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[期刊] 水产学报
[作者]
石微微 王丽丽 陈晶 欧阳珑玲 周志刚
根据海带雄配子体抑制消减cDNA文库中筛选出的克隆18序列设计基因特异性引物,利用cDNA末端快速扩增技术(rapid amplification of cDNA ends,RACE),克隆了一条长2087bp的cDNA序列(GenBank登陆号:EF490312),其中开放阅读框1275bp,5′-非翻译区(untranslated region,UTR)长118bp,3′-UTR长694bp且具有明显的polyA尾巴。蛋白同源搜索显示,它编码的蛋白与Guillardiatheta这种隐藻核型体编码的CbbX蛋白(GenBank登录号:CAB65663)具有66%同源性。推测的海带配子体cb...
[期刊] 水产学报
[作者]
史西志 毕燕会 周志刚
利用抑制消减杂交法(suppression subtractive hybridization,SSH)获得了海带雌、雄配子体差异表达的cDNA片段,将雄配子体差异表达的cDNA片段克隆于pGEM-T载体并转化大肠杆菌(Escherichia coli)JM109,构建雄配子体差异表达的cDNA消减文库。自750个阳性克隆中随机挑选100个进行PCR扩增鉴定,电泳图谱表明插入片段大小在200~1000bp之间。进一步经过Southern斑点杂交筛选后,选取10个阳性克隆进行测序和序列分析,有7个片段与GenBank数据库中已知基因序列无明显同源性,初步判断为新的基因序列,3个片段与已知Fcp基...
[期刊] 华北农学报
[作者]
毕燕会 周志刚
根据糖海带(Laminaria saccharina)光捕获蛋白基因lhcf4的cDNA全长序列(GenBank登录号:AF226860)设计引物,通过RT-PCR方法获得海带(Saccharina japonica)配子体lhcf4基因的cDNA全长序列,共1 042 bp,编码一个含218个氨基酸的前体蛋白LHCF4,推测分子量为23.11 kDa,等电点为5.36。与其同源基因相似度分析表明,lhcf基因的开放阅读框(Open reading frame,ORF)在家族内及物种间高度保守,变异主要发生在非翻译区(Untranslated re-gion,UTR)。预测LHCF4成熟蛋白三...
[期刊] 水产学报
[作者]
刘鹏飞 谷俊刚 毕燕会 周志刚
UV性别决定系统在一些低等生物生活史的单倍体阶段展现出特定的进化和遗传特性。本研究构建了一个海带雌配子体基因组的细菌人工染色体（BAC）文库。该文库包含31 872个克隆，插入片段平均长为115 kb，覆盖6.57倍的海带基因组。利用海带雌配子体特异性的标记FRML-1488的序列为探针筛选BAC文库，获得4个阳性BAC克隆。随机挑选一个克隆（638-C12）通过Roche454第二代测序平台进行测序，并经过间隔序列的扩增、克隆和测序，了解到该BAC克隆的插入片段长为86 996 bp。该序列位于海带基因组的Scaffold285上，占后者序列总长的22.4%。序列分析结果显示在雌配子体特异性标记FRML-1488的上游存在大量的微卫星以及Copia逆转录转座子等重复序列。综合这些信息，推测BAC克隆638-C12的插入片段可能与海带U染色体的性别决定区相关。本研究是BAC文库在海带性别相关序列图位克隆的首次应用报道，将有助于海带性别染色体结构的揭示及性别决定机制的解析。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
邹丹燕 毕燕会 周志刚
利用实时荧光定量PCR(Q-RT-PCR)方法分析了在不同光照强度、光质及有利于配子产生的条件下,lhcf5和lhcf6基因在海带(Laminaria japonica)雌、雄配子体中转录量的变化。不同光照强度条件下(光源为白光),lhcf5和lhcf6基因在黑暗中接近不转录;雌配子体在光照强度40μmol·m-2·s-1时转录量最高,而雄配子体的最高转录量出现在80μmol·m-2·s-1的光照强度处;高于此光照强度,2个基因的转录量都会随光照强度增加而降低。相对于同强度的白光来说,红光照射无论是短时间(3d)还是长时间(7d),都会促进2个基因的相对转录水平;蓝光对雌配子体中2个基因转录的...
[期刊] 华北农学报
[作者]
毕燕会 邹丹燕 周志刚
通过基因克隆和序列测定,获得了海带(Laminaria japonica)配子体的18S rRNA基因序列,其长度为1 716bp,GenBank登录号为EU293553。以蓝藻为外类群,采用邻接法(NJ)对分属9个门的藻类的18S rRNA基因序列进行系统发育分析。结果显示,褐藻门的海带与蓝藻门的念珠藻Nostoc sp.PCC7120、红藻门的日本凋毛藻(Griffithsia japoni-ca)、绿藻门的莱哈衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)遗传距离依次为0.819,0.303和0.219;杂色藻类中,海带与隐藻门的蓝隐藻(Rhodomonas sp.CS24)...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
周佳 孙志鹏 吉宇丹 吕伟华 曹顶臣 鲁翠云 刘天奇 郑先虎
为了探究生长激素释放激素(growth hormone releasing hormone,ghrh)基因对梭鲈(Sander lucioperca)生长调控的作用，本研究利用RACE技术克隆获得了ghrh cDNA基因全长序列，并利用实时荧光定量PCR技术对其组织表达模式和大小个体间表达模式进行了分析。结果显示：ghrh基因cDNA全长为1 100 bp,包含494 bp的5′非编码区、180 bp的3′非编码区和编码141个氨基酸的开放阅读框。氨基酸多重比对发现，梭鲈ghrh与河鲈(Perca fluviatilis)、黄金鲈(P.flavescens)的ghrh氨基酸序列相似性分别为95.04%和94.33%,ghrh基因在鱼类和哺乳动物中都存在一个GLUCA保守结构域(65～91 aa)。ghrh基因在梭鲈各组织均有表达，脑组织中相对表达量最高，垂体次之，与其他组织相比差异显著。ghrh基因表达量与梭鲈体质量呈正相关，脑、肝和肌肉组织中ghrh基因表达量均为体质量极大组高于极小组，其中，脑组织中差异显著。因此，ghrh基因可以作为梭鲈生长候选基因用于分子选择育种。
[期刊] 水产学报
[作者]
陈晶 王丽丽 石微微 周志刚
从已构建好的海带雄配子体抑制消减cDNA文库中,通过Southern点杂交及序列分析,发现一未知功能的差异表达基因片段(克隆b9)。首先根据该克隆序列设计基因特异性引物,利用cDNA末端快速扩增技术,自雄配子体中克隆了一条长831bp的cDNA序列,其中开放阅读框450bp,5'-非翻译区182bp,3'-非翻译区199bp且具有明显的poly(A)尾巴。同样利用PCR方法自雌配子体中克隆了该基因的cDNA序列,它与雄配子体的完全一致。蛋白同源搜索结果显示,该基因编码蛋白与点形念珠藻含有SpoIID/LytB结构域蛋白(SpoIID/Lyt Bdomain-containing protein...
[期刊] 水产学报
[作者]
余贞 毕燕会 周志刚
根据海带雄配子体抑制消减cDNA文库2个长为376 bp的表达序列标签(expressedsequence tag,EST),Blastn搜索发现它们与掌状海带的碳酸酐酶(carbonic anhydrase,CA)基因序列(GenBank登录号:AJ130777)有70%的相似性,结合该EST以及掌状海带CA基因保守序列设计引物,扩增得到海带配子体CA基因部分开放阅读框(open reading frame,ORF)序列,再以此为基础设计基因特异性引物,然后利用cDNA末端快速扩增技术(rapidamplification of cDNA ends,RACE),克隆得到一条长2 804 bp...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
宋明江 陈叶雨 吴晓雲 刘亚 龚全 赖见生
【目的】研究似鲇高原鳅抗菌肽的生物学功能。【方法】通过似鲇高原鳅转录组测序数据库,获得LEAP-2基因序列。【结果】cDNA序列为2253 bp,其中5’非编译区(UTR)为270 bp, 3’UTR为1698 bp,开放阅读框为285 bp,编码94个氨基酸。信号肽预测结果显示LEAP-2信号肽包含28个氨基酸残基。似鲇高原鳅的LEAP-2与西藏高原鳅LEAP-2聚在一支,置信度为99%。组织分布结果表明,LEAP-2在健康似鲇高原鳅的鳃、肾脏、肝脏、肌肉、胃、脑、肠道、脾脏、皮肤、眼睛和心脏共11个组织中均有表达,其中,在似鲇高原鳅肝脏中的表达量最高,是鳃中表达量的2000多倍。在迟缓爱德华氏菌作用下,似鲇高原鳅LEAP-2 mRNA表达量在各免疫组织中呈现出不同的变化趋势。在粘膜相关组织皮肤、鳃和肠道中,细菌侵染后LEAP-2出现显著上调表达(P<0.05),随后下降;脾脏中LEAP-2先下降表达,随后显著上调表达(P<0.05)。【结论】似鲇高原鳅LEAP-2参与了机体对抗致病菌侵染的生物学过程。
[期刊] 水产学报
[作者]
田志环 焦传珍 成永旭 吴旭干
为研究Akt基因在中华绒螯蟹蜕壳前后肌肉生长过程中的功能,应用RACE技术克隆得到编码中华绒螯蟹Akt(命名为Es Akt)的全长为2 200 bp的c DNA序列,包括159 bp的5′非翻译区(5′-UTR)、496 bp的3′非翻译区(3′-UTR)和长度为1545 bp编码514个氨基酸的编码序列。蛋白质结构域分析显示Es Akt含有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族的3个特征性保守结构域。多序列比对和系统发育分析显示,Es Akt与中国明对虾、凡纳滨对虾的Akt序列一致性都为0.889,在系统发育树中节
[期刊] 海洋渔业
[作者]
慕雪娇 刘晓玲 贠晗 崔龙波
为研究栉孔扇贝(Chlamys farreri)FTZ-F1基因功能,对其序列特征和表达模式进行了分析。结果显示,该基因编码序列(coding sequences, CDS)长1 668bp,编码555个氨基酸,含DBD (DNA binding domain)保守区、FTZ-F1盒(FTZ-F1 box)、LBD(ligand binding domain)保守区,其保守区与其他物种较为一致。采用半定量PCR(RT-PCR)和荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测了FTZ-F1基因在栉孔扇贝中的表达,发现在雌性栉孔扇贝的闭壳肌、肾、鳃组织和雄性栉孔扇贝的精巢、肝胰腺、闭壳肌、肾中表达较强,在其他组织中表达较弱;在性腺发育周期中,FTZ-F1基因主要在成熟期精巢中表达,表达量显著高于其他时期性腺,表明FTZ-F1基因主要在成熟期精巢中发挥重要作用,推测可能与成熟期精巢睾酮含量升高相关。
关键词：
栉孔扇贝 FTZ-F1 序列特征 表达
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
庞连慧 罗双双 石林林 陈天圣 刘红 王焕岭
为研究鱼类细胞分裂周期蛋白20基因（cell division cycle 20 homolog,cdc20）的功能，以团头鲂为试验对象，经PCR扩增获得了团头鲂cdc20基因的CDS，基于多序列比对和系统进化树分析该基因的结构和不同物种间的进化关系，采用半定量PCR(semi-quantitative reverse transcription PCR,sqRT-PCR)、荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qRT-PCR)和切片原位杂交的方法检测了该基因的时空表达模式。结果显示，该基因编码区所包含的序列长度为1 482 bp，编码493 aa。团头鲂Cdc20氨基酸序列在进化上十分保守，具有7个WD40基序形成的稳定7叶β螺旋桨状结构，与鲤和斑马鱼的相似性最高。qRT-PCR结果显示团头鲂cdc20基因在早期胚胎中的表达量最高，随后呈下降趋势。sqRT-PCR检测发现cdc20基因主要在性腺中表达。性腺切片原位杂交结果显示cdc20在团头鲂各时期卵母细胞中均有表达，主要集中在Ⅱ期卵母细胞的胞质和Ⅲ、Ⅵ期卵母细胞的卵黄颗粒中；另外也发现该基因在精巢的精原细胞和生精小管的生殖上皮中表达量最高，在精子中的表达较低。以上结果表明团头鲂cdc20基因是一个母源基因，可能参与生殖细胞的发育。
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
汤洪宁 吴飞 项继忠 童丹妮 杜振东 陈学秋 马光旭 杨怡
为明确捻转血矛线虫（Haemonchus contortus）中Kunitz型蛋白BLI-5的表达特性，利用生物信息学软件对其基因结构、保守结构域、进化关系和蛋白质三维结构进行分析；基于WormBase数据库，分析捻转血矛线虫发育过程各个阶段Hc-bli-5与Hc-bli-4的相对转录丰度；通过构建原核表达载体诱导表达重组蛋白，并制备多克隆抗体，采用虫体组织免疫荧光试验分析目标蛋白（Hc-BLI-5）在捻转血矛线虫中的组织定位情况。结果显示：1)Hc-bli-5基因全长2 088 bp，由4个外显子和3个内含子组成，Hc-BLI-5共有195个氨基酸，132～192位氨基酸为Kunitztype super family结构域，是一种丝氨酸蛋白酶抑制因子。2）进化树分析发现，丝氨酸枯草杆菌蛋白酶超家族蛋白BLI-5在寄生线虫和自由生活线虫中均有较为密切的进化关系，捻转血矛线虫与柏氏血矛线虫（Haemonchus placei）在该基因的进化关系上最为接近，聚集在进化树的同一小分支上。3）蛋白质结构对比分析显示，捻转血矛线虫和秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）BLI-5具有一定的相似性，尤其是Kunitz结构域。4）各时期转录丰度检测显示，Hc-bli-5与Hc-bli-4的表达趋势有一定的重叠，提示二者可能互相作用、参与共同的生物学过程。5）组织定位研究表明，Hc-BLI-5蛋白主要表达于捻转血矛线虫的表皮和肌肉组织。综上，Hc-bli-5可能与Hc-bli-4相互作用参与捻转血矛线虫蜕皮过程。本研究明确了Hc-bli-5的序列特征及其蛋白的表达特性，为探索其是否参与捻转血矛线虫蜕皮过程及其作用机制提供了理论依据。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
柳淑芳 马骞 马慧 孙中之 柳学周 庄志猛
为研究半滑舌鳎雌雄个体大小和生长速度差异悬殊的分子机理,采集来自同一亲本、同一发育阶段的半滑舌鳎雄鱼和雌鱼脑垂体,分别与Affymetrix的斑马鱼基因芯片杂交,筛选差异表达基因。芯片杂交结果显示二者共有1 051个基因检测到明显的杂交信号,其中上调基因486个,下调基因561个。进一步比较雄鱼和雌鱼杂交信号的比值(Ratio值),有39个基因的Ratio值小于0.6或大于1.5,其中sh3gl1b、meis2.1、acta1、Noxa、slc25a5这5种上调基因和col1a2、klf7、acta2这3种下调基因可能与半滑舌鳎雌雄生长差异相关。这一结果为深入研究半滑舌鳎雌雄性别分化与生长调控...
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