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[期刊] 南京农业大学学报  [作者] 李伯江  骆骅  屈旭光  潘增祥  谢庄  刘红林  李齐发  
联会复合体蛋白FKBP6是哺乳动物精子发生减数分裂联会复合体形成必需的。采用RT-PCR和荧光定量PCR技术对牦牛和犏牛b-FKBP6基因的组织表达特征,以及牦牛与犏牛睾丸组织中b-FKBP6 mRNA表达水平进行了分析。结果显示:b-FKBP6基因在牦牛、犏牛睾丸和卵巢组织中特异表达,且牦牛睾丸组织中b-FKBP6 mRNA表达水平极显著高于犏牛(P
[期刊] 华北农学报  [作者] 陈美  柴志欣  武志娟  王吉坤  钟金城  信金伟  
为获得牦牛CTGF基因的CDS区序列及其编码蛋白的结构和功能,并研究该基因在肾脏、心脏、肺脏、肝脏和臀肌等组织中的mRNA表达水平。以类乌齐牦牛为研究对象,采取RT-PCR方法获得类乌齐牦牛CTGF基因CDS序列,荧光定量PCR(qPCR)方法检测该基因在其5个组织中的mRNA表达水平。结果显示:牦牛CTGF基因含2个CpG岛,开放阅读框长度为1 050 bp(登录号:MT968972),可编码349个氨基酸,CTGF编码蛋白存在信号肽,为水溶性不稳定的表面蛋白,共存在21个磷酸化位点和7个糖基化位点,在内质网和微体(过氧物酶体)中分布较多,有3个完整的保守功能结构域。荧光定量结果显示,CTGF基因在类乌齐牦牛肾脏、心脏、肺脏、肝脏和臀肌组织中均有表达,且在肝脏中表达水平最高。旨在为CTGF基因在调控牦牛肌肉生长发育方面提供参考数据。
[期刊] 华北农学报  [作者] 向娅  柴志欣  王吉坤  信金伟  王会  王嘉博  武志娟  钟金城  姬秋梅  
为了克隆TNNI基因家族,预测其蛋白结构和功能,并分析其在牦牛不同组织中的表达差异,以0.5岁健康的类乌齐牦牛为试验材料,采用RT-PCR技术克隆牦牛肌钙蛋白Ⅰ基因家族的CDS区序列并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR技术检测TNNI基因家族各成员的mRNA表达水平。结果表明,TNNI1、TNNI2和TNNI3基因CDS区大小分别为564,549,639 bp,分别编码187,182,212个氨基酸残基。预测分析结果显示:TNNI基因家族编码的蛋白质均为偏碱性蛋白,蛋白结构不稳定,均无跨膜结构域,无信号肽,属非分泌型蛋白;二、三级结构均以α-螺旋为主,均含有肌蛋白超家族保守结构域。系统进化树分析表明:类乌齐牦牛TNNI1基因与水牛的亲缘关系最近,其次是绵羊、黄牛,与小鼠亲缘关系最远;TNNI2和TNNI3均与黄牛、水牛的亲缘关系较近,与其他亲缘关系较远。实时荧光定量PCR结果显示,TNNI1和TNNI2基因在臀肌中的相对表达量最高,且TNNI1基因在心脏、肝脏和肺脏中的表达量显著高于TNNI2基因(P<0.05),TNNI3基因在心脏中表达量较高,而在肺脏、臀肌和肝脏中表达量低。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 骆骅  贾超  屈旭光  赵兴波  钟金城  谢庄  李齐发  
【目的】克隆黄牛、牦牛和犏牛Sycp2基因序列,了解牛Sycp2基因序列特征和组织表达特征,分析睾丸组织中Sycp2基因的表达水平。【方法】采用电子克隆和克隆测序技术获得黄牛、牦牛和犏牛Sycp2基因序列,利用生物信息学方法分析其序列特征;采用RT-PCR分析牛Sycp2基因的组织表达特征;采用real-time PCR技术检测黄牛、牦牛和犏牛睾丸组织Sycp2基因的表达水平。【结果】①黄牛、牦牛和犏牛Sycp2基因编码区序列全长均为4 365 bp,命名为b-Sycp2,编码蛋白含有1 454个氨基酸残基,并包含卷曲螺旋结构域等典型结构域;②b-Sycp2基因在睾丸组织中特异表达,黄牛和牦牛...
[期刊] 中国农业科学  [作者] 金帅  郭宪  包鹏甲  梁春年  吴晓云  刘建  阎萍  
【目的】研究牦牛和犏牛Dmrt7基因编码区序列和编码蛋白的结构,以及在睾丸组织中mRNA及其蛋白表达水平,探讨Dmrt7与犏牛雄性不育的关系,为揭示犏牛雄性不育的分子机理提供依据。【方法】利用分子克隆技术获得牦牛和犏牛Dmrt7基因编码区序列,并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的功能位点和二级结构等方面进行了预测和分析;通过半定量PCR技术检测Dmrt7基因mRNA在牦牛各组织器官中的表达水平;利用实时荧光定量PCR技术检测牦牛和犏牛睾丸组织中Dmrt7基因mRNA表达水平;并通过western blotting检测牦牛和犏牛睾丸组织中Dmrt7蛋白的表达水平。【结果】牦牛和犏牛Dmrt...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 李雨谦   敬科民   张鹏   田园   董文静   张明   钟金城   蔡欣  
【目的】探究CDC25A基因在牦牛、犏牛睾丸组织和生精细胞中的表达差异及基因序列的异同。【方法】选取牦牛、犏牛为试验动物,通过实时荧光定量PCR技术分别检测CDC25A基因在牦牛、犏牛睾丸组织和生精细胞的表达量,以牦牛、犏牛睾丸组织cDNA为模板,利用RT-PCR方法扩增克隆该基因,并通过生物信息学工具分析两者结构和功能的异同。【结果】经免疫荧光鉴定,生殖细胞标志蛋白(DDX4)在牦牛、犏牛悬浮细胞中有阳性表达,表示该细胞群为生殖细胞。CDC25A在犏牛睾丸组织和生精细胞中的表达量均极显著低于牦牛(P<0.01);RT-PCR克隆分别获得牦牛、犏牛CDC25A基因序列1749 和1744 bp,其中CDS区均为1434 bp,均编码477个氨基酸;采用邻接法构建的系统进化树结果表明,牦牛、犏牛CDC25A基因与野牦牛亲缘关系最近。CDC25A蛋白含有负电荷残基(Asp+Clu)总电荷为73,正电荷残基(Arg+Lys)总电荷为66,无跨膜结构,无信号肽结构,且均属于不稳定的亲水性胞外蛋白。亚细胞定位结果显示,其主要分布于细胞核。【结论】CDC25A基因在牦牛、犏牛睾丸组织和生精细胞中的表达量具有极显著差异,但基因序列和结构差异与母本牦牛基本一致,说明精子发生阻滞并非基因突变导致,而是与CDC25A表达量降低有关。该结论可为后续研究CDC25A参与犏牛生精细胞增殖机制提供参考,也为研究犏牛雄性不育提供新思路。
[期刊] 西南农业学报  [作者] 梁潘霞  李杨瑞  
以甘蔗叶片总RNA为模板,通过RT-PCR扩增细胞色素b6-f复合体铁硫亚基基因的C DNA,采用生物信息学软件分析所克隆基因的编码蛋白特性,并用荧光定量PCR分析该基因的表达情况。结果表明:克隆得到的C DNA片段长度为796 bP,包括1个579 bP的开放阅读框,编码192个氨基酸。甘蔗与高粱CYT基因C DNA序列的同源性为94.0%,氨基酸序列同源性为99.0%;该基因推导的蛋白分子量大小为20.67KD,等电点为6.24,疏水性分值在0.50~2.11;蛋白二级结构中α-螺旋占17.19%,随机卷曲占53.12%,延伸链占21.53%,β-转角只占8.33%,GeN bANK登录号...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 李同方  刘霞  孙雪婧  杜晓华  
【目的】探寻脑红蛋白(Neuroglobin,NGB)在成年牦牛脑不同部位中的分布特征。【方法】选择健康成年牦牛8只,宰杀后取其大脑皮质、小脑皮质、海马、延髓、纹状体及嗅球等部位的脑组织,利用免疫组织化学染色SP法和实时荧光定量PCR技术,对NGB在成年牦牛脑不同部位中的分布特征及定量关系进行观察与检测。【结果】NGB在成年牦牛脑不同区域的表达强弱有明显差异,在大脑皮质中NGB基因的相对表达量(262.69±9.19)极显著高于小脑皮质(137.00±7.29)、海马(1.00±0.22)、延髓(3.43±0.76)、纹状体(7.65±0.61)及嗅球(2.14±1.22)。【结论】NGB在成...
[期刊] 中南林业科技大学学报  [作者] 毛珊珊  吴华俊  林同  
松墨天牛MonochaMus alternatus是危害马尾松树重大蛀干害虫,也是松材线虫的主要传播媒介昆虫,对我国松林资源构成严重威胁。用c Dna末端快速扩增(race)方法克隆了松墨天牛erP基因(Mal erP),Gen Bank登录号为kF357881.1。该基因含有一个长为864 BP的开放阅读框,编码287个氨基。同源性分析表明,Mal erP与光肩星天牛anoPloPhora GlaBriPennis erP的同源性最高,达到79%;与赤拟谷盗triBoliuM castaneuM的同源性为45%。实时荧光定量Pcr分析显示,Ma erP在松墨天牛3龄幼虫的脂肪体、马氏管、中肠...
[期刊] 华北农学报  [作者] 柴志欣  王会  王吉坤  王嘉博  钟金城  
牦牛与普通牛的种间杂种犏牛雄性不育机理一直是畜牧科学研究的热点之一,对牦牛、犏牛睾丸组织特异表达基因的比对分析,可为犏牛雄性不育分子调控机制提供基因参考。通过对牦牛及杂种犏牛TB-RBP基因进行克隆,并利用实时荧光定量PCR技术对候选基因进行组织表达差异分析。结果表明,克隆获得牦牛TB-RBP基因CDS全序列873 bp,犏牛TB-RBP基因部分CDS区序列587 bp;系统进化树显示不同物种TB-RBP基因编码区序列高度保守,遗传相似性较高;蛋白功能预测TB-RBP蛋白属于Translin结合蛋白家族,对精子发生等生物过程具有重要调控作用。TB-RBP基因在犏牛和牦牛的睾丸组织中均有表达,TB-RBP基因的表达水平在牦牛与犏牛组间差异显著(0.01
[期刊] 华北农学报  [作者] 王晓静  孙林静  马忠友  孙玥  李军玲  张融雪  闫双勇  孙卫宁  
水稻新生多肽结合复合体α链(Osα-NAC)基因家族共有3个成员,分别位于第1,3,5号染色体。为研究Osα-NAC基因家族在逆境环境中的生物学功能,利用RT-q PCR和WesTeRN BlOT技术,详细分析了Osα-NAC基因家族在不同组织中的表达情况,并进一步研究了Osα-NAC基因家族对非生物胁迫的应答模式。结果表明,在高盐和模拟干旱条件下,Os1g NAC和Os5g NAC基因表达上调,Os3g NAC基因表达下调,提示Osα-NAC基因家族各成员在水稻响应非生物胁迫的过程中发挥不同的作用。上述试验结果初步阐明该基因家族在非生物胁迫下的表达特性,为今后更深入研究该基因家族的功能提供了...
[期刊] 华北农学报  [作者] 刘东花  卫阳飞  
为了探究HSPB6对牦牛肉嫩度的影响,分析了牦牛HSPB6基因的分子特征,并利用荧光定量PCR技术检测了HSPB6 mRNA在牦牛和黄牛背最长肌中的表达量。结果表明,牦牛HSPB6基因含有一个504 BP的开放性阅读框,编码167个氨基酸,属于亲水性蛋白;二级结构主要由α-螺旋、β-折叠、延伸链以及无规卷曲组成;牦牛HSPB6蛋白与水牛、普通牛相似度较高。荧光定量PCR研究表明,牦牛背最长肌中HSPB6基因mRNA表达水平显著高于黄牛(P<0.01),说明HSPB6基因较高的表达量可能是造成牦牛肉剪切力较高的原因,为牦牛肉嫩化的分子机制研究奠定了理论基础。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 李小娟  孙昭华  柯忻  路文静  郭程瑾  谷俊涛  肖凯  
【目的】在克隆小麦锌指蛋白基因TaZAT6的基础上,深入研究该基因的分子特征和在不同磷水平下的表达特性。【方法】通过对富集石新828不同低磷胁迫时间点特异表达基因的cDNA差减文库克隆测序,获得1锌指蛋白型转录因子基因EST。利用RT-PCR技术,在低磷处理24h的石新828和冀7369根系中克隆了该锌指蛋白基因TaZAT6,并采用该技术进一步研究该基因应答介质中Pi的特征。【结果】TaZAT6开放阅读框为717bp,编码238个氨基酸残基,编码的蛋白质中含有1个保守的核定位区、2个C2H2锌指蛋白域和1个DLN保守盒。系统进化分析表明,TaZAT6可能与另外2个小麦锌指蛋白基因ZAT22和Z...
[期刊] 西南农业学报  [作者] 张前勇   赵采芹   石海英   邢静如   段志强  
【目的】明确鸡肿瘤坏死因子受体相关因子相互作用的具有叉形头相关结构域蛋白(TIFA)和肿瘤坏死因子受体相关因子6(TRAF6)的分子特征及其基因在鸡免疫器官中的表达特性,为后续深入研究TIFA和TRAF6相互作用调控家禽病毒NDV复制的作用机制提供理论依据。【方法】采用生物信息学软件结合实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法结合,通过分析鸡TIFA和TRAF6蛋白的理化性质、二级结构、三级结构、氨基酸同源性和结构域保守性及其在1~6月龄白来航鸡和新城疫病毒(NDV)感染SPF鸡后第3天至第5天的免疫器官(脾脏、胸腺和法氏囊),分别检测鸡免疫器官中TIFA和TRAF6基因的表达水平,进而研究鸡TIFA和TRAF6蛋白的分子特征及其基因在免疫器官中的表达特性。【结果】鸡TIFA和TRAF6蛋白分别含有187个和545个氨基酸残基,相对分子量约为21.8 kDa和61.9 kDa,其二级结构均主要由无规则卷曲和α-螺旋组成。氨基酸同源性分析结果表明,鸡与火鸡TIFA和TRAF6蛋白的氨基酸同源性最高(分别为97.3%和98.2%),而与猪TIFA及小鼠TRAF6蛋白的氨基酸同源性最低(分别为51.1%和74.7%)。同时,鸡TIFA蛋白的FHA结构域及TRAF6蛋白的RING、Zinc finger和MATH结构域均在禽类中保守性高。RT-qPCR分析结果表明,鸡TIFA和TRAF6基因在1~6月龄鸡免疫器官中均存在表达,但以脾脏中的相对表达量最高(为47.94和10.84),而在法氏囊中最低(为8.08和2.01),其中,TIFA基因在1月龄鸡免疫器官中表达量最高(为22.15),在6月龄时最低(为1.11),呈先减后增再减趋势,整体表达趋势呈倒“N”型模式;TRAF6基因在4月龄鸡免疫器官中表达量最高(为7.13),在5月龄时最低(为1.05),呈先降后升再降再升趋势,整体表达趋势呈“W”型模式。在NDV感染SPF鸡后的免疫器官中,TIFA和TRAF6基因的相对表达量均显著高于对照,其中,TIFA基因在第3天的鸡脾脏、第4天的鸡胸腺和法氏囊中的表达量最高,而TRAF6基因则在第3天的鸡脾脏、第5天的鸡胸腺和法氏囊中的表达量最高。【结论】鸡TIFA和TRAF6蛋白在禽类中的保守性高,两者在不同月龄鸡和NDV感染鸡的免疫器官中呈现不同的表达水平和表达变化趋势,其参与的先天性免疫应答可能在抵抗NDV感染过程中发挥一定的作用。
[期刊] 华北农学报  [作者] 高娜   徐庚全   王萌   王立斌   邱山桐   余震   余四九   潘阳阳  
利用蛋白质组学的方法对娟犏牛奶与牦牛奶乳清和乳脂球膜(MFGM)相同蛋白进行分析,而娟犏牛产奶量高于牦牛,若娟犏牛奶的功能与牦牛奶相近,将提高当地牧民的经济水平。通过离心法分离乳清与乳脂,分别提取蛋白;通过串联质量标签(TMT)技术,进行蛋白质定性与定量分析得到相同蛋白;对相同蛋白进行GO功能注释、KEGG代谢通路、蛋白互作等生物信息学分析。结果表明,利用标记定量蛋白质组学技术在娟犏牛奶与牦牛奶中共鉴定到651种乳清蛋白和990种MFGM蛋白,筛选出298种乳清相同蛋白,283种MFGM相同蛋白。GO注释分析发现,鉴定的娟犏牛奶与牦牛奶乳清相同蛋白主要参与的生物过程是内肽酶活性的负调控、免疫应答和免疫球蛋白产生,MFGM相同蛋白参与的生物过程主要是内肽酶活性的负调控和补体激活,经典途径乳清与MFGM相同蛋白定位的细胞成分主要是胞外间隙和胞外区,参与的分子功能主要是三磷酸鸟苷(GTP)酶活性、GTP结合。KEGG富集分析发现,娟犏牛奶与牦牛奶乳清与MFGM相同蛋白主要富集的途径包括补体和凝血级联反应、吞噬体和内质网中的蛋白加工。娟犏牛奶和牦牛奶中丰度较高的蛋白显示出其在免疫和促进营养吸收等方面表现优异,然而,娟犏牛产奶量高于牦牛,这将增加当地牧民的经济收入,也为人们提供更多有价值的高原奶制品。
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