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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
郭玉双 陈静 刘筱嘉 余世洲 余婧 林世锋 邹颉 付强 张孝廉 赵杰宏 任学良
［目的］分析烟草中ＬＴＲ类反转录转座子对植物生长发育的影响。［方法］利用同源克隆及ＲＡＣＥ的方法，从烟草栽培品种‘贵烟１号’Ｃ ＤＮＡ中克隆得到了１个烟草反转录转座子的全长Ｃ ＤＮＡ序列，命名为ＮＴＲＴ１（ＧＥＮ ＢＡＮｋ登录号：ｋＣ８９９０７７）。利用实时定量ＲＴ－ＰＣＲ研究了该基因在烟草不同组织中的表达水平；构建了基于双生病毒卫星诱导的ＮＴＲＴ１的基因沉默载体，以中国番茄黄化曲叶病毒（ＴｏｍＡＴｏ ｙＥＬＬｏｗ ＬＥＡｆ ＣｕＲＬ ＣｈｉＮＡ ｖｉＲｕｓ，ＴｙＬＣＣＮｖ）为辅助病毒在烟草中沉默了该基因，并调查了基因沉默后的表型。［结果］序列分析表明：该基因全长５ ０４６ ＢＰ，编码３个ｏＲ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
石凤敏 云锦凤 赵彦 张瑞霞
以蒙古冰草DNA为模板,采用PCR扩增的方法从蒙古冰草(Agropyron mongolicumKeng)中分离得到了一个类反转录转座子基因序列,命名为MwRRT(GenBank:GQ855806.1)。序列分析结果表明:该序列长为1 005 bp,包含780 bp的开放阅读框,编码260个氨基酸。经GenBank中BLAST程序分析表明,该片段98~255处氨基酸与水稻(Oryza sativa)预测逆转录转座子蛋白Ty3-gypsy亚类、预测种属特异抗原—聚合酶(Gag-Pol)前体和预测聚合酶氨基酸同源性为47%;与高粱(Sorghum bicolor)的预测GAG-POL前体氨基酸同源...
关键词：
蒙古冰草 反转录转座子 克隆
[期刊] 中国水产科学
[作者]
丁炜东 曹丽萍 曹哲明 邴旭文
转座子是动植物基因组的重要组成部分，在前期研究中发现建鲤（Ｃｙｐｒｉｎｕｓ Ｃａｒｐｉｏ ｖａｒ．ｊｉａｎ）基因组中存在一个ｔｙ３－ｇｙｐｓｙ反转录转座子类型的转座子，并将其命名为ｊｒＥ转座子（ｊｉａｎ Ｃａｒｐ ｒＥｔｒｏｔｒａｎｓｐｏｓｏｎ，ｊｒＥ）。为了研究ｊｒＥ反转录转座子在建鲤基因组中的功能，采用ｐＣｒ扩增、荧光定量ｐＣｒ和原位杂交等方法对ｊｒＥ转座子的特性进行了研究。ｊｒＥ反转录转座子全长５１２６ ｂｐ，具有５？端４７０ ｂｐ和３？端４５３ ｂｐ长末端重复片段（ｌｏｎｇ ｔＥｒｍｉｎａｌ ｒＥｐＥａｔ Ｅｎｄ，ｌｔｒ），中间的开放阅读框（ｏｒＦ）包括核心蛋白基因（ｇａｇ）和酶基因区．．．
关键词：
建鲤 反转录转座子 拷贝数 原位杂交
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周鹏 仇宗浩 翟锐 梁东 徐凌飞
【目的】从早酥梨及其红色芽变基因组中克隆Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列,分析其特点和差异。【方法】根据Ty1-copia反转录转座子逆转录酶保守区域设计简并引物,建立并优化PCR扩增体系,回收、克隆、测序得到的目的基因序列。【结果】成功从早酥梨基因组和红色芽变材料中分别获得29,30条逆转录酶序列,序列大小均为260bp左右。生物信息学分析表明,与早酥梨相比,红色芽变的逆转录酶序列多发生终止子突变、缺失突变、替换突变。聚类分析可将所得序列分为7个家族,基于逆转录酶序列进行的不同物种进化树分析显示,第7家族序列与苹果和李具有很高的同源性,可能是反转录转座子横向传递的结果。【结论】早酥...
关键词：
梨 红色芽变 逆转录酶 进化分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
戚元成 王菲菲 刘卫群 高美娟
【目的】克隆烟草NAC类转录因子基因,分析其序列特征和表达特性,为深入研究NAC类转录因子对烟草打顶后根系的生长发育与烟碱生物合成之间的关系奠定基础。【方法】采用电子克隆结合RT-PCR获得烟草NtNAC-R1全长cDNA序列,并进行生物信息学分析,用pRESTB原核表达系统进行该基因的原核表达。分别采用RT-PCR和Northern杂交对烟草打顶前、后根尖组织中NtNAC-R1的表达模式进行分析。【结果】烟草NtNAC-R1开放性阅读框架长度为936 bp,编码311个氨基酸,具有NAC转录因子家族典型的保守结构域。系统进化分析表明,该基因与矮牵牛NAC亲缘关系较近,属茄科植物特异NAC家族...
[期刊] 华北农学报
[作者]
贾甜甜 郭大龙 侯小改 刘改秀 王丽娜 张修铭 李双双
以牡丹基因组为模板,利用简并引物进行PCR扩增,得到了编码Ty1-copia类反转录转座子反转录酶(RT基因)的序列,测序后所得序列长度为240 bp,包含2个开放读码框,共编码63个氨基酸。经NCBI中BLAST比对结果显示,洛阳红牡丹RT基因与枸杞、甜菜等RT基因的同源性均在70%以上。经MEGA和DNAstar软件分析表明,该片段在进化上与梅、杨、茶和苹果等落叶木本植物的同源性序列存在更高的同源性和更近的亲缘关系,与枸杞、鹰嘴豆、番茄、草莓等草本植物的同源性序列亲缘性较远。
关键词：
牡丹 反转录转座子 RT基因 克隆
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
周鹏 张士伟 翟锐 王志刚 徐凌飞
【目的】从早酥梨及其红皮芽变基因组中分离Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子全长序列，分析序列特点，并基于其中长末端重复序列（ＬＴＲ）建立ｉＲａｐ分子标记体系。【方法】以早酥梨及其红皮芽变和极早熟芽变植株叶片为试材，根据已知的Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子保守区域设计引物，利用同源克隆技术得到目的基因。根据基因两端ＬＴＲ序列设计引物，建立ｉＲａｐ分子标记体系，并对早酥梨及其芽变进行遗传分析。【结果】从早酥梨基因组中获得２条Ｔｙ１－ｃｏｐｉａ反转录转座子全长序列，分别命名为ｐｂＴｙＺＳ１和ｐｂＴｙＺＳ２，长度分别是９ ３６３和９ ６３２ｂｐ。从红色芽变基因组中获得１条序列，命名为ｐｂＴｙＲＭ１，长度为．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
强慧玲 原海亮 何璟
从链霉菌Streptomyces sahachiroi ATCC 33158基因组中克隆到1个聚酮合酶(polyketide synthase,PKS)基因orf18。生物信息学及进化树分析表明它可能属于rppA类Ⅲ型PKS基因。通过RT-PCR证实了该基因在野生型S.sahachiroi中是可以进行转录表达的。HPLC和LC-MS分析的结果表明orf18在S.lividans中异源表达时可产生1,3,6,8-四羟基萘(THN),并且发现该基因也可以在革兰氏阴性菌Pseudomonas stutzeri中异源表达并产生明显的棕红色色素。证明orf18编码的蛋白属于RppA类Ⅲ型PKS,可催化T...
[期刊] 林业科学
[作者]
樊金会 陈静 李文卿 李青 邹琦
利用PCR技术,从毛白杨花序材料中分离出一个MADS盒基因PtSEP3。蛋白序列比较和同源树分析表明,该基因与拟南芥SEP3同源。表达分析显示PtSEP3不仅在成年植株雌蕊和雄蕊中表达,也在幼茎、幼叶和顶芽中表达。在35S启动子驱动下,PtSEP3超表达的毛白杨转基因植株发生了明显的形态变化,表现为叶序不规则,在同一节间常数枚集生;并且叶片基部形态与野生型的心形不同,大部分为楔形。在离体条件下,在芽分化培养基上,PtSEP3转基因株系的根和叶外植体可以诱导发生带有花柱和子房室的子房状结构。试验结果说明PtSEP3参与了毛白杨花器官的发生,并可能在维持茎端分生组织分化出正常形态的叶片中也起着作用...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
魏跃 颜志明 吴志明 江彪 张蜀宁
采用植物Ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物,经PCR扩增从矮牵牛(Petunia hybrida Vilm.)中扩增出260 bp左右的目标条带,扩增产物经测序及序列分析,总共获得了24条逆转录酶序列。结果表明,24条逆转录酶序列长度变化范围为260~272 bp,同源性范围为49.8%~97%,经核苷酸聚类分析分为7个家族。Ty1-copia类逆转录酶在序列长度、碱基组成上具有高度异质性,翻译成氨基酸后,有18条序列是完整的,另外6条序列出现终止密码子突变或移框突变,终止密码子突变和移框突变是矮牵牛Ty1-copia类逆转座子高度异质性的重要表现。与已登陆的不同植物物种...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘雅洁 薛翀 邱诗蕊 李想 唐丽雯 曾淑华
为揭示Blind基因在普通烟草中的功能,通过同源克隆的方法从普通烟草K326的基因组中克隆得到1个Blind-like基因,即NtBL1,用PROSITE(ExPASy)、Sopma和Swissmodel等软件对NtBL1进行蛋白质结构域分析和高级结构预测,用Mega 7.0和MEME软件对NtBL1及其同源蛋白进行了进化树构建和结构分析,用半定量PCR分析了NtBL1基因在花、叶、根、茎、苗中的表达模式,用qRT-PCR技术分析了ABA、NaCl和PEG处理下NtBL1基因的表达模式。结果表明,NtBL1的开放阅读框长度为1 014 bp,编码337个氨基酸。半定量PCR结果表明,NtBL1在烟草的大部分组织和各时期普遍表达,但是根中的表达量最高。蛋白质结构域分析显示NtBL1是典型的R2R3 Myb家族蛋白,含有2个Myb-type HTH类型的DNA结构域。蛋白质高级结构预测表明,NtBL1蛋白高级结构主要由无规则卷曲和α-螺旋组成。进化和结构分析结果表明,NtBL1基因与番茄Blind等基因的进化距离较近,且具有相似的模体结构。qRT-PCR的结果显示NtBL1基因的表达受ABA的诱导,在处理24 h达到最高表达量;NtBL1基因的表达受NaCl处理的抑制,在24 h出现最低表达量。因此,NtBL1基因可能参与激素和盐胁迫调控下的侧生分生组织的发育。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
江树业 孙梅 何予卿 陈洪 陈启锋
本研究首次报道了籽粒苋中也存在 copia类反转录转座子 ,进一步验证了 copia类反转录转座子广泛存在于高等植物中 .采用 PCR方法分离鉴定了来自 4个种 2 7个基因型中的 5 3个 RT酶区序列 .序列分析表明 ,籽粒苋中的 copia类反转录转座子不但具有长度多样性、种间多样性、种内多样性 ,而且来自相同基因型的反转录转座子之间也存在高度异质性 .Southern杂交分析表明 ,籽粒苋中的 copia类反转录转座子以多拷贝形式存在 .Northern杂交分析表明 ,籽粒苋中的 copia类反转录转座子可能失去了转座活性 .本研究还对采用 PCR技术分离全长的 copia类反转录转座...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张晓菲 路信 段卉 练从龙 夏新莉 尹伟伦
NAC(NAM、ATAF1/2和CUC2)域蛋白是植物特有的最大的转录因子家族之一,在调节衰老,细胞分裂,木质形成,生物和非生物胁迫等方面发挥重要作用。本研究从胡杨中成功克隆出与胁迫相关的基因,并命名为PeNAC045。测序结果表明,PeNAC045基因编码区长度为915 bp,编码304个氨基酸,与毛果杨PtrNAC045的氨基酸一致性为96.05%。对PeNAC045基因在NaCl和干旱胁迫下的表达情况进行了分析,PeNAC045基因的表达受高盐和干旱的强烈诱导。利用PeNAC045的cDNA全长构建表达载体pBI121-PeNAC045-GFP,测序确认后,将重组结构和阳性对照(空载体)...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
许玲 卫培培 张大勇 徐照龙 何晓兰 黄益洪 马鸿翔 邵宏波
【目的】克隆大豆MYB转录因子基因,进行序列分析和表达模式分析,并对其功能进行鉴定。【方法】通过对盐胁迫相关的数字表达谱(DGEP)数据分析,获得一个MYB转录因子Gm MYB111;以盐胁迫处理的c DNA为模板,利用RT-PCR法分离克隆MYB基因c DNA编码序列;根据Gm MYB111蛋白序列进行同源性搜索,得到与Gm MYB111蛋白序列相似度较高的其他物种的蛋白序列;使用MEGA5.05对Gm MYB111蛋白序列及其同源序列进行多序列比对分析并构建同源物种间系统进化树;利用实时荧光定量PCR方法检测目的基因在大豆中受非生物胁迫诱导表达情况及组织特异性表达情况;利用拟南芥原生质体转...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
许玲 卫培培 张大勇 徐照龙 何晓兰 黄益洪 马鸿翔 邵宏波
【目的】克隆大豆ＭＹＢ转录因子基因，进行序列分析和表达模式分析，并对其功能进行鉴定。【方法】通过对盐胁迫相关的数字表达谱（ＤＧＥＰ）数据分析，获得一个ＭＹＢ转录因子ＧＭ ＭＹＢ１１１；以盐胁迫处理的ｃ ＤＮＡ为模板，利用ＲＴ－ＰｃＲ法分离克隆ＭＹＢ基因ｃ ＤＮＡ编码序列；根据ＧＭ ＭＹＢ１１１蛋白序列进行同源性搜索，得到与ＧＭ ＭＹＢ１１１蛋白序列相似度较高的其他物种的蛋白序列；使用ＭＥＧＡ５．０５对ＧＭ ＭＹＢ１１１蛋白序列及其同源序列进行多序列比对分析并构建同源物种间系统进化树；利用实时荧光定量ＰｃＲ方法检测目的基因在大豆中受非生物胁迫诱导表达情况及组织特异性表达情况；利用拟南芥原生质体转．．．
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