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[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
汤纬玮 王庆竹 李慧平 文晓鹏
在前期利用SSH筛选到抗旱相关基因HuABAR的Unigene序列的基础上,进行了HuABAR的全长cDNA克隆、生物信息学分析及亚细胞定位。结果表明:HuABAR基因cDNA全长为1 239bp,5′-UTR为264bp,3′-UTR为414bp,完整开放阅读框(ORF)共561bp,编码187个氨基酸;生物信息学分析显示,HuABAR基因编码蛋白具有典型的SRPBCC结构域,并与PYR1/PYLs(pyrabactin resistance 1/PYR1like)家族具有较高的相似性;HuABAR在干旱、高温(42℃)和低温(4℃)等逆境胁迫下显著上调表达,并在干旱胁迫5d、高温3d时表达量最高,低温处理5d内,表达量持续上升;通过PEG介导法瞬时转化拟南芥原生质体进行亚细胞定位分析,发现该基因定位于细胞质,与已报道的其他PYR1/PYLs家族基因一致。因此,HuABAR基因可能在火龙果干旱胁迫应答中发挥重要作用。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
贾杏林 邹亚文 刘思远 程天印
为研究猪附红细胞体ＭＳＧ１蛋白质的结构与功能，应用巢氏ＰＣＲ技术克隆出１ ０１１ ｂＰ的猪附红细胞体ＭＳＧ１基因，构建系统进化树并进行生物信息学分析。系统进化树分析结果显示，猪附红细胞体与小附红细胞体之间的亲缘关系较近。生物信息学分析结果显示，ＭＳＧ１基因编码３３６个氨基酸，理论等电点（Ｐ Ｉ）为６．２１，相对分子质量为３６ ７４５．８，无信号肽和跨膜区，抗原指数较高，具有较大的免疫原性。ＭＳＧ１蛋白质的柔韧性区域较多，蛋白质３Ｄ结构显示为＂Ｘ＂立体结构，外周区域结构松散。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
洪艳云 黄志刚 易图永
南荻是一种高木质纤维素含量的禾本科多年生草本植物,但其中的高木质素含量严重制约了它作为能源植物的开发利用。采用RT-PCR及RACE方法从南荻中分离到G木质素单体形成的关键酶CCoAOMT家族的一个基因,将该基因序列递交到GenBank,登录号为JF965572。该基因全长工1206bp,含有一个786bp的阅读框,编码一个261aa的蛋白,分子量约为29kD。通过NCBI在线比对发现该基因的预测蛋白与同为禾本科玉米的CCoAOMT酶蛋白有很高的同源性,最高达到94.0%;氨基酸序列多重比较的结果表明,该基因编码肽链含有CCoAOMT类基因全部的保守序列元件;系统进化树分析表明,该基因与玉米的...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
张伟 方梅霞 聂庆华 张细权
利用生物信息学和比较基因组学方法,对猪TDRP1基因的结构、表达及功能进行分析,结果表明:(1)电子克隆获得猪TDRP1基因cDNA部分序列共776bp,包括119bp的5′UTR、561bp的编码区和96bp的3′UTR,共编码合成187个氨基酸多肽;(2)猪TDRP1基因CDS序列与人、小鼠和大鼠的同源性分别为85%、76.1%、77.1%.编码合成的猪TDRP1蛋白与人、小鼠、大鼠之间的同源性分别为82.5%、71.1%和70.1%;(3)猪TDRP1蛋白的相对分子质量为20489.8,不含信号肽,为1个可溶性蛋白,同时也是1个非分泌性蛋白,存在4个二级结构区段;(4)基于cDNA及ES...
关键词：
猪 TDRP1基因 电子克隆 生物信息学
[期刊] 淡水渔业
[作者]
俞兆曦 连总强 吴旭东 杨忠礼 李力 张锋 肖伟 赛清云
为研究兰州鲇（ＳｉｌｕｒｕＳ ｌａｎｚｈｏｕｅｎＳｉＳ）生长性状相关基因，运用ｒＴ－ＰＣｒ、Ｔａ克隆和核酸测序等技术对兰州鲇ＭｙｏＤ基因的ＣＤＳ区及全基因进行克隆和生物信息学分析。获得兰州鲇ＭｙｏＤ基因的完整ＣＤＳ区序列８１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ２７７５５１）及ＭｙｏＤ基因全序列１ ２１０ ｂＰ（Ｇｅｎ ｂａｎｋ登录号：ｋＴ３３９１７５），包括部分５＇端６３ ｂＰ和３＇端５８ ｂＰ；ｏｒＦ区含有３个外显子和２个内含子，外显子长度分别为５１０ ｂＰ、８０ ｂＰ和２２０ ｂＰ，内含子长度分别为１５６ ｂＰ和１２３ ｂＰ，编码２６９个氨基酸残基组成的可溶酸性蛋白质；预测亚细胞定位Ｍｙ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
张梅娟 徐红红 马天意 钱朋智 沙伟
水通道蛋白是一类较小的跨膜蛋白质,在植物抵御非生物胁迫过程中具有非常重要的作用。为了研究砂藓水通道蛋白基因的生物学功能,利用干旱处理转录组测序获得的序列信息,克隆获得1个水通道蛋白家族中质膜内在蛋白基因序列,命名为RcPIP2。生物信息学结果显示,RcPIP2基因全长序列为1 267 bp,包含807 bp的开放阅读框,编码含有268个氨基酸残基的蛋白质。该蛋白质分子质量预测为28.3 ku,理论等电点为6.64,为疏水性较强的稳定性蛋白;无信号肽,为非分泌型蛋白;含有6个跨膜结构域。保守结构域分析发现,RcPIP2具有膜内在蛋白(MIP)家族信号序列、高等植物高度保守序列HINPAVTFG和2个天门冬酰胺-脯氨酸-丙氨酸(NPA)基序。二级结构包括α螺旋(37.31%)、β折叠(20.9%)、无规则卷曲(38.43%)。三级结构预测发现,RcPIP2蛋白质的立体结构为典型的四聚体形式,由4个圆筒状亚基和中间的孔道构成。系统进化树分析表明,RcPIP2与小立碗藓中的PIP2蛋白质亲缘关系较近,聚为一类。由此推测,RcPIP2基因为水通道蛋白家族成员。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
崔丽婷 李文彦 包横 詹亚光 齐凤慧
结合茶条槭转录组数据库,利用RT-PCR的方法克隆得到茶条槭SDH基因,命名为AgSDH,并对该基因及其蛋白进行了生物信息学分析。结果显示,AgSDH基因的ORF全长为1 563 bp,共编码520个氨基酸,推测蛋白相对分子量为57.219 k Da,理论等电点为5.61,无信号肽,预测亚细胞定位于细胞质中。生物信息学分析表明AgSDH蛋白为亲水性蛋白,没有跨膜结构。蛋白质二级结构α-螺旋占35.38%,延伸链占18.65%,无规则卷曲占45.96%;三级结构预测表明AgSDH蛋白以单体形式存在。与目前已
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
徐绮嫔 王寒 李计尚 周金伟 张于 沈留红 余树民 彭广能 曹随忠
【目的】克隆牦牛（Ｂｏｓ ｇｒｕｎｎｉｅｎｓ）精子相关抗原１１（ｓｐｅｒｍ－ＡｓｓｏｃｉＡｔｅｄ Ａｎｔｉｇｅｎ １１，ｓｐＡｇ１１）基因，并了解其分子结构特征，为进一步研究牦牛ｓｐＡｇ１１生物学功能奠定基础。【方法】从牦牛睾丸中提取总ｒｎＡ，ｒｔｐｃｒ扩增并克隆ｓｐＡｇ１１ｃ、ｓｐＡｇ１１ ｄ和ｓｐＡｇ１１ｅ基因，测序后进行生物信息学分析。【结果】克隆出牦牛ｓｐＡｇ１１基因３个亚型：ｓｐＡｇ１１ｃ、ｓｐＡｇ１１ ｄ和ｓｐＡｇ１１ｅ，序列大小分别是３５１，４０８和２６１Ｂｐ，分别编码１１７，１２９和８０个氨基酸，其中ｓｐＡｇ１１ ｄ和ｓｐＡｇ１１ｅ序列包含１个完整开放阅读框（ｏｒＦ），ｓｐＡｇ．．．
[期刊] 林业科学
[作者]
张党权 谭晓风 陈鸿鹏 曾艳玲 蒋瑶 李魏 胡芳名
As a high-grade edible oil tree native in China,tea-oil tree(Camellia oleifera)has the oil-yielded rate of about 55% from its kernel.The recent researches suggested that tea-oil would be one of the best vegetable oils,and even be better than olive oil with its abundant unsaturated fatty acids includ...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
郝爱平 王婷婷
以小麦S-腺苷甲硫氨酸脱羧酶(SAMDC)cDNA序列为信息探针,基于高粱EST数据库,通过电子克隆技术获得一个全长为2088 bp的高粱SAMDC基因。采用生物信息学方法对其开放读码框、理化性质、二级结构、结构域等进行分析。结果表明:此contig片段包含一个长达1197 bp的完整开放读码框,编码398个氨基酸,分子量为43 246.0 KD,理论等电点为4.88;二级结构主要构件为无规则卷曲,结构功能域属于S-腺苷甲硫氨酸超家族。同源性分析表明,高粱SAMDC基因编码的蛋白与甘蔗SAMDC基因编码的蛋白同源性达94%。以上研究结果为进一步克隆该基因及功能验证奠定了基础。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
孙雪婧 杜晓华 杨孝朴 罗玉柱 刘霞
【目的】丰富牦牛CYGB基因研究的基础数据,对牦牛CYGB基因的CDS区进行克隆和生物信息学分析。【方法】提取牦牛大脑海马区组织的总RNA并运用RT-PCR技术反转录为cDNA,并根据GenBank中普通牛CYGB基因cDNA序列(GenBank登录号:DV874786.1),使用Primer3.0在线软件设计特异性引物,运用PCR扩增技术、TA克隆技术和核酸测序技术获得CYGB基因的完整CDS区序列及部分5′端和3′端UTR区,并使用ProtParam、PredictProtein、SWISS-MODEL等在线分析软件与Lasergene7.1软件包分析CYGB的一级结构、二级结构、三级结构...
关键词：
牦牛 胞红蛋白 基因克隆 生物信息学
[期刊] 西南农业学报
[作者]
石文淇 李鲁华
【目的】探明SbPGAM5基因在高粱生长发育中的生物学功能，为研究PGAM家族在高粱中的生物学功能提供依据。【方法】采用生物信息学工具与qRT-PCR等方法从高粱BTx642中克隆得到SbPGAM5基因并对其相关生物信息学分析及其在根、茎、叶中的表达进行研究。【结果】成功克隆高粱SbPGAM5基因，基因开放阅读框为912 bp，包含303个氨基酸的编码序列。其基因编码蛋白为无信号肽的不稳定亲水性非分泌蛋白，共有35个磷酸化位点，定位于叶绿体上。基因启动子顺式作用元件中含生长素、脱落酸、赤霉素和茉莉酸甲酯4种植物激素的作用元件，以及响应无氧、干旱、光反应的作用元件。系统进化树显示，SbPGAM5蛋白与谷子亲缘关系最近。多重序列比对结合蛋白三级结构预测推测结果SbPGAM5蛋白在生物学功能上与水稻同源蛋白更接近。组织表达模式检测结果发现，SbPGAM5基因在不同组织中的表达呈现组织特异性，其在叶中的表达量最高，可能表明该基因参与高粱光合作用等叶片生理过程。结合SbPGAM5基因启动子顺势作用元件分析，其可能表明SbPGAM5在植物的光合作用等叶片生理活动与环境干旱胁迫中具有重要调控作用。【结论】本研究成功克隆SbPGAM5基因，进行了初步的生物信息学分析并检测了其在根、茎、叶中的表达情况，为深入了解该基因的生物学功能提供了一定理论支持。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
姜勇 胡尚连 曹颖 卢学琴 徐刚 龙治坚 黄艳
４ＣＬ是木质素合成途径中的关键酶，对其进行生物信息学分析，为深入研究４ＣＬ的作用奠定基础并为进一步改良青杨提供理论支撑。以青杨嫩茎为试材，采用ＲＴ－ＰＣＲ方法克隆青杨４ＣＬ基因，使用ＮＣＢＩ、ＤＮＡＭＡＮ及Ｅｘ ＰＡＳｙ等一系列在线软件及工具，对青杨４ＣＬ基因的编码区、氨基酸序列及蛋白质的结构和功能进行生物信息学分析。克隆了青杨４ＣＬ基因，命名为ＰＣ４ＣＬ（ＧＥＮ ＢＡＮｋ注册号：ｋＪ４９０６３６）。该基因全长１６２３ ＢＰ，开放阅读框为１～１６１１ ＢＰ，编码５３６个氨基酸，含有４ＣＬ的保守域ＳＳＧＴＴＧＬＰｋＧＶ和ＧＥＩＣＩＲＧ及催化活性残基ＨＩＳ－２３４。ＰＣ４ＣＬ与ＰＴ Ｃ４ＣＬ同源性．．．
关键词：
青杨 4CL基因 克隆 生物信息学分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
许娟 石云平 韦绍龙 苏祖祥 林茜 桂杰 胡一凤 李小泉
【目的】克隆白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶(GDP-mannose pyrophosphorylase)基因(Bs GMP)cDNA全长序列,分析该基因生物学信息,为该基因功能的进一步鉴定提供依据。【方法】基于同源序列克隆GMP基因中间片段,并采用RACE技术扩增GMP基因cDNA全长,用DNAMAN、Tmpred及Softberry等软件进行编码多肽序列、理化性质及亚细胞定位等分析。【结果】从白及叶片中克隆到的GMP基因全长1523 bp,其中包含1086 bp的开放阅读框(ORF),编码361个氨基酸,理论蛋白分子量为39.35 k Da,理论等电点为6.03。进一步分析发现该基因具有跨膜结构,亚细胞定位分析发现该基因主要分布于细胞质和线粒体。蛋白三级结构预测显示,Bs GMP蛋白有11个α螺旋,33个β折叠,46个β转角;该蛋白第1~24个氨基酸含有醛酮还原酶的保守结构域,第256~335个氨基酸含有Lbeta H家族保守区。BLAST多重序列分析表明,Bs GMP氨基酸序列与铁皮石斛、蝴蝶兰的亲缘性最高,分别达到95%和92%。【结论】成功克隆到白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶基因(Bs GMP),并进行相关生物信息学分析,为该基因的进一步功能研究奠定了基础。
关键词：
白及 GMP 基因克隆 序列分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
吴晓云 阎萍 梁春年 郭宪 包鹏甲 裴杰 褚敏 丁学智 刘文博 焦斐 刘建
利用分子克隆技术获得了牦牛VEGF-A基因编码区序列,并采用生物信息学方法对该基因及其编码蛋白的基本理化性质、疏水性、信号肽、二级结构等方面进行了预测和分析。结果表明,牦牛VEGF-A基因包含一个573 bp的开放阅读框,编码190个氨基酸;其编码蛋白属于亲水性蛋白,具有明显的信号肽。二级结构主要以无规则卷曲和α螺旋为主。VEGF-A基因编码产物氨基酸邻接系统树表明,牦牛VEGF-A与黄牛、绵羊和成都麻羊等物种的VEGF-A氨基酸遗传距离较近,具有高度同源性。
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