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[期刊] 西南农业学报
[作者]
乔新荣
通过电子克隆与RT-PCR相结合的方法,获得一个新的烟草PHOT2基因。生物信息学分析表明,该基因c DNA全长3326bp,包含一个2889 bp的开放阅读框,共编码962个氨基酸。主要由无规则卷曲和α-螺旋构成蛋白的二级结构。具有典型的蓝光受体向光素功能结构域,即N端的两个PAS亚家族序列组成的光感受区和C端的Ser/Thr蛋白激酶区。此外预测到该蛋白存在几个潜在的磷酸化位点。
关键词：
烟草 EST 生物信息学 向光素
[期刊] 华北农学报
[作者]
鲁黎明 叶科媛 李立芹 魏成成 杨玲珑 陈勇
根据烟草的EST片段,采用3’RACE与5’RACE相结合的方法,克隆到了一个烟草推测钾转运基因TPK2。该基因所编码的蛋白包含563个氨基酸,分子量为62.6 kDa,等电点7.94。在结构上,TPK2具有植物行使钾转运功能的c15781保守域;同源性分析表明,TPK2与模式植物拟南芥、水稻等高亲和钾转运蛋白同源性较高。
关键词：
烟草 基因克隆 TPK2 钾 生物信息学
[期刊] 西南农业学报
[作者]
崔红利 陈军 王林萍 胡章立 秦松
【目的】本文旨在获得雨生红球藻中蓝光受体向光素(Phototropin,PHOT)的全长序列并进行生物信息分析。【方法】采用同源克隆和RACE结合的方法获得雨生红球藻中编码HaePHOT的c DNA序列全长,并对HaePHOT进行生物信息分析。【结果】HaePHOT的开放阅读框全长为2139 bp,编码712个氨基酸,预测的等电点8.66,理论分子量78.73 k D。经BLASTP程序分析,与拟南芥来源PHOT的相似性达到58%,与莱茵衣藻来源PHOT的相似性达到68%。通过序列比对和结构域分析,PHO
[期刊] 中国农业科学
[作者]
鲁黎明
【目的】克隆烟草钾吸收转运基因,分析其亲缘关系,并预测其结构、性质与功能,为烟草钾转运体基因的功能研究提供基础。【方法】以利用RACE技术克隆出的烟草钾转运体基因片段的3'端序列为探针,对烟草EST数据库进行搜索,筛选与探针同源性在95%以上的EST序列,再利用DNAStar软件进行拼接。然后,应用多种生物信息学数据库和软件,对获得的烟草钾转运体基因全长cDNA序列进行结构、性质和功能预测。【结果】获得烟草钾转运体基因(TPK1)的cDNA全长。该基因所编码蛋白质的分子量为26.21 kD,理论等电点pI为9.72。该蛋白质是一个疏水膜蛋白,包含6个明显的跨膜螺旋拓扑结构,在二级结构中,共包含...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张梅娟 徐红红 马天意 钱朋智 沙伟
水通道蛋白是一类较小的跨膜蛋白质,在植物抵御非生物胁迫过程中具有非常重要的作用。为了研究砂藓水通道蛋白基因的生物学功能,利用干旱处理转录组测序获得的序列信息,克隆获得1个水通道蛋白家族中质膜内在蛋白基因序列,命名为RcPIP2。生物信息学结果显示,RcPIP2基因全长序列为1 267 bp,包含807 bp的开放阅读框,编码含有268个氨基酸残基的蛋白质。该蛋白质分子质量预测为28.3 ku,理论等电点为6.64,为疏水性较强的稳定性蛋白;无信号肽,为非分泌型蛋白;含有6个跨膜结构域。保守结构域分析发现,RcPIP2具有膜内在蛋白(MIP)家族信号序列、高等植物高度保守序列HINPAVTFG和2个天门冬酰胺-脯氨酸-丙氨酸(NPA)基序。二级结构包括α螺旋(37.31%)、β折叠(20.9%)、无规则卷曲(38.43%)。三级结构预测发现,RcPIP2蛋白质的立体结构为典型的四聚体形式,由4个圆筒状亚基和中间的孔道构成。系统进化树分析表明,RcPIP2与小立碗藓中的PIP2蛋白质亲缘关系较近,聚为一类。由此推测,RcPIP2基因为水通道蛋白家族成员。
[期刊] 华北农学报
[作者]
张春兰 满丽莉 向殿军 李旭新 包乌日娜 刘鹏
SnRK2家族基因编码植物体内一类丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,是ABA通路中影响植物抗逆能力的关键调控基因。基于SnRK2成员c DNA的保守区序列信息,利用RT-PCR与SON-PCR相结合的方法从雪菜中克隆了一个SnRK2全长c DNA序列,命名为BjSnRK2C。测序结果显示,该c DNA序列全长1 380 bp,包含一个137 bp的3’-非翻译区,一个214 bp的5’-非翻译区,一个1 029 bp的完整开放阅读框,编码342个氨基酸,在Gen Bank数据库的登录号为MF983711。BjSnRK2C蛋白激酶理论分子量为38. 2 ku,理论等电点为5. 61,属于亲水性蛋白,存在2个显著跨膜结构域,含有30处磷酸化位点,没有信号肽,最可能定位的位置是在细胞质上。BjSnRK2C蛋白激酶的二级结构具有130个α-螺旋、126个无规则卷曲、59个延伸链和27个β-转角。BjSnRK2C蛋白包含1个丝氨酸/苏氨酸酶活性结构域和1个ATP结合位点,同拟南芥AtSnRK2. 8蛋白激酶亲缘关系最近,处在同一进化分枝。雪菜BjSnRK2C蛋白激酶的三级结构与拟南芥AtSnRK2. 8蛋白激酶极为相似,推测它们具有类似的功能。BjSnRK2C蛋白激酶的C末端仅含有结构域Ⅰ,缺少结构域Ⅱ,暗示雪菜BjSnRK2C基因在参与非生物胁迫过程中很可能也是不依赖ABA调控通路的。研究结果可为今后深入研究BjSnRK2C功能奠定理论基础。
[期刊] 华北农学报
[作者]
于文全 刘海荣 杨晓华 赵恒田
为了克隆草原樱桃多聚半乳糖醛酸酶抑制蛋白基因,并进行生物信息学分析。以草原樱桃叶片基因组为模板,PGIP基因保守序列设计引物,通过PCR扩增获得约1 kb的DNA片段。序列分析表明,该基因全长1 193 bp,包含有1个完整的开放阅读框,由2个外显子和1个内含子构成,外显子总长990 bp,编码330个氨基酸,其编码的氨基酸序列中含有一段典型的亮氨酸重复序列,GenBank登录号为GU068977;该基因与中国李、杏、桃、马哈利樱桃、梅等李属植物的PGIP基因序列一致度达95%～99%。系统进化分析显示,属内亲缘关系较近、属间亲缘关系较远的特点。克隆了草原樱桃PGIP基因,为樱桃抗病育种提供一...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
洪艳云 黄志刚 易图永
南荻是一种高木质纤维素含量的禾本科多年生草本植物,但其中的高木质素含量严重制约了它作为能源植物的开发利用。采用RT-PCR及RACE方法从南荻中分离到G木质素单体形成的关键酶CCoAOMT家族的一个基因,将该基因序列递交到GenBank,登录号为JF965572。该基因全长工1206bp,含有一个786bp的阅读框,编码一个261aa的蛋白,分子量约为29kD。通过NCBI在线比对发现该基因的预测蛋白与同为禾本科玉米的CCoAOMT酶蛋白有很高的同源性,最高达到94.0%;氨基酸序列多重比较的结果表明,该基因编码肽链含有CCoAOMT类基因全部的保守序列元件;系统进化树分析表明,该基因与玉米的...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张伟 方梅霞 聂庆华 张细权
利用生物信息学和比较基因组学方法,对猪TDRP1基因的结构、表达及功能进行分析,结果表明:(1)电子克隆获得猪TDRP1基因cDNA部分序列共776bp,包括119bp的5′UTR、561bp的编码区和96bp的3′UTR,共编码合成187个氨基酸多肽;(2)猪TDRP1基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为85%、76.1%、77.1%.编码合成的猪TDRP1蛋白与人、小鼠、大鼠之间的同源性分别为82.5%、71.1%和70.1%;(3)猪TDRP1蛋白的相对分子质量为20489.8,不含信号肽,为1个可溶性蛋白,同时也是1个非分泌性蛋白,存在4个二级结构区段;(4)基于cDNA及ES...
关键词：
猪 TDRP1基因 电子克隆 生物信息学
[期刊] 淡水渔业
[作者]
俞兆曦 连总强 吴旭东 杨忠礼 李力 张锋 肖伟 赛清云
为研究兰州鲇（ＳｉｌｕｒｕＳ ｌａｎｚｈｏｕｅｎＳｉＳ）生长性状相关基因，运用ｒＴ－ＰＣｒ、Ｔａ克隆和核酸测序等技术对兰州鲇ＭｙｏＤ基因的ＣＤＳ区及全基因进行克隆和生物信息学分析。获得兰州鲇ＭｙｏＤ基因的完整ＣＤＳ区序列８１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ２７７５５１）及ＭｙｏＤ基因全序列１ ２１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ３３９１７５），包括部分５＇端６３ ｂＰ和３＇端５８ ｂＰ；ｏｒＦ区含有３个外显子和２个内含子，外显子长度分别为５１０ ｂＰ、８０ ｂＰ和２２０ ｂＰ，内含子长度分别为１５６ ｂＰ和１２３ ｂＰ，编码２６９个氨基酸残基组成的可溶酸性蛋白质；预测亚细胞定位Ｍｙ．．．
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
崔丽婷 李文彦 包横 詹亚光 齐凤慧
结合茶条槭转录组数据库,利用RT-PCR的方法克隆得到茶条槭SDH基因,命名为AgSDH,并对该基因及其蛋白进行了生物信息学分析。结果显示,AgSDH基因的ORF全长为1 563 bp,共编码520个氨基酸,推测蛋白相对分子量为57.219 k Da,理论等电点为5.61,无信号肽,预测亚细胞定位于细胞质中。生物信息学分析表明AgSDH蛋白为亲水性蛋白,没有跨膜结构。蛋白质二级结构α-螺旋占35.38%,延伸链占18.65%,无规则卷曲占45.96%;三级结构预测表明AgSDH蛋白以单体形式存在。与目前已
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
徐绮嫔 王寒 李计尚 周金伟 张于 沈留红 余树民 彭广能 曹随忠
【目的】克隆牦牛（Ｂｏｓ ｇｒｕｎｎｉｅｎｓ）精子相关抗原１１（ｓｐｅｒｍ－ＡｓｓｏｃｉＡｔｅｄ Ａｎｔｉｇｅｎ １１，ｓｐＡｇ１１）基因，并了解其分子结构特征，为进一步研究牦牛ｓｐＡｇ１１生物学功能奠定基础。【方法】从牦牛睾丸中提取总ｒｎＡ，ｒｔｐｃｒ扩增并克隆ｓｐＡｇ１１ｃ、ｓｐＡｇ１１ ｄ和ｓｐＡｇ１１ｅ基因，测序后进行生物信息学分析。【结果】克隆出牦牛ｓｐＡｇ１１基因３个亚型：ｓｐＡｇ１１ｃ、ｓｐＡｇ１１ ｄ和ｓｐＡｇ１１ｅ，序列大小分别是３５１，４０８和２６１Ｂｐ，分别编码１１７，１２９和８０个氨基酸，其中ｓｐＡｇ１１ ｄ和ｓｐＡｇ１１ｅ序列包含１个完整开放阅读框（ｏｒＦ），ｓｐＡｇ．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
张党权 谭晓风 陈鸿鹏 曾艳玲 蒋瑶 李魏 胡芳名
As a high-grade edible oil tree native in China,tea-oil tree(Camellia oleifera)has the oil-yielded rate of about 55% from its kernel.The recent researches suggested that tea-oil would be one of the best vegetable oils,and even be better than olive oil with its abundant unsaturated fatty acids includ...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郝爱平 王婷婷
以小麦S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(SAMDC)cDNA序列为信息探针,基于高粱EST数据库,通过电子克隆技术获得一个全长为2088 bp的高粱SAMDC基因。采用生物信息学方法对其开放读码框、理化性质、二级结构、结构域等进行分析。结果表明:此contig片段包含一个长达1197 bp的完整开放读码框,编码398个氨基酸,分子量为43 246.0 KD,理论等电点为4.88;二级结构主要构件为无规则卷曲,结构功能域属于S-腺苷甲硫氨酸超家族。同源性分析表明,高粱SAMDC基因编码的蛋白与甘蔗SAMDC基因编码的蛋白同源性达94%。以上研究结果为进一步克隆该基因及功能验证奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙雪婧 杜晓华 杨孝朴 罗玉柱 刘霞
【目的】丰富牦牛CYGB基因研究的基础数据,对牦牛CYGB基因的CDS区进行克隆和生物信息学分析。【方法】提取牦牛大脑海马区组织的总RNA并运用RT-PCR技术反转录为cDNA,并根据GenBank中普通牛CYGB基因cDNA序列(GenBank登录号:DV874786.1),使用Primer3.0在线软件设计特异性引物,运用PCR扩增技术、TA克隆技术和核酸测序技术获得CYGB基因的完整CDS区序列及部分5′端和3′端UTR区,并使用ProtParam、PredictProtein、SWISS-MODEL等在线分析软件与Lasergene7.1软件包分析CYGB的一级结构、二级结构、三级结构...
关键词：
牦牛 胞红蛋白 基因克隆 生物信息学
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