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[期刊] 华北农学报
[作者]
司福会 张玉喜 刘春英 盖伟玲 战新梅 盖树鹏
前期通过转录组结合表达谱分析发现一类MBD片段在低温解除牡丹花芽内休眠中的差异表达,为了进一步研究MBD基因特征及其在牡丹休眠解除中的作用,利用RACE扩增获得1204bpPsMBD5全长cDNA,其中编码框1056bp,推测编码351个氨基酸。生物信息学分析结果显示,PsMBD5蛋白分子量约为38.1274kDa,等电点为5.14,不稳定系数为44.27,推测该蛋白为不稳定蛋白。同源性分析表明,牡丹PsMBD5与梅PmMBD5的同源性最高,为38.1%,与亚麻荠CsMBD5的同源性最低,为25.8%,与
[期刊] 华北农学报
[作者]
战新梅 管世铭 张玉喜
SPL(SQUAMOSA promoter-binding protein-like)转录因子在植物多个生理过程中发挥重要的生理功能,为了研究其在牡丹花芽休眠进程中的作用机理,采用RACE方法,从牡丹花芽中克隆得到了一个SPL基因。该基因全长cDNA 1 057 bp,完整开放阅读框为549 bp,编码182个氨基酸,Blast分析表明,编码的氨基酸序列中具有SBP-box基因家族所特有的SBP-box保守结构域。与拟南芥已知SPLs蛋白构建进化树结果表明,牡丹SPL蛋白与At SPL3聚为一支,该基因被
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
邢晋祎 李佳莉 朱孟英 苏欣 王国茹
为探讨鸡甲基转移酶样蛋白５（Ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ５，Ｍｅｔｔｌ５）基因的序列和结构，采用ｒｔ－ｐＣｒ方法克隆该基因，并用生物信息学方法分析该基因的特征；利用定量ｐＣｒ（ｑｐＣｒ）方法检测Ｍｅｔｔｌ５基因的组织表达模式和母鸡叶酸缺乏对仔鸡腹脂中该基因表达的影响。结果表明，鸡Ｍｅｔｔｌ５基因的ＣＤｎａ序列长度为７０２ｂｐ（Ｇｅｎｂａｎｋ ａＣＣｅｓｓｉｏｎ：ｋＵ３５１６８４），编码２１２个氨基酸；进化树分析表明鸡Ｍｅｔｔｌ５氨基酸序列与野鸭和鸿雁的关系较近，与非洲爪蟾的进化关系最远。鸡Ｍｅｔｔｌ５氨基酸序列包含保守的ａＤｏＭｅｔ＿Ｍｔａｓｅｓ ｓＵｐｅｒｆ．．．
关键词：
肉鸡 METTL5基因 腹脂 表达谱
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
袁高雅 沈佳 赵宇 王星 张璐 李季 陈劲枫
[目的]单链DNA结合蛋白Whirly(WHY)是植物体内广泛存在的一类转录因子,在植物叶片衰老等方面具有重要作用。本文旨在克隆黄瓜单链DNA结合蛋白基因CsWHY1,初步分析其表达特征,为黄瓜叶片衰老的功能研究提供参考。[方法]以华北型黄瓜‘9930’‘长春密刺’和‘新泰密刺’为试验材料,克隆CsWHY1的c DNA全长,应用生物信息学方法对该基因进行生物信息学分析,并利用洋葱表皮细胞瞬时表达系统对CsWHY1蛋白进行亚细胞定位,同时通过RT-qPCR技术分析CsWHY1基因在3个黄瓜品种不同组织中的表达模式。[结果]CsWHY1基因包含1个长度为831 bp的开放阅读框(ORF),共编码276个氨基酸,蛋白理论相对分子质量为30.729×10~3,理论等电点(p I)为9.00,属于亲水蛋白。氨基酸序列分析表明,CsWHY1蛋白具有保守的Whirly结构域,在双子叶植物和单子叶植物中高度同源,且与甜瓜亲缘关系最近。亚细胞定位发现CsWHY1蛋白在洋葱表皮的质体上表达。荧光定量PCR分析其表达模式,发现CsWHY1在不同黄瓜品种不同组织中均有表达,叶片中表达量最高,根和茎中表达量较低,其中衰老叶片中的表达量显著高于成熟叶片。[结论]CsWHY1基因的表达具有组织特异性,在衰老叶片高表达,参与了黄瓜叶片衰老进程。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孟凡荣 李永春 凌娜 王潇 司志飞 张艳霞 尹钧
【目的】分析小麦甲基结合蛋白基因TaMBD1和TaMBD6的序列特征及其在种子形成和萌发过程中的表达模式,为探讨小麦种子形成及萌发过程中的表观遗传学调控机制积累资料。【方法】利用RACE技术进行cDNA全长克隆,采用生物信息学软件分析克隆基因的编码蛋白特性,并通过半定量RT-PCR分析克隆基因在小麦种子不同发育阶段及萌发过程中的表达模式。【结果】获得了小麦甲基结合蛋白基因TaMBD1和TaMBD6的cDNA全长,可分别编码193和187个氨基酸。氨基酸序列分析发现,TaMBD1和TaMBD6均包含有典型的甲基结合域,TaMBD1还包含1个CW型的锌指结构域。三维结构分析显示,TaMBD1和Ta...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
毛珊珊 吴华俊 林同
松墨天牛ＭｏｎｏｃｈａＭｕｓ ａｌｔｅｒｎａｔｕｓ是危害马尾松树重大蛀干害虫，也是松材线虫的主要传播媒介昆虫，对我国松林资源构成严重威胁。用ｃ Ｄｎａ末端快速扩增（ｒａｃｅ）方法克隆了松墨天牛ｅｒＰ基因（Ｍａｌ ｅｒＰ），Ｇｅｎ Ｂａｎｋ登录号为ｋＦ３５７８８１．１。该基因含有一个长为８６４ ＢＰ的开放阅读框，编码２８７个氨基。同源性分析表明，Ｍａｌ ｅｒＰ与光肩星天牛ａｎｏＰｌｏＰｈｏｒａ ＧｌａＢｒｉＰｅｎｎｉｓ ｅｒＰ的同源性最高，达到７９％；与赤拟谷盗ｔｒｉＢｏｌｉｕＭ ｃａｓｔａｎｅｕＭ的同源性为４５％。实时荧光定量Ｐｃｒ分析显示，Ｍａ ｅｒＰ在松墨天牛３龄幼虫的脂肪体、马氏管、中肠．．．
关键词：
松墨天牛 包囊蛋白 基因表达 农药胁迫
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘春香 张卫华 曹齐卫 孙小镭
扩张蛋白是促进植物细胞壁伸展的一类蛋白质,黄瓜果实膨大过程中扩张蛋白具有重要作用。本研究以发育中的黄瓜果实RNA为试验材料,通过RACE方法克隆了黄瓜Cs-EXP10基因的5'端未知序列,进而获得了该基因的全长,序列分析显示该基因编码287个氨基酸,有扩张蛋白的特征序列。Southern杂交表明Cs-EXP10在基因组中是以单拷贝形式存在的。其表达具有组织特异性,在膨大过程中的果实中表达量高,显示其与果实的膨大有关。在叶和茎组织中也有少量表达,而在根和花中基本不表达。
关键词：
黄瓜 Cs-EXP10基因 克隆 表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
胡子曜 武晓玉 雷建峰 程贯富 刘超 代培红 梁春燕 徐诗佳 李月
为探究棉花ROP基因在非生物逆境胁迫及外源激素处理下的表达模式，利用同源克隆的方法获得2个陆地棉(Gossypium hirsutum L.)ROP基因GhROP1和GhROP8,通过生物信息学方法分析其理化性质、结构及进化关系，并利用荧光定量PCR(qRT-PCR)技术对其组织表达的特异性及不同逆境胁迫和外源激素处理下的表达模式进行分析。结果表明：1)GhROP1和GhROP8基因的开放阅读框(ORF)分别为591和630 bp,各编码197和210个氨基酸，均含有1个保守的RHO结构域。2)多序列比对显示2个GhROPs蛋白均符合ROP蛋白结构特征且与其他物种ROP蛋白具有高度的相似性，聚类分析表明，GhROP1蛋白属于Ⅰ类ROP蛋白，GhROP8蛋白属于Ⅱ类。3)2个GhROPs基因在不同组织中均有表达且存在组织特异性：GhROP1基因在真叶中表达量最高，在根部和茎部表达量较低；GhROP8基因在根部表达量最高，其他组织中均为低表达量。2个GhROPs基因对于干旱、高盐、低温及高温等非生物逆境胁迫和外源脱落酸(ABA)、生长素(IAA)的处理均有响应：2个GhROPs基因表达均受干旱胁迫诱导；GhROP1基因表达受高盐胁迫抑制，而GhROP8基因受高盐胁迫诱导；低温处理下2个GhROPs基因表达均呈先下调后上调趋势；高温处理下GhROP1基因表达均呈先下调后上调趋势，GhROP8基因表达呈先上调后下调再上调趋势；2个GhROPs基因表达均受外源ABA抑制；外源IAA处理下GhROP1基因呈先上调后下调再上调趋势，GhROP8基因表达受外源IAA诱导。综上，GhROP1和GhROP8是参与棉花响应多种逆境胁迫的重要基因。
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
郑丽明 周发林 杨其彬 黄建华 邱丽华 苏天凤 杨丽诗 江世贵
采用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNAends,RACE)获得了1 672 bp的斑节对虾钙网蛋白(Penaeusmonodon calreticulin,PmCRT)基因cDNA序列。该序列包含37 bp的5'非编码区(UTR)和414 bp的3'非编码区(UTR)以及1 221 bp的开放阅读框(ORF),可编码406个氨基酸。预测的分子量约为46.8ku,理论等电点为4.13。序列比对分析表明PmCRT与中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)的相似性和同源性最高,分别为100%和98.8%。实时荧光定量PCR对组织表达...
关键词：
斑节对虾 钙网蛋白 克隆 组织表达
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
薛晓霞 邵杨 张克中 崔金腾
为研究NIP5-1基因(Nodulin26-like intrinsic protein)在百合生长发育方面的作用机理,利用RACE技术克隆得到百合NIP5-1基因的全长cDNA序列。运用多个软件进行生物信息学分析;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及RT-PCR技术检测其表达特性。结果表明:1)百合NIP5-1基因全长为1 492bp,包含1个900bp的完整开放阅读框(Open reading frame,ORF),共编码299个氨基酸;2)百合NIP5-1蛋白属于跨膜通道蛋白MIP超家族。具有
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
肖栋 韦艳萍 李英 侯喜林
[目的]本文旨在研究不结球白菜病程相关蛋白基因Bc PR5的结构与表达特征。[方法]通过RACE技术,从抗病品种‘苏州青’叶片克隆到Bc PR5基因的全长c DNA序列。采用RT-q PCR方法分析该基因在霜霉病菌诱导,水杨酸(SA)、茉莉酸(Me J)和脱落酸(ABA)等激素处理条件下的表达模式。SDS-PAGE技术分析该基因的原核表达特征。[结果]Bc PR5基因的c DNA全长为954 bp,其中开放阅读框长度为732 bp,共编码243个氨基酸,相对分子质量为26.1×103,理论等电点是9.3。氨基酸同源系统进化分析表明,不结球白菜Bc PR5基因与同属植物的进化关系相近,其中与大白菜第6号染色体上的基因同源性最高(100%)。RT-q PCR分析表明,抗病品种‘苏州青’和感病品种‘矮脚黄’在霜霉病菌和非生物胁迫(SA、Me J和ABA)诱导过程中,Bc PR5基因的表达量均呈先升高后降低的趋势,且抗病品种高于感病品种。原核表达结果表明,该蛋白在终浓度为1.0 mmol·L-1的IPTG诱导4 h后能实现融合蛋白的高效表达。[结论]Bc PR5在不结球白菜抗霜霉病防御反应中发挥着重要作用,研究结果为该基因的功能验证提供理论基础。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
吴庆珂 杨素素 汪阳东 高暝 陈益存
植物种子中,油脂主要贮藏在一种分散的、相对稳定的亚细胞微滴"油体"中,油质蛋白Oleosin是油体结构组成和功能调节的最主要蛋白质,在种子成熟、休眠和萌发过程中发挥重要作用。通过油桐种仁EST文库构建与测序,获得了油桐Oleosin(OLE)蛋白编码基因的5个转录本VfOLE1、VfOLE2、VfOLE3、VfOLE4、VfOLE5,完整阅读框长度分别为474、465、414、414、429 bp。通过实时荧光定量PCR技术分析了5个VfOLE转录本在油桐不同组织以及种仁成熟过程中的表达变化。结果表明,5个VfOLE转录本在成熟的种子中特异高效表达,其它组织中微弱表达;5个VfOLE表达趋势与...
关键词：
Oleosin 油桐 基因表达
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
于戈 李健 李吉涛 李华
应用RACE技术克隆了脊尾白虾血蓝蛋白基因全长cDNA序列,并对该序列进行了分析。结果显示,该基因全长2158bp,开放式阅读框长1992bp,5’非编码区长26bp,3’非编码区长140bp,将该基因命名为EcHc。EcHc编码663个氨基酸,前15个氨基酸组成信号肽,推测成熟肽的分子量为75.05kDa。Blast比对结果显示,由脊尾白虾血蓝蛋白cDNA序列推导的氨基酸序列与日本沼虾、信号小龙虾血蓝蛋白氨基酸序列的同源性分别为86%、68%,由此推断该cDNA序列可能属于血蓝蛋白家族。利用Real-timePCR方法,分别研究了鳗弧菌和白斑综合征病毒(WSSV)感染脊尾白虾后,肝胰腺组织中...
关键词：
脊尾白虾 血蓝蛋白 基因克隆 表达分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李玲 谭瑶 周晓榕 庞保平
【目的】沙葱萤叶甲(Galeruca daurica)是近年来在内蒙古草原上暴发成灾的新害虫,本文旨在克隆沙葱萤叶甲气味结合蛋白基因GdauOBP20的cDNA全长序列,明确其重组蛋白与寄主植物挥发物的结合特性,为揭示沙葱萤叶甲嗅觉的分子机理打下基础。【方法】基于沙葱萤叶甲转录组数据,利用RACE技术对沙葱萤叶甲气味结合蛋白基因GdauOBP20进行cDNA全长克隆;利用生物信息学软件预测分析其编码蛋白的理化特性和结构特征;通过原核表达系统表达目的蛋白,并使用Ni-NTA Agarose亲和层析柱进行重组蛋白纯化。最后采用荧光竞争结合的方法,以N-苯基-1-萘胺(N-phenyl-1-naphthylamine,1-NPN)为荧光探针,检测GdauOBP20重组蛋白与13种主要寄主挥发物的结合情况。【结果】GdauOBP20的cDNA全长序列为567 bp(GenBank登录号MK250532),其中5′末端非编码区长24 bp,3′末端非编码区长123 bp,具有ployA尾结构;开放阅读框(ORF)全长为420 bp,编码139个氨基酸。氨基酸序列中含有4个保守的半胱氨酸位点,属于Minus-C OBP亚家族。预测蛋白三级结构中含有6个α螺旋和两对由半胱氨酸形成的二硫键。成功构建了重组表达载体并获得了高纯度的重组蛋白。重组蛋白GdauOBP20与荧光探针1-NPN的结合常数为12.8μmol·L-1,结合能力较好,可作为本试验的荧光报告子。在所测的13种主要寄主植物挥发物中,除与二烯丙基三硫醚无结合能力外,GdauOBP20重组蛋白与其他12种寄主植物挥发物均有不同程度的结合能力,其中与对二甲苯和环庚三烯的结合能力最强,解离常数分别为22.91和26.55μmol·L-1,而与月桂烯结合能力最弱,解离常数为116.29μmol·L-1。【结论】沙葱萤叶甲GdauOBP20能与寄主植物的多种主要挥发性物质结合,推测其可能在沙葱萤叶甲对寄主植物的定位过程中发挥重要的作用。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
姜波 高彩球 王玉成 于丽丽 杨传平
在有机体的生长和发育过程中,基因表达在转录、转录后和翻译水平都受到严格地调控。转录调控是基因表达调控的第一步,曾被认为是基因表达的主要调控机制,但是随着对转录后调控机制越来
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