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[期刊] 华北农学报
[作者]
侯小改 王娟 贾甜 张钰乾 侯娟 李嘉珏
以牡丹基因组DNA为模板,采用L16(45)正交试验设计对影响目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)的五因素(Taq酶用量、Mg2+浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度和引物浓度)进行优化试验,建立了优化的牡丹SCoT-PCR反应体系:Mg2+2.50 mmol/L、dNTPs 0.25 mmol/L、引物0.60μmol/L、Taq DNA聚合酶0.50 U、模板DNA 1.00 ng/μL,1×PCR-Buffer,总体积20.00μL。比较各因素对扩增反应的结果,其中以Mg2+浓度的影响最大,DNA模板用量的影响最小。运用牡丹17个品种验证了该体系稳定可靠,并从36个S...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
张宇 黄国弟 黄强 莫永龙 覃旭 郭丽梅
以芒果基因组DNA为模板,选择正交设计试验对控制DNA保守序列多态性——聚合酶链式反应(CDDP-PCR)的4个因素(模板DNA浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Mg(2+)DNA聚合酶用量)进行正交试验,构建了较佳的芒果CDDP-PCR反应体系,含0.50 U Mg2+DNA聚合酶、0.40 mmol·L(-1)d NTPs、1.00μmol·L(-1)引物、0.50 ng·μL(-1)模板DNA,加双蒸水使得总体积达20.00μL.对比四因子对PCR反应的影响,影响最强的因素是含Mg2+的DNA聚合酶,
关键词：
芒果 CDDP 反应体系 引物筛选 优化
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
徐刚红 姜子德 沈万宽 罗明珠 饶得花
以甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)交配型菌株基因组DNA为模板,在单因素优化试验的基础上,采用L16(45)正交试验设计,对影响甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、r Taq DNA聚合酶和模板用量5个因素进行优化,建立优化的甘蔗黑穗病菌SCoT-PCR反应体系:DNA模板12.50ng、dNTPs 0.17mmol/L、引物0.46μmol/L、Mg2+1.7 mmol/L、r Taq DNA聚合酶0.85U、1×Buffer(Mg2+free),总体积25μL。应用优化体系从30条SCoT引物中筛选扩增条带清晰且多态性丰富的10条...
[期刊] 华北农学报
[作者]
苏辉 李志刚 宋书宏
以大豆(Glycine maxL.)为材料,研究了PCR反应体系的主要成分对大豆SSR扩增结果的影响,并确定影响SSR扩增结果的各因素的最佳用量。以CTAB法提取的大豆叶片DNA为模板,应用L16(44)正交设计对影响大豆SSR-PCR的主要参数进行优化,建立适合大豆SSR-PCR反应的最佳体系。结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响。大豆SSR-PCR优化反应体系为:2.0μL10×PCRBuffer,30 ng模板DNA,150μmol/LdNTP,0.4μmol/LSSR引物,1.5 UTaqDNA聚合酶,2.0 mmol/L Mg2+,加ddH2O至终体积20.0μL...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
吴静 成仿云 庞利铮 钟原 蔡长福
利用筛选出的１１对多态性简单重复序列（ＳＳＲ）标记对９９份紫斑牡丹材料进行多态性扫描，在分析其遗传多样性和群体结构的基础上，采用ＴＡＳＳＥＬ２．１软件的一般线性模型（ＧＬＭ）进行标记与３２个观赏性状的关联分析。结果表明：１１个多态性ＳＳＲ标记共检测到９４个等位变异，平均每个位点检测到等位变异８．５个；引物的多态性信息含量（ＰＩＣ）变幅为０．１４６～０．８５０，平均值为０．５９３；遗传多样性变幅为０．１５２～０．８６２，平均为０．６３０。群体结构分析将供试材料划分为３个亚群；通过关联分析，发现５个标记位点与６个性状显著关联（Ｐ＜０．０１），各标记位点对表型变异的解释率为３０．４％～５５．８％，其．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张建成 陈瑞丹 曲春苗 吕晓倩
利用SSR分子标记技术对以‘淡丰后’(或‘丰后’)为母本,分别与其他梅花品种及近缘种杂交的F1代及其亲本进行杂种鉴定。用47对从梅花近缘种(包括桃、李、杏、酸樱桃、甜樱桃)中已开发出的SSR引物和3对梅花EST-SSR引物对亲本进行SSR-PCR扩增,其中8对引物(aprigms18、BPPCT001、BPPCT002、BPPCT004、BPPCT034、UDP96005、UDP98409、PES16)对23个父本中的21个有稳定、特异扩增(相对于母本),包括12个梅花品种和9个近缘种,有效扩增率为91.3%。再用以上8对引物对10个杂交组合进行扩增,有6对引物(BPPCT001、BPPCT0...
关键词：
梅花 SSR 筛选 杂种鉴定
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
朱元娣 李光晨 张文 王涛
为筛选适宜苹果的RAPD引物 ,以苹果富士与舞姿的杂交后代为试材 ,依据RAPD校正方法、利用引物OPA13构建了苹果的RAPD校正图谱 ;在 5 2 0个RAPD引物中找出了扩增稳定、条带清晰的 2 4 6个引物 ,其中扩增条带数在 8个以上的有 91个引物 ,可用于苹果的遗传分析。探讨了RAPD -PCR反应条件与RAPD校正的关系 ,RAPD校正能够提高RAPD -PCR的扩增能力
关键词：
RAPD引物 RAPD校正 苹果
[期刊] 中国农业科学
[作者]
胡光明 张琼 韩飞 李大卫 李作洲 汪志 赵婷婷 田华 刘小莉 钟彩虹
【目的】基于猕猴桃全基因组数据，开发、筛选一批多态性高、通用性强的SSR引物，为猕猴桃属种质资源遗传多样性分析、品种鉴定等奠定基础。【方法】基于‘红阳’猕猴桃全基因组序列，设计并合成435对SSR引物，采用荧光标记毛细管电泳进行等位变异检测。首先，采用遗传差异较大的5份猕猴桃种质资源对引物进行有效性筛选；其次，选择9个物种或杂交组合的16份猕猴桃种质资源开展引物复筛；最后，利用所选引物对国家猕猴桃种质资源圃内猕猴桃属51个类型共225份种质资源进行基因分型及亲缘聚类分析。【结果】从435对引物中初筛到216对有效性引物，经复筛确定分布于29条染色体上的67对引物为最终核心引物。67对引物在16份种质中共得到842个等位变异，每个位点检测到等位变异6—18个，平均等位基因数（Na）为12.57个；有效等位基因数（Ne）为3.27(A-Geo-149)—13.84(A-Geo-407)个，平均为8.18个；观测杂合度（Ho）为0.60(A-Geo-073)—0.93(A-Geo-158)，平均为0.77；期望杂合度（He）为0.72(A-Geo-149)—0.92(A-Geo-101、A-Geo-158)，平均为0.85；多态性信息含量（PIC）为0.67(A-Geo-149)—0.92(A-Geo-158)，平均为0.84;Shannon’s信息指数（I）为1.47(A-Geo-149)—2.73(A-Geo-101)，平均为2.22，说明引物的多态性极高，适用于猕猴桃属种质资源的亲缘关系及遗传多样性分析，225份种质资源聚类结果能明确揭示猕猴桃属植物的亲缘关系。【结论】筛选出的SSR引物稳定、可靠，多态性与通用性高，可作为核心引物用于猕猴桃属植物种质资源鉴定、指纹图谱构建、核心种质挖掘和遗传多样性分析等研究。
关键词：
猕猴桃 SSR 引物 基因组 遗传多样性
[期刊] 林业科学研究
[作者]
张艳丽 王雁 李正红 马宏
对NCBI(美国国立生物技术信息中心)中牡丹的ESTs(expressed sequence tags)的序列进行分析,结果表明:在所分析的2 204条序列中,仅324条分布有SSRs(simple sequence repeats),占全部ESTs序列的14.70%;SSR的出现频率为15.20%,共计335个,其中,二核苷酸重复比例84.18%,三核苷酸重复比例为15.22%,四和六核苷酸重复比例为0.30%。在此基础上,利用软件(serafer 1.3)设计了51对备选SSR引物,以6个滇牡丹不同花色类群DNA为模板对引物进行筛选,其中,10对引物有扩增产物;用这些引物进一步在10个类群...
关键词：
牡丹 滇牡丹 EST SSR 标记
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张羽 张晓娟 李英 谌国鹏 孙晓敏
为探索ＳＣＯＴ标记在油菜遗传多样性研究中的应用，本利用３６对有多态性的ＳＣＯＴ标记和在油菜多样性分析中广泛使用的３０对ＳＲＡＰ标记，对６５份陕南地区甘蓝型油菜高代材料进行遗传多样性分析。结果表明，ＳＣＯＴ标记平均每个标记检测到５个等位变异，每个ＳＣＯＴ位点的遗传多态性信息含量在０．２８～０．８１，平均值为０．５７，供试材料的遗传相似系数集中在０．５６～０．８９。平均每个ＳＲＡＰ标记检测到４个等位基因，每个ＳＲＡＰ位点的遗传多态性信息含量在０．１７～０．８５，平均值为０．５１。供试材料的遗传相似系数集中在０．５０～０．８８。本试验得出，ＳＣＯＴ标记的聚类结果和ＳＲＡＰ标记近似，ＳＣＯＴ标记的多态．．．
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
高平 刘玉英 成仿云 刘改秀 李敏
调查了196个中原牡丹品种的形态与观赏性状,针对园林绿化、盆花与切花生产3种专用目标,采用灰色系统理论,通过与标准品种关联度分析,进行品种评价与筛选。结果表明:针对园林绿化,适宜选择与标准品种关联度≥0.7的品种;而对盆花与切花栽培而言,与标准品种关联度≥0.8的品种较为适合。据此筛选出45个品种(约占总数的1/4)推荐在生产中应用,包括42个绿化品种、20个盆栽品种、12个切花品种。推荐品种中有7个可同时满足绿化、盆栽和切花生产的要求,应在生产中优先推广;有15个品种在适合绿化应用的同时,也可用于盆花或切花栽培;有3个与20个品种分别适合盆栽与绿化的单一应用目标。其余151个品种(约占总品种...
关键词：
牡丹 形态特征 品种评价 品种筛选
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
陈华增 李健 何玉英 李吉涛 王清印
利用正交设计L16(45)对影响中国对虾SRAP分子标记分析的5个因素(Taq酶,Mg2+,模板DNA,dNTP和引物浓度)在4个水平上进行了优化,筛选出各反应因素的最佳水平为:20μl反应体系中包含1.0UTaq酶,2.0mmol/L的Mg2+,40.0ng的模板DNA,0.125mmol/L的dNTP以及0.4μmol/L的引物,退火温度为53.5℃。研究表明,各因素的不同水平对扩增结果有显著影响,其中Mg2+影响最大,影响大小顺序依次为Mg2+,Taq酶,引物,dNTP和模板DNA。利用优化的SRAP分子标记体系对中国对虾"黄海1号"第12世代选育群体进行了遗传多样性分析,实验结果表明,...
关键词：
中国对虾 正交设计 SRAP 遗传多样性
[期刊] 林业科学研究
[作者]
索志立 周世良 张会金 张治明
以杨山牡丹作母本,分别以牡丹品种'赵粉'(PaeoniasuffruticosaAndr.cv.'ZhaoFen')和'紫二乔'(P suffruticosacv.'ZiErQiao')作父本,进行人工杂交,获得了杂交后代。利用DNAISSR标记技术构建的亲子代DNA指纹图谱显示,在杂交后代中检测到了分别来自双亲的特征带。建立起来的专用于牡丹研究的ISSR标记技术方法可以用于牡丹杂交种的苗期快速鉴定。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
张克云 张崇星 吕毅 徐春花 王旭 林茂松
应用随机引物S344、S356和S360比较分析了PCR热循环复性温度、Mg2+浓度和模板浓度对松材线虫基因组DNA的RAPD扩增结果的影响,旨在建立松材线虫的最佳反应体系,并以此进行松材线虫的分子鉴定标记筛选。结果表明:37℃的复性温度、3.0 mmol.L-1Mg2+、10μL反应体系中松材线虫基因组DNA模板1~25 ng是研究松材线虫RAPD特征的最佳反应体系。利用此反应体系,通过对100个随机引物的分析,获得了3条松材线虫区别于拟松材线虫的分子鉴定标记。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
李培 阙青敏 王芳 李俊成 朱芹 廖柏勇 陈晓阳
[目的]优化相关序列扩增多态性(SRAP)体系内的不同组分,建立适用于红椿SRAP分子标记的反应体系,并进一步从SRAP引物组合中筛选出稳定、多态性好的引物组合,为红椿遗传多样性研究奠定试验基础。[方法]针对SRAP-PCR反应体系中5个因素各设置8个水平,先利用单因素试验确定浓度梯度,后在确定的梯度范围内选定4个水平,按照正交试验L16(45)进行优化,结合正交直观分析法和新复极差法对各因素进行优化筛选。[结果]确定最优体系为总体系25μL,模板DNA 25 ng,上下游引物各0.3μmol·L(-1)
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