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[期刊] 华北农学报
[作者]
张建一 梁春年 裴杰 郭宪 沈友明 阎萍
研究牦牛MITF-M基因编码区序列及其编码蛋白的结构,以及其在皮肤组织中mRNA的表达水平,探讨MITF-M基因与牦牛毛色形成相关性,以期为揭示牦牛毛色形成分子机理奠定基础。采用RT-PCR技术扩增,成功获得了牦牛MITF-M基因编码区序列。采用生物信息学方法,预测分析MITF-M基因及其编码蛋白的基本理化性质、二级结构等;采用半定量PCR检测技术,检测出MITF-M基因mRNA在牦牛各组织器官中表达水平;通过荧光定量PCR技术检测出在牦牛不同颜色皮肤组织中MITF-M基因mRNA表达水平。结果表明,扩增得到的MITF-M基因的编码区是一条长为1 460 bp的DNA序列。将牦牛的MITF-M...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱芷葳 贺俊平 于秀菊 程志学 董常生
【目的】克隆羊驼皮肤组织表达的Mitf-M CDS序列,比较分析羊驼皮肤组织Mitf-M的特征,进一步定位分析Mitf-M蛋白表达的位置,为深入研究羊驼毛色基因表达机制奠定基础。【方法】采用RT-PCR扩增方法分段扩增Mitf-M CDS区,分别利用Clustal X和BioEdit生物学软件对氨基酸序列进行多重序列比较分析,免疫组织化学技术对Mitf-M蛋白定位分析。【结果】羊驼皮肤组织表达的Mitf-M的CDS区由419个氨基酸组成,具有bHLH-zip转录家族的保守结构域,该基因与牛和犬亲缘关系最近,Mitf-M蛋白主要分布于羊驼皮肤组织毛球基底层细胞之间与毛乳头周围的黑色素细胞中。【结...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
金帅 郭宪 包鹏甲 梁春年 吴晓云 刘建 阎萍
【目的】研究牦牛和犏牛Dmrt7基因编码区序列和编码蛋白的结构,以及在睾丸组织中mRNA及其蛋白表达水平,探讨Dmrt7与犏牛雄性不育的关系,为揭示犏牛雄性不育的分子机理提供依据。【方法】利用分子克隆技术获得牦牛和犏牛Dmrt7基因编码区序列,并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的功能位点和二级结构等方面进行了预测和分析;通过半定量PCR技术检测Dmrt7基因mRNA在牦牛各组织器官中的表达水平;利用实时荧光定量PCR技术检测牦牛和犏牛睾丸组织中Dmrt7基因mRNA表达水平;并通过western blotting检测牦牛和犏牛睾丸组织中Dmrt7蛋白的表达水平。【结果】牦牛和犏牛Dmrt...
[期刊] 华北农学报
[作者]
高泽成 梁春年 吴晓云 李明娜 张志飞 阎萍
旨在通过分子水平和组织学水平阐明牦牛不同被毛颜色的机理。采用实时荧光定量PCR技术检测皮肤组织中决定色素形成通路中的主效基因:鼠灰色基因(Agouti signaling protein gene(ASIP),Agouti)、小眼畸形相关转录因子(Microphthalmia-associated transcription factor,MITF)、黑色素皮质素受体1基因(Melanocortin 1 receptor,MC1R)和酪氨酸酶基因(Tyrosinasegene,TYR)表达量。结果表明:M
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
徐业芬 孙宏宇 索朗斯珠 牛家强 贡嘎 郭敏 王玉恒 张鹏宇 张雷 旦巴次仁 王刚 罗润波
为了解牦牛BoLA-I基因mRNA组织表达谱,并探索可能靶定BoLA-I基因的miRNAs,利用RT-PCR技术对牦牛BoLA-I基因mRNA在牦牛肝、脾、肺、肾、肌肉、卵巢、小肠、下颌淋巴结、大肠和肠系膜淋巴结等10种组织的表达谱进行分析,再通过Targetscan和miRBase软件来预测可能靶定BoLA-I基因的miRNAs,检测其在10种牦牛组织中的表达情况。结果表明:BoLA-I基因mRNA在检测的10种牦牛组织中均有表达,尤其在免疫器官组织中广泛表达,在牦牛的肠系膜淋巴结组织表达水平极显著高于小肠和大肠组织(P<0.01);预测到的可能靶定牦牛BoLA-I基因的miRNA共有28个,从中选择了6个进行组织表达谱分析,发现bta-miR-759、bta-miR-142-5p、bta-miR-665、bta-miR-2322-5p、bta-miR-199a-3p与牦牛BoLA-I基因共表达;除卵巢外,bta-miR-219-5p在其他组织中均有表达,且在肝脏组织中的表达水平极显著高于其他组织(P<0.01)。bta-miR-142-5p在肠系膜淋巴结中表达量极显著高于其他组织(P<0.01)。由此推测,牦牛BoLA-I基因及其预测的miRNA可能在牦牛组织中起重要作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
范依琳 赵丹 马妍 岳永起 冯欣欣 张姬越 字向东 熊显荣 付伟 熊燕
为了深入地讨论牦牛ANXA5基因序列的特点,阐述其组织及细胞表达特性,通过采集牦牛不同组织样品,如心、肝、脾、肺、肾、子宫、卵巢、输卵管等,提取总RNA。采用PCR、生物信息学软件、实时荧光定量PCR、免疫组化等技术对牦牛ANXA5基因进行克隆、序列分析及表达特性研究。结果显示,牦牛ANXA5基因CDS区长为966 bp,共编码321个氨基酸。与黄牛比较,发现共有6个碱基突变存在于牦牛ANXA5基因中。黄牛与牦牛的核苷酸和氨基酸同源性大于99%,与其他哺乳动物进行氨基酸同源性比较,结果也均在90%以上,说明ANXA5基因在长期进化中保守。在牦牛的肺组织中,ANXA5基因表达量最高,与其他组织差异极显著(P<0.05),表明ANXA5在黄体化的颗粒细胞中表达量更高。然而,免疫组化结果显示,ANXA5的亚细胞定位于细胞质,在黄体细胞中表达较高。
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
杨琳琳 蒋燕 杨桂梅 许柳雄 陈新军 徐善良 鲍宝龙
采用目前国际上最为通用的cDNA文库构建方法,构建了银鲳皮肤和肌肉组织的cDNA文库,通过一定规模的序列测定,并借助生物信息学技术,分析了164个序列,得到了105个不同的基因(或表达序列标签),在105个不同的基因中,68.6%基因没有冗余,1倍、2倍、3倍和4倍冗余的分别占23.8%,3.8%,2.8%和1%。皮肤和肌肉组织表达基因的组成中,除了21个没有同源序列的未知基因外,可初步归为代谢相关的酶(38个)、DNA有关的酶(7个)、结构蛋白(4个)、膜蛋白(13个)、线粒体蛋白(1个)、转录因子(9个)、信号传导相关的蛋白(10个)和未知蛋白(2个)等8大类,其中,转录因子、膜蛋白,和D...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吴震洋 唐晓惠 付玉华 王昇 章程 李京津 余梅 杜小勇
【目的】藏绵羊又称藏系绵羊,是中国三大粗毛羊品种之一,主要分布在西藏及其毗邻的高寒牧区,如青海、甘肃、四川、云南等地。藏绵羊由于其被毛纤维粗长,毛质细腻且保暖性好,是制造藏式地毯的上好原料。而毛色作为一种重要的经济性状,同时制约羊毛的经济价值。然而,目前对于绵羊毛色的分子调控机制尚不明确,以藏绵羊为研究对象,对其不同颜色皮肤组织(黑色和白色)进行转录组测序,旨在探讨miRNA在藏绵羊不同毛色皮肤组织转录后水平中发挥的作用及其可能参与的调控通路。【方法】选取2只具有黑白花毛色的健康藏绵羊,减去体侧被毛使皮肤
关键词：
藏绵羊 皮肤组织 高通量测序 miRNA
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨玉静 张丹瑾 聂瑞强 谢建山 范瑞文 高文俊 董常生
【目的】小眼畸形相关转录因子－Ｍ型（ＭｉｃｒｏｐｈｔｈａｌＭｉａ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ｆａｃｔｏｒ Ｍ，Ｍｉｔｆ－Ｍ）在动物皮肤和毛发的黑色素合成途径中发挥重要作用，克隆绵羊小眼畸形相关转录因子－Ｍ型基因序列，研究在绵羊黑素细胞中过表达绵羊Ｍｉｔｆ－Ｍ是否影响ｔＹｒ、ｔＹｒｐ－１和ｔＹｒｐ－２的表达，从而探究对黑色素的生成的影响。【方法】使用试验室冻存的第５代绵羊黑素细胞，通过ｐｃｒ方法用引物以绵羊黑素细胞ｃｄｎａ为模板克隆Ｍｉｔｆ－Ｍ基因ｃｄｎａ序列，构建绵羊Ｍｉｔｆ－Ｍ克隆载体和真核表达载体；通过细胞转染技术在细胞水平过量表达绵羊Ｍｉｔｆ－Ｍ；转染后使用荧光显．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
范瑞文 董常生 游蓉丽 朱芷葳 张伟业 曹靖 董彦君 杜红阳 刘一飞 栗艳
【目的】研究羊驼皮肤功能发生的规律和机理以及发现新的功能基因。【方法】用SMART技术构建白色青年羊驼皮肤cDNA文库,随机挑取13800个克隆进行规模测序。预处理后,获取高质量的表达序列。用CAP3对高质量序列进行拼接;BLAST对拼接序列进行同源比较,以注释功能;CLUSTER对已知序列进行聚类;根据标准基因词汇体系,并结合人组织基因表达谱分类标准,对具有注释信息的基因聚类进行分类,构建羊驼皮肤的基因表达谱。【结果】cDNA文库库容量达106PFU,从中获得高质量序列7286条(在GenBank中命名为ASCD)。拼接成5837条一致性序列,包括446条重叠群和5391条单一序列。1732...
关键词：
羊驼 cDNA文库 基因表达 皮肤
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李贤 李齐发 赵兴波 徐洪涛 顾垚 朱翔 谢庄 刘红林
【目的】研究牦牛和犏牛Dmc1基因编码区序列、结构和睾丸组织mRNA表达水平,探讨Dmc1基因与犏牛雄性不育的关系,为揭示犏牛雄性不育的分子机理提供参考。【方法】通过PCR扩增和克隆测序获得牦牛和犏牛Dmc1基因部分cDNA序列,运用生物信息学方法分析牦牛和犏牛Dmc1基因编码区序列、蛋白结构和进化关系,利用实时荧光定量PCR技术检测牦牛和犏牛睾丸组织中Dmc1基因mRNA表达水平。【结果】牦牛和犏牛Dmc1基因编码区序列全长均为1023bp,编码340个氨基酸,与黄牛Dmc1基因的同源性为100%,与哺乳纲其它物种的同源性在90%以上。牦牛和犏牛Dmc1蛋白含有RecA蛋白家族典型的第二结构...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
肖璐 邬旭龙 王印 姚学萍 杨泽晓 胡凌 林星宇 任梅渗 曾相杰 罗忠永
【目的】了解当前支气管败血波氏杆菌（ＢＢ）地方菌株皮肤坏死毒素（ＤＮＴ）基因的变异特点。【方法】利用分离培养、ＰＣＲ及１６ＳＲＲＮＡ扩增片段同源性分析，对采自四川遂宁某规模化猪场有明显萎缩性鼻炎症状的鼻拭子进行病原分离鉴定，并对分离株的ＤＮＴ基因进行克隆和序列分析，对其抗原域、氨基酸二级结构、特定区域位于蛋白质表面可能性等参数进行预测，分析其Ｂ细胞抗原表位。【结果】成功分离得到一株支气管败血波氏杆菌，命名为支气管败血波氏杆菌ＳＣ－ＳＮ株。分离株ＤＮＴ基因序列全长４ ３５７ＢＰ，与其他１１株菌ＤＮＴ基因的核苷酸序列同源性为９３．１％～１００．０％，但由于其３５６位插入碱基Ａ，使得该序列仅编码１ ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙伟 倪蓉 殷金凤 丁家桐 张有法 陈玲 吴文忠 周洪
【目的】旨在了解中国特有的白色羔皮羊品种—湖羊不同花纹及其毛囊形成的分子遗传学机理。【方法】利用安捷伦基因芯片技术筛选初生湖羊大花和小花皮肤组织差异表达基因。【结果】差异表达分析显示,3对大花和小花组分别筛选出1 069、2 071和3 879个差异表达基因,共有137个共同基因;差异基因经GO分类显示,主要参与细胞分化、增殖、凋亡、发育、免疫应答、离子转运等生物学过程;另外,所验证的4个差异表达基因的荧光定量PCR结果与芯片结果基本一致。【结论】筛选出了BMP7、MMP2、SNAI1、SFXN1、CDKNIC、MT3、POU1F1等对湖羊大花、小花性状形成可能具有重要影响的候选基因。
关键词：
湖羊 毛囊 基因芯片
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
白东义 拉希玛 图格琴 赵若阳 陶娜拉 韩海格 丁文淇 贾紫洁 刘慧莹 王文兴 黄博光 芒来
为确定相关候选基因在毛色产生过程中的差异,以及相互之间的关系,试图解析胎儿期蒙古马毛色形成的分子机制,为今后保护和开发利用蒙古马(斑点)奠定基础,本研究以蒙古马(斑点)胎儿为研究对象,首先对胎儿期蒙古马体躯白色和黑色区域皮肤组织制作石蜡切片,进行组织学观察,其次对胎儿期蒙古马白色和黑色区域皮肤进行RNA-seq,构建mRNA表达谱,筛选相关差异表达基因,进行GO和KEGG功能富集分析。结果表明:1)通过组织学观察,黑色素在胎儿黑色皮肤组织表皮里沉积很明显,毛乳头、毛母质部位均有黑色素沉积。相反,白色皮肤组织中没有黑色素沉淀;2)RNA-seq筛选毛色产生差异的相关基因,共鉴定出660个基因,其表达量在黑白2个不同颜色皮肤组织中存在显著差异(P<0.05),其中197个基因在蒙古马胎儿黑色皮肤组织表达量较高,59个基因在蒙古马胎儿白色皮肤组织表达量较高。差异表达基因TYR、TYRP1、DCT、PAX3和DAPL1等富集到了黑色素生成通路。综上,胎儿时期蒙古马的毛色形成主要由黑色素形成相关基因决定,可为后期蒙古斑点马选育环节中对毛色的筛选提供科学理论依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
贾成霞 张照斌 张清靖 刘盼 朱华
克隆了虹鳟(Oncorhynchus mykiss)过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator activated receptor,PPAR)αmRNA全序列。对其序列分析发现,虹鳟PPARα与其他脊椎动物PPARα有较高的同源性,其中mRNA序列有66.4%~97.5%相同,氨基酸序列有69.2%~98.9%相同。DNA结合结构域和配体结合结构域从鱼类到人类高度保守,其中DNA结合结构域有88.0%~98.8%的氨基酸序列相同;配体结合结构域有74.6%~99.6%的氨基酸序列相同。系统发生树分析表明,虹鳟的PPARα基因与同属鲑科鱼类的大西洋鲑(Salmo...
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