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[期刊] 华北农学报
[作者]
张建一 梁春年 吴晓云 张良斌 郭宪 裴杰 阎萍
以Agouti基因作为牦牛毛色调控的候选基因,探索Agouti基因编码区序列多态性,以期为阐明Agouti与毛色形成的相关性及毛色形成机理奠定基础。根据GenBank已发表序列(NM_206843)设计1对引物,以天祝白牦牛和黑色被毛甘南牦牛皮肤总RNA为模板,采用RT-PCR技术扩增,成功获得了牦牛Agouti基因编码区序列。采用生物信息学方法预测分析Agouti基因及其编码蛋白的基本理化性质、信号肽、疏水性、二级结构等;采用DNA混合池测序法和直接测序法,检测牦牛Agouti基因编码区的序列变异。结果表明,扩增得到的Agouti基因的编码区是一条长为593 bp的DNA序列。黑色甘南牦牛和...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李新福 谢元澄 张庆波 赵兴波 顾垚 朱翔 谢庄 李齐发
根据黄牛DAZL基因序列设计引物,通过PCR扩增和克隆测序获得牦牛睾丸组织DAZL基因编码区序列,利用生物信息学软件分析牦牛DAZL基因编码区序列结构以及与其他物种的系统发育关系。结果表明:牦牛DAZL基因cDNA序列长度为1 782 bp,编码区全长885 bp,编码295个氨基酸,与黄牛的氨基酸序列同源性为98.31%;牦牛DAZL蛋白含有DAZ基因家族所具有的典型的RNA结合域和DAZ重复基序。系统发育分析显示:牦牛与黄牛首先聚为一类,然后与哺乳纲的其他物种相聚,而与鱼纲、爬行纲动物的亲缘关系最远。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
马百全 魏天雨 吴艳 郭苹 王钧顺 张建生 邢军 刘红林 李齐发
［目的］本试验旨在研究梅山猪和苏淮猪ＢＭＰ４（Ｂｏｎｅ ＭｏｒＰｈｏｇｅｎｅｔｉｃ Ｐｒｏｔｅｉｎ ４）基因３＇－Ｕｔｒ区序列特征，分析苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区ＳｎＰ位点并了解苏淮猪和高繁殖力猪种梅山猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ ＳｎＰ位点多态性。［方法］采用克隆测序技术获得苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区序列；利用生物信息学方法分析其序列特征；利用池ＤｎＡ测序技术筛选ＳｎＰＳ，采用ＡＳ－Ｐｃｒ技术分析苏淮猪和梅山猪ＳｎＰＳ位点多态性。［结果］苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区序列长度为２６７ ＢＰ，含有一个（Ａｃ）９微卫星位点和Ｐｏｌｙ Ａ结构；在苏淮猪ＢＭＰ４基因３＇－Ｕｔｒ区２０ ｎ．．．
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙雪婧 杜晓华 杨孝朴 罗玉柱 刘霞
【目的】丰富牦牛CYGB基因研究的基础数据,对牦牛CYGB基因的CDS区进行克隆和生物信息学分析。【方法】提取牦牛大脑海马区组织的总RNA并运用RT-PCR技术反转录为cDNA,并根据GenBank中普通牛CYGB基因cDNA序列(GenBank登录号:DV874786.1),使用Primer3.0在线软件设计特异性引物,运用PCR扩增技术、TA克隆技术和核酸测序技术获得CYGB基因的完整CDS区序列及部分5′端和3′端UTR区,并使用ProtParam、PredictProtein、SWISS-MODEL等在线分析软件与Lasergene7.1软件包分析CYGB的一级结构、二级结构、三级结构...
关键词：
牦牛 胞红蛋白 基因克隆 生物信息学
[期刊] 华北农学报
[作者]
裴杰 阎萍 程胜利 褚敏 冯瑞林 梁春年 郭宪 曾玉峰 包鹏甲 朱新书
SRY(Sex-determining region on the Y chromosome,SRY)基因位于哺乳动物的Y染色体,对性别形成起着决定性作用。对高原牦牛SRY基因的编码区进行克隆和分子特征分析,以期从分子水平了解牦牛的性别形成机制。以雄性高原牦牛血液为材料,从基因组DNA中扩增SRY基因编码区(单外显子)序列,将其克隆至pGEM-T easy载体并测序。同时,将牦牛SRY基因编码区与奶牛进行序列比对;对牦牛SRY蛋白与其他物种SRY蛋白进行序列比对;采用在线生物软件对牦牛SRY蛋白的特性和结构进行预测。牦牛SRY基因(GenBank:EU547257)编码区长687 bp,编码2...
关键词：
牦牛 SRY基因 克隆 分子特征
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈磊 李学伟 朱砺 李强 李明洲
【目的】研究猪肉嫩度性状候选基因-半胱氨酸蛋白酶抑制素B(Cystatin B,CSTB)基因对肌肉宰后嫩化的作用,为研究嫩度性状的遗传机理提供理论基础。【方法】采用RT-PCR结合克隆测序的方法,从猪肌肉组织总RNA中克隆到猪CSTB基因cDNA序列,并推导出其编码的氨基酸序列。采用PCR-RFLP方法,分析了84头猪CSTB基因多态性及其与嫩度性状的关联性。【结果】CSTB基因开放阅读框全长294bp,编码98个氨基酸。同源性分析结果表明,猪与人、鼠、牛的CSTB基因cDNA编码区(CDS)同源性分别为81%、85%和89%,推测氨基酸序列同源性为83%、76%和85%。蛋白质结构同源建模...
[期刊] 林业科学
[作者]
李静 袁虎威 李伟
牛枝子为胡枝子属中最具耐旱特性的灌木树种,是研究基于单核苷酸多态性(SNP)水平的植物个体间耐旱差异机制的重要材料。以5个种源的天然牛枝子为材料,利用染色体步移技术克隆牛枝子抗旱候选基因LpDREB的全长序列,对LpDREB基因的结构和系统进化进行分析,研究LpDREB基因的组织及诱导表达规律,分析LpDREB基因的SNP分布和类型。研究结果表明:克隆的牛枝子LpDREB基因cDNA片段全长为1611bp,具有957bp的开放阅读框,编码318个氨基酸,包含DREB基因所特有的DREBP/AP2保守区域。LpDREB基因同大豆GmDREB3基因的进化关系最近,但2个基因除保守区域外的其他区域相...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽 张爱玲 张良志 张春雷 朱泽轶 雷初朝 王新庄 陈宏
【目的】研究南阳牛HCRTR1基因编码区单核苷酸多态性,为利用遗传标记进行肉牛选育奠定基础。【方法】以122头南阳牛为试验动物,利用PCR-SSCP及测序方法研究了HCRTR1基因全部编码区序列的多态性,并对发现的SNP位点进行了遗传特性及单倍型分析。【结果】在该基因的编码区首次发现11个SNP位点,分别为G322A、G384C、T420C、C423T、T481A、C510A、T627C、C631T、G690A、G714A和C736T,其中在322、481、631和736bp处的突变都导致了氨基酸的改变,而其余7处均为同义突变。在322、510和736bp处的SNP表现为中度多态,PIC分别为...
[期刊] 华北农学报
[作者]
梁春年 邢成峰 阎萍 丁学智 裴杰 郭宪 包鹏甲 褚敏 朱新书
采用PCR-SSCP技术对5个牦牛品种共398头牦牛脂蛋白脂肪酶基因(LPL)外显子7进行了多态性研究,分析了该基因与牦牛生长性状的相关性。结果表明,牦牛LPL基因外显子7存在2个等位基因3种基因型。各群体在该基因座上呈Hardy-Weinberg平衡状态。三种基因型与牦牛部分生长性状的最小二乘法分析表明,该位点多态与牦牛的体重、体高、胸围存在显著相关(P<0.05),BB型个体体重、体高、胸围显著高于AA和AB型个体。初步推断牦牛LPL基因第7外显子可作为牦牛标记辅助选择的遗传标记之一。
[期刊] 华北农学报
[作者]
柴志欣 信金伟 王会 郭琳 钟金城 张成福 姬秋梅
旨在对西藏主要牦牛类群及四川麦洼牦牛生长性状指标进行比较分析,并选取MyoG基因进行SNPs检测,研究其与牦牛体尺性状的相关性,为有效评估西藏主要牦牛类群的生长性能提供参考。采用DNA池直接测序法进行候选基因全区段遗传变异检测,采用SPSS 17. 0程序中最小二乘线性模型对MyoG基因多态位点基因型与牦牛体质量、体尺性状进行关联分析。结果显示,申扎牦牛生长指标明显小于麦洼牦牛、类乌齐牦牛和帕里牦牛,而类乌齐牦牛各性状指标均较优,不同生态环境及气候条件直接影响草场、植被类型及其长势情况,进而影响牦牛的采食量和生长发育。牦牛MyoG基因共检测到g. 757 T> C、g. 662 G> A、g. 539 A> G和g. 2216 A> G共4个突变位点,均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡,其中,g. 757 T> C、g. 662 G> A和g. 539 A> G位点在申扎和帕里牦牛中多态性较高,在其他群体中较低。差异显著性检验表明,g. 757 T> C、g. 662 G> A和g. 539 A> G与体高显著相关(P
[期刊] 华北农学报
[作者]
陈露露 王会 王吉坤 柴志欣 王嘉博 陈智华 信金伟 姬秋梅 钟金城
旨在通过克隆牦牛MDHⅡ基因,探究其组织表达谱及与脂代谢候选基因的相关性,为进一步研究牦牛脂代谢机制提供基础数据。采集0.5,2.5,3.5,7.5岁4个年龄段的12头牦牛心脏、肝脏、肺脏、臀肌和臀脂组织总RNA并反转录成cDNA,实时荧光定量检测MDHⅡ表达量;随机选取12个与脂代谢相关的候选基因,采用实时荧光定量检测MDHⅡ在类乌齐牦牛臀肌、臀脂上的表达量,利用皮尔森系数法计算其与MDHⅡ基因表达量相关性。结果表明:牦牛MDHⅡ基因全长1 196 bp,CDS区长为1 017 bp,编码338个氨基酸,在进化上相对不保守;随年龄增长,MDHⅡ在各组织表达量下降,且在心脏上的表达量高于其他组织;除FABP2和VLDLR外的其余10个脂代谢候选基因在牦牛臀脂上的表达量均高于臀肌,MDHⅡ基因在臀肌上的表达量与脂代谢候选基因没有相关性,在臀脂上的表达量与CPT1基因呈显著负相关。本研究成功克隆得到牦牛MDHⅡ基因,其与脂代谢候选基因CPT1显著相关,推测该基因可能参与脂代谢调控,为进一步研究牦牛脂代谢机制提供了理论参考。
[期刊] 华北农学报
[作者]
曾国敏 杜晓华 杨阳 梁春花 孙雪婧 刘霞
为了丰富牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因研究的基础数据，进一步探讨ＦＡＭ１３４Ｂ基因的生理功能，通过ＰＣＲ扩增和测序技术并结合生物信息学分析软件，对牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因进行克隆、测序以及相关生物信息学分析。克隆获得１ ０７９ ＢＰ的牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因，其中ＣＤＳ区全长１ ０７１ ＢＰ（Ｇｅｎ ＢＡｎｋ登录号：ｋＭ５８７６９３），编码３５６个氨基酸残基组成的蛋白质。与普通牛比对，牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因在ＣＤＳ区存在３个碱基突变，其中第７２７位上碱基Ｃ→Ｔ的突变导致密码子ＣＣＣ→ＴＣＣ，使编码的氨基酸由脯氨酸变成丝氨酸。牦牛ＦＡＭ１３４Ｂ基因编码蛋白的分子式为Ｃ１７０５Ｈ２６８６ｎ４４８Ｏ５７５Ｓ１３．．．
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘佩 庞有志 张小辉 赵淑娟 祁艳霞 白俊艳 刘坤举
【目的】克隆朝鲜鹌鹑(Korean quail)OCA2基因的cDNA序列,检测其在不同羽色(白羽和栗羽)群体胚胎发育不同阶段翅组织中mRNA的表达情况,探讨OCA2基因多态性对朝鲜鹌鹑羽色的影响,筛选可能与羽色相关的多态性位点。【方法】取白羽、栗羽朝鲜鹌鹑孵化6,8,10,12和14 d的胚胎翅组织,提取总RNA,RT-PCR扩增OCA2基因cDNA序列,利用实时荧光定量PCR检测OCA2基因mRNA在朝鲜鹌鹑胚胎发育不同阶段和不同羽色鹌鹑胚胎翅组织中的表达水平;用胚胎发育10 d时的cDNA样品扩增OCA2基因cDNA序列并进行生物信息学分析。以300羽白羽朝鲜鹌鹑和栗羽朝鲜鹌鹑孵化10 d时的胚胎为研究材料,采集翅组织样品,提取基因组DNA, PCR扩增OCA2基因,通过不对称PCR-SSCP方法结合测序确定基因型,分析不同基因型对朝鲜鹌鹑羽色形成的影响。【结果】朝鲜鹌鹑OCA2基因胚胎发育6～8 d时的表达量低于胚胎发育10～14 d时的表达量,且在10 d时达到最高。6～8 d时,OCA2基因的表达水平在2种羽色朝鲜鹌鹑胚胎中差异不显著; 10～14 d时,栗羽朝鲜鹌鹑OCA2基因mRNA的表达水平显著高于白羽朝鲜鹌鹑(PG、外显子9上的c.999A>G、3′UTR上的c.2569C>T;群体遗传学分析显示,3个突变位点均表现为中度多态(0.25T位点,栗羽朝鲜鹌鹑3种基因型(CC、 CT和TT)的频率分布与白羽朝鲜鹌鹑存在极显著差异(PT突变与朝鲜鹌鹑羽色性状之间具有一定的关联性,可以作为研究朝鲜鹌鹑羽色的候选基因。
关键词：
朝鲜鹌鹑 OCA2基因 羽色 基因多态性
[期刊] 西南农业学报
[作者]
冯静 杨华 宋天增 杨剑波 石国庆 徐从祥 黄锡霞
本研究以768只中国美利奴羊(新疆军垦型)为实验材料,采用测序和PCR技术分析KAP1.1(B2A)基因单核苷酸多态性。测序表明中国美利奴羊(新疆军垦型)KAP1.1基因存在30 bp的插入/缺失,12%PAGE电泳证实KAP1.1基因存在6种基因型:(341 bp)AA型、(311 bp)BB型、(281 bp)CC型、(341 bp/311 bp)AB型、(341 bp/281 bp)AC型和(311 bp/281 bp)BC型,基因型频率依次为0.0208、0.5534、0.0260、0.1589、0.0456和0.1953。检测到A、B和C3个等位基因,基因频率依次为0.1230、0....
[期刊] 华北农学报
[作者]
杨龙 张冬杰 汪晓鸿 王文涛 刘琪 刘娣
在猪的RBP4基因的第1外显子和第3外显子处设计引物,成功扩增了该基因的第1内含子和第2内含子,与人和鼠的同源性分别为80%和78%,说明扩增正确。采用PCR-RFLP法对大白猪、杜洛克、长白猪、民猪和杂种猪的RBP4基因进行多态性检测。结果表明:该基因经限制性内切酶MspⅠ酶切后获得3种带型:AA,BB和AB型;除大白猪与民猪、长白猪与杂种猪外,其余各猪种间RBP4基因的基因型频率分布均差异极显著(P<0.01);该基因在长白、大白和杂种猪的MspⅠ位点处于群体不平衡状态,在杜洛克和民猪处于群体平衡状态;基因多态信息含量(PIC)计算,大白、长白、杜洛克、民猪和杂种猪均表现为中度多态性(0....
关键词：
猪 RBP4基因 克隆 PCR-RFLP
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