对取自湖南湘西自治州龙山县乌龙山3个不同洞穴的湘西盲高原鳅(Triplophysa xiangxiensis)群体82尾样本的线粒体细胞色素b(Cytb)基因序列和控制区(D-loop)序列进行了研究,分析了其遗传分化及遗传多样性。湘西盲高原鳅线粒体Cytb基因序列片段长1 140 bp,D-loop序列片段长934 bp,在D-loop中发现6个多态位点且均为单一变异位点,D-loop序列中检测到7个单倍体,其单倍型多样性指数(h)在0.083至0.282之间,其核苷酸多样性(pi)指数范围为0.000 09~0.000 32。3个采样群体的遗传多样性均较低。全部样本的Cytb序列均一致,不...

利用筛选的16对微卫星标记对来自于湖南湘西龙山县乌龙山3个不同洞穴的盲高原鳅群体进行遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、等位基因数、遗传距离、基因流、F-统计量等参数,评估各盲高原鳅群体遗传多样性和各群体间遗传分化。16个微卫星标记在3个群体中共检测出83个等位基因。每个座位检测到3～8个等位基因不等。3个群体各个多态位点的平均观测杂合度分别为0.362 5～0.946 5,平均期望杂合度为0.538 6～0.906 5。3个群体多态微卫星位点的PIC分别为0.263 2、0.231 3、0.303 5,选取的16个微卫星位点中2个为高度多态,2个为低度多态,其余为中度...

采用线粒体DNA tRNAleu-COII片段的序列分析方法,对海南16个样点的715群中华蜜蜂(Apis cerana cerana)进行遗传多样性研究,明确了海南中华蜜蜂线粒体DNA tRNAleu-COII片段序列的遗传多样性及单倍型的分布特点.结果共发现48种单倍型,其中新发现43种单倍型.共检测到38个变异位点,包括12个单一多态位点、23个简约信息位点、1个插入位点和3个缺失位点.海南中华蜜蜂单倍型多样度为0.742±0.017,平均核苷酸差异数为1.248,核苷酸多样度为0.00354±0.00013,这表明海南中华蜜蜂线粒体DNA tRNAleu-COII片段具有丰富遗传多样性...

对采自泸州(长江干流)、南溪(长江干流)、柏溪(金沙江段)、攀枝花(雅砻江段)、重庆(嘉陵江段)4个流域的45尾长薄鳅(Leptobotia elongata)的线粒体DNA控制区部分序列(798 bp)进行了扩增,共检测出19个单倍型,未发现群体间有共享的单倍型,5群体单倍型多样性在0.833~1.000之间,显示不同流域的长薄鳅群体单倍型类型较为丰富。分析了D-Loop的碱基组成、变异情况和核苷酸序列差异,计算了核苷酸多样性(π)、单倍型多样性(h)、FST值和基因流数值(Nm),构建了长薄鳅不同单倍型分子系统树和中间网络图。5个群体内各序列核苷酸多样性指数(π)在0.276%~0.905...

为合理开发利用东太平洋茎柔鱼资源,需要准确掌握其种群结构。基于线粒体细胞色素b(Cytb)与细胞色素氧化酶Ⅰ(COⅠ)2个分子标记对茎柔鱼赤道海域与秘鲁外海2个地理群体的遗传多样性现状进行比较分析。分析认为,基于Cytb基因所有序列得到2个群体总的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为7、(0.397±0.079)、(0.001 09±0.000 96)和0.600,秘鲁外海群体单倍型多样性指数仅为(0.282±0.101),明显低于赤道海域群体。基于COⅠ基因所有序列得到2个群体总的单倍型数、单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数及平均核苷酸差异数分别为17、(0....

为研究乌鳢群体的遗传多样性和控制区结构,实验采用PCR和DNA测序技术对其线粒体DNA控制区序列进行比较。结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区全长序列为905~908 bp。104个序列中共发现了37个多态位点,定义了27种单倍型。同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列。3个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(k)分别为0.875、0.003 27和2.939。群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K 2-P)、遗传分化指数(Fs...

经克隆测序获得了我国5个批次引进的40尾斑点叉尾(Ictalurus punctatus)群体的线粒体控制区全序列,研究控制区序列结构和群体遗传变异。结果显示:比对长度包括906个位点,共有变异位点28个,简约信息位点21个。通过与GenBank中其它鱼类的mtDNA控制区序列进行结构分析,将斑点叉尾的控制区分为终止序列区、中央保守区和保守序列区3个区域;并找到了一系列保守序列:包括终止相关序列TAS,中央保守区的CSB-F、CSB-E、CSB-D和保守序列区的CSB-1、CSB-2、CSB-3。样本总体遗传多样性指数较高,40尾个体含有25个单倍型,其总体单倍型多样性指数(H)为0.920...

【目的】探讨不同生长速度鸡品种(配套系)线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据。【方法】以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系(中快速型5个、慢速型3个)、2个地方鸡种(固始鸡、藏鸡)、2个引进鸡种(隐性白羽鸡、安卡鸡)、1个白羽肉鸡(罗斯308)、817杂交肉鸡以及1个高产蛋鸡配套系(大午褐壳蛋鸡)共计15个鸡种为研究对象,采集血液提取DNA后进行PCR扩增,对15个鸡种共683个个体mtDNA D-loop区全序列进行测序,使用DnaSP 5.10软件分析各个鸡种遗传多样性和单倍型特点,使用MEGA 4.0软件计算种间遗传距离,构建不同单倍型与红色原鸡之间NJ系统发育树,分析起源和亲缘关系。【结果】15个鸡种线粒体D-loop区全序列大小为1 231—1 232bp,序列长度为1 231 bp的个体在859 bp处存在C碱基缺失。683个个体共检测到45个变异位点,组合为53个单倍型,可以分为A、B、C和E共4个单倍型群,其中中快速型肉鸡、817杂交肉鸡以及高产蛋鸡均是E单倍型为优势单倍型(≥48.89%);慢速型黄羽肉鸡中鸿光黑鸡优势单倍型为B单倍型,京海黄鸡优势单倍型为A单倍型,雪山鸡4种单倍型相对均衡,3个慢速型黄羽肉鸡配套系E单倍型比例≤38.46%;地方鸡种中固始鸡的单倍型为A和C型,藏鸡的单倍型为A和B型。15个鸡种单倍型多样度(Hd)分布在0.496—0.853,核苷酸多样度(Pi)分布在0.00146—0.00673,遗传多样性相对丰富的品种(配套系)是新兴矮脚黄鸡、雪山鸡、京海黄鸡和罗斯308;遗传多样性程度相对较低的品种(配套系)是藏鸡、高产蛋鸡、安卡鸡、新兴麻鸡4号和墟岗黄鸡1号。15个鸡种Kiumura双参数距离范围为0.0016—0.0113,其中罗斯308种内遗传距离最大,而817杂交肉鸡和高产蛋鸡的种内遗传距离最小;种间遗传距离最大为高产蛋鸡与藏鸡之间,最小为高产蛋鸡与817杂交肉鸡之间;中快速型黄羽肉鸡配套系相互之间遗传距离相对较小,而与慢速型黄羽肉鸡配套系以及地方鸡种之间遗传距离相对较大;京海黄鸡和鸿光黑鸡均是与藏鸡遗传距离最小。聚类分析显示,A、B单倍型群与红色原鸡滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型与红色原鸡印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与红色原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一枝。【结论】不同生长速度鸡种之间线粒体D-loop区遗传多样性程度差异较大;E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的相关性,中快速型群体均以E单倍型为优势单倍型,而慢速型群体E单倍型比例均低于40%;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,显示其在中性选择下被驯化。研究结果为肉鸡品种选育和溯源以及资源化开发利用提供了理论依据。

为研究青石斑鱼种群遗传结构以实现资源保护和可持续利用,实验采用PCR技术对东山湾水域53尾青石斑鱼种群的线粒体DNA(mtDNA)D-loop区全序列进行扩增并测序,序列长度为956~1 230 bp,变异很大,这可能是由于5'端含有数目不等的重复序列单元(repeat sequence unit,RSU)或者由于碱基的插入和缺失造成的。按照RSU数目的不同,把53个青石斑鱼样本分为3大类:2RSU类(占11.3%)、3RSU类(占77.4%)、4RSU类(占11.3%)。采用MEGA(version 3.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析,结果显示,53条序列的T、...

以线粒体DNA COⅠ区间基因片段为指标,利用生物信息学软件分析了陕甘宁青晋地区5个省15个采样点共443群东方蜜蜂的遗传分化状况.所得序列全长625 bp,共定义了21个线粒体单倍型,总单倍型多样度为0.536±0.029,总核苷酸多样度为:0.001 16±0.000 08.单倍型网络关系图、系统发育树以及分子方差分析数据显示,这些种群总体遗传分化不显著,所采集样本的变异主要存在于组内群体间和群体内,组间变异不显著.

用13种限制性内切酶对兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤及瓯江彩鲤4种红鲤的线粒体DNA(mtDNA)进行RFLP分析。共产生17种限制性态型,其中5种酶为限制性片段长度多态性(RFLPs),归结为5种单倍型;兴国红鲤、玻璃红鲤、荷包红鲤和瓯江彩鲤的核苷酸多样性(π)分别为0.0087、0.0059、0.0094、0.0286,瓯江彩鲤的遗传多样性最为丰富;瓯江彩鲤起源于单倍型II为主的母系祖先,推算分化时间分别约在11.5万年、9.5万年前;玻璃红鲤和荷包红鲤起源于单倍型I为主的母系祖先,推算分化时间分别约为5～5.6万年、2万年前。

【目的】研究宁强矮马线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区的遗传多样性及其母系起源进化,为其遗传资源保护提供理论数据。【方法】采用PCR和测序技术分析12匹宁强矮马mtDNA D-loop区的600 bp核酸序列,并基于mtDNA D-loop区序列将宁强矮马和NCBI公布的其它马种进行系统树构建。【结果】宁强矮马群体存在9种单倍型,检测到34处SNP位点,占所分析位点总数的5.67%,各单倍型间的遗传距离为0.002—0.035,单倍型多样性为0.978±0.054,核苷酸多性为0.01988±0.00818。聚类分析表明宁强矮马分布在4个支系中,与胡克...

对西藏拉果错卤虫线粒体12S-16S rDNA片段进行了限制性片段长度多态性(RFLP)分析。对两个样本ARC1347和ARC1348分别分析了40和31个个体。应用PCR技术扩增了卤虫单个休眠卵的线粒体12S-16S rDNA,选用能识别四碱基的限制性内切酶HpaⅡ、NdeⅡ、TaqⅠ和HaeⅢ对该基因片段进行RFLP分析。在两个样本中均各检测出5种单倍型,其中单倍型AAAA为两个群体所共有,并均以该单倍型为主,它的个体数所占的百分比在两个群体(ARC1347和ARC1348)中分别为85.0%和83.9%。ARC1347号样本各单倍型之间的平均遗传距离为0.0350,ARC1348号样本各...

对中国大陆6水系10个地区中华绒鳌蟹和合浦绒螯蟹自然群体及1个俄罗斯地区日本绒鳌蟹群体中共289个个体的线粒体细胞色素氧化酶亚基I进行了RFLP分析。选用8种能识别4碱基的限制性内切酶AluI,DpnII,HaeIII,MspI,MseI,RsaI,TaqI和TasI及3种能识别6碱基的限制性内切酶ApaI,NdeI和VspI对该基因片段酶切后,在11个群体中共检测到15种复合单倍型,其中复合单倍型1为除合浦绒鳌蟹以外的群体所共有,并均以该复合单倍型为主(46.4%~96.7%),复合单倍型4在合浦绒鳌蟹群体中占有很大比例(91.7%);合浦绒螯蟹与中华绒螯蟹北方水系(黄河、海河、辽河)的遗传...

为了研究福建东方蜜蜂的遗传变异和遗传多样性，在全省采集９个样点，共４２４群东方蜜蜂样本，进行线粒体ＤＮＡ ｔＲＮＡｌｅｕ－ＣＯⅡ序列分析．结果表明，ｔＲＮＡｌｅｕ－ＣＯⅡ片段序列包括９３ ｂｐ的非编码区和２５９ ｂｐ的ＣＯⅡ编码区．在整个３５２ ｂｐ序列中，共检测到２３个多态位点和２７种单倍型，平均单倍型多样度为０．４８４ ３，平均核苷酸差异数为０．６８７，平均核苷酸多样度为０．００１ ９３．福建东方蜜蜂各样点间不存在遗传分化，总体遗传分化系数为０．００３，各样点的基因流参数为４９．７５～２４９．７５．