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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
程琳 李旭鹏 曹宝祥 盖超伟 栾生 孔杰 孟宪红
为探索凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei) DNA损伤诱导因子-4 (DNA damage inducible transcript 4-like， ddit4l)的结构及功能，以转录组测序获得的unigene序列为基础，采用直接PCR扩增方法，获得ddit4l完整的ORF序列(Lv-ddit4l)。该基因的ORF长495 bp，编码164个氨基酸，分子量为18.51 kDa，理论等电点为5.35，包含一个RTP801C超基因家族功能结构域。多序列比对结果和系统进化树显示，Lv-ddit4l与北太平洋雪蟹(Chionoecetes opilio)的同源性最高，为59.76%，且与北太平洋雪蟹先聚为一支。组织表达结果显示，Lv-ddit4l在眼柄、鳃、肝胰腺、神经、肌肉5种组织中均表达，且表达量基本相同。在温度渐变和温度骤变下，Lv-ddit4l在不同组织中表达变化模式有较大差别。与26℃水温(对照组)相比，水温渐变至32℃时，眼柄中Lv-ddit4l表达量显著上调(P<0.05)。之后水温缓慢升至最高温38℃再以同样的速度回温。回温至32℃时，鳃、肝胰腺中Lv-ddit4l表达量显著上调(P<0.05)。当环境温度分别从38℃、36℃恢复回26℃后，凡纳滨对虾体内原先上调表达的Lv-ddit4l表达量呈下调恢复趋势。研究表明，Lv-ddit4l可能与凡纳滨对虾响应高温胁迫过程相关。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
王旭江 么宗利 来琦芳 于明超 李新苍 高鹏程 周凯 崔青曼 刘一萌 孙真 李燕
凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)具有较强的环境适应能力，对盐碱水环境有一定的耐受性，但在高pH、高碱环境下的存活率不稳定。为探究凡纳滨对虾对长期高碱胁迫的响应机制，本研究以低碱对照组(LSW：碳酸盐碱度为3 mmol/L，盐度为6,pH为8.1)和高碱胁迫组(AW：碳酸盐碱度为10 mmol/L，盐度为6,pH为8.8)养殖42 d的凡纳滨对虾肠道和鳃组织作为实验材料，通过Illumina平台进行转录组测序，对测序数据进行拼接、注释，进而筛选、分析高碱胁迫下的差异表达基因及调控通路并进行定量PCR验证。结果显示，2个组织共同差异表达基因有243个，其中，98个表达上调，145个表达下调。肠道中差异表达基因主要集中在糖代谢、碳水化合物消化吸收、胆汁分泌、ABC跨膜转运、紧密连接以及免疫调节等途径。鳃中差异表达基因主要集中在谷胱甘肽代谢、碳酸氢盐转运、精氨酸合成、糖代谢以及离子转运等相关途径。进一步筛选获得10个最显著的差异表达基因，经qRT-PCR验证发现，凡纳滨对虾鳃中碳酸酐酶(CA1、CA10)、蜕皮激素诱导蛋白(Eip74EF)、β-半乳糖基转移酶(UGT8)基因在高碱胁迫下均表达下调，而Na~+/K~+ -ATPase-α(NKA-α)、Na~+/K~+ transporting ATPase interacting (NKAIN)、氨转运蛋白(Rhbg)、苹果酸脱氢酶(MDH)等基因表达上调，与转录组表达趋势一致，推测其可能参与了对虾高碱胁迫下的应激响应。凡纳滨对虾表现出较强的高碱适应性，可能是通过下调鳃中CA的表达，补偿体内碱中毒，上调Rh氨转运蛋白防止氨在体内积累，上调NKA相关基因维持体内渗透平衡；但蜕皮激素诱导蛋白(Eip74EF)显著下调，推测其蜕皮功能受到影响。本研究为深入探讨凡纳滨对虾在长期高碱胁迫条件下的生理响应机制提供了基础数据。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
刘洪涛 杨明秋 汪坤 何玉贵
为了解H~+/肌醇转运蛋白(H~+/myoinositol transporter,HMIT)基因在肌醇跨膜转运中发挥的作用，克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)的HMIT基因，命名为Lv-HMIT,并分析了Lv-HMIT的结构和表达特征。Lv-HMIT的开放阅读框为1 650 bp,编码549个氨基酸。物理性质显示，它是一种不稳定的亲水性蛋白质，二级结构与三级结构预测都显示其主要由α螺旋和无规则卷曲为主；跨膜结构分析显示，Lv-HMIT存在11个跨膜螺旋结构；亚细胞定位显示，它分布于质膜、内质网和线粒体。多重比对发现，Lv-HMIT的跨膜结构和糖基化位点都比较保守。系统进化显示，Lv-HMIT与雪蟹(Chionoecetes opilio)的HMIT先聚为一支，再与其他节肢动物聚类。实时荧光定量PCR结果显示，Lv-HMIT mRNA在肝胰腺中表达量最高，其次是鳃，在心、胃、眼柄、肠、肌肉和血细胞等组织中有少量表达。Lv-HMIT mRNA从无节幼体期检测到表达，在变态至蚤状幼体、糠虾幼体和仔虾各阶段时都呈现上调表达，说明它可能与幼体变态发育过程有关。十足目虹彩病毒(decapod iridescent virus 1, DIV1)感染24 h后，Lv-HMIT mRNA在肝胰腺中表达显著下调，而鳃中表达量显著上调，显示它参与了对虾对病毒的免疫响应过程。研究结果可为深入了解凡纳滨对虾HMIT的结构功能及在对虾幼体发育、病毒免疫的调控机制提供基础数据。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
彭金霞 蒋小珍 房振峰 殷勤 韦嫔媛 陈晓汉
通过对已知耐寒候选基因-COPE基因的克隆和研究,为凡纳滨对虾耐寒性状的分子机理研究提供依据。运用同源克隆和RACE-PCR技术获得凡纳滨对虾COPE基因(LvCOPE)全长cDNA序列,对其进行了生物信息学分析,采用荧光定量PCR研究了LvCOPE基因的组织表达谱及其在低温胁迫下表达量的变化。结果显示,LvCOPE cDNA全长1217 bp,包含888 bp开放阅读框,编码296个氨基酸残基,具有保守的TPR结构域。各物种COPE蛋白序列构建的系统进化树能准确反映各物种间的进化关系。Lv-COPE mRNA在各组织中呈遍在表达,在肌肉组织中表达量最高。低温表达谱分析显示,LvCOPE mR...
[期刊] 水产学报
[作者]
吴冰 刘逸尘 张亦陈 耿绪云 孙金生
为了探讨凡纳滨对虾转录因子AP-1在病毒引发的免疫应答过程中的潜在作用,实验根据前期的转录组和表达谱结果提示信息,首次克隆了凡纳滨对虾AP-1基因(LvAP-1,GenBank注册号:KF999956),利用在线软件进行了生物信息学分析,运用半定量的方法进行了组织表达分析,并利用实时荧光定量PCR(qPCR)技术分析了该基因在白斑杆状病毒(WSSV)侵染过程中的表达变化特征。结果显示,AP-1基因ORF区全长882 bp,编码293个氨基酸。预测分析显示该基因编码的蛋白质含有1个Jun结构域和1个高度保守的亮氨酸拉链结构域(bZIP),其中Jun结构域在非脊椎动物中保守性不高。组织表达分析表明...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
马宁 曾地刚
真核细胞翻译起始因子5A(eIF5A)是真核生物细胞内的蛋白质翻译起始因子。近年来的研究发现eIF5A在动植物细胞衰老死亡、环境胁迫应答和免疫应答等过程中起着重要的调控作用。通过对凡纳滨对虾cDNA文库进行测序,首次获得了包含eIF5A完整的氨基酸序列的cDNA。该cDNA包含474 bp的开放阅读框,编码157个氨基酸,预测分子量约为17.257 ku,理论等电点为5.06。凡纳滨对虾eIF5A和其他物种对比结果显示,该基因的氨基酸序列和其他物种有较高的同源性。实时定量RT-PCR结果显示,eIF5A基因在凡纳滨对虾不同组织中的mRNA表达没有明显的差异。对WSSV、TSV和IHHNV感染的...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
苏曼文 张晓军 袁剑波 张小溪 杨铭 李富花
类胰岛素肽(ILP)是胰岛素超家族的成员，具有进化保守性，是影响动物生命活动的重要因子之一。本研究克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei) ILP1全长基因，mRNA长度为812 bp，其中开放阅读框长543 bp，编码180个氨基酸。序列分析显示，LvILP1蛋白预计分子量为20.81 kDa，理论等电点为9.45，不稳定系数为96.20，具有一个信号肽，没有跨膜结构，推导其为碱性、不稳定的分泌蛋白。结构预测发现，该蛋白具有胰岛素超家族保守的IlGF结构域，由N端信号肽、B链、C肽和A链组成，同时具有6个保守的半胱氨酸位点和2个断裂位点。系统进化分析发现，LvILP1与斑节对虾(Penaeus monodon) ILP7亲缘关系最近，与甲壳动物ILP1聚为一支，然后分别与无脊椎动物ILP7、脊椎动物松弛素(Relaxin)、胰岛素(Insulin)、胰岛素样生长因子(IGF)聚在一起。无脊椎动物ILP7类与外群海葵(Actinia tenebrosa) ILP的进化关系最近，表明这类ILP可能与胰岛素超家族的祖先较为相似。转录因子预测发现，LvILP1可能的转录因子为叉头框蛋白O3 (FoxO3)、糖皮质激素受体(GR)、CAAT区/增强子结合蛋白(C/EBP)、信号传导及转录激活蛋白(STAT)等；蛋白互作分析发现，LvILP1与细胞膜上的胰岛素受体(IR)、神经信号分子(VGLUT1、SYT 1＿3)、糖蛋白激素(GPHB5)、鞣化激素(Bursicon)等相互作用；对这些转录因子和互作蛋白的生物功能进行分析，进而推测LvILP1可能具有调节生长发育、激素刺激反应、神经系统稳态、碳水化合物稳态、蜕皮后组织重建以及生殖发育等作用。分析发现，LvILP1在凡纳滨对虾早期发育阶段有较高表达，在成体各个组织中均有表达，但在眼柄中表达量最高。本研究结果为深入了解凡纳滨对虾ILP的基因结构、进化、功能及表达提供了重要信息，同时为凡纳滨对虾的分子育种和健康养殖提供线索。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
殷勤 彭金霞 崔亮 谢达祥 王志伟 李奎 陈晓汉
通过电子克隆所得序列设计引物,采用RT-PCR方法首次克隆得到长655 bp的凡纳滨对虾通用转录因子3(Basic Tran-scription Factor 3,BTF3)基因序列,其中包括597 bp的完整开放阅读框,共编码198个氨基酸残基,推算分子量约45.79 kDa,理论等电点为4.93。氨基酸序列分析表明,BTF3基因编码的氨基酸序列中具有保守的NAC结构功能域,利用实时荧光定量PCR检测凡纳滨对虾不同组织的表达情况发现,该基因在凡纳滨对虾组织中广泛表达,其中肌肉组织表达量最高,在肠中表达量最低。
关键词：
凡纳滨对虾 BTF3 基因克隆 表达分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 杨春玲 彭敏 何苹萍 陈晓汉
为研究病毒感染凡纳滨对虾血细胞黏连因子基因表达量的变化,进而研究该因子在对虾先天免疫系统中的作用,利用RACE方法克隆凡纳滨对虾血细胞黏连因子cDNA序列,并通过荧光定量PCR方法分析其在病毒感染前后不同组织中的表达情况。成功获得了长度为1529 bp的Peroxinectin基因部分cDNA编码序列,3’端含有一段长度为319 bp的非翻译区,推测血细胞黏连因子部分序列编码402个氨基酸。凡纳滨对虾血细胞黏连因子的氨基酸序列高度保守,在线比对发现其氨基酸序列与斑节对虾和中国明对虾相似性达到90%,而与锯缘青蟹有87%的相似性。通过荧光定量PCR技术检测IHHNV感染前后血细胞黏连因子基因表达...
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
崔亮 殷勤 陈晓汉 彭金霞 王志伟 李奎
通过电子克隆所得序列设计引物,采用PCR扩增方法首次克隆得到长695bp的凡纳滨对虾Arf6基因序列,其中包括96bp的5′非翻译区(Untranslated region,UTR)、71bp的3′非翻译区和528bp的开放阅读框。编码175个氨基酸残基,推算分子量约为20kDa,理论等电点为8.82,分子式为C896H1426N252O255S8。氨基酸序列分析表明,Arf6基因编码的氨基酸序列中具有保守的GTP结合区域,总的带负电荷的残基(Asp+Glu)为21,总的带正电荷的残基(Arg+Lys)为25。与其他物种的Arf6基因进行同源比对发现,该基因的氨基酸序列具有较高的保守性,基于氨...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
么宗利 应成琦 周凯 王慧 来琦芳
以广盐性养殖的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)为研究对象,采用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)和定量PCR的方法,研究其在高碳酸盐碱度胁迫下转录组水平的基因表达差异,以期从基因组水平研究对虾对高碳酸盐碱度胁迫的适应机制。结果表明,以高碳酸盐碱度(20 mmol/L)胁迫第4天凡纳滨对虾鳃组织和低碱度(2 mmol/L)对照组鳃组织为材料,通过斑点杂交筛选,发现鳃组织中有158个克隆子表达上调,291个克隆子表达下调。挑选150个高表达差异的克隆子进行测序,获得100个序列,其中50个得到成功注释。经过GO分...
[期刊] 水产学报
[作者]
黄金凤 杨奇慧 董晓慧 迟淑艳 刘泓宇 谭北平 章双
[期刊] 水产学报
[作者]
张铃 刘逸尘 张亦陈 孙妍 耿绪云 孙金生
信号传导及转录激活因子(STAT)是生物体内重要信号通路JAK/STAT的关键组分,在机体免疫、生长、发育等方面起到重要作用。实验从凡纳滨对虾血细胞中克隆获得了STAT基因的全长cDNA序列(Lv-STAT,GenBank accession number:KC779541),其ORF区全长2 373 bp,编码790个氨基酸,预测的分子量为90.68 ku,等电点为5.91。利用SMART在线软件分析表明,该基因编码的蛋白主要结构域由STAT_int、STAT-α、STAT-β和SH2 domain 4部分组成,但不具有信号肽结构。将Lv-STAT与来源于其它物种的STAT进行氨基酸多序列比...
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
骆永丽 刘红 刘志伟 戴习林 王怡悦 朱启飞
咽侧体抑制素主要抑制昆虫咽侧体保幼激素的分泌，是昆虫体内重要的神经肽，在甲壳动物体内可能参与繁殖发育的调节。本研究利用RACE PCR技术对凡纳滨对虾A型咽侧体抑制素受体（Allatostatin-A receptor，AST-AR）基因进行克隆，获得全长为2650 bp的cDNA，包括1425 bp的开放阅读框，1170 bp 5’非编码区，55 bp 3’非编码区，编码474个氨基酸，形成具有7个跨膜区的不稳定亲水性蛋白。同源性和系统发育分析结果表明凡纳滨对虾AST-AR基因与斑节对虾、美洲龙虾同源性最高，亲缘关系最近。氨基酸多重序列比对结果显示AST-AR氨基酸TM7后C末端精氨酸在不同物种之间高度保守。实时荧光定量PCR结果显示，AST-AR基因在雌、雄凡纳滨对虾多个组织（眼柄、脑、胃、肝胰腺、鳃、性腺、肠、肌肉）中均有表达，除脑组织外AST-AR基因在雌性凡纳滨对虾中相对表达量高于雄性。在幼体发育中，AST-AR基因的相对表达量随发育阶段上升，同时该基因在不同群体仔虾生长对比实验中表达量差异显著。据此推测AST-AR基因参与凡纳滨对虾的繁殖、幼体发育、幼虾生长到成虾，基因表达基本贯穿凡纳滨对虾的一生。
[期刊] 水产学报
[作者]
赵永贞 陈秀荔 曾地刚 杨春玲 彭敏 何苹萍 李咏梅 彭金霞 韦嫔媛 陈晓汉
为研究酚氧化酶原激活因子(prophenoloxidase-activating factor,PPAF)在凡纳滨对虾感染传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)过程中所起的免疫作用,实验采用逆转录聚合酶链式反应和cDNA末端快速扩增技术克隆了凡纳滨对虾PPAF基因的全长cDNA序列,并通过实时荧光定量PCR技术分析了该基因在正常凡纳滨对虾和感染IHHNV凡纳滨对虾不同组织的表达情况。结果显示,克隆获得了1 986 bp凡纳滨对虾PPAF基因cDNA全长序列(GenBank登录号JQ684529),其中含有一个1 629 bp开放阅读框(ORF),两翼分别存在21 bp(5'端)和336 b...
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