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[期刊] 渔业科学进展
[作者]
陈治 蔡杏伟 申志新 张清凤 李芳远 谷圆 李高俊 赵光军 王镇江
已知的鱼类环境DNA (environmental DNA, eDNA)宏条形码通用引物主要位于线粒体核糖体基因区,这些12S和16S引物存在部分近缘鱼类无法识别及参考序列不足等问题。本研究以海南岛淡水鱼类为调查对象:基于8目26科101属150种鱼类COI序列,筛选出6个侧翼保守区;综合碱基变异、物种鉴定、eDNA降解及高通量测序读长需求,在4个侧翼保守区设计了26条引物,其中6条引物未达到Premier评分要求;72种海南淡水鱼类的首轮PCR结果显示,有11条引物的通用性较高,其中PCR成功种数≥70且条带亮度均大于marker的引物有5条;次轮PCR结果显示,5条引物相互搭配产生的3 (正向) × 2 (反向)套引物组合的扩增成功率均为100% (72种/72种),经PCR条带长度、亮度筛选后表现最优的引物组合为“HN-A-F4、HN-D-R3”(以下简称HN-COI)。30个水样高通量测序结果显示,HN-COI产生的待分析序列总数、鱼类序列总数、OTUs总数和鱼类OTUs总数分别为MiFish-U的0.77倍(8 919 976/11 532 126)、1.22倍(2 264 965/1 863 905)、0.85倍(406/477)和1.32倍(86/65);HN-COI产生的鱼类OTUs注释到种、属、科及科以上水平的占比分别为81.40%、11.63%和6.98%,MiFish-U则分别为81.54%、4.62%和13.85%。“引物+水样”的NMDS聚类图形成边界明显的2组(胁强系数=0.15);HN-COI的属内物种扩增子两两遗传距离最小值及平均值均分别是MiFish-U的1.23倍(0.006 9/0.005 6)和1.57倍(0.155 9/0.099 4)。室内6个密度组鲤鱼(Cyprinus carpio carpio)“生物量–拷贝数”线性回归方程的相关系数较低,HN-COI及MiFish-U均无法准确反映鲤鱼的生物量。本研究筛选并比较了HN-COI与MiFish-U的优劣,表明HN-COI对海南岛淡水鱼类具有更高的靶向性,不仅在防止微生物、哺乳类等非目标生物eDNA污染方面有优势,而且更有利于海南岛淡水鱼类的检出和准确鉴定。
[期刊] 长江流域资源与环境
[作者]
张彦彦 唐文乔 陈振锋 龚珑 唐振 张亚
为了解淀浦河、川杨河、大治河、金汇港、龙泉港等5条上海市骨干人工河流鱼类物种多样性及群落结构状况,于2021年6月(夏季)和11月(秋季)经过水样采集、eDNA抽滤和提取、12SrRNA遗传标记扩增、高通量测序与生物信息分析等分析流程。结果显示,两次调查共从5条骨干河流的20个断面中检测到80种鱼类,排除10种因厨余废物流入河道而被检出的海洋种类,实际栖息的可能有70种,隶属于10目22科55属,包括国家Ⅱ级重点保护动物胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)和5种外来物种。夏季和秋季检出鱼类分别为48种和62种,每条河流平均35.2种和44.0种。但20个断面夏季的Chao1指数和ACE指数均大于秋季均值,而Shannon指数和Simpson指数均值均小于秋季。夏、秋两季共同的优势种为刀鲚(Coilia nasus)、鲫(Carassius auratus)和鲤(Cyprinus carpio)。Jaccard相似性分析显示,断面间相似性最好的龙泉港表现为极相似,但表现最差的大治河也为中等相似。Cluster聚类和NMDS排序分析显示,5条河流可分为显著差异的3组,即龙泉港、金汇港和除Z1断面外的大治河各断面为组Ⅰ,川杨河和淀浦河各断面为组Ⅱ,Z1断面为组Ⅲ,刀鲚、鲫、大鳍鱊(Acheilognathus macropterus)是造成组间差异的主要分歧种。本研究检出的鱼类物种数虽多于黄浦江干流已记录的物种数,但厨余废物流入河道也能被检出,可能存在一定的 “假阳性”现象。尽管如此,eDNA宏条形码技术仍在城市河流鱼类多样性评估方面展现良好应用前景。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李红敬 候智恒 陈辈乐 陈湘粦
从 1998年 5目至 2 0 0 1年 10月 ,在海南岛森林溪流中实际采集到 4 0种淡水鱼 ,分别隶属于 5目 15科34属 ,分属五个区系复合体 ,其中热带平原鱼类复合体有 2 3种 ,占 5 7 5 % ,中印山区鱼类区系复合体 10种 ,占 2 5 % ,分布于昌化江水系 2 3种 ,万泉河水系 2 9种 ,南渡江水系 2 0种 ,分别占总数的 5 7 5 %、 72 5 %、 5 0 %。
关键词:
海南岛 淡水鱼类 溪流 区系
[期刊] 淡水渔业
[作者]
乐佩琦
我国淡水鱼类800多种,近十年因受自然环境破坏和人为的过度开发等影响,造成部分种类濒危。本文在调查淡水鱼类致危原因的基础上,针对濒危现状提出保护水域自然环境、合理捕捞、开展濒危鱼类保护生物学研究、建立自然保护区、坚持合理引种、开展人工繁殖和放流、完善法律机制、加强渔政管理以及加强国际合作等8项措施。
关键词:
濒危淡水鱼类,物种保护,中国
[期刊] 中国水产科学
[作者]
梁宏伟 孟彦 罗相忠 李忠 邹桂伟
为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在中国鲿科(Bagridae)鱼类物种鉴定中的有效性,以及系统发育中的适用性,本研究对4属11种鲿科鱼类进行PCR扩增,获得48条线粒体COI基因序列,同时从Gen Bank筛选获得8种鲿科鱼类的12条COI基因序列进行分析。19种鲿科鱼类的COI基因序列特征显示:长度为674 bp的COI序列片段平均碱基组成为24.82%A,30.44%T,27.10%C和17.64%G,碱基组成呈现明显的AT偏倚性(55.26%),具有硬骨鱼类的线粒体COI基因的碱基组成的典型特征。核苷酸位点中有变异位点226个,简约信息位点195个,单一信息位点31个,转换颠换比为3.35。19种鲿科鱼类的种内、种间和属间平均遗传距离分别为0.0041、0.1136和0.1268,种间遗传距离平均为种内遗传距离的27.7倍。在本研究中,鲿科鱼类所有的物种均形成单系,在物种鉴别上与形态学分类结果基本一致,然而鲿科的4个属中只有鱯属形成单系,黄颡鱼属、属和拟鲿属均未形成单系,其进化地位需要进一步研究。线粒体COI基因作为条形码可有效对鲿科鱼类进行物种鉴定,也为鲿科的系统发育提供了参考。
[期刊] 海洋渔业
[作者]
王业磷 章群 邓春兴 徐示 裴丽梅 黄志基 罗纯
为明确中国马■科(Polynemidae)鱼类的分类地位,测定了中国7省10个地点马■科鱼类3属5种33条COI基因5′端序列,结合GenBank下载的5属16种41条同源序列,共分析了6属20种马■科鱼类DNA条形码。结果显示,20种鱼类种间平均遗传距离为19.6%,是种内平均遗传距离0.9%的22倍;其中14种形成了单系分支,支持其物种有效性。四指马■(Eleutheronema tetradactylum)和多鳞四指马■(E.rhadinum)种间遗传距离(16.0%)是种内平均遗传距离(1.2%)的13倍,支持将二者作为2个独立物种的分类处理。多鳞四指马■种内遗传距离(2.3%)大于2%,形成了2个自展数据支持率为99%的分支,分支间遗传距离(4.8%)是分支内平均遗传距离(0.1%)的48倍,表明在中国沿海分布的多鳞四指马■有可能存在2个亚种或隐藏种。黑斑多指马■(Polydactylus sextarius)与马达加斯加多指马■(P.malagasyensis)外部形态极为相似,种间遗传距离仅为1.0%,且在分子系统树上镶嵌混杂为一支,仅根据分子数据结果,推测二者可能为同一物种;但由于没有可检视的标本,也不能排除GenBank序列种名注释中形态鉴定出错的可能。马伦氏多指马■(P.mullani)与七丝指马■(Filimanus heptadactylus)也混为1支,分支内遗传距离仅为0.1%;如果不是GenBank序列种名注释出错,则二者应为同一物种。GenBank序列中来源于北部湾的六丝多指马■(P.sexfilis),则可能是黑斑多指马■的错误鉴定。
关键词:
马■科 DNA条形码 COI基因
[期刊] 水产学报
[作者]
汪锡钧 吴定安
为保护水域生态环境的平衡,合理利用水资源和为制定发电厂热水排放的温度标准,提供有关水生生物的温度基准值,对青鱼、草鱼、鲢、鳙和鲤等七种主要淡水经济鱼类作了温度基准值的研究,提出了最适生长温度,最大致死温度及短期暴露最大高温等基准值,以作为确保水生生物能正常生长与繁殖情况下,环境温度的评价标准。研究结果经鉴定确认可以作为制定渔业用水区温水排放标准的依据,同时也对温水或温流水养殖的管理有参考意义。
关键词:
鱼类,温度,基准位,评价标准
[期刊] 淡水渔业
[作者]
林康生 白遗胜 姚红 王东 杨云 李绍明 朱永久
采用微机人工智能技术,通过研究与开发,建成淡水鱼类种质资源人工智能决策系统,扩大了“七五”已建其数据库功能,实现了十种常见鱼类优良经济性状退化原因分析。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
邓怀 张四明 汪登强 邹素云
用14种10bp长的随机引物对青鱼、草鱼、鲢鱼、鳙鱼、鲫鱼、鲤鱼、团头鲂、胭脂鱼、土鲶和黄颡十种鱼进行RAPDPCR扩增。除引物OPK08外,其它的13种引物都得到较清晰的DNA带。13种引物共产生672条带,平均每种鱼产生67条带,每种引物产生52条扩增带。鲤鱼扩增带最多,胭脂鱼扩增带最少。引物OPQ01、OPQ04、OPQ06、OPQ11、OPQ12、OPK07、OPP01、OPP15、OPP17扩增的带谱可以作为种间鉴定的标记。本文结果显示RAPD是一种非常灵敏的种间鉴定技术,特别是对鱼卵和鱼苗的鉴定有重要意义。
关键词:
RAPD,种的鉴定,淡水鱼类
[期刊] 淡水渔业
[作者]
葛光映
淡水鱼类种质资源人工生态综合库的技术管理葛光映(中国水产科学研究院长江水产研究所)在生产实践中,人们已经注意到占我国淡水养殖鱼类产量90%以上的青鱼、草鱼、鲢、鳙、鲤、鲫、团头等主要经济鱼类,在长期人工控制下繁殖所获得的后代,与在自然条件下所获得的苗...
[期刊] 水产学报
[作者]
邓宗觉
编著者经过八年的坚持努力,《中国淡水鱼类养殖学》第三版终于问世了。这是一部综合性淡水鱼类养殖的重要著作。首先,内容比第二版丰富得多,全书共约112万字。第三版由第二版的14章增加为15章,并将原第六、七两章合并为一章。还增加了两个附录,新增加的“鱼类育种和引种驯化”与“网箱养鱼及其他养鱼方法”两章是非常必要的。第二,内容既多又新。第三版《中国淡水鱼类养殖学》系统地总结了第二版以来10多年里我国淡
[期刊] 淡水渔业
[作者]
方耀林 余来宁 郑卫东 宁宗德
淡水鱼类种质资源人工生态库水质分析方耀林余来宁郑卫东宁宗德(中国水产科学研究院长江水产研究所,荆州434000)我国拥有丰富的淡水养殖鱼类的种质资源,主要养殖对象的种质优劣直接影响着生产的发展。近年来,我国在寻求保护淡水鱼类种质资源的途径和方式等方面...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
孙世春 伍惠生
本文报道在湖北省武汉市(30°30′N,114°12′E)采到的嗜子宫科线虫三个未定种:嗜子宫线虫未定种1,寄生于乌鳢的肾;嗜子宫线虫未定种2,寄生于黄鳝的腹腔;布氏线虫未定种,寄生于蒙古红鲌的腹腔。后两种因只采到雌虫且不完全成熟而不宜鉴定种名。三未定种在国内均未曾有文献报道,本文给出了它们的简单描述、形态图和简单讨论,供进一步研究参考。
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