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[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
罗昌国 乔玉山 渠慎春 张计育 王三红 王宏 刘丹 章镇
从湖北海棠上克隆到1个WRKY基因,开放阅读框(ORF)长度为1 818个核苷酸,编码606个氨基酸。该基因氨基酸序列与拟南芥AtWRKY42的一致性为39.38%,具有WRKY基因家族典型保守结构域,即N端为WRKYGQK,C端为Cx4-5Cx22-23HxH;蛋白三级结构和拟南芥AtWRKY42相似,具有4个β折叠;系统进化树上与AtWRKY42聚在同一分支,属于WRKY基因家族GroupⅡb成员,命名为MhWRKY42(GenBank登录号:JX112905)。实时荧光定量RT-PCR分析表明,MhWRKY42基因在各个器官中都有表达,其中在果实中表达量最高,根和总花次之;在花中,以花萼...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张计育 渠慎春 薛华柏 高志红 郭忠仁 章镇
【目的】从湖北海棠叶片中克隆植物第Ⅲ类几丁质酶基因PR8的cDNA序列和基因组DNA序列,研究化学试剂SA、MeJA、ACC、ABA,非生物胁迫NaCl和低温(4℃),生物胁迫苹果轮纹病病原菌和苹果蚜虫诱导下MhPR8基因的表达特性。【方法】利用PCR技术分别从SA诱导的湖北海棠全长cDNA文库和基因组DNA中克隆MhPR8基因全长序列;利用生物信息学方法对其进行结构和功能的初步分析;利用实时荧光定量RT-PCR技术分析该基因的表达特性。【结果】该基因编码区为897 bp,编码298个氨基酸,蛋白质分子量为31.67 kD,等电点为4.77,命名为MhPR8。该基因在其编码区内部没有内含子。M...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张计育 佟兆国 高志红 罗昌国 渠慎春 章镇
【目的】从湖北海棠叶片中克隆MhWRKY1转录因子的全长cDNA序列,分析该基因在各种组织中(叶、茎、根)的表达特性,并分析SA、MeJA、ACC在叶、茎、根中诱导MhWRKY1基因的表达模式以及苹果轮纹病病原菌诱导条件下湖北海棠叶片中该基因的表达特性。【方法】利用电子克隆技术和RT-PCR验证相结合的方法,从SA诱导的湖北海棠全长cDNA文库中,克隆MhWRKY1转录因子的全长序列;利用生物信息学的方法对其进行结构和功能的初步分析;利用实时荧光定量RT-PCR技术分析该基因在不同组织中的表达以及在SA、MeJA、ACC和苹果轮纹病病原菌诱导下的表达特性。【结果】克隆了MhWRKY1基因的全长...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
蒋玉妆 李凌子 赵宇 李擎天 梁占锋 孔瑾
通过微列阵芯片(Microarray)分析,从珠眉海棠盐胁迫cDNA文库中分离得到MzSTO(Salt toleranceprotein)全长基因。结果表明:MzSTO基因cDNA全长1 066bp,开放阅读框共729bp,5′-UTR和3′-UTR的长度分别是49 bp和288 bp;MzSTO编码242个氨基酸,N端有2个保守的B-box锌指结构域(CX2CX8CX7CX2CX4HX8H);半定量RT-PCR表明MzSTO基因受到盐和干旱胁迫抑制,受冷处理诱导,并响应ABA(abscisic acid)。以上结果表明MzSTO基因可能通过依赖ABA的途径参与非生物逆境胁迫。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
刘丽丽 孔谨 许雪峰 王忆 李天忠 韩振海
为了解铁高效基因型小金海棠抗缺铁的分子机制,对与铁运输相关的YSL基因进行了克隆与分析。分析苹果的EST库得到一个686 bp的YSL基因片段。经3-′RACE及后期拼接得到1 500 bp的该基因的3′端序列。其预测蛋白含10个跨膜区,与拟南芥AtYSL7基因同源性达71%,命名为MxYSL7。RT-PCR及Northern分析表明,小金海棠的该基因只在地上部分表达:在茎与成熟叶中,随着低铁处理时间的延长,该基因表达量减少;随着高铁处理时间的延长,该基因表达量增多。新叶中的表达趋势与茎和成熟叶中的趋势正好相反。讨论了MxYSL7在小金海棠体内铁营养代谢中的作用。认为MxYSL7可能参与了体内...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李擎天 赵宇 周绮云 黄黎芳 蒋玉妆 陈浩 孔瑾
通过对珠眉海棠盐胁迫微列阵分析,从盐胁迫cDNA文库中分离得到盐诱导的水通道蛋白基因MzPIP1;1 cDNA序列全长1 135bp,开放阅读框共870bp,5′-UTR和3′-UTR的长度分别是91和174bp。MzPIP1;1编码289个氨基酸,有6个跨膜结构和2个NPA(Asp-Pro-Ala)保守区。聚类分析表明:MzPIP1;1和其他4个物种PIP1类同源性在80%以上,属于质膜水通道蛋白PIP1类。拟南芥原生质体瞬时转化结果表明MzPIP1;1定位在质膜上。半定量RT-PCR表明MzPIP1;1基因受到盐和低温诱导。推断MzPIP1;1基因在盐胁迫下的表达调控与珠眉海棠耐盐能力密切...
[期刊] 林业科学
[作者]
耿慧 沈红香 姚允聪 田佶 宋婷婷
以苹果属观赏海棠品种‘王族’叶片提取的总RNA为模板,通过RT-PCR与RACE扩增,获得1条660bp的查尔酮异构酶(CHI)基因的全长cDNA序列,编码219个氨基酸,命名为McCHI。该基因DNA序列全长1180bp,由3个内含子和4个外显子组成,具有CHI基因的典型结构。采用实时荧光定量PCR和紫外可见光分光光度计法,对3类不同叶色类型的观赏海棠品种‘火焰’(绿色类叶片)、‘绚丽’(新叶有色类红色叶片)、‘高原之火’(新叶有色类红色叶片)和‘王族’(常色叶类紫色叶片)幼叶和功能叶中的McCHI表达及其花色苷含量进行测定分析,结果表明:McCHI在4个品种的幼叶和功能叶中均有表达,其表达...
[期刊] 林业科学
[作者]
文樵夫 沈红香 姚允聪 田佶 宋婷婷
以苹果属观赏海棠品种‘王族’叶片总RNA为模板,通过RT-PCR与RACE扩增,获得1个1247bp的二氢黄酮醇-4-还原酶基因的cDNA序列,其基因编码区共1021bp,存在3个ORF,编码348个氨基酸,命名为McDFR。基因序列全长2396bp,有5个内含子,所有内含子的剪切位点均符合真核生物"GT-AG"规则。使用实时荧光定量PCR和紫外可见光分光光度计,对4种不同叶色类型的观赏海棠品种‘火焰’(绿色类叶片)、‘绚丽’(新叶有色类红色叶片)、‘高原之火’(新叶有色类红色叶片)和‘王族’(常色类紫色叶片)幼叶和功能叶中的McDFR表达及其花色苷和类黄酮的含量进行测定分析,结果表明:McD...
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
马艳 朱馨蕾 杨长庚 张富春 尹伟伦
为深入研究胡杨的抗盐分子机制,并获得与之相关的抗逆基因,采用SMART技术构建了胡杨盐胁迫处理cDNA文库。经随机测序,得到一个编号为SSL061的EST序列,与欧美杨的脱水素基因有较高相似性,通过PCR快速扩增文库的方法获得了胡杨脱水素基因(Pedhn)。分析表明,该cDNA的长度为813 bp,拥有681 bp的开放读码框,共编码227个氨基酸。该序列包括两个重复的富含赖氨酸的K片段和由7个连续的丝氨酸残基组成的S片段,但是缺乏Y片段。RT-PCR结果表明,胡杨在未受胁迫的情况下脱水素基因的转录水平较低,而随着盐胁迫浓度的升高,脱水素基因的转录水平总体呈上升趋势。
关键词：
胡杨 cDNA文库 脱水素 盐胁迫
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
张靖国 胡红菊 徐育海 罗正荣
用17对SSR引物对来自鄂西地区的兴山、房县、竹溪、宣恩、鹤峰、建始以及山东临沂等地33份湖北海棠种质和2个苹果属近缘种进行了种质鉴定和亲缘关系分析。在33份湖北海棠中共扩增出121个等位基因,平均每个位点7.12个,平均多态性比率为98.3%;除GD15、GD162和Z71981外的14对引物中任意一对均可区分所有供试材料,在17个SSR位点上共检出供试33份湖北海棠试材分属6个基因型,表明湖北海棠种下存在较高的遗传多样性。此外,倍性检测结果表明所有供试材料均为三倍体基因型。
关键词：
湖北海棠 种质鉴定 亲缘关系 SSR
[期刊] 华北农学报
[作者]
李晨宇 足木热木·吐尔逊 李晓荣 杨洋 李波 于月华
MYB转录因子对棉花的生长发育起到重要作用，而GhMYB42为MYB家族之一的转录因子同样具有一定的研究价值，因此，从棉花中克隆了GhMYB42基因的编码序列，并构建了原核表达载体。利用生物信息学方法对GhMYB42的核苷酸序列及氨基酸序列进行了分析，通过Gataway BP和LR反应，将GhMYB42基因的编码序列构建到原核表达载体pGEX-4T-1上，通过设置不同的IPTG诱导条件来确定IPTG诱导蛋白的最佳条件，最后利用Western Blot鉴定重组蛋白。结果显示，GhMYB42(XP＿016732693.1)全长序列1 508 bp,编码区长792 bp,编码263个氨基酸，预测分子量约为29.534 ku,等电点为5.18。氨基酸序列比对分析发现，MYB转录因子的序列相似率为80.62%,且GhMYB42蛋白N末端含有2个串联的SANT结构域，是一个R2R3转录因子。进化树分析结果显示，陆地棉MYB42蛋白与陆地棉中另一MYB蛋白(XP＿012439547.1)相似性最高并在一个分支上。蛋白诱导时由于各个试验梯度结果差别不明显，因此，选择的条件为IPTG的终浓度0.2 mmol/L,温度37℃,时间3 h,蛋白溶解的温度和时间为37℃诱导3 h。Western Blot结果表明，重组蛋白的大小正确，最终成功获得了大小为55.54 ku的GhMYB42重组蛋白，后续将对该重组蛋白进行纯化及深入研究转录因子GhMYB42的功能。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
陈玥 李家乐 沈玉帮
为了研究C1qC基因在草鱼(Ctenopharyngodon idella)免疫过程中所起的作用,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得了C1qC基因cDNA全长序列,经序列分析表明,所克隆的C1qC cDNA全长为916 bp,包括开放阅读框(open reading frame,ORF)735 bp,5′端非编码区(untranslated region,UTR)89 bp和3′端非编码区(UTR)92 bp。735 bp的ORF共编码244个氨基酸,相对分子量为26 162.5 U。同源性分析表明,草鱼与斑马鱼(Danio rerio)的相似度最高,达到71%。经草鱼呼肠孤病毒(gras...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
韦新兰 张杰 陈丽萍 王卫民 高泽霞 王焕岭
采用RACE(rapid amplification of cDNA ends)技术从团头鲂精巢中克隆出精子发生相关基因4(sper-matogenesis associated gene 4,SPATA4)。该基因cDNA全长为1 076 bp,包括1个678 bp的完整阅读框架,编码225个氨基酸,预测的氨基酸序列的分子质量为25.72 ku,等电点为9.32。序列分析显示团头鲂SPATA4基因与其他脊椎动物同源性较高。荧光定量PCR结果显示SPATA4基因在受精后1～206 h期间,该基因在受精后4 h和受精后28 h的表达量最高,在受精后50 h表达量最低,而在其他时期的表达水平基本一...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
王丹阳 高付永 孙炜 芮伟康 Khanizadeh Shahrokh 张绍铃 陶书田
［目的］通过克隆‘砀山酥梨’（Ｐｙｒｕｓ ｂｒｅｔｓｃｈｎｅｉｄｅｒｉ ‘ｄａｎｇｓｈａｎｓｕｌｉ’）果实中咖啡酰－辅酶ａＯ－甲基转移酶（ｃｃＯａＯＭｔ）基因的全长序列，并对其进行生物信息学及基因表达差异分析，阐释了其在梨果实木质素合成途径的作用，以期为今后利用基因调控技术来改变果实中石细胞含量从而改善梨果实品质提供一定的理论依据。［方法］以１５年生‘砀山酥梨’果实为试材，根据从ｎｃｂｉ数据库中搜索得到关于植物木质化的ｃｃＯａＯＭｔ基因序列与梨基因组数据库调取的序列比对，利用ｒｔ－Ｐｃｒ技术克隆得到了木质素生物合成途径中的一种关键酶基因ＰｂｃｃＯａＯＭｔ，ｇｅｎｂａｎｋ登录号为ｋＪ５７７５４４．．．
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
雷恒久 姚立萍 王爽 王彦涛 郭萧 李天红
为研究ＦａＧａＭＹＢ基因在草莓成花诱导和花发育中的作用，以‘卡姆罗莎’草莓（ＦｒａＧａｒｉａ×ａｎａｎａｓｓａ Ｄｕｃｈ．‘ｃａＭａｒｏｓａ’）为试材，采用同源克隆和ｒＴ－Ｐｃｒ技术分离了一个赤霉素信号途径中的ＭＹＢ转录因子基因ＦａＧａＭＹＢ。该基因开放阅读框为１ ６８９ＢＰ，编码５６２个氨基酸。序列分析发现ＦａＧａＭＹＢ蛋白含有高度保守的ｒ２ｒ３Ｄｎａ结合域，以及ＧａＭＹＢ基因家族所特有的Ｂｏｘ１，Ｂｏｘ２和Ｂｏｘ３保守区域。亚细胞定位研究发现ＦａＧａＭＹＢ蛋白定位于洋葱表皮细胞的细胞核。ＦａＧａＭＹＢ基因具有组成型表达特性，但在雄蕊、花芽、茎尖生长点和果实等生殖生长组织与器官的表达丰度较高．．．
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