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[期刊] 中国水产科学
[作者]
张艳 李秋芬 孙雪梅 陈聚法 赵俊
通过生态模拟实验,利用分子生态学技术,对浒苔(Enteromorpha prolifera)腐烂过程中水体细菌群落结构的变化进行了研究。将3.0 kg完全死亡的浒苔置于容积为500 L的实验容器中,定期取水样,进行化学需氧量(COD)、溶解氧(DO)、好氧性异养菌数量测定及细菌种群结构的分析。实验结果表明,随着浒苔腐烂程度的增加,水中的DO呈逐渐减少趋势,COD和好氧性异养菌数量均呈先增加后减少的变化趋势;水体细菌主要由拟杆菌门黄杆菌纲和变形菌门α-、γ-、ε-变形菌纲的细菌组成,其优势菌群在浒苔腐烂不同时期有较大程度的改变,初期黄杆菌纲细菌为主要优势细菌,后期则以α-、γ-、ε-变形菌纲细菌...
[期刊] 水产学报
[作者]
夏耘 郁二蒙 谢骏 余德光 王广军 李志斐 王海英 龚望宝
在草鱼养殖过程中添加碳源(葡萄糖)维持水体C∶N为20∶1以培养生物絮团,通过对生物絮团细菌群落构成进行种类鉴定来评价生物絮团中功能微生物的组成。采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳)技术分析生物絮团形成第5、10和15天的细菌群落结构。DGGE指纹图谱结果分析表明:第5天和第10天的相似性最高,达67.4%;第5天和第15天相似性系数最低仅为40.5%。第10天时微生物多样性最高,第15天时多样性最低。对DGGE指纹图谱特征条带进行回收、克隆测序,结果表明,生物絮团培养过程主要微生物类群隶属于以下6个纲:α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammapro...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
刘芳 王道营 徐为民 诸永志 曹建民
利用传统平板培养和变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱相结合的方法,对盐水鸭在4℃贮藏期间的细菌多样性进行了分析。传统培养方法结果显示:盐水鸭在贮藏期间细菌数量增加迅速。PCR-DGGE对盐水鸭及平板培养物中的细菌组成分析结果显示:腐生葡萄球菌(Staphylococci saprophyticus)、溶酪大球菌(Macrococcus caseolyticus)、魏斯氏菌(Weissellasp.)、中度嗜盐菌(Halomonas sp.)和盐单胞菌(Cobetia sp.)是盐水鸭的主要细菌,而腐生葡萄球菌、溶酪大球菌和魏斯氏菌是平板培养物中的主要细菌。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵旺 姜敬哲 王江勇 陈韬 刘广锋 王瑞旋 杨蕊
附着基是苗期杂色鲍(Haliotis diversicolor Reeve)生活的主要场所,其表面藻际细菌对幼体的生长有重要的影响,然而对附着基藻际细菌多样性的研究较为少见。本研究在杂色鲍育苗期间定期采集附着基样品,再利用PCR-DGGE技术对藻际细菌群落进行多样性及变化规律分析。相似性和UPGMA聚类结果表明,藻际细菌群落结构随时间变迁呈现出连续性变化,相邻两天细菌群落的戴斯相似性系数Cs高达80.9%~96.1%,但育苗前期与育苗后期的藻际细菌群落组成差异较大。多样性指数分析显示,育苗前期藻际细菌多样性随时间变化趋于丰富,之后多样性稍有下降但仍维持较高水平。受附着基上藻类生长状况及鲍摄食活...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
高菲 孙慧玲 许强 谭杰 燕敬平 王清印
利用PCR-DGGE技术研究刺参(Apostichopus japonicus)前肠、中肠和后肠内含物的细菌群落组成。通过软件Bio-rad Quantity one分析DGGE指纹图谱,发现刺参后肠内含物的条带数目显著高于前肠和中肠(P=0.003,P=0.016),表明刺参后肠内含物的细菌多样性最高,其次是中肠;前肠内含物的细菌多样性最低。UPGMA聚类分析发现,不同刺参个体其后肠的细菌群落组成差异最小,前肠的细菌群落差异最大。经DGGE分离、条带切割和序列测定,共获得了13条序列,系统发育分析表明,刺参消化道内含物的细菌群落可主要归属于5大类群,即α-变形菌纲(α-proteobacte...
[期刊] 水产学报
[作者]
李秋芬 傅雪军 张艳 马绍赛
通过模拟实验对循环水养殖系统中不同初始NH4+-N浓度的生物滤池中生物膜上和水中的细菌数量及群落种类组成进行了研究。对成熟生物膜及水体样品中的异养菌、氨氧化菌、亚硝酸盐氧化菌的培养计数结果表明,随着生物滤池初始氨氮浓度增大,除异养细菌数量逐渐下降外,生物膜上的氨氧化菌和亚硝酸盐氧化菌数量呈逐渐增加趋势,且均高出水样3～4个数量级;同时对上述样品的16S rRNA基因片段的PCR扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE)分析及其序列同源性分析的结果表明,生物膜和水中都有较高的细菌多样性,同一初始氨氮浓度的滤池中生物膜上的细菌多样性高于水中的。生物滤池中的细菌主要由拟杆菌门的黄杆菌纲和变形菌门的α-...
[期刊] 淡水渔业
[作者]
吴康 胡俊 黄晓声 夏虎 陈亮 李男 张学振
为探讨饲喂蚕豆(Vicia faba)对草鱼(Ctenopharyngodon idellus)肠道菌群的影响,采用PCR-DGGE技术比较了饲喂蚕豆的草鱼(脆肉鲩组)及饲喂配合饲料的草鱼(普通草鱼组)肠道微生物菌群的异同。结果显示,DGGE图谱上出现了20条明显条带,表明脆肉鲩组及普通草鱼组肠道中均存在大量细菌群落。对这20条条带测序后,获得了其中17条条带的序列,这17条条带中有9条是尚未被培养的细菌。经分析发现,这17条条带分属于变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)及未...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
罗鹏 胡超群 张吕平 任春华
采用PCR-DGGE(PCR-denaturing gradient gel electrophoresis)技术对一个典型的凡纳滨对虾(Litopeneaus vannamei)海水养殖系统细菌群落进行分子分析。结果表明,沿岸水、蓄水池、养殖池水具有较高的细菌种类多样性,而蓄水池进水、对虾粪样、肠壁定植细菌样以及排水渠污水的细菌多样性程度低。每种环境群落的优势种明显。3个养殖池水样(Y1、Y2、Y3)、2个沿岸水样(W1、W2)、2个粪样(F1、F2)、蓄水池水样(B1、B2)及2个肠壁定植细菌样(G1、G2)各自具有高度群落相似性。BLAST结果表明,12个条带克隆序列所代表优势种很可能来...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
倪学勤 Joshua Gong Hai Yu Shayan Sharif 曾东
【目的】研究蛋鸡MHC(Major Histocompatibility Complex,主要组织相容性复合物)基因对不同周龄和不同部位肠道细菌种群结构的影响。【方法】使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2,4,6和8周龄商品蛋鸡和15I5系蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内含物细菌群落的结构和多样性进行比较,鉴定8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员。【结果】商品蛋鸡和15I5系蛋鸡盲肠细菌的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的细菌多样性比较低,且随着蛋鸡周龄增加,各肠段细菌多样性呈上升趋势,MHC基因对细菌多样性无显...
关键词：
肠道菌群 MHC 变性梯度凝胶电泳 蛋鸡
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
刘妮 于永翔 王印庚 张正 王春元 廖梅杰 荣小军 庞明海 李京泽
自2008年，浒苔(Ulva prolifera)暴发给海洋环境生态、水产养殖业、旅游业和公共卫生带来严重影响。为进一步探究浒苔暴发对近岸环境中细菌群落结构与生态因子的影响，本研究对浒苔暴发前后青岛沿岸主要滨海区域水体、浒苔藻体中可培养细菌群落的组成与丰度及环境理化指标进行了比较分析。结果表明，浒苔暴发后青岛沿岸水体的化学需氧量(COD)、氨氮、无机氮、砷离子和活性磷酸盐含量均显著升高(P<0.05)，溶解氧、Cd、Pb、Cr、Cu等金属离子的含量显著降低(P<0.05)；聚集地浒苔藻体中有机碳含量低于非聚集地(P<0.05)，大肠菌群、粪大肠菌群、硫化物、Hg、Cd、Zn和Cu离子含量高于非聚集地(P<0.05)。可培养细菌分析结果表明，浒苔暴发后青岛市沿岸水体与藻体中可培养细菌的数量增长超1个数量级，弧菌占比增加了38%；基于16S rDNA的细菌鉴定结果表明，浒苔暴发前青岛市沿岸海水中的主要优势菌为长巨牡蛎弧菌(Vibrio gigantis)、塔斯玛尼亚弧菌(Vibrio tasmaniensis)和大西洋弧菌(Vibrio atlanticus)，浒苔暴发后青岛市沿岸海水中的主要优势菌为强壮弧菌(Vibrio fortis)、溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)和欧文斯氏弧菌(Vibrio owensii)。优势弧菌的毒力基因与耐药基因携带风险检测结果表明，浒苔暴发后弧菌携带毒力基因(VAC、vhh、chxA、tlh、flaA)和耐药基因(strA、strB、QnrVC、sul2)的类别和检出率均增高。研究结果初步揭示了浒苔暴发对青岛市沿岸环境中细菌群落结构及环境生态的影响，查明了浒苔暴发产生的有害微生物种类及其携带的毒力基因、耐药基因风险，为黄渤海近岸海域浒苔绿潮防控、海洋生态保护、水产健康养殖和公共卫生治理提供了理论依据。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
李苗云 周光宏 徐幸莲
【目的】研究冷却猪肉贮藏过程中优势细菌的分布,为研究冷却猪肉防腐剂和延长货架期提供参考。【方法】分别选择3个不同企业,取宰后24 h的猪背长肌,于4℃托盘包装,分别贮藏2,4,6 d提取细菌总DNA,对细菌16S rDNA的V6~V8区段进行PCR扩增,扩增产物进行变性梯度凝胶电泳(DGGE),对DGGE图谱进行微生物多样性分析,并对主要条带进行测序分析。【结果】对4℃贮藏的冷却猪肉DGGE图谱上的主要条带进行测序分析,获得6种不同的细菌。热杀索丝菌(Brochothrix thermosphacta)(条带1)在贮藏4 d的样品中,A5没有相应条带,在贮藏6 d的样品中,A7、A8上的条带不...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
贾宏信 龚广予
【目的】研究切达干酪成熟过程(6℃,180 d)中细菌群落的动态变化和组成多样性。【方法】用选择性培养基计数,并对菌落进行总DNA提取和PCR-DGGE分析。【结果】随着切达干酪成熟时间的延长,发酵剂嗜热链球菌的数量显著下降,非发酵剂乳杆菌种类明显增多。对DGGE图谱条带重扩增、测序,并进行BLAST对比分析得出,增多的乳杆菌主要为植物乳杆菌、干酪乳杆菌、副干酪乳杆菌、瑞士乳杆菌和鼠李糖乳杆菌。【结论】切达干酪成熟过程中细菌群落的组成和数量处于动态变化之中,PCR-DGGE用作选择性培养基计数菌落的后续分析,可以明确培养基上长出的菌落属于哪一种或哪一亚种,进而客观和真实地分析出干酪内细菌群落的...
[期刊] 中国农业大学学报
[作者]
李永洙
研究依莎褐蛋鸡和艾维茵肉鸡发育正常及迟缓鸡群的盲肠细菌种群结构和多样性变化。使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合割胶回收DNA进行克隆和测序,分别对4、6、10、16、20和40周龄蛋鸡及1、2、4、6、7和8周龄肉鸡发育正常、迟缓鸡群盲肠内容物的细菌群落进行特异性引物图谱指纹和聚类分析,鉴定特异性和共性群落。结果表明,Lactobacillus属在两品种发育正常鸡群盲肠内容物细菌的相似性均高于迟缓鸡群,两品种各周龄和发育正常、迟缓鸡群间指纹图谱平均条带数差异显著(P<0.05)。而Bacteroides属在发育正常鸡群盲肠内容物细菌的相似性与迟缓鸡群较为相近;发育正常、迟缓鸡...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
胡萍 周光宏 徐幸莲 韩衍青 徐宝财 刘军昌
应用16S rDNA变性梯度凝胶电泳(DGGE)指纹图谱和系统发育分析方法,揭示了火腿切片在真空包装、4℃贮藏条件下主要微生物的动态变化。直接从火腿中提取总的细菌DNA,用巢式PCR和降落PCR扩增16S rDNA V3可变区序列,再通过DGGE得到动态变化指纹图谱。DGGE图谱表明,产品在贮藏初期具有丰富的微生物群落,说明污染微生物的多样性,但经过一段时间后,只有少数种类细菌存活并最终成为主导菌群。DGGE优势条带经DNA序列分析表明,代表最相似菌为清酒乳杆菌(Lactobacillus sakei)和弯曲乳杆菌(Lactobacillus curvatus),其次是长膜明串珠菌(Leuco...
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