滨对虾肠道组织的全长cDNA文库,电子拼接获得了对虾围食膜蛋白基因全长cDNA序列,并进行了功能分析。全长cDNA文库的库容达1.05×106pfu/mL,重组率为95%。随机挑选1 600个克隆进行测序,去除载体后得到插入长度≥450 bp的有效序列1 531条,根据同源片段长度不小于100 bp,90%同源性的原则对这些序列归并unigene,得到unigene 399条。从所测克隆中得到一个围食膜蛋白基因,其cDNA序列长度为1 002 bp,编码由303个氨基酸组成的蛋白,基因序列比对发现该序列...
[期刊] 水产学报
[作者]
黄晓 叶巧真 何建国 谢俊峰 王顺强
根据已发表的外膜蛋白基因ompII的核苷酸序列设计引物 ,从分离自患红底板病的中华鳖的嗜水气单胞菌中扩增得到了ompTS基因。对ompTS基因进行序列分析 ,发现其与ompII基因的核苷酸序列有 83.5 %的同源性。ompTS基因最长的开放阅读框 (ORF)为 10 6 8nt,编码由 35 5个氨基酸组成 ,分子量为 38.9kDa的蛋白质OmpTS ,其氨基酸序列的前 2 0个氨基酸残基可能组成信号肽。由ompTS基因推导的编码氨基酸序列与其它细菌外膜蛋白的氨基酸序列的比较结果 ,进一步证实细菌外膜蛋白氨基酸序列的N端存在高度保守区。根据序列分析结果推测 ,ompTS基因很可能是一个新的...
关键词：
嗜水气单胞菌 外膜蛋白 ompTS基因
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈红梅 傅光华 程龙飞 施少华 彭春香 黄瑜
运用PCR技术从表现产蛋异常的种番鸭分离鉴定的减蛋综合征病毒(EDSV)E05株中分段扩增六邻体蛋白基因,分别与克隆载体pMD18-T连接后,转化感受态细胞,对经PCR鉴定和酶切鉴定均为阳性的克隆进行测序.结果表明,E05株六邻体蛋白基因长度为2733 bp,共编码910个氨基酸.序列分析表明,该株病毒与鸡源EDSV 127株和鹌鹑源EDSV QU株六邻体蛋白基因的核苷酸同源性分别为99.6%和96.0%,氨基酸同源性分别为99.9%和99.3%.
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张春杰 吴志明 李银聚 程相朝 吴庭才
根据减蛋综合征病毒PV 蛋白基因序列设计了1对特异性引物,应用降落PCR法对PV 蛋白基因进行了扩增。将扩增产物克隆至pMD18-T载体中,经酶切和PCR鉴定,初步证明了目的片段的正确性。进一步核苷酸序列测定表明,所扩增的基因片段长度为0.756kb,共编码250个氨基酸。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李银聚 吴庭才 程相朝 吴志明 张春杰
设计了1对特异性引物,应用降落PCR法对减蛋综合症病毒(EDSV)六邻体蛋白基因进行了扩增。将扩增产物克隆至pMD18-T载体中,经酶切和PCR鉴定后,初步证明了目的片段的正确性。进一步经核苷酸序列测定表明,所扩增的基因片段长度为2.74kb,共编码910个氨基酸,与由EDSV弱毒株(AA-2)全基因组的Hind酶切片段测序所得到的六邻体结构基因推测的氨基酸序列相比,有11处氨基酸发生了变异。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
谭爱萍 邹为民 赵飞 姜兰 陈信廉 劳海华 简清 陆小萏 罗理
为了进一步研究锦鲤疱疹病毒主要囊膜蛋白(KHV-MEP)的功能及锦鲤疱疹病毒(KHV)的感染机制,根据KHV-MEP基因序列设计并合成1对引物,从自然感染KHV发病的锦鲤(Cyprinus carpio Koi)肝组织总DNA中扩增获得特异性基因片段。将所得基因片段克隆到pMD18-T Simple Vector载体中,获得重组质粒T-KMEP;酶切鉴定后进行序列测定,并采用氨基酸亲水性分析软件TMpred对其编码氨基酸序列进行分析;在对该片段所编码氨基酸可能抗原位点分析的基础上,进行PCR改造构建原核表达载体,获得重组表达载体pBV-KMEP1和pBV-KMEP2。所获得的基因片段大小为77...
[期刊] 华北农学报
[作者]
董家红 于嘉林 韩成贵 方守国 刘仪
通过RT PCR,获得了小麦黄花叶病毒罗田分离物28kD蛋白基因的cDNA克隆pUW28 10。序列分析结果表明,小麦黄花叶病毒不同分离物的28kD蛋白基因的核苷酸序列存在一定的差异:湖北罗田和河南潢川分离物在第326,327和336位较四川雅安、江苏扬州及日本分离物缺少3个核苷酸(nt),前两者核苷酸长度为762nt,后三者为765nt;不同分离物核苷酸序列同源性从92 1%到96 9%,相应的氨基酸序列同源性从89 8%到97 3%。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
宋震 刘科宏 杨方云 唐科志 李中安 周常勇
【目的】了解中国CTLV分离物外壳蛋白(CP)基因的变异情况。【方法】对来源于中国不同地区、不同寄主品种的18个柑橘碎叶病毒(CTLV)分离物进行RT-PCR、克隆、测序,应用DNAMAN软件进行序列分析。【结果】18个分离物的CP基因全长714nt,推导的CP含237个氨基酸。CP核苷酸序列及推导的氨基酸序列最大相似性分别为88.5%～99.9%和91.1%～99.6%。与核苷酸序列G289→A或C、A409→C和G414→T的单碱基突变相对应,CTLV外壳蛋白第97、137、138位氨基酸在强、弱毒分离物之间存在差异,多数弱毒分离物为Q97或K97、Q137、H138,而多数强毒分离物为E...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
彭树英 吕宁 何晓宁 张涌
采用RT-PCR和重组PCR扩增猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus of swine,TGEV)TSX毒株纤突蛋白(spike protein,S)基因全长cDNA序列,分离纯化PCR产物,连接到pGEM-T载体,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆pGEM-S,并对其进行酶切鉴定和测序,对测序结果及推导氨基酸序列进行同源性分析。结果表明,S基因全长为4 350 bp(GenBank登录号DQ001167),编码1 449个氨基酸,N端前16个氨基酸为推测的信号肽序列,其后1 433个氨基酸构成成熟蛋白;与GenBank中已发表的9个TGE...
[期刊] 水产学报
[作者]
陈晓艳 黄剑南 吕玲 翁少萍 何建国
从患病毒性神经坏死病的斜带石斑鱼(Epinepheluscoioids)的头部提取总RNA,根据已发表的神经坏死病毒外壳蛋白基因设计引物进行RT PCR扩增,得到预期大小的基因片段。将此基因片段转入pET载体进行序列测定和分析,结果表明:编码斜带石斑神经坏死病毒(Orange spottedgroupernervousnecrosisvirus,OGNNV)外壳蛋白基因的阅读框核苷酸数为1017bp,编码338个氨基酸;基因的核苷酸序列与野田村病毒科(Nodaviridae)的几种病毒的外壳蛋白基因序列比较结果显示,该病毒与β野田村病毒属(Betanodavirus)中的赤点石斑神经坏死病毒(...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
王芳 鄢波 王玲仙 方琦 黄兴奇
从云南弥勒县采集典型病株接种蔓陀萝植斑分离，经免疫电镜（ＩＥＭ）鉴定为ＴＭＶ；在烤烟品种红花大金元上以ＴＭＶ普通株作对照进行致病率测定，确定为强毒株系。以烟草花叶病毒（ＴＭＶ）云南强毒株系ＲＮＡ为模板，根据国外研究结果，自行设计、合成寡核苷酸为引物，通过ＰＴ－ＰＣＲ体外扩增，得到约５００ｂｐ的ＤＮＡ片段，将其克隆到Ｅ．ｃｏｌｉＤＨ５α上，并进行了序列分析。分析表明，该其因含４７７个核苷酸，编码１５９个氨基酸，与国外发表的Ｕ１株系比较，核苷酸同源率为９８．１％，氨基酸同源率为９７．５％。获得了云南烟草ＴＭＶ外壳蛋白全基因片段。
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