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[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
杨雪 岳胜天 武志海 付丽 于人杰 杨美英
为明确溶磷菌wj1的无机磷酸盐(Pi)的转运机制,对溶磷菌wj1磷酸盐特异性转运系统(Pst)进行生物信息学分析并与土壤中常见细菌的Pst系统进行比较,通过亚克隆构建溶磷菌wj1pstS蛋白的原核表达系统,利用钼酸铵分光光度法测定诱导表达的pstS蛋白对磷酸盐的结合率。结果表明:溶磷菌wj1的Pst系统是由pstS、pstC、pstA、pstB和phoU 5个基因组成,且依次分布于染色体上,这种结构与土壤中常见细菌的大多数菌属相似。溶磷菌wj1的pstS蛋白位于细胞质外,是一种具有信号肽的可溶性蛋白,其空间结构是由2个球状结构域组成。与绿脓假单胞菌的pstS蛋白结构相比,溶磷菌wj1pstS蛋白的活性中心位于两个球状结构域的裂缝中,其中有9个氨基酸参与Pi特异性结合,1个氨基酸通过疏水作用维持蛋白与Pi的结合。溶磷菌wj1pstS蛋白在大肠杆菌中过量表达后,使得重组大肠杆菌的无机磷酸盐吸收率显著提高,表明溶磷菌wj1pstS蛋白具有结合Pi的能力,但菌浓度不变时Pi浓度的增加会抑制溶磷菌wj1pstS蛋白对Pi的结合。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
郭坚华 刘庆都 任欣正
小麦细菌性苗枯病菌Ta菌株细胞壁的特征性双碱基氨基酸为二氨基丁酸,菌体脂类中不含枝菌酸,磷酸类脂主要为双磷脂酰甘油,符合Claribacter属的特征;菌体细胞水溶性蛋白SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱不同于Clacribucter属的已知各种及亚种,甲基萘醌分析结果与对照菌Cl.tritici 2626菌株亦不尽相同;菌株的DNA G+C mol%含量为66.12%～68.78%,与Cl.michiganense subsp.michiganense菌株2550的 DNA DNA同源值为40.2%,与Cl.tritici菌株2626的同源值为46.0%。确认Ta菌是Claibter属中的一个新...
关键词：
小麦 细菌性病害 棒形杆菌 鉴定 分类
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
姚倩倩 顾向阳
[目的]从含盐环境中富集分离中度嗜盐菌,并进行菌种鉴定,分析确定与耐盐特性相关的主要相容性溶质,探索利用分离菌株合成四氢嘧啶的可行性。[方法]从盐池土中富集分离耐盐或嗜盐的乙酸降解菌,通过生理生化特性测定和16S rDNA序列的分析,将所得菌株鉴定至相应的属或种。通过摇瓶试验研究分离菌株耐盐生长的特征,从所得的菌株中提取、分析相容性溶质并测量其含量,初步分析分离菌株耐盐生长的机制。在高盐培养基中诱导嗜盐菌胞内相容性溶质的合成,然后在低渗盐溶液中测定相容性溶质的释放率,之后再将菌体转移至高渗培养基中研究相容
[期刊] 西南农业学报
[作者]
柯野 杨家臣 屈奇奇 袁小枚 黄镜如
【目的】解析Streptomyces sp. DJ菌株编码的3种角蛋白酶的氨基酸序列、二级结构、三级结构及其功能的关系。【方法】基于DJ菌株全基因组测序结果,利用Bio-edit、DNAMAN、Discovery Studio2.5等软件、https://swissmodel.expasy.org/等网站对其3种角蛋白酶的序列和结构进行了分析和预测。【结果】DJ菌株胞外分泌3种角蛋白酶(K1、K2和K3)均属于S8家族的丝氨酸蛋白酶,信号肽、前导肽和成熟肽在氨基酸残基的组成、极性和长度等方面较一致。3种酶均能以5WSL.1.A为模板进行同源建模,每种酶的3-D结构中均含有6个α螺旋、2个3_(10 )α螺旋和15个β折叠的二级结构;其中K1酶含有2个二硫键,1Ca和2Ca位点,K2和K3各有1个二硫键,1Ca位点;3种酶的Pro270残基位于loop环,而仅有K2的Pro242残基位于loop环中。3种酶底物结合区域主要由疏水性残基构成,偏向于疏水性强的底物。3种酶的底物结合区域比较而言,S1和S2对底物特异性起关键作用;由于3种酶的S1和S2中重要位点残基的不保守性,使其底物特异性具有差异。【结论】DJ菌株中3种角蛋白酶在氨基酸、二硫键、脯氨酸和钙结合等的不同致使酶稳定性的不同;并且由于其表面电荷分布、底物结合区域的差异构成对羽毛水解位点的互补性,这可能是DJ菌株高效降解羽毛的重要原因。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王春红 武志海 孙合美 于亭 张婷婷 刘晶晶 汲添 杨美英
[目的]为了明确黑土种植的大豆根际溶磷菌的种类及不同溶磷菌溶无机磷的特性,并有效利用溶磷菌,增加黑土的可持续利用能力。[方法]以NBRIP为分离培养基从大豆根际土壤中分离到1株溶磷菌(命名为wj6),采用Vitek 2自动分析系统和16S rDNA方法对其进行鉴定;以NBRIP分离培养基为基础,利用L25(53)正交设计试验,从碳源、氮源及pH值3个方面对菌株wj6溶磷培养基进行优化;利用优化后的NBRIP培养基测定wj6溶解Ca3(PO4)2、FePO4和AlPO4的特点以及溶磷过程中磷酸酶活性和葡萄糖脱氢酶活性。[结果]经Vitek 2自动分析系统和16S rDNA方法鉴定菌株wj6为Kl...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
关怡 尹娣 杜茜 沙艺琛 赖姗姗 赵超
为寻找新纤维素酶和纤维素酶基因资源,以羧甲基纤维素钠作为唯一碳源,从湿润木屑中分离和筛选获得1株高产纤维素酶目的菌株LYW-1。对该菌保守序列ITS进行扩增和测序后,提交NCBI并与相近物种ITS序列进行比对和分析,基于亲缘关系构建系统发育树。将ITS rDNA保守序列比较分析结果与形态学观察结果相结合,初步鉴定该菌株属于栓菌属(Trametes)。以羧甲基纤维素钠溶液为底物,采用3’5’-二硝基水杨酸(DNS)法测定纤维素酶活力,分析pH、温度及培养基中同碳源、氮源对该菌产纤维素酶活力的影响。结果表明,菌株LYW-1在pH 7.0、37℃、淀粉为碳源和乙酸铵为氮源时为最适培养条件,总酶活力达到最大。
关键词：
栓菌属 纤维素酶 酶活力 产酶条件
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
宋立超 钮旭光 李培军 刘宛
Ｐａｎｔｏｅａ ｓＰ．ｔＪＢ５是一株具有菲降解能力的耐盐碱菌株。为将其更好地应用到环境中去，研究了其粗酶液对菲的降解特性及降解途径关键酶基因的性质。结果表明：处理１２ｈ胞内酶对５０ｍｇ·Ｌ－１菲的降解率达到７０．１％。菲胞内酶降解的酶促反应最适温度是３０℃，最适Ｐ ｈ值为６．０～８．０，最适盐浓度为０～３．０％。进一步克隆降解功能酶邻苯二酚－２，３－双加氧酶（Ｃ２３０）基因，获得序列９２４ＢＰ，建树分析其与ｓＰｈｉｎｇｏＢｉｕｍ ｓＰ．４０７－１ Ｃ２３０的基因同源性为９７％，初步判定该菌株对菲降解过程中产生的邻苯二酚是通过Ｃ２３０进行降解催化的。
关键词：
成团泛菌 胞内酶 菲 邻苯二酚双加氧酶
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
李志琳 解宇峰 吴杰 徐佳迎 王珏 蒋静艳
[目的]本文旨在筛选出不同种类和特性的高效降解柴油菌株,研究降解菌株对不同环境下柴油污染的降解机制。[方法]从南京扬子石化厂区的油泥沉积物中分离出1株高效柴油降解菌J-3,通过细菌形态学、生理生化及16S rRNA基因序列分析比对初步鉴定菌株J-3为沙雷氏菌属(Serratia sp.)。通过水培及土壤培养并结合气质联用(GC-MS)和全基因组比对技术研究其降解率和降解机制。[结果]该菌能利用柴油为唯一碳源生长,产生表面活性物质,具有稳定的乳化性能。在温度20～40℃、初始pH5～9条件下生长良好,能耐受15 g·L~(-1) NaCl和5 g·L~(-1)柴油。在最适生长条件(pH7,25℃,1 g·L~(-1) NaCl,0.5 g·L~(-1)柴油)下对柴油降解率为62.0%,GC-MS图谱分析确定菌株J-3对柴油中各组分均有降解能力,对部分中长直链烷烃降解率超过99%。通过菌株J-3的全基因组比对分析,发现2个烷烃氧化相关的基因,烷烃羟化酶基因alkB和长链烷烃羟化酶基因almA,推断菌株J-3能降解柴油可能是这2个氧化酶基因产生作用。将菌株J-3应用于柴油污染土壤修复试验,对土壤中各柴油组分均有降解能力。不同处理下菌株J-3降解率可达33.8%～49.0%,可有效降解土壤中的柴油。[结论]Serratia sp. J-3是一株高效降解柴油的菌株,在水体和土壤中均能很好利用柴油进行生长代谢,可应用于柴油污染实际生物修复工程。
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘文韬 朱雪竹 陈雪梅 孙彦伟 吕百韬 王丹琴 王雪
[目的]本文旨在筛选适配的农作物-功能内生菌定殖系统,防治多环芳烃(PAHs)污染。[方法]以芘作为多环芳烃代表,选择空心菜、小麦、不结球白菜、菠菜、茼蒿5种常见农作物,通过在芘降解培养基中添加不同农作物匀浆液,探究目标农作物体内物质和体内原有内生菌群对菌株Enterobacter sp. PRd5定殖效率及芘去除的影响,筛选合适的目标农作物-功能内生菌定殖体系。利用定殖培养试验,验证筛选获得的目标农作物-功能菌体系的促生长与降低芘污染的效能。[结果]筛选试验表明,菌株Enterobacter sp. PRd5可产生铁载体和吲哚乙酸(IAA)等促生长因子,促进作物生长。各农作物匀浆液与菌株Enterobacter sp. PRd5的混合液芘去除率从大到小依次为空心菜、小麦、不结球白菜、菠菜、茼蒿,芘去除率分别为83.7%、75.3%、72.6%、70.1%和61.4%。定殖试验显示,菌株Enterobacter sp. PRd5能高效定殖在小麦和空心菜体内,通过提高芘代谢酶活力,降低作物中芘污染。[结论]芘无机盐培养基中添加2%植物匀浆液的细菌培养试验可用于筛选适配的农作物-功能内生菌定殖系统,防治农产品多环芳烃污染。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
马婷婷 黄粤 皮婷 姚家成 冯喆 李晓华
从神农架烟草种植地土壤中分离出1株对7株农作物病原真菌具有抗性活性菌株,命名为ⅡR21菌株。采用琼脂块法测定,该菌株对稻瘟病菌、立枯丝核病菌、腐霉病菌、禾谷镰刀病菌和黄色镰刀病菌具有较强的抑菌活性。对该菌株的生理生化特性和16SrRNA基因序列同源性比对,初步鉴定ⅡR21菌株属于链霉菌属。经过有机溶剂萃取、硅胶柱层析、薄层层析和制备型高效液相色谱对ⅡR21菌株发酵液进行分离纯化,获得了1个纯度为90.34%的具有抗稻瘟病菌168菌株活性的化合物单体。采用高通量测序技术对ⅡR21菌株进行全基因组测序,通过全
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
谷涛 李永丰 周潮洋 张迹 闫新 李顺鹏
[目的]分离取代脲类除草剂的高效降解菌,为农药污染土壤的生物修复提供理论依据和物质基础。[方法]从农药厂废水处理池的活性污泥中分离筛选到1株取代脲类除草剂的高效降解菌株,结合形态、生理生化特征和16S rRNA基因序列对其进行鉴定,并研究其降解特性和降解途径。[结果]经鉴定,菌株Pu21为鞘氨醇杆菌(Sphingobium sp.),该菌能同时降解N,N-二甲基取代脲类除草剂异丙隆和N-甲氧基-N-甲基取代脲类除草剂利谷隆。外界温度在2535℃时对异丙隆和利谷隆降解影响较小,降解2种除草剂的最适温度均为3
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
郭娟娟 张龙涛 曾绍校 林美强 张怡 郑宝东
从角叉菜中分离到1株κ-卡拉胶降解菌,该菌为革兰氏阴性菌,其16S r DNA基因序列1473 bp,在核酸数据库(NCBI)进行同源性检测,发现与Devosia chinhatensis sp nov相似性的为93.4%.结合生理生化指标测定结果,将其归属于德沃斯氏菌属,并命名为Devosia sp.Fjfst-330.初步培养,采用DNS法测定该菌胞外κ-卡拉胶酶活为63.3 U·m L-1.
关键词：
κ-卡拉胶酶 细菌 筛选 鉴定
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
董维亮 侯颖 王飞 李周坤 黄彦 崔中利
[目的]Rhodococcus sp.T1是一株高效的精恶唑禾草灵(FE)降解菌株,T1菌株可以断裂FE的酯键将其转化为精恶唑禾草灵酸(FA)。对T1菌株胞内精恶唑禾草灵酯酶的酶学性质进行研究并对其进行分离纯化,以期为生物修复精恶唑禾草灵污染提供更多的理论依据。[方法]以酯酶的通用底物乙酸-1-萘酯作为定量测定胞内酯酶活力的底物,分析温度和p H值对酯酶活力和稳定性的影响,同时探讨金属离子对酯酶活力的影响;通过硫酸铵沉淀、疏水层析、DEAE离子交换层析和Superdex-200凝胶层析柱组合技术对精恶唑禾草灵酯酶进行分离纯化,计算了纯化过程中酯酶的比活力、纯化倍数和回收率。[结果]胞内酯酶最适...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
赵凯 黄银燕 王倩 王革娇
通过反向PCR和细菌Fosmid文库筛选,克隆得到1株三价砷[As(Ⅲ)]氧化细菌Acidovorax sp.GW2的As(Ⅲ)氧化酶Aox基因簇,包括aoxRSXABCD7个基因,分别预测编码双组分信号传导系统转录调控子AoxR(同源性68%),周质感应组氨酸激酶AoxS(同源性55%),周质结合蛋白AoxX(同源性55%),砷氧化酶AoxAB(同源性分别为74%和71%),硝基还原酶AoxC(同源性46%),细胞色素c AoxD(同源性63%)。反转录PCR结果显示,编码双组分系统的aoxRS基因共转录,而与之转录方向相反的结构基因aoxABCD处于同一操纵子中,aoxX基因和aoxRS基...
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