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[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李先信 杨迎花 邹学校 邓子牛
以湖南本地柚类资源为试材,应用SRAP标记对41份柚类资源及5份近缘种的遗传多样性进行分析与鉴定。结果表明:平均每个引物组合可扩增出16.6条谱带,17对SRAP引物共扩增出283条谱带,其中多态性谱带235条,多态率为83.0%,基因多样度变幅为0.431 7~0.770 0,平均基因多样度为0.544 3;获得了21个基因型的37个SRAP特异性标记,不同引物组合可将42个基因型完全分开;柚类及近缘种等位基因平均数、平均杂合位点占比、SRAP表型杂合度(H0)分别为9.02、67.77%和0.343。聚类分析结果显示,41份柚种质及5份近缘种材料在遗传相似系数0.792处可分为6个组群:第...
关键词:
柚 遗传多样性 种质鉴定 湖南
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
李先信 杨迎花 陈婕平 邹学校 邓子牛
采用形态学标记与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对分布于湖南特定生态条件下的47份地方柚类种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。结果表明:①根据花与果实性状等形态学标记进行聚类分析,在欧式遗传距离10处可将柚类资源分为6个组群;②基于柚资源的SRAP分子标记进行分析,47份地方柚资源间的遗传相似系数为0.65~0.93,在相似系数0.798处可分为7个组群;③SRAP标记扩增结果表明,17对引物共扩增出319条带,其中275条带具有多态性,平均每对引物扩增出多态性带16.2条,多态性比率86.52%,基因多样度0.724 3,表明湖南柚类品种间具有丰富的遗传多样性;④将形态学标记...
关键词:
柚 种质资源 遗传多样性 亲缘关系 湖南
[期刊] 西南农业学报
[作者]
房超 李跃建 帅波 刘独臣 刘小俊 梁根云 杨宏
应用SRAP分子标记技术对87份来茄子及其近缘野生种进行了遗传多样性分析。结果显示,从88对SRAP引物中筛选出18对多态性高、稳定性好的引物组合,共检测出309清晰个位点,平均每对引物检测到17.2个扩增位点。.参试茄属植物种质群体位点的平均杂合度为0.6962;平均多态信息含量为0.6441。82份栽培种茄子材料的平均相似系数为0.822,表明茄子栽培种的基因库较小,遗传基础较为狭窄。聚类分析结果表明,87份材料可分成4大类,可以较好地将茄子栽培种与其近缘野生种分开,并且基本可将高级栽培种(S.melongena L.subsp.melongena)和原始栽培种(S.melongena L...
[期刊] 华北农学报
[作者]
程丽莉 胡广隆 苏淑钗 黄武刚
为了探明板栗及其近缘种的亲缘关系并分析栗属的遗传多样性,基于叶绿体微卫星标记技术,选用4对呈现多态性的cp SSR引物,对板栗及其近缘种、野生种共6个种,56份材料进行遗传结构、遗传关系等分析。4个位点扩增等位基因数(Na)平均为3.25,有效等位基因数(Ne)平均为2.554,期望杂合度(He)平均为0.606,群体Nei’s遗传多样性(Hs)为0.320,各遗传参数值均低于核基因组对群体研究的相应值。另外,各种之间有丰富的cp SSR多样性,尤以野生板栗多样性指数最高。结果表明,我国天然野生板栗群体内蕴含更丰富的遗传变异,为我国板栗野生种质保育及可持续开发利用提供了基础数据和科学依据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
徐荣 徐永艳 何丽莲 杨清辉 张汉尧 李富生
【目的】评价甘蔗野生种质资源的遗传多样性,为甘蔗抗逆定向遗传改良挖掘具有育种潜力的种质资源。【方法】对44份甘蔗野生近缘种材料按照割手密种内、斑茅种内以及种间3个层次运用ISSR进行遗传多样性分析。【结果】44个种间材料利用13条ISSR引物扩增,获得261条条带,其中259条为多态性条带、占比为99%;种间多态性依次为甘蔗属割手密种>甘蔗属斑茅种>蔗茅属蔗茅种>芒属五节茅种>金茅属金茅种>河八王属河八王种;44份材料遗传相似系数为0.125~0.710,UPGMA聚类结果基本同形态学分类一致,12个斑茅种样品在0.805处聚合,斑茅和割手密在0.775处聚合,采自西藏察隅的编号A30、A32蔗茅关系密切,芒属、蔗茅属、河八王属的亲缘关系更近,与甘蔗属材料在0.73处聚合。【结论】甘蔗野生种质资源具有较高的遗传多样性,为甘蔗种质资源创新、遗传育种提供了种质材料和理论依据。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
魏潇 章秋平 刘宁 张玉萍 徐铭 刘硕 张玉君 马小雪 刘威生
【目的】中国李资源丰富、分布广泛。更好地明晰不同来源中国李栽培品种的多样性、遗传结构差异以及与同域近缘种的关系,将有利于明确中国李驯化扩散历程以及近缘种在栽培驯化过程中的作用,促进中国李地方品种资源的深入挖掘和新品种的选育。【方法】利用均匀分布于基因组的22对SSR分子标记,采用荧光毛细管电泳检测技术对48份种质进行基因分型,其中包括38份不同来源的中国李种质、10份变异类型或近缘种。通过GenAlEx 6.41软件评估22对SSR引物的多态性,对参试种质按不同来源分析遗传多样性;利用NTSYS-pc 2.1软件构建48份材料的树状聚类分析图;并根据贝叶斯模型的Structure 2.2软件分析不同居群间的遗传结构差异。【结果】基于48份供试材料的数据,22对SSR引物等位变异范围为3—21个,平均每个位点检测到13.54个;总共检测到298个等位变异,其中有51.8%的等位变异属于稀有等位变异。在不同居群间进行比较,根据平均有效等位变异(Ne)、平均Shannon’s多样性指数(I)、观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)可以看出,南方品种群的多样性最高,其次为东北品种群;而杏李的多样性最低,且明显低于华北品种群。通过分子方差分析,认为中国李的多样性有69%的遗传变异来源于居群内,仅有31%的遗传变异来源于居群间。基于遗传分化系数和Nei’s遗传距离的数据比较,认为不同居群间存在显著的遗传分化,同时不同地理来源种质间存在适当的基因交流。树状聚类分析暗示国外育成品种与我国南方品种群具有较近的亲缘关系;而华北品种群与杏李关系密切;东北品种群与乌苏里李关系紧密。群体结构分析可以将栽培中国李种质资源划分为南方小果脆肉品种群、南方大果品种群(包括国外育成品种)、华北品种群和东北品种群。【结论】我国南方地区中国李的多样性最为丰富,按东北品种群、国外品种群、华北品种群顺序依次降低。东北品种群为了提高适应性融入了乌苏里李基因;杏李是从华北品种群中高度驯化后的特化类型,且该类型通过无性繁殖保存了其高度杂合性状态。我国南方江浙地区的大果型种质对国外育成品种起着重要作用。
关键词:
中国李 遗传多样性 群体结构 基因流
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈昌文 曹珂 王力荣 朱更瑞 方伟超
【目的】以国家果树种质郑州葡萄、桃圃保存的237份中国桃地方品种、育成品种及其野生近缘种为试材,进行种质分子身份证构建工作,并对构建方法进行探讨。【方法】采用筛选后的SSR标记对品种进行区分,然后根据引物对不同品种扩增条带分子量的大小进行编码、组合。【结果】从80对引物中筛选出来自桃8条染色体上的16对SSR引物,在供试种质间共检测出等位基因203个,每对引物平均检测到等位基因数为12.7个。根据等位基因既位于地方品种、育成品种,又位于近缘野生种的选择方法,筛选出123对等位基因并赋值后可用于构建种质的分子身份证。【结论】在237份种质中有202份具有的可辨分子身份证编码,继续对不同引物组合对...
关键词:
桃 近缘种 SSR 分子身份证
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
卢惊鸿 金晓玲 张旻桓 吴莎 吴毅
国内外牡丹产业、科研迅速发展,而湖南牡丹是我国牡丹品种群的重要组成部分,为了加强对湖南牡丹的开发利用,通过资料收集、实地踏查和专家咨询的方法,对湖南牡丹种质资源的多样性和适应性进行了全面的调查。结果表明:(1)湖南地区共收集136种牡丹品种,其中中原品种82个,江南品种13个,西南1品种个,鄂西品种2个,日本品种32个,欧美品种6个。(2)湖南牡丹涵盖白色、粉色、蓝色、绿色、红色、紫色、黑色、黄色和复色9个色系;深色系品种多于浅色系品种,红色和紫色品种最多,分别占所有品种的35.29%、22.06%。(3)花型以千层类(蔷薇型)和楼子类(皇冠型)为主,分别占49.99%、25.74%,台阁类只...
关键词:
牡丹 种质资源 多样性 适应性 湖南
[期刊] 林业科学
[作者]
廖柏勇 王芳 陈丽君 刘明骞 欧阳昆唏 阙青敏 惠文凯 李培 陈晓阳
【目的】利用相关序列扩增多态性(SRAP)分子标记对来自17个省(区)的31个苦楝种源进行遗传多样性分析,为苦楝种质资源的保存和育种计划的制订提供依据。【方法】通过SRAP分子标记获得1/0数据矩阵,计算SRAP分子标记各项遗传参数,同时进行分子方差分析(AMOVA)。随后计算遗传距离矩阵并进行主坐标分析(PCO A)、邻接法聚类分析(NeighbOuR-JOiNiNg)以及遗传距离和地理距离MANtel相关性分析。【结果】从783对SRAP引物中筛选出的20对引物可扩增出257条清晰的条带,其中145条具有多态性。引物多态性信息指数(PiC)为0.262~0.478,均值为0.385。PiC...
关键词:
苦楝 SRAP 遗传多样性 亲缘关系
[期刊] 长江流域资源与环境
[作者]
刘良国 杨品红 杨春英 邹万生 王文彬 韩庆
作为洞庭湖一级支流,澧水对洞庭湖乃至长江水系鱼类资源的维持或补充有着重要作用。为了了解澧水的鱼类资源现状,于2010年4月~2011年12月,对湖南境内澧水水系鱼类资源进行调查。共采集鉴定鱼类95种(包括1种湖南鱼类新纪录,4种外来种),隶属于8目19科59属。种类组成以鲤科鱼类为主,占50.53%。多样性分析表明,澧水不同江段鱼类群落多样性处于较好或丰富状态,在空间分布上,鱼类物种数按上、中、下游依次增加,多样性指数也呈上升趋势且差异显著(P<0.05)。相似性及聚类分析表明,澧水鱼类群落可分为3个类群,即:上、中、下游类群;上游与中游类群为中等相似,与下游类群为中等不相似,中游与下游类群相...
关键词:
湖南澧水 鱼类资源 物种多样性 生态类型
[期刊] 西南农业学报
[作者]
张炜 唐宗祥 符书兰 任正隆
利用竹通大麦染色体上的引物218条对小麦SSR引物对小麦及其近缘种共22个材料进行PCR扩增。从中筛选到39对多态性高、重复性好的引物,这些引物可在供试材料中检测出213个等位基因变异,平均每个位点可检测到5.4个等位基因。位点多态性信息量(PIC)变幅为0.38~0.89,平均为0.57。NTSYS软件分析表明22份材料的遗传相似系数范围为0.46~0.94,平均遗传相似系数为0.67,聚类分析结果显示小麦、偃麦草、大赖草、黑麦均各自聚类,与传统的形态分类结果有较高的吻合度。这表明:①SSR可以应用于小麦与其近缘种的遗传多样性研究。②SSR揭示的小麦与其近缘物种间的多态性高,可以用来鉴定小麦...
关键词:
遗传多样性 SSR分子标记 聚类分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
毕宁宁 侯立娜 王天琪 阮坤非 张静菊 刘忠华
[目的]分析玫瑰及其近缘种之间的遗传多样性并构建指纹图谱,为玫瑰种质资源鉴定与开发利用奠定基础。[方法]在玫瑰的传统品种、杂交繁育品种和国内外引进品种中各选择1种,取其鲜嫩叶片进行转录组测序;基于测序得到的玫瑰转录组数据,使用MISA在reads覆盖的基因组数据中查找玫瑰的SSR位点,并根据SSR位点两端的保守序列使用Primer 3.0设计引物。选取10种玫瑰的DNA作为试验材料,筛选设计、合成后的引物。以48份玫瑰及其近缘种的DNA作为试验材料,利用筛选出的峰值较好的引物进行TP-M13-SSR PCR,并对其扩增产物进行毛细管电泳检测,应用GeneMarker 2.2.0 (SoftGenetics,USA)读取毛细管电泳数据并用Excel进行整理;使用POPGEN VERSION 1.32计算筛选引物的观测杂合度、期望杂合度、Nei's遗传多样性指数、观测等位基因数、有效等位基因数、Shannon信息指数,并用CERVUS version 3.0计算多态性信息含量。利用Powermarker计算玫瑰及其近缘种各种质之间的遗传距离;采用NTSYSpc 2.10e计算每2个种质之间的遗传相似性系数,并绘制UPGMA聚类树状图。最后采用引物与基因型组合的方式构建玫瑰及其近缘种的指纹图谱。[结果]基于玫瑰样品转录组测序数据,使用MISA共检测出48796个SSR位点,分布于139712条Unigene中,碱基重复类型数量最多的为二核苷酸重复和三核苷酸重复,分别为20628和12828个。使用Primer 3.0以SSR位点两端的保守序列为依据初步设计并合成了144对引物;以10个玫瑰品种的DNA作为模板筛选引物,共筛选出峰值较好的28对引物。以48份玫瑰及其近缘种的DNA为试验材料,28对引物在48份试验材料中均能扩增出峰型良好、多态性高的DNA片段;28对引物的观测杂合度、期望杂合度、Nei's遗传多样性指数、观测等位基因数、有效等位基因数、Shannon信息指数和多态性信息含量的平均值分别为0.4101,0.7505,0.7011,5个,3.5116个,1.3442和0.6526。大多数供试样品间的遗传距离为0.6000~0.8000;聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.571时,48份玫瑰及其近缘种被分为两类。运用核心引物法筛选出的4对核心引物可将48份试验材料全部区分开,并构建了其指纹图谱。[结论]开发并筛选出28对多态性较好的SSR引物,可用于后续玫瑰的遗传多样性分析、遗传图谱构建、遗传稳定性鉴定等方面。
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
李密 邹佳慧 何振 伍义平 李海鹏 夏永刚 喻锦秀 刘跃进
于2011年7月~2012年8月采用定点调查法对湖南省主要油茶产区油茶林害虫物种多样性进行了调查。初步记录油茶害虫112种,隶属于7目41科,以鳞翅类害虫种类占绝对优势,并记录油茶主要害虫10种,其中以以茶籽象甲Curculio chinensis、茶角胸叶甲Basilepta melanopus、茶小卷叶蛾Archips orana和茶长卷叶蛾Homona magnanima发生数量较大;通过对不同月份采集数据进行统计发现,以5月油茶害虫出现种类最多达到47种,5月和9月份油茶林害虫发生数量较大;对不同类型油茶林害虫调查发现,以油茶低改林昆虫物种丰富度指数最高,但其优势度指数最小;而油茶新造...
关键词:
油茶 害虫 物种多样性 群落组成 湖南
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
许玉凤 闫小风 邵美妮 关萍 陈旭辉 曲波
为探讨北方地区15种鸢尾的遗传多样性和亲缘关系,采用SRAP分子标记的方法对鸢尾遗传多样性的亲缘关系进行评价。结果表明:利用优化的SRAP-PCR反应体系和筛选出的6对引物组合对15种鸢尾扩增,共得到207条清晰稳定的条带,片段大小是50~1500bp,多态位点百分比为100%。多态信息含量为0.3976,遗传多样性参数分别为Na=2.000,Ne=1.6947±0.2416,H=0.3967±0.0941,I=0.5816±0.1065,说明15种鸢尾在种水平上有较高的遗传多样性,并有较大的遗传分化。鸢尾的亲缘关系通过UPGMA聚类分析和主成分分析两种方法进行,在遗传相似性系数为0.589时...
关键词:
鸢尾 SRAP 遗传多样性 亲缘关系
[期刊] 中国农业科学
[作者]
唐源江 曹雯静 吴坤林
【目的】探究国兰种质资源遗传多样性水平,并构建分子指纹图谱及分子身份证,为在分子水平上鉴定国兰种质提供技术支撑,也为国兰种质资源开发、保存利用及种质创新奠定基础。【方法】以收集于华南及邻近地区的139份国兰栽培品种和野生种质为材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,由13条正向引物和16条反向引物随机组成208对SRAP引物,每对引物用品种‘宋梅’和‘大勋’扩增产物进行筛选;PCR扩增产物应用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,电泳胶图进行人工读带,并计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。按照Botstein公式计算多态信息含量;用POPGENE32软件计算观测等位基因数、...
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