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[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
李新国 张志毅 David M.OMalley
该研究以美国南部重要的造纸工业用材树种火炬松为材料 ,利用Transgenomic公司最近推出的Wave DNA片段分析系统 ,快速检测肉桂醇脱氢酶 (CAD)基因在个体间的单核苷酸多态性 ,获得了令人满意的结果 .首先利用Oligo5 .1软件对火炬松CAD基因全序列分区域进行引物设计 ,当设定每一区域能扩增出 10 0～ 2 0 0bp产物时 ,共在 8个碱基区域 (S1～S8)分别设计出了最佳正向引物和反向引物 ;以来自火炬松 12株优树自由授粉种子的胚乳中提取的DNA为材料 ,对CAD基因 8个碱基区域分别进行PCR扩增 ,有 5个碱基区域 (S3 ,S5 ,S6 ,S7,S8)得到了...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
卫波 景蕊莲 王成社 昌小平
【目的】以2份六倍体小麦Opata85和W7984及其重组近交系(RIL)的111个株系和3份小麦二倍体野生近缘种为材料,研究用等位基因特异PCR检测普通小麦中单核苷酸多态性的方法。【方法】利用直接测序的方法检测2份六倍体小麦和3份小麦二倍体野生近缘种TaDREB1基因的DNA序列,在B基因组上发现了2个SNPs。以其为3′端,设计等位基因特异引物及其互补引物,对SNP进行分型,同时研究了特异引物3′端碱基错配对等位基因特异PCR的影响,优化了PCR反应体系。【结果】等位基因特异引物3′端不同位置的碱基错配及不同类型的碱基错配对PCR结果影响较大;在等位基因特异PCR中,Mg2+、dNTP及T...
[期刊] 水产学报
[作者]
曾地刚 陈晓汉 彭敏 李咏梅 杨春玲 马宁 蒋伟明 黎铭
焦磷酸测序是一种新型的DNA测序技术,近年来开始应用于单核苷酸多态性(SNPs)检测。组织蛋白酶基因(Cathepsin-L,CTSL)在对虾的蜕皮周期中起重要的作用。本研究利用焦磷酸测序技术,对96个凡纳滨对虾的CTSL基因序列(GenBank登录号:AY366355)的C681G SNP位点进行检测分型。结果发现C/C、C/G和G/G基因型,频率分别是0.81、0.16和0.03,频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。统计分析结果表明在该群体中C681G SNP和体重关系不显著(P>0.05)。研究结果显示焦磷酸测序技术是一种高效的SNP检测技术,可以在对虾的遗传研究中发挥重要作用...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
易敏 张守攻 谢允慧 孙晓梅
【目的】纤维素合酶(cellulose synthase,Ces A)在植物纤维素合成途径中发挥主要调节作用,是控制木材纤维品质和产量的重要基因。从日本落叶松中分离克隆与纤维素合成相关的Lk Ces A基因,并对其进行核苷酸多样性以及连锁不平衡分析,为在日本落叶松中开展基于Lk Ces A基因的连锁不平衡作图及其辅助日本落叶松木材纤维性状的分子育种提供理论依据。【方法】依据日本落叶松转录组数据库检测到的纤维素合酶(Ces A)基因ESTs序列设计引物,从日本落叶松中分离获得Lk Ces A基因片段。在此基础上,利用Dna SP5.0软件对日本落叶松40株基因型个体的Lk Ces A序列进行核苷...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈吉宝 景蕊莲 员海燕 卫波 昌小平
TaDREB1是一种转录因子,调控抗旱等抗逆相关基因的表达。以抗旱性不同的20份六倍体小麦和3份小麦的二倍体近缘种为材料,用直接测序法筛查TaDREB1基因DNA序列的单核苷酸多态性,在23份材料的38038bp序列中发现了271个SNP和14个InDel,平均140bp中有1个SNP,2717bp中有1个InDel。核苷酸多样性(Л)分析表明,小麦二倍体近缘种的Л值(0.02188)明显大于六倍体小麦的Л值(0.01029),说明该基因在二倍体种中的变异程度大于六倍体小麦,可能原因是六倍体小麦长期承受强大的人工选择压力。单倍型分析揭示了TaDREB1基因单核苷酸多态性与抗旱性表型的相关性,但...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
何桂娟 罗婷颖 黄守婷 王景伟 林秋娟 肖天放
利用PCR-SSCP技术,分析莆田黑猪心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因的多态性.结果表明:在H-FABP基因5'-调控区检测到两个多态性位点(G7T和C11A),由两个等位基因控制,定义为A和B,基因频率分别为0.740和0.260;在外显子2处存在3个多态性位点(A2C、T62C和T65C),由两个等位基因控制,定义为C和D,基因频率分别为0.164和0.836.群体遗传分析表明,H-FABP基因5'-调控区属中度多态(0.25
[期刊] 中国农业科学
[作者]
朱彩梅 张京
【目的】大麦Wx是控制直连淀粉合成相关的糯性基因,研究大麦糯性相关基因Wx单核苷酸多态性,并分析其与籽粒直链淀粉含量的关系。【方法】以2个国外糯大麦品种为对照,对30份高、中、低直链淀粉含量的中国大麦进行Wx的克隆和测序,分析Wx的单核苷酸多态性(SNP)及其与籽粒直链淀粉含量之间的关系。【结果】在对32个大麦品种的核苷酸序列多态性鉴定中,共检测到了169个多态性位点,平均每26bp检测到一个多态性位点。在所有检测到的多态性位点中,包括143个SNP和26个InDel,二者的频率分别为1/310和1/169。Wx的内含子1、3、5、8区,外显子2、5和5′-UTR及3′-UTR区域为变异富集区...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
刘声传 鄢东海 周雪 莫雪 胡依然 魏杰 周富裕 周玉锋
为了发掘利用茶树茶树富硒关键酶硒代半胱氨酸甲基转移酶（ＳｅｌｅｎｏｃｙＳｔｅｉｎｅ ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎＳｆｅｒａＳｅ，Ｓｍｔ）基因ｃＳＳｍｔ，通过ｒａｃｅ克隆该基因的ｃＤｎａ全长，并通过水培试验，分析该基因在井４３幼苗根叶的表达特征。结果表明：通过该基因ｃＤｎａ的全长克隆，获得５个茶树品种ｃＳＳｍｔ的开放阅读框（ｏｒｆ）全长；对茶树５个品种的ｏｒｆ核苷酸多态性鉴定共检测到１９个多态性位点，包括１７个ＳｎＰＳ和２个ｉｎＤｅｌＳ，平均每５５ ｂＰ检测到１个多态性位点，这些多态位点引起９个氨基酸位点变化；５个茶树品种Ｓｍｔ的氨基酸序列一致性为９９．１５％，出现一定的遗传分化。ｎａ＿２Ｓｅｏ＿３水培．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
刘福平 白俊杰
单核苷酸多态性(SNPs)是广泛存在于基因组中的一类由单个碱基转换或颠换引起的DNA序列多态性。它是继限制性片段长度多态性(RFLP)、微卫星标记(SSR)之后的新一代分子标记,已广泛应用于构建遗传连锁图谱、QTL定位、关联分析及研究群体遗传结构与亲缘关系等方面。本文主要介绍了SNPs的概念、特点及检测SNPs的主要方法,综述了SNPs在水产动物遗传育种中的研究进展,以期将SNPs更广泛地应用于水产动物群体遗传、分子标记辅助育种和生物进化等研究领域。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
岳爱琴 李昂 毛新国 昌小平 李润植 贾继增 景蕊莲
【目的】小麦果聚糖合成酶基因6-SFT是果聚糖合成过程中的关键酶基因,研究6-SFT-A的多态性,分析其与小麦苗期抗旱性的关系,并进行遗传定位。【方法】以苗期抗旱性不同的30份六倍体小麦和4份小麦A基因组供体种乌拉尔图小麦为材料,通过直接测序分析6-SFT-A的单核苷酸多态性(SNP)及其与抗旱性的关系;开发基因分子标记,利用RIL群体(偃展1号×内乡188)对该基因进行遗传定位。【结果】在30份六倍体小麦材料中检测到14个核苷酸多态性位点,包括13个SNP和1个InDel,平均234 bp检测到一个多态性位点,仅在1 727和1 781 bp 2个位点检测到非同义突变;在4份乌拉尔图小麦中检...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
马云 王伍 梁小娟 王璐 李芬 徐源 姚瑾
以50头信阳水牛为材料,以GenBank公布的牛PRL基因序列(NC_007324)作为参照序列,设计PCR引物,对PRL基因的第2、4、5外显子进行变异检测,并将其多态性与部分生长性状进行相关分析。结果表明:试验牛群体中,每一外显子的PCR扩增产物经SSCP分析均出现不同带型;试验牛PRL基因第2、4、5外显子各存在1处SNP(2974G>A,7581 G>A,8558 G>-)。PRL基因第2外显子BB型个体坐骨端宽显著宽于AA型个体(P<0.05)。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
冯静 杨华 宋天增 杨剑波 石国庆 徐从祥 黄锡霞
本研究以768只中国美利奴羊(新疆军垦型)为实验材料,采用测序和PCR技术分析KAP1.1(B2A)基因单核苷酸多态性。测序表明中国美利奴羊(新疆军垦型)KAP1.1基因存在30 bp的插入/缺失,12%PAGE电泳证实KAP1.1基因存在6种基因型:(341 bp)AA型、(311 bp)BB型、(281 bp)CC型、(341 bp/311 bp)AB型、(341 bp/281 bp)AC型和(311 bp/281 bp)BC型,基因型频率依次为0.0208、0.5534、0.0260、0.1589、0.0456和0.1953。检测到A、B和C3个等位基因,基因频率依次为0.1230、0....
[期刊] 中国农业科学
[作者]
杨具田 徐红伟 臧荣鑫 蔡勇 卢建雄 曹忻 霍生东 刘根娣 吴建平
【目的】探究脂肪酸合成酶(FAS)基因3′端非翻译区(3′-UTR)在绵羊地方品种中的遗传多态性,为进一步揭示地方绵羊品种间遗传分化、开展肉质性状的关联分析和表达调控等研究提供依据。【方法】采用PCR-SSCP和DNA测序技术对兰州大尾羊(38只)、滩羊(58只)、甘加羊(40只)、欧拉羊(30只)和乔科羊(39只)五个地方绵羊品种205只个体的脂肪酸合成酶(FAS)基因3′-UTR进行单核苷酸多态性(SNPs)检测和遗传多态性分析。【结果】在这五个地方绵羊品种的FAS基因3′-UTR区中,有951位点和1005位点2个多态位点;两位点分别存在AA、Aa、aa和EE、Ee、ee各三种基因型,而...
关键词：
绵羊 脂肪酸合成酶基因 单核苷酸多态性
[期刊] 水产学报
[作者]
赵莲 李志辉 张培 薛蓓 赖晓芳 高焕 阎斌伦
为获得三疣梭子蟹线粒体全基因组(mt DNA)SNP突变位点,本研究针对其mt DNA全序列设计了179对引物,采用高分辨率熔解曲线(HRM)检测技术对SNP进行了筛查。在179对引物中,有89对引物具有特异性扩增结果;进一步研究表明,89对引物中共有22对引物的扩增区域含有SNP突变位点,共包含24个SNPs。统计结果显示,三疣梭子蟹线粒体基因组中的SNP分布频率为0.15/100 bp,其中转换突变比例为79.1%、颠换突变比例为16.6%;C/T(G/A)突变比率为79.1%、G/T(C/A)突变比
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张丽 张爱玲 张良志 张春雷 朱泽轶 雷初朝 王新庄 陈宏
【目的】研究南阳牛HCRTR1基因编码区单核苷酸多态性,为利用遗传标记进行肉牛选育奠定基础。【方法】以122头南阳牛为试验动物,利用PCR-SSCP及测序方法研究了HCRTR1基因全部编码区序列的多态性,并对发现的SNP位点进行了遗传特性及单倍型分析。【结果】在该基因的编码区首次发现11个SNP位点,分别为G322A、G384C、T420C、C423T、T481A、C510A、T627C、C631T、G690A、G714A和C736T,其中在322、481、631和736bp处的突变都导致了氨基酸的改变,而其余7处均为同义突变。在322、510和736bp处的SNP表现为中度多态,PIC分别为...
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