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[期刊] 中国农业科学
[作者]
龚达平 解敏敏 孙玉合
【目的】构建烟草叶片全长cDNA文库并测序,发掘与烟叶发育、代谢和抗逆相关的基因,为进一步研究功能基因奠定基础。【方法】以烟草苗期叶片为试验材料,利用改进的Cap-trapper法构建烟草叶片全长cDNA文库。利用测序技术获得大量的EST序列,采用生物信息分析手段,对所测EST进行拼接和功能注释。【结果】构建了烟草叶片的全长cDNA文库,该文库滴度为1.2×106pfu.mL-1,平均插入片段在1.4 kb左右。利用该文库测序了5 280个克隆,获得5 233条高质量表达序列标签(EST),序列拼接出3 922个单一基因;同源比对分析表明,89.7%的基因与已知功能基因具有较高的同源性,这些基...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
段亚飞 刘萍 李吉涛 李健 陈萍
采用SMART技术(Switching Mechanism At 5′end of RNA Transcript)构建了脊尾白虾(Exopalaemon carini-cauda)血细胞全长cDNA文库。结果表明:cDNA初级文库滴度为2.8×106pfu/mL,重组率达99%以上,插入片段在400~2 000 bp;扩增文库滴度为4.3×109pfu/mL。随机挑取100个单克隆进行测序,得到95条平均长度为493 bp的高质量EST序列,序列拼接获得70条unigenes,包括11条contigs和59条singlets。Blast同源比对发现,其中20条unigenes与数据库中已知基因...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张敏 黄华宏 林二培 周厚君 王亚辉 童再康
以光皮桦茎叶组织为材料,构建了cDNA文库。初级文库滴度为1.5×106pfu/mL,重组率达97.3%,插入片段大小在0.5～3.0kb之间,平均长度约为1.3kb,表明所构建的文库质量较高,可用于后续基因克隆及基因表达谱的研究。利用微卫星查找软件对获得的224条EST序列进行微卫星位点搜寻及其丰度、分布比较,发现47条序列含微卫星位点60个,占全部EST序列的26.80%;在所有SSRs中二碱基重复最多,为42个,占总数的70.00%,含三、四碱基重复分别占总数的28.30%和1.70%。通过对光皮桦EST序列中微卫星位点信息的发掘分析,为有针对性地设计EST-SSR引物、进行遗传多样性分...
关键词：
光皮桦 cDNA文库 SSR分析
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
陈华 蔡铁城 张冲 邓烨 熊发前 唐荣华 周双彪 庄伟建
以‘闽花6号’品种为材料,利用SMART技术成功构建了花生叶不同生育时期混合的全长c DNA文库,并对文库的部分序列进行测序及分析.结果表明,该文库原始库容为2.25×106cfu·m L-1,重组率达100%,插入片段大小为750-2000bp,平均插入片段大小为1000 bp,达到文库质量要求.随机挑选50个单克隆进行5'端测序,共获得50条有效序列.通过与NCBI非冗余蛋白质数据库进行比对和注释,获得已知功能基因或具推测功能的基因25个,未知功能基因14个,新基因11个,其中49个(98%)基因为花生未报道的基因.参与代谢过程和胁迫响应的基因表达量较高.
[期刊] 中国农业科学
[作者]
戚元成 马雷 王菲菲 刘卫群
【目的】构建烟草打顶后根尖组织的消减文库,寻找调控烟碱生物合成的相关候选基因。【方法】以打顶株为测验子(tester)、以非打顶株为驱赶子(driver),利用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)和反向Northern杂交技术构建和筛选烟草打顶前后根尖组织消减文库,并对差异表达克隆进行生物信息学分析。【结果】构建了具有高消减效率的cDNA文库。PCR验证消减文库阳性克隆的插入片段为200—1 000 bp。经反向Northern杂交,从850个克隆中筛选到560个杂交信号差异明显的克隆,测序后得到273条有效序列。对273个已知功...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
牛艳 孔文涛 杨婧 孔健
将绿色巴夫藻(Pavlova viridis)培养液逐种加入氨苄青霉素、硫酸庆大霉素、硫酸阿米卡星3种抗生素处理,经检验后无杂菌污染。以该藻种为实验材料,以λTriplEx2为载体,利用SMART技术构建其cDNA文库。经测定文库滴度为6×106pfu/mL,重组率为98%。利用PCR方法检测cDNA文库插入DNA片段的大小,其长度为0.5~2 kb,表明该文库达到建库要求,可用来筛选低丰度mRNA的基因克隆。对cDNA文库中的阳性克隆进行随机PCR扩增,挑选插入DNA片段较大的克隆,进行5’末端单向序列测定,测序结果与NCBI数据库进行BLAST比对,获得了200个有研究价值的EST序列和c...
[期刊] 华北农学报
[作者]
郭九峰 孙国琴 乔慧蕾
柠条是包括内蒙古在内干旱荒漠草原上的优势建群植物,具有极强的耐旱(寒)力,为了研究其抗逆机理,挖掘和利用其抗旱基因,用Trizol法从经过干旱处理的柠条当年新生幼嫩枝叶中提取总RNA,分离纯化mRNA,采用SMART技术反转录合成双链cDNA,DSN技术进行均一化,构建了柠条全长cDNA文库。经检验,文库的滴度为1.5×106 cfu/mL,重组率为93.75%,90%以上插入片段的长度为1.0～2.0 kb。从文库中随机挑取3200个克隆进行5'测序,得到3020个有效EST,合成2429个unigenes,其中,singlets 2229条,占总有效序列的91.76%,经与数据库比对,发现...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
杨婷婷 赵凯 朱海山
以番茄抗病品系(CLN2037E)为研究材料,应用SMART技术构建晚疫病诱导的番茄叶片cDNA表达文库,并进行生物信息学分析。成功构建的cDNA文库的克隆数为2.3×109,重组率为96%,通过PCR检测,插入片段范围在0.1~2.0 kb之间。从文库中随机挑取110个克隆进行测序,最终得到107条差异表达ESTs序列。GenBank提交的序列号为GT742146-GT742150;GT865998-GT866099。利用BLAST进行同源性分析:75条ESTs与其他物种同源性较高,视为已知基因,功能涉及能量代谢的占42.7%、细胞内生命活动与信号传导的占10.7%、基因转录和翻译的占9.3...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
丁君 孙巍 常亚青
应用Gubler-Hoffman cDNA文库技术,构建虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)性腺cDNA文库。测试结果表明,其库容量为2.10×106 PFU/mL,长度范围在0.5~4.2 kb,插入片段平均长度为1.4 kb,达到建库要求。对虾夷马粪海胆cDNA克隆测序,将获得的819条EST序列与NCBI数据库进行BLAST比对,获得了65个有研究价值的EST序列和cDNA克隆,其EST序列已提交到GenBank,序列号分别为GO448010–GO448016、GR410172–GR410229,虾夷马粪海胆性腺cDNA文库的成功构建,使短期内获得...
关键词：
虾夷马粪海胆 cDNA 表达序列标签
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
蔡铁城 曾建斌 陈顺辉 陈华 贺小彦 张冲 庄伟建
以烟草不同生长时期茎混合为材料,采用SMART(switching mechanism at5'end of RNA transcript)技术构建了茎全长cDNA文库.原始文库的库容为5.64×106个独立克隆,重组率达99%以上,插入片段集中在0.75-2.0 kb之间,平均长度约为1.2 kb.随机挑取部分克隆进行测序,并进行生物信息学分析,37.5%的序列烟草已有报道,62.5%为烟草未报道的基因,45.8%是未知功能的基因,表明所构建文库达到了用于目的基因分离筛选和新基因克隆的建库要求.
关键词：
烟草 茎 SMART技术 cDNA文库
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
徐刚标 房学爽 叶翠层
以珙桐叶片为研究材料,用Rneasy Plant Mini Kit提取珙桐叶片组织总RNA,反转录成单链cDNA,长距离PCR方法合成双链cDNA;PCR产物经蛋白酶K消化、SfiI酶切后,采用CHROMA SPIN-400柱分级分离,回收0.5 kb以上的cDNA组分,以λTriplEx2载体连接并进行体外包装,构建了珙桐叶全长cDNA文库.结果表明:以XL1-Blue、BM25.8为受体菌测定的原始文库滴度为8.3×106pfu/mL,扩增后文库总滴度为4.16×108pfu/mL,重组率为97.3%;对随机挑取的噬菌斑进行PCR鉴定,表明插入片段大多分布在0.5~2.0 kb之间,文库质...
[期刊] 水产学报
[作者]
孟亮 陈松林 刘洋
以大菱鲆脾脏为材料,构建cDNA文库,通过对文库克隆的序列测定和初步生物信息学分析,共获得3 656个大菱鲆脾脏表达序列标签(EST)。经与GenBank数据库的序列比对后发现,1 891个EST代表了149个已知基因,其余1 765个EST为未知序列。这149个基因大致可分为6类:9个为细胞结构类(6.0%);26个为代谢类(17.5%);45个为细胞防御/免疫类(30.2%);43个为基因/蛋白质表达类(28.9%);16个为细胞信号转导/细胞交流类(10.7%);10个无法明确分类(6.7%)。鉴定的与免疫抗病相关重要基因主要有:CC/CXC趋化因子;主要组织相容性复合体(MHC)cla...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
王志成 蒋建雄 钟军 易自力 刘清波
建立了一种利用PCR-96孔板法快速筛选棉纤维cDNA噬菌体文库,分离全长基因序列的技术体系.首先根据已知EST片段设计一至两对特异PCR引物,通过在96孔滴定板上逐级稀释cDNA文库,利用特异引物以及特异引物与通用引物组合逐级从cDNA文库中筛选目标克隆,最终可获得目标全长cDNA.
关键词：
聚合酶链式反应 cDNA文库 筛选
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵光耀 孔秀英 贾继增
【目的】构建小麦D基因组供体粗山羊草根和叶的全长cDNA文库,探讨利用生物信息学方法分析发掘组织特异性表达基因的可行性。【方法】本研究利用Cap-trapper方法构建全长cDNA文库,利用高通量测序技术获得大批高质量EST序列,在基于Linux系统的本地化生物信息学分析平台上对上述EST进行了电子注释分析。【结果】成功构建了粗山羊草根和叶的全长cDNA文库,测序获得根EST序列6973条和叶EST6616条。利用本地化数据分析平台对其进行功能注释。利用GO-Diff软件,发现了两个文库间表达基因的功能差异,找到组织间表达差异显著的基因和组织内特异性表达的基因。【结论】利用构建的全长cDNA测...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
曾日中 段翠芳 聂智毅 代龙军 黎瑜
【目的】构建橡胶树胶乳均一化全长cDNA文库,降低胶乳中存在的高丰度表达基因的拷贝数,提高胶乳表达基因的分离鉴定和EST测序分析效率。【方法】以橡胶树无性系热研7-33-97的胶乳为材料,将胶乳全长cDNA与Gateway供体载体pDONR222重组,构建了橡胶树胶乳的非剪切型全长cDNA原始文库,经检测原始文库的滴度为6.0×106 cfu/mL,平均插入片段长度大于1.5 kb,重组率约为100%,全长cDNA比例约为76%;利用基因组DNA饱和杂交技术对胶乳原始cDNA文库进行均一化处理,构建橡胶树胶乳的均一化全长cDNA文库。【结果】胶乳均一化全长cDNA文库的总库容量(总CFU)为1...
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橡胶树 胶乳 均一化 全长cDNA文库
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