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[期刊] 华北农学报
[作者]
郭小参 崔保安 陈红英 杨明凡 管倩 吕晓丽 王东方
参照GenBank发表的猪IL-2cDNA基因序列,设计1对引物,将河南地方品种淮南猪脾淋巴细胞在伴刀豆球蛋白A(Con A)的刺激下体外培养27 h后,提取激活淋巴细胞总RNA,进行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,克隆到pGEM-T Easy载体上并测序。测序结果显示,克隆的HuainanPIL-2 cDNA全长为516 bp,开放阅读框(ORF)包含465bp,编码154个氨基酸,分子量为17.4 kDa,等电点为5.27,疏水氨基酸38.3%,亲水氨基酸42.0%,碱性氨基酸11%,酸性氨基酸23%。此cDNA与已报道的猪IL-2同源性为100%,与猫、牛、鸡、狗、鸭、山羊、马...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
杨泽晓 马玉峰 汪开毓 王印 赵希仑 姚学萍 任冉阳 陈平 胡凌
【目的】了解目前四川省猪圆环病毒２型（ＰＣＶ２）的分子流行病学特征和遗传变异情况，探讨ＰＣＶ２感染的控制对策。【方法】根据ＧｅｎＢａｎｋ中发表的ＰＣＶ２基因组序列设计２对特异性引物，对２０１２－２０１４年临床送检的ＰＣＶ２感染病例材料中的５株ＰＣＶ２全基因组序列进行扩增测序，并利用ＤｎａＳｔａｒ等生物信息分析软件对获得的ＰＣＶ２基因组序列进行分子特性与遗传演变分析。【结果】５株ＰＣＶ２四川株全基因组序列长度都为１ ７６７ＢＰ，均具有滚环复制起点（ＯｒＣ）典型结构。序列比对和进化分析显示，５株ＰＣＶ２四川株的基因序列同源性很高，基因组核苷酸序列及ＯｒＦ１、ＯｒＦ２和ＯｒＦ３基因序列同源性分别为９．．．
关键词：
PCV2 基因克隆 遗传进化分析
[期刊] 上海水产大学学报
[作者]
王建平 陈吉刚
鱼白细胞介素-2是近年来新发现的一类细胞因子。根据B ird等发表的河豚IL-2基因序列设计一对特异性引物,通过RT-PCR方法扩增和克隆了红鳍东方鲀(Fugu rubripes)白介素-2的核苷酸序列。该cDNA序列由490nt组成,编码由149个氨基酸组成的前体蛋白。序列分析表明,红鳍东方鲀IL-2核苷酸序列和氨基酸序列与目前已知的其它物种IL-2的核苷酸及氨基酸的同源性分别位于34%~44%和24%~43%之间,N端存在长22个氨基酸的信号肽,含有形成2个链内二硫键的4个半胱氨酸。遗传进化分析表明,红鳍东方鲀IL-2在遗传进化上具有其独立性。
关键词：
红鳍东方鲀 白细胞介素-2 克隆
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张宇 乔涵 徐朋丽 杨兴武 韩昊莹 陈红英
【目的】分析禽心包积水-包涵体肝炎综合征的主要病原禽腺病毒4型(FAV-4)在河南省的流行和遗传变异情况。【方法】对2015年8-10月送检的40份疑似FAV-4感染的病料进行PCR阳性检测,同时根据采集地区与宿主的差异性,选取7份FAV-4阳性样品进行了Hexon全基因的扩增、克隆、测序和遗传进化分析。【结果】通过扩增Hexon基因421bp的片段,成功建立了禽腺病毒4型的PCR检测方法;40份家禽肝脏样品中,PCR检测显示35份为FAV-4阳性,阳性率为87.5%;成功扩增了包含Hexon基因全序列的
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈磊 李学伟 朱砺 李强 李明洲
【目的】研究猪肉嫩度性状候选基因-半胱氨酸蛋白酶抑制素B(Cystatin B,CSTB)基因对肌肉宰后嫩化的作用,为研究嫩度性状的遗传机理提供理论基础。【方法】采用RT-PCR结合克隆测序的方法,从猪肌肉组织总RNA中克隆到猪CSTB基因cDNA序列,并推导出其编码的氨基酸序列。采用PCR-RFLP方法,分析了84头猪CSTB基因多态性及其与嫩度性状的关联性。【结果】CSTB基因开放阅读框全长294bp,编码98个氨基酸。同源性分析结果表明,猪与人、鼠、牛的CSTB基因cDNA编码区(CDS)同源性分别为81%、85%和89%,推测氨基酸序列同源性为83%、76%和85%。蛋白质结构同源建模...
[期刊] 沈阳农业大学学报
[作者]
陈晓月 梁华 刘明春 王建民 于立辉 范宏发 赵玉军
根据GenBank登陆的鹅细小病毒B株全基因组的核苷酸序列,设计合成一对引物,用PCR方法对GPV LN-1/06株的主要结构蛋白基因进行克隆,并对克隆的片段进行序列测定,用生物信息学软件进行序列分析。结果表明:所扩增的GPV LN-1/06株的基因长度为1605bp,包括VP3完整的开放阅读框,共编码534个氨基酸。与登录的20株国内和国外的GPV的VP3基因序列进行同源性分析表明,GPV LN-1/06株与其他20株VP3基因的核苷酸同源性较高,从93%至99%,说明GPV的VP3基因较为保守。系统进化树分析表明GPV-LN01/06病毒株与HG5/82为一组,具有较近的亲缘关系。本试验首...
关键词：
鹅细小病毒 结构蛋白基因 克隆 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
张冲 武小椿 王波 韩青松 杨增岐
【目的】研究野猪源与家猪源猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syn-drome virus,PRRSV)陕西分离株的遗传变异情况及分子生物学特征。【方法】根据VR-2332和HB-1(sh)/2002毒株序列设计引物,对2株PRRSV陕西分离毒株Shaanxi-1(家猪源)、Shaanxi-2(野猪源)全基因分段进行扩增并测序,将测序结果依次拼接得到病毒的全基因,然后进行序列的比对分析。【结果】PRRSV Shaanxi-1、Shaanxi-2毒株高度同源且均属于美洲型毒株,它们与2006年以前分离的毒株相比存在明显差异(与BJ-...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王晶钰 罗艳 邓小敏 郭抗抗 张彦明
为了研究IBV陕西分离株M基因的遗传变异情况及分子特征,参照NCBI所登录的IBVM基因序列设计了1对引物,应用RT-PCR方法对陕西8株IBV分离株的M基因进行扩增,并构建克隆载体,对阳性质粒测序后进行核苷酸序列及氨基酸序列同源性和进化发生关系分析,并对M蛋白的二级结构和跨膜区进行预测。结果表明,8个IBV分离株间的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸同源性分别为92.3%~99.8%和95.4%~100%,分离毒株与参考毒株的M基因核苷酸和M蛋白氨基酸序列同源性分别为87.4%~99.5%和89.4%~99.5%;分离毒株与参考毒株M蛋白的α-螺旋结构主要分布在N端前100氨基酸肽段区,其他的部分主...
关键词：
IBV M蛋白基因 遗传变异 分离株
[期刊] 西南农业学报
[作者]
叶春秀 赵增强 张国丽 于航 庄振刚 谢宗铭
【目的】本文研究了蛋白激酶类基因在甜瓜白粉病抗性中的抗性机理。【方法】以不同抗性的甜瓜为材料,根据植物蛋白激酶类基的同源序列设计引物,采用RT-PCR方法获得该基因的中间部分序列,通过RACE法获得c DNA完整序列,将其命名为CmPKC。【结果】该基因全长约为2914 bp,开放阅读框为2493 bp,编码831个氨基酸。蛋白序列进化分析表明,CmPKC蛋白与香瓜蛋白激酶同源性最高。实时荧光定量PCR分析表明在不同抗性材料上相对表达量变化趋势不同,在抗性材料上表达丰度出现的时间较感病材料早,且在不同材料上相对表达量变化趋势与已报道的一个甜瓜感病相关MLO家族基因一致,推测所获得的基因也可能与感病相关,且属于早期应答基因;转基因烟草鉴定初步表明该基因可能还参与生长发育过程,具有促进开花的功能。【结论】将为更加深入探索其功能及在白粉病抗性通路中及生长发育过程中所起的作用奠定基础。
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
黄泽彬 李润成 尹德明 颜运秋 刘忠华 丁建 汪镇南 余兴龙
从湖南省内多个出现疑似猪"高热病"症状的猪场采集病料70份,采用RT-PCR方法进行分子流行病学调查.结果检出PRRSV阳性病料54份,阳性率高达77.14%(54/70).对其中8份分别来自娄底、浏阳、永州、双峰、益阳、株洲、宁乡和溆浦的病料中的PRRSV基因组Nsp2高变区部分基因片段进行RT-PCR扩增、克隆和序列测定分析.与国内外美洲型PRRSV分离株比较,序列相似性为72.2%～100%,其中,与公布的高致病性PRRSV缺失变异毒株的同源性最高,序列相似性为98.2%～100%.序列分析表明,这些毒株均是天然存在缺失的变异毒株,其Nsp2均有2个部位出现了缺失,分别为编码1个氨基酸的...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李银聚 程相朝 吴庭才 张春杰
应用RT-PCR方法从鸡新城疫 系疫苗接种鸡胚的脾淋巴细胞中扩增出IL-2基因cDNA。结果表明,以鸡新城疫 系疫苗稀释50倍或100倍接种10日龄鸡胚,培养48h的脾脏提取mRNA的扩增效果最好。测序结果显示,所扩增片段的核苷酸序列及其所编码的氨基酸序列,与已发表的IL-2基因的同源性分别为97.7%～99.8%和95.1%～99.3%。其中第8位、68位和130位氨基酸(分别是L,V和S)的变异是其他品种鸡所没有的。
关键词：
鸡IL-2基因 转录 克隆 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
朱洪云 旦巴次仁
【目的】探讨藏鸡NDV的毒力和F基因的遗传进化特征。【方法】从采集的藏鸡病料中分离鉴定NDV,通过测定鸡胚平均致死时间(MDT)和1日龄雏鸡脑内接种致死指数(ICPI)来确定分离株的毒力。采用RT-PCR方法克隆藏鸡NDV分离株F基因,测序后进行序列分析,并进行进化分析。【结果】共分离鉴定出F5、FX10、F20、F74、F75、F17、F72、FH2等8株NDV,其中F17、F72、FH2为强毒株,其余5株为弱毒株。8株病毒F基因ORF均为1 662bp,编码553个氨基酸,强毒株ORF编码产物含有12个半胱氨酸残基,弱毒株有13个半胱氨酸残基,比强毒株在27位(强毒株C27变为R27)多了...
关键词：
藏鸡 新城疫病毒 F基因
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王晶钰 邓小敏 张彦明 罗艳 李鹏 郭抗抗
用RT-PCR方法对分离于陕西省不同地区的8个鸡肾型IBV毒株的Ⅳ基因分别进行了扩增,将各扩增产物与T载体连接后,转化感受态细胞筛选阳性克隆质粒并进行基因测序,用DNAstar软件将这8个毒株与GenBank收录的7个IBV代表毒株的Ⅳ基因进行了比较分析,研究了其变异情况。结果表明,B01,YL,WH和 YX株与7株代表毒株的同源性较高,而G,BJ,WG,FF株与7个代表毒株的同源性相对较低。氨基酸推导序列比对结果表明,N蛋白突变以散在的点突变形式为主,其中46,48,50,75,78,189,232,236,237,299,301,350,366等位点容易发生突变,突变位点无明显规律性。
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
董世娟 朱于敏 于瑞嵩 司伏生 石明明 张源淑 李震
从浙江地区分离的2株代表性样品与全国范围内流行的参考毒株进行比对和遗传进化分析,结果分为4个组,代表性样品与大部分国内的毒株落入G4-2组,与国内早期CH-S毒株核苷酸(氨基酸)同源性为98.4%~98.5%(99.1%~99.6%);以华南地区为主的2011-2012年分离的毒株自成一组,与中国其他地区的毒株的同源性为95.0%~97.2%,与其余3组比较有9个核苷酸的变异。遗传进化分析表明所分离毒株与大部分中国的流行毒株属于一个基因型;以2011-2012年中国华南地区为主的毒株成为PEDV的一个新的基因型;提示2011-2012年中国流行着2种PEDV的基因型。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
陈蒙 刘海峰
为探究5GT基因在山葡萄花色苷合成过程中的表达规律及作用,以山葡萄(Vitis amurensis)为材料,利用RT-PCR技术克隆山葡萄5GT基因的全长cDNA序列(GenBank登录号为GU237133),将该基因命名为Vam5GT并对该蛋白进行生物信息学分析预测其功能;利用实时荧光定量PCR检测Vam5GT基因在山葡萄8个不同转色时期的表达规律,将克隆获得的Vam5GT基因完整的ORF连接到原核表达载体pET28a上,转化到大肠杆菌E.coli Bl2(DE3),并通过不同浓度的IPTG诱导表达,SDS-PAGE检测表达产物。并构建表达载体pC5GT并转化农杆菌GV3101.用菌液浸泡花序法对拟南芥进行遗传转化。结果显示:克隆获得的Vam5GT cDNA全长1 497 bp,开放阅读框1 347 bp,编码448个氨基酸,该基因表达产物相对分子质量为49.84 ku,等电点为5.23,是不稳定蛋白。该基因属于UDPGT超基因家族,不包含信号肽。Vam5GT在山葡萄花后4周的果皮中表达丰度最高,其他时期表达逐渐下降;该基因原核表达产物与预期大小一致,表明原核表达成功,在含50 mg/L Kanomycin的培养基上对拟南芥T_0代种子进行筛选,先后得到2个阳性幼苗,转化率为0.05%。对移栽成活的2株抗性植株进行PCR检测为阳性。
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