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[期刊] 华北农学报
[作者]
杨丽荣 闫海霞 全鑫 薛保国 达楞巴雅尔
分析了灰斑古毒蛾核型多角体病毒(Orgyia ericaenucleopolyhedrovirus,OrerNPV)EcoR I-O片段分子生物学特征,为研究egt基因分子特性和杆状病毒遗传改良提供科学依据。克隆和分析了OrerNPVEcoR I-O片段所包含的2个基因,并应用生物软件对OrerNPV蜕皮甾体尿苷二磷酸葡糖转移酶(egt)基因及其启动子进行了比对分析。结果表明OrerNPVEcoR I-O片段包含egt基因和Ol-129同源基因,在该区域中编码egt基因的开放阅读框(ORF)由1 539个核苷酸组成,可以编码512个氨基酸,预计蛋白质分子质量为57.9 kDa。OrerNPV和...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
常润磊 林同 张宇宏 张琪 温秀军
【目的】测定同安钮夜蛾核型多角体病毒(OpdiNPV)pst I-G片断的序列,了解OpdiNPV的遗传结构和与其它昆虫病毒的进化关系。【方法】用pstⅠ酶切病毒基因组,电泳分离并回收pst I-G片段,连接到PUC18,转化入E.coli DH 5α,挑取阳性菌落测序。【结果】该片段长度为5056bp,有4个ORF,分别编码ODV-E66的C末端(EU 623602),P87/VP80的C末端(EU 732665),ODV-Ec43(EU 617337)和Ac108(EU 732666)。ac108基因和odv-ec43起始密码子上游都有1个晚期启动子结构域TAAG,odv-ec43基因起始...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘伟 王恩丽 柳纪省 杨彬 兰喜
利用RT-PCR方法从猪沙波病毒CH430株中克隆出非结构蛋白p70基因并测序,结果显示,p70基因全长1 995 nt,编码665个氨基酸,经同源性比对及遗传进化树分析表明,CH430株为基因Ⅲ型沙波病毒毒株。生物信息学分析显示该蛋白理论等电点(pI)为5.96,理论分子质量为72 876.6 u;其序列上共发现25个磷酸化位点,分别为Ser(6)、Thr(13)、Tyr(6),而蛋白的磷酸化与信号传导有关,预测该蛋白为一重要的信号传导分子;无信号肽和跨膜区;该蛋白含有胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶和RdRp功能域;胰蛋白酶样丝氨酸蛋白酶功能域核心结构为1个由7个β折叠形成柱状结构和1个由1个α螺旋...
[期刊] 水产学报
[作者]
周井祥 李新伟 王好 吕文亮 朱霞
为了解锦鲤疱疹病毒中国吉林株(KHV-CJ)ORF81蛋白的结构特征和进化关系,用框镜鲤尾鳍原代细胞增殖KHV-CJ,提取其DNA,经PCR扩增,获得ORF81基因,将其克隆到pMD18-T载体中,构建重组质粒。应用生物信息学方法初步分析KHV-CJ ORF81基因的结构和功能,并与GenBank上已公布的3株KHV构建系统进化树。结果显示,获得了长771 bp的ORF81基因,编码256个氨基酸;预测ORF81基因的理论分子量为28 246.50 u,等电点为8.404;疏水性大于亲水性;信号肽切割部位最可能位于29位的S(丝氨酸);有4个跨膜区;抗原表位预测显示抗原性良好;结构预测显示,不...
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘微微 郭丽婕 贾慧 曹志艳 高瑞萍 韩建民 董金皋
以真菌毒素与分子植物病理学实验室前期分离、鉴定并保存的玉米大斑病菌菌株F1-40(A交配型菌株)、01-23(a交配型菌株)为试验材料,利用候选基因法,通过PCR扩增和Genome Walking技术,对A交配型菌株和a交配型菌株的MAT基因进行同源片段扩增,从而获得基因全长及其侧翼序列,进一步利用生物信息学方法对扩增得到的MAT基因全长进行保守结构域分析,利用玉米大斑病菌基因组数据库的Blast序列比对软件将MAT1基因和MAT2基因的侧翼序列进行比对。研究结果表明,在不同交配型的玉米大斑病菌中,A交配型的菌株中含有A交配型基因MAT1,a交配型菌株中含有a交配型基因MAT2。2个基因均含有...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
张帅 王崇明 岳志芹 宋晓玲 白昌明 尹伟力 黄倢
为深入探讨急性病毒性坏死病毒(Acute Viral Necrosis Virus,AVNV)魁蚶株的致病机理以及IAP-86蛋白的功能,从感染AVNV的濒死魁蚶外套膜中提取总RNA,反转录获得c DNA。根据NCBI公布的AVNV全基因组序列中ORF86序列设计两对反向套式引物,通过c DNA末端快速扩增(RACE)技术获得ORF86 5?端和3?端的非编码区,拼接获得全长c DNA序列。Blast序列比对显示,该基因与牡蛎疱疹病毒的同源性为100%,与栉孔扇贝AVNV的同源性为99%,并存在重叠基因。生物信息学分析预测,该蛋白不含信号肽,不存在跨膜区,最大疏水指数为1.800,最小疏水指数...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
刘光清 张玉颖 云涛 倪征 张淼涛 梁华丽 华炯刚 李双茂 杜青云 盛祖恬
采用3′RACE方法对兔病毒性出血症病毒(RHDV)JX／CHA／97株基因组3′端全序列进行了扩增、克隆和测序,并利用ONAstar和DNAman软件分析了RHDV JX／CHA／97株与各参比毒株3′NCR的序列同源性,用RNA structure软件对3′NCR的二级结构进行了预测和分析。结果表明,所扩增的目的基因片段长1500 bp,包括部分VP60基因序列、ORF2基因、3′端非编码区(3′Non Coding Region,3′NCR)和poly(A)尾巴,其中 3′NCR位于ORF2终止密码子TAG之后,长59 bp,poly(A)至少含有27个A;3′NCR序列具有较高的同源性...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
薛建杰 曲良建 王玉珠 张永安 唐明 杨唯一
Hyphantria cuea nucleopolyhedrovirus(HcNPV) and several other nucleopolyhedrosis was extracted by differential centrifugation,and purified with sucrose gradient centrifugation method.Polyhedrin was gotten and analysed by SDS-PAGE.It indicated that most of those proteins had 32 KD protein band,and wi...
[期刊] 水产学报
[作者]
徐黎明 刘洪柏 卢彤岩
基质蛋白(matrix protein,M)是传染性造血器官坏死病毒(infectious haematopoieticnecrosis virus,IHNV)主要结构蛋白之一,是病毒感染后造成细胞凋亡的主要作用蛋白。为分析IHNV M蛋白的序列及结构特征,研究利用敏感细胞(EPC)培养传染性造血器官坏死病毒-Sn分离株(IHNV-Sn),根据M蛋白基因开放阅读框(open reading frame,ORF)的序列设计引物,利用RT-PCR的方法克隆得到M蛋白全长ORF,并且构建至表达载体pET27b(+)中,构建出pET27-M重组质粒。生物信息学分析结果显示,M蛋白基因的序列长度为588...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱姗颖 王文兵 朱江
目的对豆天蛾核型多角体病毒(CbNPV)的gp41同源基因进行克隆和序列分析,为进一步研究该病毒基因组的结构打下基础。方法从豆天蛾幼虫尸体中分离纯化了豆天蛾核型多角体病毒,提取其基因组DNA,用shotgun法构建了DNA片段的文库,并进行了全基因组测序。对CbNPV的gp41同源基因进行序列分析。结果CbNPV的gp41同源基因长度为933bp,编码310个氨基酸。氨基酸序列同源性分析结果表明,CbNPVGP41与I类NPV及II类NPVGP41的同源性分别为53%～61%和56%～73%。结论初步推测,CbNPV与II类NPV的亲缘关系可能更近。
[期刊] 林业科学研究
[作者]
罗辑 周国英 朱积余
lef-8基因作为杆状病毒重要的早期表达基因,编码病毒RNA聚合酶的最大亚基。本文通过对油桐尺蛾核型多角体病毒lef-8基因进行测序,对其基因结构及其在杆状病毒中的系统进化进行了分析。发现lef-8基因在油桐尺蛾核型多角体病毒中编码区长2 634 bp,编码877个氨基酸。在5’-UTR区具有可能为其启动子及转录起始位点的信号序列,在3’-UTR区具有加尾信号序列,但这些序列的具体功能还有待进一步研究。其蛋白序列与常见的模式NPV同源性较低,但具有共同的签名序列。通过对杆状病毒lef-8基因的系统进化分析,发现颗粒体病毒和核型多角体病毒明显分为两支,而核型多角体病毒中又明显分为4个分支,其进化...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
范元婵 王杰 孙明会 吴鹰 余岢骏 王心蕊 叶亚萍 钱加珺 张凯遥 王思懿 陈大福 郭睿
为获得东方蜜蜂微孢子虫(Nosema ceranae)的NCRBL-081基因序列,并对NCRBL-081编码蛋白进行预测和分析。本研究利用RT-PCR克隆NCRBL-081基因,利用相关生物信息学工具对NCRBL-081编码蛋白进行预测。结果表明:NCRBL-081共含有630个核苷酸,可编码含209个氨基酸的亲水性蛋白;NCRBL-081编码蛋白含有1个信号肽,6个明显的丝氨酸,5个酪氨酸磷酸化位点及1个跨膜结构域;该蛋白含有20.10%的α螺旋,8.61%的β折叠,25.84%的延伸链及45.45%的无规卷曲,且具有Ⅱ型核糖体失活蛋白家族的典型特征;同一个微孢子虫物种的不同RBL蛋白之间进化距离较近,而不同微孢子虫物种的RBL蛋白之间进化距离较远;东方蜜蜂微孢子虫的NCER_100581与AAJ76_100008081之间亲缘关系较近。研究结果解析了东方蜜蜂微孢子虫NCRBL-081的序列,并揭示了东方蜜蜂微孢子虫NCRBL-081编码蛋白的分子特征,可为后续功能探究提供依据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
吕娟娟 王进军 高新菊 沈慧敏
【目的】克隆二斑叶螨(Tetranychus urticae)的乙酰辅酶A羧化酶(Acetyl-CoA carboxylase,ACCase)基因,对其进行生物信息学分析并研究其在二斑叶螨敏感和抗性品系中的表达量。【方法】利用RT-PCR技术克隆ACCase基因的cDNA全长,采用生物信息学软件分析克隆基因的编码蛋白特性;利用实时荧光定量PCR方法分析ACCase基因在二斑叶螨敏感和抗螺螨酯品系中的表达差异。【结果】ACCase基因(GenBank登录号:JX424763)的开放阅读框长度为7 068 bp,编码2 235个氨基酸,分子量约为266.35 kD,理论等电点为6.38,包含典型的...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郑宽瑜 董家红 苏晓霞 方琦 郑雪 张仲凯
番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒编码的非结构蛋白NSs,可能在病毒复制、转录、抑制RNA沉默中起重要作用,本文利用生物信息方法对21个Tospovirus病毒成员的NSs序列进行分析,为进一步研究NSs的功能提供参考信息。从GenBank数据库中下载NSs基因序列,用DNAMAN5.0做NSs相似性矩阵分析,发现一些Tospovirus病毒成员之间的NSs氨基酸序列相似性很低,最低仅为7.1%;用ClustalX2.1进行NSs的氨基酸多序列比对分析,发现Tospovirus病毒成员的NSs相对保守区主要位于NSs的C端的位置,高度保守的氨基酸位点共有9个;PROSITE对NSs进行...
[期刊] 华北农学报
[作者]
冷春玲 李文利
以柞蚕核型多角体病毒(ApNPV)DNA为模板,运用PCR技术钓取ApNPV(IE-1)基因的启动子片段,并将其克隆到pMD18-T载体上进行测序分析。将测序的2.7 kb DNA片段用EcoRⅠ和BglⅡ双酶切,回收3'端1.6 kb的DNA片段。将该片段插入到pGFP-N2表达载体上构建以其作为启动子的IE-1/pGFP-N2重组质粒。重组质粒经脂质体介导转染Hela细胞,结果可见绿色荧光蛋白(GFP)在细胞中的表达,证明钓取的IE-1基因启动子片段具有启动子的转录活性。
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