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[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖淑敏 李国清 李韦华 周荣琼 杨建伟
【目的】建立牛源环孢子虫套式PCR检测方法并初步应用于临床检测。【方法】根据牛源环孢子虫18S rDNA序列,设计1对保守引物和1对特异性引物,建立牛源环孢子虫套式PCR检测方法。通过阳性参照摸索出该检测方法的最佳反应条件,进行特异性和敏感性试验。并对168份临床样品进行了检测。【结果】该套式PCR能特异性地扩增出牛源环孢子虫基因组DNA中相应片段,与艾美耳球虫、隐孢子虫、贾第虫等10种相关原虫基因组DNA无交叉反应;最低能检测到2.85×10-2fg的阳性参照DNA;对临床样品检测结果表明PCR技术检查阳性者显微镜检查都为阳性。【结论】建立的套式PCR方法具有高度的特异性和敏感性,有较好的临...
关键词：
环孢子虫 奶牛 套式PCR 检测
[期刊] 中国农业科学
[作者]
扈鸿霞 马宇轩 王艳红 林峻 李占武 季荣
【目的】建立一种灵敏、快捷的检测蝗虫微孢子虫（Ｐａｒａｎｏｓｅｍａ ｌｏｃｕｓｔａｅ）的套式Ｐｃｒ方法，为运用微孢子虫防治蝗虫提供技术支持。【方法】以ＧｅｎＢａｎｋ数据库中公布的保守性高的微孢子虫小核糖体亚单位ｒｎａ为目的基因，采用Ｐｒｉｍｅｒｓｅｌｅｃｔ软件设计两对特异的套式Ｐｃｒ引物Ｐ．ｌ．－Ｆ１／Ｐ．ｌ．－ｒ１和Ｐ．ｌ．－Ｆ２／Ｐ．ｌ．－ｒ２，将微孢子虫液用０．２ ｍｏｌ·ｌ～（－１） ｋｏＨ处理后得到的发芽液作为模板进行Ｐｃｒ扩增，建立以Ｐ．ｌ．－Ｆ１／Ｐ．ｌ．－ｒ１为外侧引物、Ｐ．ｌ．－Ｆ２／Ｐ．ｌ．－ｒ２为内侧引物的套式Ｐｃｒ，扩增产为分别为２９８和２４２ ＢＰ。对引物浓度、退火温．．．
关键词：
蝗虫微孢子虫 套式PCR 检测
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
童桂香 黎小正 卢小花 廖永志 江林源 韦信贤
罗氏沼虾诺达病毒(Macrobrachium rosenbergii nodavirus,MrNV)是世界动物卫生组织规定必需上报的罗氏沼虾白尾病(whitetail disease,WTD)的主要病原体。为建立快速检测MrNV的套式RT-PCR方法,根据GenBank上发表的MrNV衣壳蛋白基因序列设计2对特异性引物,对PCR条件进行优化后通过特异性试验和敏感性试验检测其特异性和敏感性。结果表明:该方法能特异性地扩增出205 bp的MrNV衣壳蛋白基因片段,最佳引物浓度为0.8μmol/L、退火温度为56℃、Mg2+浓度为2.0 mmol/L,而对其他对虾病毒基因组均没有扩增出条带;检测Mr...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
陈千林 刘梦丽 许正茂 王振宝 吉尔格力 史亚明 巴音查汗
为建立牛感染犬新孢子虫的Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＰＣＲ检测方法，根据犬新孢子虫ＮＣ２基因保守序列设计特异性检测引物和ｔａｑｍａＮ－ｍＧＢ探针，建立新孢子虫病ｔａｑｍａＮ－ｍＧＢ Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＰＣＲ检测方法。ＰＣＲ扩增产物约为１５０ＢＰ，与预期片段大小相符；Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＰＣＲ扩增表明，Ｃｔ值与梯度稀释的阳性质粒模板呈良好的线性关系；当检测牛源性弓形虫、牛环形泰勒和牛巴贝斯等虫种阳性ＤＮａ时均为阴性；经３Ｄ数字ＰＣＲ判定，Ｒｅａｌ－ｔｉｍｅ ＰＣＲ方法的最低有效检测量为６．４１拷贝／μｌ，灵敏性是常规ＰＣＲ的１ ０００倍；重复性试验的组内平均变异系数为１．１０８％，组间为２．７３２％；．．．
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
谢丽基 谢芝勋 庞耀珊 刘加波 邓显文 谢志勤
根据派琴虫的基因保守序列设计了特异性引物,对派琴虫的DNA进行PCR扩增并将产物克隆到pMD18-T载体后测序。结果表明,扩增大小为596bp,与预期扩增序列同源性为99.8%。该PCR方法检测灵敏度高,最低可检测1pg的派琴虫DNA;特异性强,对荧光假单胞菌、嗜水气单胞菌、大肠杆菌、葡萄球菌、副溶血弧菌、沙门氏菌、诺瓦克样病毒等贝类病原体的扩增均为阴性。用该PCR技术对广西沿海的104份牡蛎、49份贻贝和20份文蛤病料进行检测,阳性率分别为14.6%、10.6%和15.0%。结果显示,派琴虫广泛存在于中国南方沿海的养殖贝类中,建立的PCR方法可用于贝类派琴虫的临床快速检测。
关键词：
派琴虫 PCR 应用
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李丹 柳阳 翟艳花 顾泽茂
为建立一种灵敏、特异的快速检测异育银鲫寄生洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis)的方法,本研究根据洪湖碘泡虫ITS-5.8S r DNA基因序列筛选出一对特异性引物Mh F/R,建立PCR检测方法,对反应条件进行优化,并通过特异性试验、灵敏性试验与临床检测验证其可行性。结果显示,建立的PCR检测方法能特异性扩增洪湖碘泡虫相应的基因片段,长度为479 bp,而对试验中其他9种粘孢子虫的扩增结果均为阴性;最低能检测0.1 pg的虫体基因组DNA。通过临床样品检测,PCR方法比显微镜检测的检出
[期刊] 西南农业学报
[作者]
谢丽基 谢芝勋 庞耀珊 刘加波 邓显文 谢志勤
根据基因库中单孢子虫的基因保守序列,设计了1对特异性引物和1条TaqMan探针,对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了检测单孢子虫的荧光定量PCR方法。该方法对单孢子虫的检测敏感性达到40拷贝数,比常规PCR敏感性高100倍;对派琴虫、折光马尔太虫、荧光假单胞菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、河弧菌和拟态弧菌等病原体的检测结果全为阴性。表明该研究建立的单孢子虫荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量和重复性好等优点,可用于临床单孢子虫感染的快速检测。
关键词：
贝类 单孢子虫 荧光定量PCR 检测
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
姜海军 陈琼 孔繁德 李国平 黄印尧 徐淑菲
参照GenBank收录的猪圆环病毒2型(PCV2)基因组全序列选择保守区域设计合成了引物及其探针,并对其进行了筛选;对荧光定量PCR的反应条件进行了优化,建立了TaqM an荧光定量PCR检测方法.用建立的检测方法对临床采集的组织病料进行了检测,并与常规PCR检测方法作比较.结果显示,所建立的方法灵敏度可达3×101拷贝.μL-1,比常规PCR检测方法灵敏度高10倍,而与猪圆环病毒1型(PCV1)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖和呼吸综合征病毒(PRRSV)没有交叉反应,具有灵敏度高、特异性强、操作简便等优点,适合于PCV2的流行病学调查和临床诊断.
[期刊] 华北农学报
[作者]
路斌 王一成 吴润 袁秀芳 徐丽华 李军星 王朝文
通过对Genbank登录的CSFV、PRRSV和JEV的核苷酸序列进行比对分析,找出CSFV的E2基因,PRRSV的Nsp2基因和JEV的E基因为相对保守区域[1]。利用生物学软件在保守序列分别设计一对引物,通过对PCR反应条件的优化,确定了最佳引物浓度、最佳Mg2+浓度和最佳退火温度,建立了多重二温式PCR方法检测CSFV、PRRSV和JEV。其扩增的目的片断大小分别为CSFV(482 bp)、PRRSV(576 bp)和JEV(375 bp),将传统三温式PCR过程中的退火与延伸合并为一步,从而大大节省临床检测时间,同时又能通过一个反应体系对CSFV、PRRSV及JEV三种猪主要RNA病毒...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨坤 高志鹏 习丙文 陈凯 谢骏 潘良坤
在异育银鲫(Carassius auratus gibelio Bloch)养殖过程中，因感染洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis)引起的“喉孢子虫病”常会导致池塘养殖苗种和成鱼大量死亡。因此，建立一种特异性强、灵敏度高和易于操作的检测方法对于该病的早期诊断以及防治具有重要意义。本研究基于洪湖碘泡虫18S rDNA基因序列设计合成两组特异性引物，通过外引物组和单条内引物组合及条件优化，建立了洪湖碘泡虫单管半巢式PCR检测方法，并对该方法的特异性、灵敏度及临床应用分别进行了验证。结果显示，该检测方法特异性好，只有洪湖碘泡虫扩增为阳性，瓶囊碘泡虫(Myxobolus ampullicapsulatus)、吴李碘泡虫(Myxobolus wulii)、武汉单极虫(Thelohanellus wuhanensis)及异育银鲫肌肉样品等均为阴性；最低检测灵敏度极限为4.2 copy/μL；对疫区养殖池塘健康异育银鲫的卵巢、肾脏及脾脏组织样品检测发现洪湖碘泡虫阳性率分别为40%、32%和8%，检出率显著高于普通PCR。因此，本研究所建立的检测方法特异性强、灵敏度高，可应用于洪湖碘泡虫的早期快速检测。
关键词：
异育银鲫 洪湖碘泡虫 PCR 喉孢子虫病
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
陈光达 许信刚 童德文
【目的】建立可用于临床同时检测PCV-2、PPV和PRV 3种DNA病毒感染的多重PCR方法。【方法】根据GenBank中收录的PCV-2、PPV和PRV的基因组序列,选择3种病毒的特异性保守区设计3对引物,通过优化多重PCR的反应条件,建立了能够同时检测3种病毒混合感染的多重PCR方法,对该方法的特异性、敏感性、稳定性进行检测,并将其用于临床病料的检测。【结果】多重PCR方法中,当引物浓度均为1.0μmol/L,退火温度为57.2℃时,各目的片段均可较好地扩增。特异性试验结果表明,建立的多重PCR方法可从PCV-2、PPV、PRV病毒DNA中分别扩增出长度为353,265和198bp的目的片...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
周智君 陈军 俞远京 肖献忠
根据GenBank登录的兔出血症病毒的VP60基因序列,设计了2对引物,建立了检测兔出血症病毒的套式PCR检测方法.先用外引物扩增一段389bp的DNA片断,继而用内引物以扩增产物为模板进行第2次扩增(即套式PCR),以提高结果的准确性,避免一次性PCR的假阳性结果.用该方法对12份RHD样本进行检测,检出率为100%.
关键词：
兔出血症病毒 套式PCR VP60基因
[期刊] 水产学报
[作者]
曹泽艺 周庆杰 陈凯 习丙文 谢骏 潘良坤 毛颖
为克服现有小瓜虫病的显微镜检和PCR诊断等方法在该寄生虫的感染早期阶段和环境样本检测中存在的缺陷，建立特异性强、灵敏度高的多子小瓜虫PCR检测方法，实验根据多子小瓜虫线粒体COⅠ序列设计和筛选了一对引物，经过PCR程序优化、特异性、灵敏性验证以及临床和环境样品检测分析，分别建立了普通PCR和荧光定量PCR检测方法。结果显示，本研究获得的检测引物对多子小瓜虫有较高的扩增特异性，对同属纤毛虫类的草履虫、四膜虫和肠袋虫以及常见养殖鱼类宿主异育银鲫、草鱼、尼罗罗非鱼和团头鲂等样本均无扩增；扩增特异性和灵敏度都优于文献报道的方法。其中，普通PCR最低检测的样本浓度为掠食体2.67个/μL，荧光定量PCR在掠食体0.02个/μL时依然能有效检出，荧光定量PCR检测灵敏度高于普通PCR。研究表明，在临床样本和养殖水环境样本检测应用中，基于该引物的两种PCR方法表现出很高的一致性，能有效检出潜伏感染鱼体和养殖水环境中的多子小瓜虫。本研究所建立的多子小瓜虫的检测方法特异性强、灵敏度高，适用于淡水养殖中小瓜虫病的早期诊断和病原体的检测。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘衍鹏 黄冠军 刘天强 李爱华 肖丹
根据弧菌属细菌(Vibrio spp.)共有的rpo A基因序列,比对和设计了一对PCR引物,建立了能够快速而准确地检测弧菌属细菌的通用PCR检测方法,该方法对靶标DNA的检测灵敏度为58 fg/μL,对菌液的检测灵敏度为2.7×102cfu/m L,能够区分该属细菌与其它属的细菌,具有极高的特异性。使用建立的方法对分离自南美白对虾的病原菌进行了检验,并结合16S r DNA序列分析,结果显示待检测病原均为弧菌属的细菌,与测序结果一致,说明该检测方法可用于弧菌属细菌的检测和诊断。
关键词：
弧菌属细菌 rpo A基因 特异性 检验
[期刊] 西南农业学报
[作者]
尹全 宋君 刘勇 刘红雨 黄小琴
根据GenBank中根肿病菌的保守序列,设计了一对引物,该引物能从供试的根肿病菌根组织中特异性扩增出一条498bp的预期条带。采用改良土壤DNA提取方法对人工配制病土中根肿病菌休眠孢子DNA提取,通过检测不同稀释度和不同孢子量的DNA检测结果证明,该检测方法能检测出土壤根肿病菌含量大于104个孢子/g孢子浓度的带菌土壤,且该方法具有快速、准确、简便、有效的特点。
关键词：
根肿病菌 休眠孢子 PCR 土壤检测
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