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[期刊] 华北农学报
[作者]
屈泰龙 李润成 罗斌宇 葛猛 严美君 胡辉灿 余兴龙
为了解猪博卡病毒在不同年龄健康猪群中的感染情况,通过对GenBank登录的猪博卡病毒基因序列分析设计2对引物可分别扩增PBoV1/2的部分NS1基因和PBoV3/4/5的部分VP1基因。提取2016年8-12月收集自湖南5个集约化猪场220周龄猪共430份肛门拭子样品的DNA并进行PCR检测。PBoV阳性率为64.6%(278/430),PBoV1/2阳性率为27.2%(117/430),PBoV3/4/5阳性率为45.1%(194/430),混合感染率为7.7%(33/430),PBoV3/4/5阳性率
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
董世娟 朱于敏 于瑞嵩 司伏生 石明明 张源淑 李震
从浙江地区分离的2株代表性样品与全国范围内流行的参考毒株进行比对和遗传进化分析,结果分为4个组,代表性样品与大部分国内的毒株落入G4-2组,与国内早期CH-S毒株核苷酸(氨基酸)同源性为98.4%~98.5%(99.1%~99.6%);以华南地区为主的2011-2012年分离的毒株自成一组,与中国其他地区的毒株的同源性为95.0%~97.2%,与其余3组比较有9个核苷酸的变异。遗传进化分析表明所分离毒株与大部分中国的流行毒株属于一个基因型;以2011-2012年中国华南地区为主的毒株成为PEDV的一个新的基因型;提示2011-2012年中国流行着2种PEDV的基因型。
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵丽 韩昊莹 张鸿鑫 卢婷婷 王文静 陈红英
为了分析河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株S和ORF3基因变异情况,于2015年1-12月收集河南省规模化猪场的150份PED疑似病料利用RT-PCR方法进行S和ORF3基因检测,共扩增到15株PEDV的S和ORF3基因,回收纯化PCR产物克隆至T载体,并进行序列分析,结果显示,15株S基因与CV777相比,核苷酸同源性为93. 6%~93. 9%,氨基酸同源性为92. 2%~93. 1%,而且存在不同碱基插入和缺失; ORF3基因与CV777相比,核苷酸同源性为97. 7%~100%,氨基酸同源性为93. 7%~100%,与疫苗毒株相比,不存在氨基酸的缺失现象。进化树分析基于S基因扩增的15株独立成群,与其他参考毒株亲缘较远;基于ORF3基因扩增的15个毒株与国内分离株、美国株及韩国株均有较近的亲缘关系,与经典毒株CV777株亲缘关系较远。对于S和ORF3基因在整个进化关系中,试验中的15个河南株均相对独立成群,与经典毒株CV777及国内所使用的疫苗株,亲缘关系较远,15株河南株的S和ORF3基因存在基因变异,为河南省PED的分子流行病学研究和防控提供技术支持。
[期刊] 华北农学报
[作者]
宏春慧 杨兵 覃湘婕 周宏专 徐福洲 苏霞 薛静 张晓东 王金洛
为鉴别猪博卡病毒１型、２型和３型３种基因型，根据猪博卡病毒基因序列分别设计３对针对保守区域的引物进行ＰＣＲ扩增，扩增目的片段大小分别为６４５ ｂＰ（ＰｂｏＶ１型）、３５２ ｂＰ（ＰｂｏＶ２型）和２５９ ｂＰ（ＰｂｏＶ３型）。通过引物浓度和退火温度等条件优化，首次建立了同时检测猪博卡病毒３种基因型的三重ＰＣＲ方法。所建立的三重ＰＣＲ方法扩增其他猪病病毒结果均为阴性，最低检测限为８×１０－７ｎｇ／μＬ。结果表明，该方法具有较好的特异性和敏感性。对临床样品进行三重ＰＣＲ和单项ＰＣＲ检测，对比结果显示符合率为１００％。该方法的建立为猪博卡病毒３种不同基因型的鉴别检测提供了有效手段。
关键词：
猪博卡病毒 基因型 三重PCR 检测
[期刊] 西南农业学报
[作者]
祁寒松 吴鹏 赵光伟 杨晓伟
【目的】本文研究了重庆地区猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus,PEDV)M基因序列的特征。【方法】2015年期间采集了来自重庆地区3家规模猪场的病料,采用RT-PCR的方法对PEDV的M基因进行了扩增,测序后进行了分析,并与中国其他省份、美国、韩国的PEDV毒株进行同源性比较,完成了进化树的构建。【结果】3份病料中M基因片段长为426 bp,编码142个氨基酸。测序表明,3份毒株M基因同源性为98.7%99.8%。与经典毒株CV777相比,核酸序列同源性为97
关键词：
猪流行性腹泻病毒 M基因 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
朱小甫 吴旭锦 郑红青 尹宝英 熊忙利
[目的]分析2014-2021年陕西省猪群猪流行性腹泻病毒(PEDV)主要毒力基因的生物学信息特征,揭示陕西省PEDV流行毒株基因变异情况,为防控猪流行性腹泻提供理论参考。[方法]参考PEDV全基因序列设计4对引物,采用RT-PCR方法分段扩增10株陕西省PEDV流行毒株S基因。利用生物信息分析软件,将获得的PEDV流行毒株S基因与GenBank中公开的57株PEDV序列进行比对分析。[结果]获得了10株陕西省PEDV流行毒株S基因全序列,长度为4 149～4 167 bp。将序列上传GenBank,获得相应的登录号为OL855978～OL855987。系统进化树分析显示,67个PEDV毒株分为G1a、G1b、G2a和G2b 4个亚群,10株PEDV流行毒株均属于G2b亚群,且遗传距离较近,与我国多个省区近年流行毒株亲缘关系较近。同源性分析结果表明,10株流行毒株之间S基因核苷酸序列同源性为95.4%～98.3%,氨基酸同源性为91.0%～98.1%;10株流行毒株与疫苗毒株S基因核苷酸序列同源性为91.7%～98.5%,氨基酸同源性为87.8%～98.5%。与G1a亚群的SD-M、CV777疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较低,而与G2b亚群的AJ1102、LNCT2、LW/L、XJ-DB2疫苗毒株核苷酸、氨基酸相比同源性均较高。与CV777 S蛋白相比较,共有88个氨基酸位点出现变异,变异位点占总位点数的6.36%(88/1 383),其中在59～62位氨基酸有7株毒株出现了QGVN插入,在140位氨基酸有8株毒株出现N插入,在160～161位氨基酸有7株毒株出现DG缺失。S蛋白主要的中和表位、抗原表位和单抗识别表位出现多个变异位点。二级结构预测发现,与CV777相比较,多数流行毒株S蛋白的。螺旋、无规则卷曲占比稍有增加,β转角、延伸占比有所下降。S蛋白糖基化位点预测结果表明,与CV777株相比,流行毒株有多个引入或缺失的糖基化位点。[结论]陕西省PEDV流行毒株S蛋白抗原性发生了较大变化,推测疫苗免疫保护效果下降与此密切相关。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
顾超逸 孙裴 施雷
【目的】研究安徽地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)ORF3基因序列特征。【方法】于2012-2013年,从安徽省合肥、肥东、肥西、滁州、亳州、阜阳、马鞍山、蚌埠、宿州、巢湖、六安、淮南、宣城和淮北地区的19个不同猪场采集93份病料,采用RT-PCR方法对PEDV ORF3基因进行扩增,测序后进行序列分析,并与韩国、欧洲及中国其他省份PEDV毒株进行同源性比较,并构建遗传进化树。【结果】在93份病料中,自20份病料中获得的PEDVORF3基因开放阅读框全长为810bp,编码224个氨基酸,较多的基因位点发生了突变,没有缺失和插入。安徽...
[期刊] 华北农学报
[作者]
于晓明 陈瑾 侯立婷 吴楠 侯继波 郑其升
２０１１年江苏泰兴某些猪场相继发生了以腹泻为主要症状的疾病，造成大量哺乳仔猪甚至育肥猪发生死亡。对采集腹泻病料进行病毒的分离鉴定及毒力分析。首先用特异性引物对采集的病料样品进行常见猪病的ＰＣＲ或ＲＴ－ＰＣＲ检测，并处理病料组织进行电镜观察；腹泻病毒经１日龄未吃初乳的仔猪进行猪体复归试验，再次收取病料并进行病毒纯净性检测；最后测定了腹泻组织毒对５，１５，２５日龄仔猪的致病性，及对２５日龄仔猪的半数致死量。结果表明：ＰＣＲ与ＲＴ－ＰＣＲ鉴定结果腹泻猪为猪流行性腹泻病毒感染所致，在组织中没有其他常见猪传染病病原的存在；电镜观察呈典型的ＰＥＤＶ冠状形态；以特异性引物扩增Ｓ１基因，分析测序结果并进行基因．．．
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴美洲 陈芳洲 李中华 万胜锋 叶十一 何启盖
为研究猪流行性腹泻病毒（ＰＥＤＶ）变异株特性，通过细胞培养、细胞病变（ＣＰＥ）观察、ＲＴ－ＰＣＲ、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定１株ＰＥＤＶ变异株（ＣＨ／ＹＮＫＭ－８／２０１３株）并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法，测得该毒株的全基因组序列（ＧＥＮＢａＮＫ登录号为ＫＦ７６１６７５．１）。该毒株Ｓ基因Ｎ端比ＣＶ７７７毒株Ｓ基因的Ｎ端长９ＢＰ，包括１５ＢＰ的插入和６ＢＰ的缺失，表明ＣＨ／ＹＮＫＭ－８／２０１３为变异毒株。同源性分析显示，该毒株的基因组序列与我国广东２０１１年分离毒株ＬＣ的同源关系最近，相似性为９９．６％，与韩国毒株ＫＮＵ－１３０５和美国毒株ＵＳａ／ＭｉＮＮＥＳｏＴ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘文俊 王娟萍 姚敬明 吴忻 孟帆 韩一超 樊振华 薛翼鹏 米瑞娟 李红丽 赵岳
为了研究山西地区猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传变异情况,2014-2015年从山西地区11个地市收集的PEDV阳性病料中扩增到4株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传分析。序列分析结果表明,4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因与CV777毒株相比,无核苷酸插入和缺失,有部分核苷酸及氨基酸发生变异;4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.6%100.0%和98.7%99.6%,与CV777、疫苗株CV777 truncated和attenuated DR13
[期刊] 华北农学报
[作者]
禹乐乐 滕蔓 罗俊 迟佳琦 余祖华 柴书军 梁晓晓 张改平 王爱萍
为了解猪源乙型脑炎病毒(JEV)的全基因组结构及其分子进化规律,测定了3个JEV猪源分离株(BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3和CSF.XZ-2D)的全基因组序列,并对它们的氨基酸序列进行了分析。结果表明,CSF.XZ-2D全长为10 976 nt,而BSF.ZZ-1和BSF.ZZ-3全长均为10 977 nt,在后2个毒株基因组的10 701 nt位点处均有1个插入碱基"G"。BSF.ZZ-1、BSF.ZZ-3、CSF.XZ-2D与SA14株核苷酸和氨基酸同源性较高,核苷酸同源性都为99.4%,氨基酸同源性均为99.0%,与猪源分离株HW(HW1)、HWe(HW2)和SH0601的核苷酸与氨...
关键词：
猪 乙脑病毒 全基因组 系统进化分析
[期刊] 华北农学报
[作者]
宿靖伟 罗俊 王新卫 迟佳琦 禹乐乐 党露 赵朴 滕蔓 张改平
为了解鸡马立克氏病病毒流行毒株的分子特征,对2012-2014年河南省发病鸡群的临床病料进行了采集,并对MDV 132 bp重复序列进行了PCR扩增,同时对meq、g E、g I基因进行了克隆和序列测定。结果表明,9份病料中均可扩增出与132 bp双拷贝大小相符的PCR主产物;meq、g E、g I基因的核苷酸序列同源性与国内外参考毒株相比,分别为98.5%~100%,98.8%~100%和98.0%~100%;基于这些基因构建的系统发生树的分析结果表明,与美国、澳大利亚、日本以及印度的MDV分离株相比,目前,河南省鸡群中流行的MDV与此前分离的河南流行株进化关系较近,并且与其他国内分离株共同...
[期刊] 世界农业
[作者]
猪流行性腹泻病毒已经成为猪肉产业最近需要面对的一个主要问题。加拿大的Doug MacDougald博士已经开始研究该病毒的预防。根据2014年Banff猪肉研讨会上一名加拿大兽医的发言,美国母猪30%~40%已经感染猪流行性腹泻病毒(PED)。在这名兽医发言后,加拿大报道了在安大略省一个母猪存栏500头的育肥猪场中发现
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
高君恺 刘浩飞 杨倩
猪流行性腹泻是一种急性、接触性、高度传染性消化道疾病,近年来给我国养猪业带来巨大经济损失。本文就近年来国内外对猪流行性腹泻病毒的研究进展(包括猪流行性腹泻病毒的结构蛋白和非结构蛋白、病毒的细胞培养特点、病毒感染的宿主受体、遗传变异和疫苗的开发等)进行综述,以期为猪流行性腹泻的预防和控制提供帮助。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
马秋明 张建安 王强 朱小甫 王文江 何维明
根据GenBank公布的猪瘟病毒(Classical swine fever virus,CSFV)Shimen株全基因序列,设计并合成2对引物,用RT-PCR方法对采自陕西省部分地区的30份CSF病料中,CSFV流行毒株的E2基因进行了扩增,并将其克隆入pMD18-T载体,转化感受态大肠杆菌DH5α。提取pMD-18T-E2重组质粒,进行BamHⅠ、HindⅢ双酶切鉴定,并对阳性质粒进行测序,将测序结果与HCLV疫苗株和shimen株E2基因及E2蛋白进行序列分析。结果表明,从30份病料中共扩增到10株CSFV流行毒株的E2基因;扩增的10株陕西CSFV流行毒株E2基因同源性为92.3%~9...
关键词：
猪瘟 流行毒株 E2基因 序列分析
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