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[期刊] 中国水产科学
[作者]
陆广琴 欧阳珑玲 周志刚
对海带(Laminaria japonica Aresch).雄配子体抑制消减cDNA文库进行生物信息学分析,并通过Northern印迹杂交进一步验证了雄配子体2个优先表达的基因。结果表明,(1)由627个克隆产生的618条高质量cDNA可聚类成187条非冗余序列(NRS);其中93条Contig由524条cDNA拼接而成,剩下的94条为Singleton(只有单条cDNA),冗余率达69.74%。(2)5条NRS因与rRNA基因相匹配而不进行分析;60条NRS与GenBank中注释蛋白基因显著匹配;122条NRS无显著匹配。(3)大部分已知功能的基因与物质和能量代谢(26.7%)、生长发育(...
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)
[作者]
何炎森 何玮毅 陈晓静
采用抑制消减杂交(SSH)技术,以多花水仙的栽培品种‘黄花水仙2号’黄色花瓣和‘金盏银台’白色花瓣的cDNA分别作为测试子和驱动子,建立正、反向抑制消减杂交cDNA文库.随机挑选正、反向文库各216个阳性克隆测序,对已知功能的uniESTs进行基因本体论(GO)分类分析,荧光定量PCR检测部分可能参与色素形成的uniESTs.结果表明:水仙花色差异表达正、反向消减文库经检验质量可靠,为分离花色形成相关基因奠定了基础;GO功能分类分析显示,水仙花色差异可能受到多个代谢途径的影响;经初步筛选得到11个与水仙花色形成相关的uniESTs,为进一步克隆基因全长和功能验证提供参考.
关键词：
多花水仙 花色 抑制消减杂交
[期刊] 林业科学研究
[作者]
周冠 汪阳东 陈益存 李鹏 张姗姗 张小平
以木本油料植物油桐为研究对象,通过预实验选择种子成熟过程中脂肪酸转变关键时期,构建油桐种仁cDNA文库,并进行部分测序。初级文库的滴度为1×106pfu.mL-1,重组率为99.7%,插入片段大小为0.5~2.5 kb,平均约1 kb。通过测序获得的功能基因类型主要包括抗性基因、油体蛋白基因、贮藏蛋白基因及种子发育相关基因等,还有大量的未知功能基因和其他基因存在,各类基因的表达丰度不一。着重对首次分离到的油桐油体蛋白oleosin基因序列进行了同源性和蛋白结构预测分析。
[期刊] 水产学报
[作者]
肖调义 葛熹凯 许宝红 苏建明 章怀云
采用抑制性消减杂交技术构建了三角帆蚌肝脏瘟病感染期抑制性消减cDNA文库。经检验,差异表达基因均被富集了210倍左右,证明构建的cDNA消减文库具有很强的消减效率。PCR鉴定发现,在随机挑取的阳性克隆中,95%的克隆均含有0.2~1.0 kb的插入片段,这些片段可能是三角帆蚌瘟病病毒感染后差异表达基因的cDNA片段。测序共获得214个有效cDNA序列,分别属于8大类,共98个基因。其中细胞分裂基因2个、细胞结构与运动基因9个、代谢基因10个、信号传导基因7个、细胞防疫基因10个、基因与蛋白表达基因20个、未知功能蛋白基因26个,GenBank中找不到任何同源序列的基因14个。结果说明,构建的差...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
戚元成 马雷 王菲菲 刘卫群
【目的】构建烟草打顶后根尖组织的消减文库,寻找调控烟碱生物合成的相关候选基因。【方法】以打顶株为测验子(tester)、以非打顶株为驱赶子(driver),利用抑制性消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)和反向Northern杂交技术构建和筛选烟草打顶前后根尖组织消减文库,并对差异表达克隆进行生物信息学分析。【结果】构建了具有高消减效率的cDNA文库。PCR验证消减文库阳性克隆的插入片段为200—1 000 bp。经反向Northern杂交,从850个克隆中筛选到560个杂交信号差异明显的克隆,测序后得到273条有效序列。对273个已知功...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
王芳 段玉玺 陈立杰 王媛媛 朱晓峰 王东
【目的】研究胞囊线虫侵染后大豆根部早期基因表达情况,从分子水平探索大豆的抗病机制。【方法】以抗大豆胞囊线虫(Heterodera glycines)3号生理小种的小粒黑豆(Glycine max)为材料,利用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization,SSH)技术,构建大豆胞囊线虫诱导大豆根部早期表达的SSH-cDNA文库,并结合反向Northern斑点杂交筛选阳性克隆。【结果】获得280个表达序列标签(EST),经CAP3软件聚类拼接,得到166个unique EST,在GenBank进行Blastn与Blastx同源比对,有119条EST与已知...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵洪喜 刘军龙 李有全 杨聪山 赵帅阳 刘娟 刘爱红 谢俊仁 田占成 刘志杰 刘光远 殷宏 关贵全 罗建勋
【目的】环形泰勒虫（Ｔｈｅｉｌｅｒｉａ ａｎｎｕｌａＴａ）可以感染牛Ｂ淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞，并可使被感染细胞发生转化，体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库，筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞（即非转化宿主细胞）为试验材料，提取总ｒｎａ和ｍ ｒｎａ，反转录合成ｃ Ｄｎａ；然后分别作为ＴｅｓＴｅｒ和Ｄｒｉｖｅｒ，进行抑制性消减杂交（ｓｓｈ），构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库；对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息．．．
关键词：
环形泰勒虫 抑制性消减杂交 ESTs
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵洪喜 刘军龙 李有全 杨聪山 赵帅阳 刘娟 刘爱红 谢俊仁 田占成 刘志杰 刘光远 殷宏 关贵全 罗建勋
【目的】环形泰勒虫(Theileria annulata)可以感染牛B淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞,并可使被感染细胞发生转化,体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库,筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞(即非转化宿主细胞)为试验材料,提取总RNA和m RNA,反转录合成c DNA;然后分别作为tester和driver,进行抑制性消减杂交(SSH),构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库;对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息...
关键词：
环形泰勒虫 抑制性消减杂交 ESTs
[期刊] 西南农业学报
[作者]
杨冬静 谢逸萍 孙厚俊 张成玲 马居奎 李宗芸 马代夫
【目的】蔗糖转化酶是植物中糖信号调控途径中的关键因子之一,它们在调控植物糖代谢、生长发育、抗病和抗逆等过程中起着至关重要的作用。蔗糖转化酶抑制子是一类同源性较低的蛋白质家族,通过调控蔗糖转化酶抑制子的表达量可以抑制蔗糖转化酶活性。本课题组前期分离到甘薯转化酶抑制子IbINH全长ORF,本文对20种转化酶抑制子进行了生物信息学比较分析,可为深入研究IbINH基因功能提供参考。【方法】本研究以前期克隆获得的IbINH全长ORF推测的氨基酸序列和NCBI数据库中搜集到的其余19种植物INH氨基酸序列为分析数据来源,采用系列生物信息学分析软件对INH蛋白质的氨基酸组成及其理化性质、蛋白质亲疏水性、磷酸化位点、INH蛋白质的二级元件和含量、跨膜结构域和信号肽、蛋白质亚细胞定位、功能结构域和空间三维结构等进行预测和分析。【结果】根据预测和分析发现,IbINH同其他INH蛋白质一样均含有典型的PMEI-like超级家族功能结构域,二级结构组成和比例也比较相似,INH蛋白质定位在细胞质的可能性最大,但是各种INH的亲疏水性、稳定性以及跨膜结构域等也有差异。【结论】本文通过对INH蛋白质进行系列生物信息学分析和比较,为以后IbINH基因功能研究奠定了重要基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
张党权 谭晓风 陈鸿鹏 曾艳玲 蒋瑶 李魏 胡芳名
As a high-grade edible oil tree native in China,tea-oil tree(Camellia oleifera)has the oil-yielded rate of about 55% from its kernel.The recent researches suggested that tea-oil would be one of the best vegetable oils,and even be better than olive oil with its abundant unsaturated fatty acids includ...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
许娟 石云平 韦绍龙 苏祖祥 林茜 桂杰 胡一凤 李小泉
【目的】克隆白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶(GDP-mannose pyrophosphorylase)基因(Bs GMP)cDNA全长序列,分析该基因生物学信息,为该基因功能的进一步鉴定提供依据。【方法】基于同源序列克隆GMP基因中间片段,并采用RACE技术扩增GMP基因cDNA全长,用DNAMAN、Tmpred及Softberry等软件进行编码多肽序列、理化性质及亚细胞定位等分析。【结果】从白及叶片中克隆到的GMP基因全长1523 bp,其中包含1086 bp的开放阅读框(ORF),编码361个氨基酸,理论蛋白分子量为39.35 k Da,理论等电点为6.03。进一步分析发现该基因具有跨膜结构,亚细胞定位分析发现该基因主要分布于细胞质和线粒体。蛋白三级结构预测显示,Bs GMP蛋白有11个α螺旋,33个β折叠,46个β转角;该蛋白第1~24个氨基酸含有醛酮还原酶的保守结构域,第256~335个氨基酸含有Lbeta H家族保守区。BLAST多重序列分析表明,Bs GMP氨基酸序列与铁皮石斛、蝴蝶兰的亲缘性最高,分别达到95%和92%。【结论】成功克隆到白及GDP-甘露糖焦磷酸化酶基因(Bs GMP),并进行相关生物信息学分析,为该基因的进一步功能研究奠定了基础。
关键词：
白及 GMP 基因克隆 序列分析
[期刊] 中国农业科学
[作者]
赵圣国 王加启 卜登攀 刘开朗 朱雅新 周凌云
【目的】从奶牛瘤胃微生物BAC文库中筛选含乙酰CoA羧化酶(ACCase)基因的克隆子,并对其全长测序和生物信息学分析。【方法】利用PCR序列驱动筛选法,从瘤胃微生物BAC文库中筛选ACCase基因,鸟枪法测定基因序列后,进行基因注释、比对和系统发育分析。【结果】筛选得到了含ACCase基因的克隆(U12),其插入片段序列(URE12)全长43 358 bp,GC含量为43.75%,经GeneMark程序预测含有38个基因,经Signature程序预测属于变形菌门。ACCase基因(Acc-32)编码159个氨基酸,与Elusimicrobium minutum的ACCase基因具有41%的相...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
李中波 罗世民 杨甜 侯强红 舒鸣 黄翠琴
【目的】建立饱血状态雌性微小扇头蜱的microRNA文库，鉴定所含microRNA的种类，分析miR-275靶蛋白Vg-2的二、三级结构，检测其信号肽、跨膜结构域、磷酸化及糖基化位点，预测其优势抗原表位。【方法】以雌性、饱血状态的微小扇头蜱为研究对象，通过高通量测序技术建立其microRNA文库，利用软件miRDP及检索miRBase数据库，鉴定饱血状态雌性微小扇头蜱所含的microRNA种类；运用在线软件EXPASY、PRABI与SWISS-MODEL等分析Vg-2蛋白质理化性质，推断其二、三级结构；运用在线软件SignalP 5.0、TMHMM、NetPhos 3.1及NETCGlyc 1.0检测该蛋白的信号肽、跨膜结构域、磷酸化与糖基化位点；利用在线软件ABCpred Prediction、Scratch、IEDB和NetCTL预测Vg-2蛋白的B、T细胞优势抗原表位。【结果】获得成熟的microRNA 383个，其中67个为已被鉴定和注释的microRNA，316个为新发现的microRNA；微小扇头蜱的Vg-2基因序列全长5040 bp，共编码1679个氨基酸；Vg-2蛋白为亲水性酸蛋白，分子大小为189.89 kDa，理论等电点（pI）为6.08，其二级结构以无规则卷曲为主要结构成分，而其三级结构却以β-折叠为主要结构成分；Vg-2蛋白存在268个磷酸位点，20个糖基化位点，无信号肽和跨膜结构域，拥有58个B细胞优势抗原表位，8个T细胞优势抗原表位。【结论】在饱血状态雌性微小扇头蜱体内含有383个microRNA，受miR-275调控的Vg-2蛋白为结构不稳定的亲水性酸蛋白，具有良好的抗原性与免疫源性。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
向飞宇 周金林 周勇志 龚海燕 沈杰
【目的】寻找镰形扇头蜱吸血后较吸血前唾液腺差异表达基因。【方法】以抑制消减杂交法分别构建镰形扇头蜱半饱血雌蜱和吸血雄蜱唾液腺以pGEM-T-easy为载体的cDNA文库,并测序进行生物信息学分析。【结果】分别测得247个雌蜱有效EST序列和168个雄蜱有效EST序列,并预测雌蜱可能含有5′末端和3′末端的EST序列分别为25个和44个,雄蜱可能含有5′末端和3′末端EST序列分别为53个和74个。随机选择非重复的24个雌蜱序列和21个雄蜱序列以RT-PCR方法验证消减效果;在吸血后唾液腺中,雌蜱有13个基因表达上调或新表达,消减效率为54%,雄蜱有9个基因表达上调或新表达,消减效率为43%。对...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张建文 王跃进 朱自果 王沛雅 张朝红
【目的】分离和获得中国野生华东葡萄抗霜霉病相关基因片段的EST序列。【方法】以高抗霜霉病的中国野生华东葡萄(V.pseudoreticulata)白河-35-1株系为材料,以田间接种葡萄霜霉菌的幼嫩叶片为处理,以田间自然生长的未接种幼嫩叶片为对照,分别提取RNA,采用抑制消减杂交技术构建抗霜霉病基因的消减正交和反交两个文库,在文库中,选择3个EST序列,用半定量PT-PCR检验构建文库中EST片段的表达情况。【结果】构建的文库中EST片段的大小在150～900bp,经筛选文库,得到正交库有效的ESTs85条,反交库ESTs29条,所获序列经过BLASTn和BLASTx网上序列比对,其中有78条...
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