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[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈泽斌 李冰 夏体渊 王定康 余磊 任禛 靳松 何峰
从滇池沉积物中提取好氧氨氧化细菌（ａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ－ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ，ａｏｂ）的ｄｎａ，通过构建硝化作用氨单加氧酶基因（ａｍｏ ａ）文库并划分操作分类单元（ｏｔｕ）的方法，揭示好氧氨氧化细菌群落结构多样性。获得了８０个ａｍｏ ａ基因克隆，利用ｍｏｔｈｕｒ软件将相似度不小于９７％的序列归为１个ｏｔｕ，共得到２２个ｏｔｕｓ，其中ｏｔｕ１、ｏｔｕ２、ｏｔｕ３单元最大，分别包含了２７、１２、９条序列。对２２个ｏｔｕｓ的代表序列进行系统发育分析表明，其序列都属于变形杆菌的β－亚纲，分布于亚硝化螺菌属、亚硝化弧菌属、亚硝化单胞菌属、亚硝化叶菌属４个属；优势种群为ｎｉｔｒ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈泽斌 任禛 夏体渊 王定康 陈兴位 林丽 靳松 徐胜光 华金珠 何峰
厌氧氨氧化（ＡｎＡｅｒｏｂｉｃ Ａｍｍｏｎｉｕｍ ｏｘｉｄＡｔｉｏｎ，ＡｎＡｍｍｏｘ）在海洋氮素循环中起了重要作用，而有关天然淡水生态系统中厌氧氨氧化菌的研究报道并不多。为探索滇池沉积物中是否存在厌氧氨氧化菌及厌氧氨氧化菌的种类，以滇池沉积物总ｄｎＡ为模板，Ｐｃｒ扩增沉积物样品中厌氧氨氧化菌特异性１６Ｓ ｒ ｄｎＡ片段，通过构建克隆、测序，将文库中有效克隆序列分别提交到Ｇｅｎ ｂＡｎｋ中进行相似序列搜索，并利用ｍｅＧＡ４．０绘制系统发育树。分析发现，滇池沉积物中存在厌氧氨氧化菌，且种群多样性水平低，低于目前已报道的大部分自然生态系统，所有克隆序列与已发现的厌氧氨氧化菌ｃＡｎｄｉｄＡｔｕＳ ｂｒ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
尹利方 陈泽斌 夏体渊 王定康 姚丽媛 华金珠 徐胜光 王家银
【目的】为了解滇池沉积物中反硝化细菌及产甲烷菌的种类组成。【方法】采用引物NirS1F/NirS6R和Me1/Me2分别对沉积物总DNA进行PCR扩增,得到1000 bp的反硝化细菌和760 bp的产甲烷菌特异性片段。【结果】证实了滇池沉积物中存在反硝化细菌和产甲烷菌,且推测产甲烷菌的丰度高于反硝化细菌。2个克隆文库分别获得阳性克隆子55和99个,利用Mothur软件将序列分别划分为10和5个OUT,说明尽管反硝化细菌的丰度低于产甲烷菌,但物种多样性高于产甲烷菌。运用BLASTN程序在GenBank数据库
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
王琼 王飞飞 边佳胤 肖南燕 吴惠仙
为了解船舶压载水沉积物中微生物多样性,利用Illumina Mi Seq 2500高通量测序平台对上海港到港船舶压载水沉积物中细菌基因样本进行测序,并进行生物信息分析。从11份压载水沉积物样品中共检测到420 069条有效序列,微生物群落分析结果显示共有38门、98纲、226目、393科、704属细菌,优势类群为变形菌门(Proteobacteria 72.98%)、放线菌门(Actinobacteria 9.11%)、拟杆菌门(Bacteroidetes 8.71%)、绿弯菌门(Chloroflexi 4.06%)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes 1.47%)、酸杆菌门(Acidobacteria 1.18%)和其他(2.50%)。本次研究在压载水沉积物中检测到了分枝杆菌属(Mycobacterium)、游动球菌属(Planococcus)、假单胞菌属(Paenibacillus)、类芽孢杆菌属(Streptomyces)和链霉菌属(Inquilinus)的致病菌或条件致病菌。结果显示压载水沉积物中微生物多样性丰富,要充分重视我国到港船舶压载水沉积物中微生物以及致病菌的研究,为阐明外来致病菌通过压载水途径入侵的机制和防控奠定基础。
关键词：
上海港 压载水沉积物 细菌 多样性
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
朱文君 袁晟译 李健 常志强
本研究于2020年9、10、11、12月采集菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)养殖池塘贝类区域(有贝区)和对照区域(无贝区)的沉积物表层样品，进行泥浆培养实验，利用氮稳定同位素示踪技术检测其反硝化和厌氧氨氧化反应速率，并分析了其与间隙水理化参数的相关性。结果显示，菲律宾蛤仔养殖池塘有贝区10和11月样品检测到厌氧氨氧化反应，并有反硝化-厌氧氨氧化耦合反应；有贝区的4个月沉积物反硝化反应速率均高于无贝区，有贝区9月的反硝化反应速率最高(0.005 8 μmol/kg·h)；水体温度与沉积物反硝化反应速率呈极显著正相关(P<0.01)，NH_(4)~(+)浓度与厌氧氨氧化反应速率呈极显著正相关(P
关键词：
菲律宾蛤仔 反硝化 厌氧氨氧化 沉积物
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李倩 王晓媛 吴惠仙
利用Illumina HiS eq 2500高通量测序平台对船舶压载水及沉积物微生物进行测序,共获得67 255条有效序列,736个OTU,通过生物信息分析,研究了压载舱中沉积物和压载水细菌群落结构及其多样性。结果显示:船舶压载舱沉积物中可培细菌总数较压载水中可培细菌总数高3个数量级。压载水中优势类群是变形菌(Proteobacteria 70.20%)、拟杆菌(Bacteroidetes 13.38%)、放线菌(Actinobacteria 10.33%)和Marinimicrobia_SAR406_clade 2.81%。压载舱中沉积物的优势类群为变形菌(Proteobacteria 95.45%)、厚壁菌(Firmicutes 2.23%)。
关键词：
压载水 沉积物 细菌 高通量测序技术
[期刊] 西南农业学报
[作者]
于清武 胡丽琴 李菲 易湘茜 孙玉林 高程海
模拟低温（１０℃）环境分离纯化培养南海深海沉积物中的细菌，基于１６Ｓ ｒｒＮＡ基因序列对南海深海沉积物可培养细菌多样性进行分析，并利用滤纸片扩散法测试可培养细菌发酵液的抑菌生物活性。结果表明，从南海深海沉积物中共分离获得相关可培养细菌３２株，分属于３个菌门（变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门）的１９个种，其中以芽孢杆菌为优势菌群。分离获得的南海深海沉积物可培养菌株中有１７株的代谢物对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌４种指示菌均表现出抑制作用，占分离菌株种类的８９．５％。说明低温环境下对深海沉积物可培养细菌多样性和活性均存在一定影响。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李一心 丁嘉苇 颜鲁杨 尹卫 高子韩 宋倩 王乐 梁健
【目的】研究玛柯河河流沉积物中细菌多样性、群落结构,以及环境因子对细菌群落分布的影响,了解玛柯河水体环境变化演替的趋势,为保护和治理玛柯河水体环境、保护珍稀鱼类物种提供了理论依据。【方法】于丰水期和枯水期,分别在玛柯河青海段设置8个采样点,采集河床底部向下1～2 cm处的沉积物,利用高通量测序分析技术对8个典型区域的河流沉积物细菌多样性进行分析,包括宏基因组测序及18S r DNA扩增子测序,利用生物信息学手段进行分析。【结果】在丰水期,玛柯河青海段河流沉积物中细菌物种数目低于枯水期,但物种多样性显著高于枯水期。变形菌门(Proteobacteria)是丰水期和枯水期的主要优势门;δ-变形菌纲(Betaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)是丰水期和枯水期主要优势纲。8个采样点间细菌群落组成差异大于组内差异,且不同分组之间差异极显著。枯水期和丰水期的8个采样点中分别有83个类群和73个类群表现出显著差异,组间差异贡献较大的均是α-变形菌纲和γ-变形菌纲。沉积物Ni含量、水体NH4+是影响丰水期和枯水期河流沉积物细菌群落分布的重要环境因子,Cu、TN、TP是影响细菌群落多样性及丰富度的主要环境因子。【结论】枯水期与丰水期各采样点基于门水平的第一优势菌门均为变形菌门,丰水期细菌物种数目低于枯水期,但物种多样性显著高于枯水期,TN和TP是影响细菌群落多样性及丰富度的重要因素。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
屈建航 曹书娟 袁红莉
以富营养化官厅水库(北京)和天然Rupa湖(尼泊尔)沉积物为对象,使用16Sr DNA克隆文库的分子生态学方法,鉴定并比较了其中的细菌群落结构。分析表明:二者pH及各形态磷含量参数差异显著。在细菌组成上,二者的主要种群均为变形杆菌门,且均以β-变形杆菌纲为主(比例高于50%),但Rupa湖沉积物中以α-变形杆菌次多,而官厅水库沉积物以γ-变形杆菌次多,2个样品中δ-变形杆菌的含量均相对较少。其他种群组成上,官厅水库沉积物中绿弯菌纲(9.21%)含量高于Rupa湖(1%),并特有芽单胞菌纲(12.2%)、放线菌纲(1.3%)和芽孢杆菌纲(0.8%)。而Rupa湖沉积物中特有的种群为螺旋菌纲(2%...
关键词：
水资源 细菌群落 沉积物 富营养化
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
王丰 任灵玲 安婷婷 刘灵芝
为探讨长期施肥对土壤氨氧化细菌(ammonia-oxidizing bacteria,AOB)的影响机制,以长期定位试验站为平台,采用变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术,研究不同施肥方式下土壤AOB丰度和种群结构多样性的季节变化特征。结果表明:与不施肥相比,施肥后土壤铵态氮和硝态氮含量增加,土壤pH降低;随采样时期变化(4月、7月和11月),土壤AOB丰度和多样性指数均在4月最高;各施肥处理下,增施无机氮肥可降低土壤中总细菌数量和AOB的种群多样性,有机/无机氮肥配施有助于维持总细菌和AOB丰度的稳定;冗余分析(RDA)结果表明,铵态氮显著影响土壤AOB种群结构组成,季节是导致AOB种群结构差异的重要因素。总之,季节变化与长期定位施肥引起的土壤理化特征差异,导致土壤AOB丰度和种群多样性发生改变。与无机氮肥相比,有机/无机氮肥配施有助于稳定土壤AOB的丰度。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵伟烨 刘玮 刘勤 蒋先军
【目的】本文以利用年限分别为100、300、700、1000和2000年的水稻土及杭州湾海涂(0年)作为研究对象,探究对不同利用年限水稻土氨氧化细菌群落结构随着利用年限的变化而显著变化。【方法】采用PCR-DGGE技术分析6个利用年限水稻土的氨氧化细菌群落组成。【结果】利用PCR-DGGE得到的电泳图像显示不同利用年限水稻土样品可检测到的AOB的DGGE条带数量均存在明显差异。【结论】不同利用年限对水稻土氨氧化细菌群落结构产生较大的影响。
关键词：
利用年限 水稻土 氨氧化细菌 群落结构
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
尹冰玉 章守宇
提取枸杞岛海藻场沉积物样品总DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,经分子克隆、测序与序列分析,构建了沉积物细菌16S rDNA文库和系统发育树,进行沉积物中细菌多样性及系统发育分析。结果表明,沉积物中细菌分属5个类群,分别为变形细菌门(Proteobacteria,48.2%)、厚壁菌门(Firmicutes,22.2%)、放线菌门(Actinobacteria,14.8%)、绿屈挠菌门(Chloroflexi,3.7%)和酸杆菌门(Acidobacteria,3.7%),还有一些尚未确定其分类(7.4%)。在枸杞岛海藻场沉积物变形细菌门类群中,γ-变形菌占主导地位,约为46....
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘桂婷 程林 王保莉 赵其国 曲东
【目的】通过分析长期不同施肥制度下土壤氨氧化细菌的群落结构及多样性,认识土壤氨氧化细菌对不同施肥制度的响应,以期明确氨氧化细菌对环境质量变化的指示作用。【方法】构建氨氧化细菌amoA基因克隆文库,利用PCR-RFLP方法研究无肥(CK)、有机肥(M)、氮肥+有机肥(NM)、磷肥+有机肥(PM)、氮磷肥+有机肥(NPM)等5种不同施肥处理对土壤氨氧化细菌多样性及群落结构的影响。【结果】5种施肥处理分别得到59、56、83、71、42个RFLP酶切类型。α多样性指数表明不同施肥处理的多样性存在差异,NM处理多样性最高,NPM处理多样性最低。β多样性指数表明M与NPM处理之间Sorenson指数为0...
关键词：
长期施肥 氨氧化细菌 多样性 群落结构
[期刊] 中国农业科学
[作者]
武传东 辛亮 李秀颖 王保莉 曲东
【目的】研究长期不同施肥制度下黄土旱塬黑垆土氨氧化古菌群落多样性和丰度的变化,为提高黄土高原地区氮素利用效率、检测土壤质量变化提供重要依据。【方法】利用PCR-RFLP技术和Real-time PCR技术分析无肥(CK)、有机肥(M)、氮肥+有机肥(NM)、磷肥+有机肥(PM)、氮磷肥+有机肥(NPM)等5种长期施肥处理对土壤氨氧化古菌群落结构和丰度的影响。【结果】从5种施肥处理的氨氧化古菌氨单加氧酶A(amoA)的克隆文库中分别得到25、18、29、20、30种RFLP酶切类型。α多样性指数表明各施肥处理土样之间氨氧化古菌多样性差异显著,NPM处理产生的氨氧化古菌多样性最多,而M处理多样性最...
关键词：
长期施肥 氨氧化古菌 群落结构 多样性
[期刊] 水产学报
[作者]
李晓 李冰 董玉峰 朱健
为了研究精养团头鲂池塘冬季不投饵期间沉积物不同层次细菌群落结构的特征,实验分层次采集池塘沉积物,采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳技术)及基因测序技术,对池塘沉积物垂向空间分布的微生物群落特征及多样性的组成进行分析。结果显示:精养团头鲂池塘的整个停饵期间沉积物微生物群落的丰富度(平均为38)和多样性指数(平均为3.18)均较高,说明精养池塘沉积物中微生物数量多、种类丰富。上层(0~10 cm)和中层(10~20 cm)沉积物的微生物群落Shannon指数(3.29、3.27)略高于下层(20~30 cm)的Shannon指数(3.17),底层沉积物样品的指数最小(2.96),说明在底层沉积...
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