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[期刊] 水产学报
[作者]
颜庆云 余育和 张堂林 冯伟松 李学梅
以采自武汉东湖的滤食性鲢、鳙为对象,通过PCR-DGGE并结合序列分析对其肠道微生物及肠含物中残留的食物组分进行了探索研究。在所有个体中都能检测到不同的PCR-DGGE指纹谱带,其中包括肠道细菌在内的原核谱带较多,真核谱带相对较少;分析结果表明针对鲢、鳙肠含物这一特殊生境样品进行PCR-DGGE指纹分析是可行的。PCR-DGGE指纹结构及针对部分特定PCR-DGGE谱带的序列分析显示,从武汉东湖采集的鲢、鳙在食性上存在很大的重叠,并没有像基于常规食性分析文献报道的那样明显不同。基于肠含物DNA来进行鱼类食性分析的方法不受对食物碎片分类鉴定的制约,可同时对多个样品平行进行分析,且不同研究者间的研...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
胡忠军 张宏 赵良杰 何光喜 陈来生 王金朋 宋固 刘其根
为了解鲢(Hypophthalmichthys molitrix)、鳙(Aristichthys nobilis)在千岛湖中的食性差异,对千岛湖鲢、鳙肠道内的原核生物16S rDNA和真核生核18S rDNA中的可变区进行PCR-DGGE指纹图谱分析。分别得到53个原核生物的操作分类单元(operational taxonomic units,OTUs)和45个真核生物的OTUs。基于Dice相似系数进行的聚类以及群落的主成分分析(PCA)显示,鲢、鳙肠道内原核生物种群略有重叠,而真核生物种群差异明显。另外,对13尾鱼类样本的肠道原核生物和真核生物的多样性的曼-惠特尼U检验结果显示,鲢肠道内的...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高菲 孙慧玲 许强 谭杰 燕敬平 王清印
利用PCR-DGGE技术研究刺参(Apostichopus japonicus)前肠、中肠和后肠内含物的细菌群落组成。通过软件Bio-rad Quantity one分析DGGE指纹图谱,发现刺参后肠内含物的条带数目显著高于前肠和中肠(P=0.003,P=0.016),表明刺参后肠内含物的细菌多样性最高,其次是中肠;前肠内含物的细菌多样性最低。UPGMA聚类分析发现,不同刺参个体其后肠的细菌群落组成差异最小,前肠的细菌群落差异最大。经DGGE分离、条带切割和序列测定,共获得了13条序列,系统发育分析表明,刺参消化道内含物的细菌群落可主要归属于5大类群,即α-变形菌纲(α-proteobacte...
[期刊] 水产学报
[作者]
聂志娟 徐钢春 程起群 张勇 杜富宽 顾若波
为了分析养殖刀鲚体内与生长环境菌群结构,利用PCR-DGGE技术,对养殖刀鲚鳃、胃、肠壁及肠内容物和养殖水体菌群结构进行了初步分析。PCR-DGGE指纹图谱分离显示,42条清晰条带,其中养殖水体(27)、鳃(9)、胃(13)、肠道壁(19)、肠道内容物(18)的香农指数分别为3.037、1.883、2.193、2.825、2.683;养殖水体与刀鲚鳃、胃、肠道壁及肠道内容物分别具有6、9、11、8共有带。UPGMA聚类分析显示,样品3个重复相似度都在95%以上,差异不明显;不同样品之间,养殖刀鲚鳃和胃聚为一支,具有较高的相似度(76%),同时与养殖水体相似度达29%;养殖刀鲚肠道壁和肠道内容物...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王轶南 朱世伟 常亚青
采用基于16S rDNA的PCR-DGGE指纹图谱技术对黄海北部刺参养殖池塘(底泥、海水)及刺参肠道的菌群组成进行了初步分析。结果显示,从刺参肠道、底泥及海水样品分别获得41、31及41条扩增条带,其中优势条带分别为12、9及10条;三者具20条共有条带,其中4条为各样品的优势条带,共有条带在各样品中的丰度不同;三者分别具5、2及13条特异条带,其中肠道中的第34、42条带以及海水中的第25、46条带丰度均较高;肠道与底泥的菌群组成相似性系数(戴斯系数)为77.8%,二者与海水菌群组成的相似性系数分别为65.9%和55.6%。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
聂志娟 徐钢春 程起群 杜富宽 张勇 顾若波 朱文龙
利用PCR-DGGE技术,选择细菌原核通用引物F357-GC和R518对太湖湖鲚(Coilia ectenes taihuensis)鳃、肠壁及肠内容物及其生长环境菌群结构进行了初步分析。结果显示:PCR-DGGE指纹图谱分离显示49条清晰条带,样品菌群丰富度(DGGE条带数):湖水(33)>肠道壁(23)>湖泥(18)>肠道内容物(16)=鳃(16);相应的香农多样性指数分别为:3.11、2.76、2.21、2.37、2.30。湖鲚肠道壁、肠道内容物和鳃与湖水分别具有14、14、10条共有带,切胶回收测定其中21条优势条带,主要包含:变形菌(Proteobacteria)、放线菌(Actin...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘芳 王道营 徐为民 诸永志 曹建民
利用传统平板培养和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱相结合的方法,对盐水鸭在4℃贮藏期间的细菌多样性进行了分析。传统培养方法结果显示:盐水鸭在贮藏期间细菌数量增加迅速。PCR-DGGE对盐水鸭及平板培养物中的细菌组成分析结果显示:腐生葡萄球菌(Staphylococci saprophyticus)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus)、魏斯氏菌(Weissellasp.)、中度嗜盐菌(Halomonas sp.)和盐单胞菌(Cobetia sp.)是盐水鸭的主要细菌,而腐生葡萄球菌、溶酪大球菌和魏斯氏菌是平板培养物中的主要细菌。
[期刊] 水产学报
[作者]
孙晓明 孟庆闻
本文通过大体解剖、显微解剖、组织切片及扫描电镜等方法研究鲢、鳙不同发育阶段滤食及消化器官与食性的相互关系。鳃耙左右侧对称,从外向内面积递减。鲢全长26mm时,分离的鳃耙间开始出现桥形横联;全长 85mm,开始形成外鳃耙网。鳙鳃耙的分化发生于全长 41—99mm。成鱼鳃耙均有许多粘液孔;仔鱼期鳃耙端部无粘液孔,鳃耙沟中有少量粘液孔,鳃耙基部侧缘有侧突的雏型。腭褶表面均有次级腭褶及微腭褶,微腭褶表面有味蕾分布。腭褶内部、咽上器官周围及每一鳃耙管外围均有与滤食有关的肌纤维群。鲢、鳙肠管的长度及直径发育早期相同,后期鳙的肠管短于鲢,管径大于鲢。滤食下限规格,鲢全长7.8mm 时为 25,全长56mm ...
[期刊] 水产学报
[作者]
李秋芬 傅雪军 张艳 马绍赛
通过模拟实验对循环水养殖系统中不同初始NH4+-N浓度的生物滤池中生物膜上和水中的细菌数量及群落种类组成进行了研究。对成熟生物膜及水体样品中的异养菌、氨氧化菌、亚硝酸盐氧化菌的培养计数结果表明,随着生物滤池初始氨氮浓度增大,除异养细菌数量逐渐下降外,生物膜上的氨氧化菌和亚硝酸盐氧化菌数量呈逐渐增加趋势,且均高出水样3～4个数量级;同时对上述样品的16S rRNA基因片段的PCR扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析及其序列同源性分析的结果表明,生物膜和水中都有较高的细菌多样性,同一初始氨氮浓度的滤池中生物膜上的细菌多样性高于水中的。生物滤池中的细菌主要由拟杆菌门的黄杆菌纲和变形菌门的α-...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
吴康 胡俊 黄晓声 夏虎 陈亮 李男 张学振
为探讨饲喂蚕豆(Vicia faba)对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道菌群的影响,采用PCR-DGGE技术比较了饲喂蚕豆的草鱼(脆肉鲩组)及饲喂配合饲料的草鱼(普通草鱼组)肠道微生物菌群的异同。结果显示,DGGE图谱上出现了20条明显条带,表明脆肉鲩组及普通草鱼组肠道中均存在大量细菌群落。对这20条条带测序后,获得了其中17条条带的序列,这17条条带中有9条是尚未被培养的细菌。经分析发现,这17条条带分属于变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)及未...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
倪学勤 Joshua Gong Hai Yu Shayan Sharif 曾东
【目的】研究蛋鸡MHC(Major Histocompatibility Complex,主要组织相容性复合物)基因对不同周龄和不同部位肠道细菌种群结构的影响。【方法】使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2,4,6和8周龄商品蛋鸡和15I5系蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内含物细菌群落的结构和多样性进行比较,鉴定8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员。【结果】商品蛋鸡和15I5系蛋鸡盲肠细菌的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的细菌多样性比较低,且随着蛋鸡周龄增加,各肠段细菌多样性呈上升趋势,MHC基因对细菌多样性无显...
关键词：
肠道菌群 MHC 变性梯度凝胶电泳 蛋鸡
[期刊] 中国水产科学
[作者]
裴鹏兵 陈洋 邓绍鸿 刘晓娟 钟名其 林琪 杜虹
本研究以07-2品系龙须菜(Gracilaria lemaneiformis)为实验材料,提取自然条件下代表不同病变程度的健康、病间、白化藻体的附生菌DNA,经PCR扩增16S r DNA基因的V3可变区并进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),分离V3片段,再对目的条带进行克隆鉴定。实验结果经数据化后计算龙须菜附生菌数目并比较附生菌菌群多样性,通过非度量多维尺度分析(n MDS)及多元梯度分析(RDA)来比较附生菌菌群组成相似性及优势菌群。实验结果表明,随着龙须菜病变程度的加深,附生菌菌落数及菌群多样性逐渐增加(P
[期刊] 林业科学
[作者]
王娇莉 南小宁 任争争 明洁 唐光辉
【目的】了解危害核桃果实青皮的核桃举肢蛾和桃蛀螟幼虫肠道细菌群落结构与多样性。【方法】采用基于１６ＳｒｒＮＡ基因的变性梯度凝胶电泳（ＰＣｒ－ＤＧＧＥ）和末端限制性片段长度多样性（Ｔ－ｒＦＬＰ）技术分析２种害虫幼虫肠道细菌群落特征。【结果】１）ＰＣｒ－ＤＧＧＥ分析显示核桃举肢蛾幼虫肠道细菌主要有沃尔巴克氏体属、肠球菌属、肠杆菌属、根瘤菌属和假单胞菌属，其中沃尔巴克氏体属是优势菌群，占测得序列的４０．０％；桃蛀螟幼虫肠道细菌主要有沃尔巴克氏体属、肠球菌属、根瘤菌属和假单胞菌属，其中肠球菌属是优势菌群，占测得序列的６２．９％。２）ＤＧＧＥ条带的系统发育分析显示，核桃举肢蛾幼虫肠道中，７２．５％的菌株．．．
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李永洙
研究依莎褐蛋鸡和艾维茵肉鸡发育正常及迟缓鸡群的盲肠细菌种群结构和多样性变化。使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合割胶回收DNA进行克隆和测序,分别对4、6、10、16、20和40周龄蛋鸡及1、2、4、6、7和8周龄肉鸡发育正常、迟缓鸡群盲肠内容物的细菌群落进行特异性引物图谱指纹和聚类分析,鉴定特异性和共性群落。结果表明,Lactobacillus属在两品种发育正常鸡群盲肠内容物细菌的相似性均高于迟缓鸡群,两品种各周龄和发育正常、迟缓鸡群间指纹图谱平均条带数差异显著(P<0.05)。而Bacteroides属在发育正常鸡群盲肠内容物细菌的相似性与迟缓鸡群较为相近;发育正常、迟缓鸡...
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