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[期刊] 西南农业学报
[作者]
尹利方 陈泽斌 夏体渊 王定康 姚丽媛 华金珠 徐胜光 王家银
【目的】为了解滇池沉积物中反硝化细菌及产甲烷菌的种类组成。【方法】采用引物NirS1F/NirS6R和Me1/Me2分别对沉积物总DNA进行PCR扩增,得到1000 bp的反硝化细菌和760 bp的产甲烷菌特异性片段。【结果】证实了滇池沉积物中存在反硝化细菌和产甲烷菌,且推测产甲烷菌的丰度高于反硝化细菌。2个克隆文库分别获得阳性克隆子55和99个,利用Mothur软件将序列分别划分为10和5个OUT,说明尽管反硝化细菌的丰度低于产甲烷菌,但物种多样性高于产甲烷菌。运用BLASTN程序在GenBank数据库
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈泽斌 李冰 夏体渊 王定康 余磊 任禛 靳松 何峰
从滇池沉积物中提取好氧氨氧化细菌（ａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ－ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ，ａｏｂ）的ｄｎａ，通过构建硝化作用氨单加氧酶基因（ａｍｏ ａ）文库并划分操作分类单元（ｏｔｕ）的方法，揭示好氧氨氧化细菌群落结构多样性。获得了８０个ａｍｏ ａ基因克隆，利用ｍｏｔｈｕｒ软件将相似度不小于９７％的序列归为１个ｏｔｕ，共得到２２个ｏｔｕｓ，其中ｏｔｕ１、ｏｔｕ２、ｏｔｕ３单元最大，分别包含了２７、１２、９条序列。对２２个ｏｔｕｓ的代表序列进行系统发育分析表明，其序列都属于变形杆菌的β－亚纲，分布于亚硝化螺菌属、亚硝化弧菌属、亚硝化单胞菌属、亚硝化叶菌属４个属；优势种群为ｎｉｔｒ．．．
[期刊] 西南农业学报
[作者]
陈泽斌 任禛 夏体渊 王定康 陈兴位 林丽 靳松 徐胜光 华金珠 何峰
厌氧氨氧化（ＡｎＡｅｒｏｂｉｃ Ａｍｍｏｎｉｕｍ ｏｘｉｄＡｔｉｏｎ，ＡｎＡｍｍｏｘ）在海洋氮素循环中起了重要作用，而有关天然淡水生态系统中厌氧氨氧化菌的研究报道并不多。为探索滇池沉积物中是否存在厌氧氨氧化菌及厌氧氨氧化菌的种类，以滇池沉积物总ｄｎＡ为模板，Ｐｃｒ扩增沉积物样品中厌氧氨氧化菌特异性１６Ｓ ｒ ｄｎＡ片段，通过构建克隆、测序，将文库中有效克隆序列分别提交到Ｇｅｎ ｂＡｎｋ中进行相似序列搜索，并利用ｍｅＧＡ４．０绘制系统发育树。分析发现，滇池沉积物中存在厌氧氨氧化菌，且种群多样性水平低，低于目前已报道的大部分自然生态系统，所有克隆序列与已发现的厌氧氨氧化菌ｃＡｎｄｉｄＡｔｕＳ ｂｒ．．．
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李秋芬 陈碧鹃 曲克明 辛福言 李健 赵法箴 袁有宪
采用平板涂布法和MPN法测定了虾池底质下 0到 30cm深度范围内 3类主要细菌类群的垂直分布情况。结果表明 ,底泥中细菌主要集中于 0到 5cm的表层范围内 ,随深度增加 ,数量急剧减少 ,至 30cm深处所测到菌量已很少。底泥中的总菌量随养殖时间推移 ,逐渐增加 ,到养殖中后期 ,表层菌量增加至 10 6CFU/g ,表层以下 10～2 0cm的总异养菌量和硝酸盐还原菌数量也增加至 10 5CFU/ g以上。弧菌仍集中于表层。细菌的垂直分布主要受各层有机物和溶解氧含量的影响
[期刊] 淡水渔业
[作者]
宋玫滢 孙晓莉 王豆豆 林雅琪 刘洋
为分离可以高效去除亚硝酸盐的反硝化细菌，并在养殖废水处理中进行应用，本实验通过富集培养、稀释涂布、划线分离、纯化、筛选，从活性污泥中获得两株反硝化能力较强的微生物菌株A和H,研究了温度、pH、溶解氧、碳源、硝酸盐浓度对菌株A和H反硝化作用的影响。结果显示：两株反硝化细菌经鉴定分别为Achromobacter xylosoxidans A和Pseudomonas stutzeri H。在含有溴麝香草酚蓝(bromothymol blue, BTB)的培养基中，菌株H在37℃,pH 6.0,摇床转速为50 r/min,在添加1%(w/v)的柠檬酸钠为碳源的培养基中，NO~-_3的去除率最高，为84.67%;菌株A在30℃,pH 6.0,静止条件下，以柠檬酸钠为碳源的培养基中，NO~-_3的去除率最高，为67.04%。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
曾庆武 梁运祥 葛向阳
从不同的水样、土样中用反硝化选择性培养基分离出202株反硝化细菌。以硝酸盐的降解、亚硝酸盐的积累和脱氮率为筛选指标,从这些菌株中得到1株反硝化能力强的菌株A13,经生理生化试验和16SrDNA序列分析,鉴定该菌株为地衣芽胞杆菌(Bacillus licheniformis)。然后将该菌株与保存的反硝化菌DNF409联合应用,脱氮率比应用单株菌提高近30%。在此基础上采用响应面分析法(中心组合一致精度设计,SAS9.1.3),建立了初始硝态氮浓度为25mg/L水样脱氮率的回归方程,同时得出最佳反硝化条件是CODMn为35.1mg/L,温度为32.5℃,投菌量为6.2×106cfu/mL,反硝化时...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
张小玲 梁运祥
从土壤中分离到一株高活性反硝化菌DNF409,经生理生化和16S rDNA序列分析,初步判断为芽孢杆菌属(Bacillussp.)。在生长的各个阶段,该菌株均具有较强的反硝化活性,最适反硝化碳源为乙醇。在天然养殖水体中,碳氮摩尔比达到8.0∶1、菌体浓度达到108cfu/L时,其反硝化活性即可充分发挥,硝态氮和亚硝态氮的降解率可分别达到94.79%和99.94%。试验表明该菌株在养殖水体的生物脱氮方面具有广阔的应用前景。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
屈建航 曹书娟 袁红莉
以富营养化官厅水库(北京)和天然Rupa湖(尼泊尔)沉积物为对象,使用16Sr DNA克隆文库的分子生态学方法,鉴定并比较了其中的细菌群落结构。分析表明:二者pH及各形态磷含量参数差异显著。在细菌组成上,二者的主要种群均为变形杆菌门,且均以β-变形杆菌纲为主(比例高于50%),但Rupa湖沉积物中以α-变形杆菌次多,而官厅水库沉积物以γ-变形杆菌次多,2个样品中δ-变形杆菌的含量均相对较少。其他种群组成上,官厅水库沉积物中绿弯菌纲(9.21%)含量高于Rupa湖(1%),并特有芽单胞菌纲(12.2%)、放线菌纲(1.3%)和芽孢杆菌纲(0.8%)。而Rupa湖沉积物中特有的种群为螺旋菌纲(2%...
关键词：
水资源 细菌群落 沉积物 富营养化
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
尹冰玉 章守宇
提取枸杞岛海藻场沉积物样品总DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,经分子克隆、测序与序列分析,构建了沉积物细菌16S rDNA文库和系统发育树,进行沉积物中细菌多样性及系统发育分析。结果表明,沉积物中细菌分属5个类群,分别为变形细菌门(Proteobacteria,48.2%)、厚壁菌门(Firmicutes,22.2%)、放线菌门(Actinobacteria,14.8%)、绿屈挠菌门(Chloroflexi,3.7%)和酸杆菌门(Acidobacteria,3.7%),还有一些尚未确定其分类(7.4%)。在枸杞岛海藻场沉积物变形细菌门类群中,γ-变形菌占主导地位,约为46....
[期刊] 中国林业科学研究院
[作者]
魏佳明
湿地细菌参与了表流湿地生态系统中氮的分解与转化过程,是影响表流湿地脱氮的重要因素之一。研究表流湿地细菌群落结构,尤其是参与反硝化这一重要脱氮环节的反硝化细菌的群落结构,了解表流湿地的优势细菌及反硝化细菌群落及分布特征,对从微观角度认识表流湿地氮去除机制有着重要的作用。在本研究中,采用了Miseq高通量测序方法进行了不同季节沿水流方向的不同处理单元的表流湿地细菌、反硝化细菌群落结构时空三维分析,并利用冗余分析方法分析了细菌与反硝化细菌的群落结构与水环境间的关系。研究发现:(1)表流湿地细菌群落OTU数量在5
关键词：
表流湿地 反硝化细菌 时空分布 水环境
[期刊] 西南农业学报
[作者]
徐彦胜 阮志勇 刘小飞 胡国全
利用PCR-RFLP和PCR-DGGE技术对处于正常运行阶段的4口农村户用沼气池进行研究,考查其中产甲烷菌的种群结构并对其进行系统发育分析。特异性地扩增产甲烷菌mcrA片段和16S rDNA序列分别进行RFLP分析和DGGE分析。对RFLP得到的每一个独特的OTU(operational taxonomic units)和DGGE中的优势条带进行测序及序列分析。结果表明,不同发酵原料的沼气池中产甲烷菌的优势类群存在差异性,但又有一定的相似性。同时研究结果显示,2种不同实验方法得出的结论有着某些一致性。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
于清武 胡丽琴 李菲 易湘茜 孙玉林 高程海
模拟低温（１０℃）环境分离纯化培养南海深海沉积物中的细菌，基于１６Ｓ ｒｒＮＡ基因序列对南海深海沉积物可培养细菌多样性进行分析，并利用滤纸片扩散法测试可培养细菌发酵液的抑菌生物活性。结果表明，从南海深海沉积物中共分离获得相关可培养细菌３２株，分属于３个菌门（变形菌门、厚壁菌门和拟杆菌门）的１９个种，其中以芽孢杆菌为优势菌群。分离获得的南海深海沉积物可培养菌株中有１７株的代谢物对大肠杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草芽孢杆菌和蜡状芽孢杆菌４种指示菌均表现出抑制作用，占分离菌株种类的８９．５％。说明低温环境下对深海沉积物可培养细菌多样性和活性均存在一定影响。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
申玉春 叶富良 周玉竹 阮芳 熊邦喜
在南美白对虾4个月的养殖期内,对虾养殖池每平方米水面积积累沉积物平均湿重8.69kg,干重2.29kg,含水率73.2%。沉积物在虾池中的水平分布,养殖前期分布比较均一;养殖后期则分布不均,主要集中在虾池的中心。沉积物数量的月变化随着养殖时间的延长而逐渐增多。沉积物间隙水的pH值变化在6.21~7.67之间,平均为6.55。沉积物的有机物含量(平均为17.6%)和耗氧速率(平均为1.81g/m2·d)较高,二者存在显著的正相关关系(r=0.7704)。沉积物中含有丰富的氮、磷、钾等生物营养元素。沉积物中细菌总数变化在136.1×107~782.3×107cells/g之间,平均为352.9×1...
关键词：
对虾高位池 沉积物 虾池环境
[期刊] 中国水产科学
[作者]
马英 钱鲁闽 王永胜 吴成业
硝化细菌在促进水域生态系统的氮循环、保持健康水产养殖环境方面发挥着巨大作用。本文分析了硝化细菌分子生态学研究的意义,介绍了硝化细菌的主要种类及其系统进化关系,综述了硝化细菌分子生态学研究进展,并对中国的研究现状进行了分析。结合作者的工作实践,认为中国应加强对水产养殖环境硝化细菌分子生态学研究,为养殖环境的污染防治和微生态制剂的研制等提供理论依据。
关键词：
硝化细菌 分子生态学 水产养殖环境
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
李倩 王晓媛 吴惠仙
利用Illumina HiS eq 2500高通量测序平台对船舶压载水及沉积物微生物进行测序,共获得67 255条有效序列,736个OTU,通过生物信息分析,研究了压载舱中沉积物和压载水细菌群落结构及其多样性。结果显示:船舶压载舱沉积物中可培细菌总数较压载水中可培细菌总数高3个数量级。压载水中优势类群是变形菌(Proteobacteria 70.20%)、拟杆菌(Bacteroidetes 13.38%)、放线菌(Actinobacteria 10.33%)和Marinimicrobia_SAR406_clade 2.81%。压载舱中沉积物的优势类群为变形菌(Proteobacteria 95.45%)、厚壁菌(Firmicutes 2.23%)。
关键词：
压载水 沉积物 细菌 高通量测序技术
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