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[期刊] 淡水渔业  [作者] 李丹  柳阳  翟艳花  顾泽茂  
为建立一种灵敏、特异的快速检测异育银鲫寄生洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis)的方法,本研究根据洪湖碘泡虫ITS-5.8S r DNA基因序列筛选出一对特异性引物Mh F/R,建立PCR检测方法,对反应条件进行优化,并通过特异性试验、灵敏性试验与临床检测验证其可行性。结果显示,建立的PCR检测方法能特异性扩增洪湖碘泡虫相应的基因片段,长度为479 bp,而对试验中其他9种粘孢子虫的扩增结果均为阴性;最低能检测0.1 pg的虫体基因组DNA。通过临床样品检测,PCR方法比显微镜检测的检出
[期刊] 中国水产科学  [作者] 杨坤  高志鹏  习丙文  陈凯  谢骏  潘良坤  
在异育银鲫(Carassius auratus gibelio Bloch)养殖过程中,因感染洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis)引起的“喉孢子虫病”常会导致池塘养殖苗种和成鱼大量死亡。因此,建立一种特异性强、灵敏度高和易于操作的检测方法对于该病的早期诊断以及防治具有重要意义。本研究基于洪湖碘泡虫18S rDNA基因序列设计合成两组特异性引物,通过外引物组和单条内引物组合及条件优化,建立了洪湖碘泡虫单管半巢式PCR检测方法,并对该方法的特异性、灵敏度及临床应用分别进行了验证。结果显示,该检测方法特异性好,只有洪湖碘泡虫扩增为阳性,瓶囊碘泡虫(Myxobolus ampullicapsulatus)、吴李碘泡虫(Myxobolus wulii)、武汉单极虫(Thelohanellus wuhanensis)及异育银鲫肌肉样品等均为阴性;最低检测灵敏度极限为4.2 copy/μL;对疫区养殖池塘健康异育银鲫的卵巢、肾脏及脾脏组织样品检测发现洪湖碘泡虫阳性率分别为40%、32%和8%,检出率显著高于普通PCR。因此,本研究所建立的检测方法特异性强、灵敏度高,可应用于洪湖碘泡虫的早期快速检测。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 翟凯旋  曹泽艺  习丙文  陈凯  谢骏  
为了阐明洪湖碘泡虫(Myxobolushonghuensis)在隐性感染异育银鲫(Carassiusauratusgibelio,Bloch)不同组织器官中的分布情况,本研究采集曾发生过喉孢子虫病养殖池塘的2龄健康异育银鲫的鳃(丝)、伪鳃、中肾、头肾、肌肉、脾脏、肝脏、卵巢、血液等9个组织器官,采用荧光定量PCR检测分析了不同组织器官的感染率和相对感染强度。结果显示,所采集的30尾异育银鲫都没有明显临床症状,但鱼体的洪湖碘泡虫感染率为100%,均为隐性感染个体;各组织器官间的感染率存在较大差异,除肌肉未检出外,感染率从高到低依次为:伪鳃(100.0%)、卵巢(83.3%)、鳃(73.3%)、脾脏(70.0%)、中肾(36.7%)、头肾(23.3%)、肝脏(10.0%)、血液(6.7%)、肌肉(0)。不同组织器官的相对感染强度由高到低依次为:伪鳃(14.4349±70.0529)、卵巢(0.9556±1.5627)、脾脏(0.3644±0.7854)、鳃(0.3339±0.2682)、头肾(0.2722±0.3761)、中肾(0.0379±0.1055)、肝脏(0.0019±0.0022)、血液(0.0012±0.0011)。研究表明,洪湖碘泡虫可系统感染异育银鲫多个组织器官,其中,伪鳃感染率和感染强度最高,可以作为该病早期检测和疫病监测的首选组织器官。
[期刊] 渔业科学进展  [作者] 谢丽基  谢芝勋  庞耀珊  刘加波  邓显文  谢志勤  
根据派琴虫的基因保守序列设计了特异性引物,对派琴虫的DNA进行PCR扩增并将产物克隆到pMD18-T载体后测序。结果表明,扩增大小为596bp,与预期扩增序列同源性为99.8%。该PCR方法检测灵敏度高,最低可检测1pg的派琴虫DNA;特异性强,对荧光假单胞菌、嗜水气单胞菌、大肠杆菌、葡萄球菌、副溶血弧菌、沙门氏菌、诺瓦克样病毒等贝类病原体的扩增均为阴性。用该PCR技术对广西沿海的104份牡蛎、49份贻贝和20份文蛤病料进行检测,阳性率分别为14.6%、10.6%和15.0%。结果显示,派琴虫广泛存在于中国南方沿海的养殖贝类中,建立的PCR方法可用于贝类派琴虫的临床快速检测。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 肖淑敏  李国清  李韦华  周荣琼  杨建伟  
【目的】建立牛源环孢子虫套式PCR检测方法并初步应用于临床检测。【方法】根据牛源环孢子虫18S rDNA序列,设计1对保守引物和1对特异性引物,建立牛源环孢子虫套式PCR检测方法。通过阳性参照摸索出该检测方法的最佳反应条件,进行特异性和敏感性试验。并对168份临床样品进行了检测。【结果】该套式PCR能特异性地扩增出牛源环孢子虫基因组DNA中相应片段,与艾美耳球虫、隐孢子虫、贾第虫等10种相关原虫基因组DNA无交叉反应;最低能检测到2.85×10-2fg的阳性参照DNA;对临床样品检测结果表明PCR技术检查阳性者显微镜检查都为阳性。【结论】建立的套式PCR方法具有高度的特异性和敏感性,有较好的临...
[期刊] 水产学报  [作者] 张潇艺   丁鹏   张城豪   孙荣华   杨承忠   柳阳  
为了完善瓶囊碘泡虫的分类学特征及厘清其与洪湖碘泡虫的分类关系,实验采用形态学、组织学和分子生物学方法对瓶囊碘泡虫进行了重描述,并与洪湖碘泡虫的分子标记进行了系统比较。结果显示,瓶囊碘泡虫寄生于异育银鲫的鳃,形成乳白色的圆形或椭圆形孢囊,直径为1.2~1.4 mm。成熟孢子壳面观呈梨形,前端较尖,后端钝圆,孢子长17.3~19.6μm,孢子宽7.4~9.9μm。两个极囊呈瓶状,大小不等。大极囊长6.4~9.7μm,大极囊宽2.1~3.3μm;小极囊长5.3~8.9μm,小极囊宽2.0~3.3μm。极丝圈数为8~11圈。组织学分析显示,瓶囊碘泡虫寄生于鳃小片间的上皮组织。BLAST分析显示,本研究获得的瓶囊碘泡虫的小亚基核糖体DNA (SSU rDNA)序列与GenBank中瓶囊碘泡虫序列的相似性为99.5%~99.8%(KC425223~KC425225、MH329620、JQ690361、JQ690373、KJ725082、MN227351、DQ339482)。系统发育分析表明,瓶囊碘泡虫与洪湖碘泡虫形成姐妹支。瓶囊碘泡虫与洪湖碘泡虫分子标记序列的比较结果显示,这两种碘泡虫的序列相似性为98.2%~98.8%,遗传距离为0.014~0.018,存在27个碱基差异。SSU rRNA二级结构分析显示,瓶囊碘泡虫和洪湖碘泡虫同一物种不同群体间的二级结构一致,两个物种间的二级结构存在明显差异,表明SSU rRNA二级结构可以作为鉴别瓶囊碘泡虫和洪湖碘泡虫的分子特征。本研究完善了瓶囊碘泡虫在异育银鲫鳃部的详细寄生部位,提出SSU rRNA二级结构可以作为有效鉴别瓶囊碘泡虫和洪湖碘泡虫的分子标记。
[期刊] 中国农业科学  [作者] 扈鸿霞  马宇轩  王艳红  林峻  李占武  季荣  
【目的】建立一种灵敏、快捷的检测蝗虫微孢子虫(Paranosema locustae)的套式Pcr方法,为运用微孢子虫防治蝗虫提供技术支持。【方法】以GenBank数据库中公布的保守性高的微孢子虫小核糖体亚单位rna为目的基因,采用Primerselect软件设计两对特异的套式Pcr引物P.l.-F1/P.l.-r1和P.l.-F2/P.l.-r2,将微孢子虫液用0.2 mol·l~(-1) koH处理后得到的发芽液作为模板进行Pcr扩增,建立以P.l.-F1/P.l.-r1为外侧引物、P.l.-F2/P.l.-r2为内侧引物的套式Pcr,扩增产为分别为298和242 BP。对引物浓度、退火温...
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)  [作者] 陈光达  许信刚  童德文  
【目的】建立可用于临床同时检测PCV-2、PPV和PRV 3种DNA病毒感染的多重PCR方法。【方法】根据GenBank中收录的PCV-2、PPV和PRV的基因组序列,选择3种病毒的特异性保守区设计3对引物,通过优化多重PCR的反应条件,建立了能够同时检测3种病毒混合感染的多重PCR方法,对该方法的特异性、敏感性、稳定性进行检测,并将其用于临床病料的检测。【结果】多重PCR方法中,当引物浓度均为1.0μmol/L,退火温度为57.2℃时,各目的片段均可较好地扩增。特异性试验结果表明,建立的多重PCR方法可从PCV-2、PPV、PRV病毒DNA中分别扩增出长度为353,265和198bp的目的片...
[期刊] 水产学报  [作者] 曹泽艺  周庆杰  陈凯  习丙文  谢骏  潘良坤  毛颖  
为克服现有小瓜虫病的显微镜检和PCR诊断等方法在该寄生虫的感染早期阶段和环境样本检测中存在的缺陷,建立特异性强、灵敏度高的多子小瓜虫PCR检测方法,实验根据多子小瓜虫线粒体COⅠ序列设计和筛选了一对引物,经过PCR程序优化、特异性、灵敏性验证以及临床和环境样品检测分析,分别建立了普通PCR和荧光定量PCR检测方法。结果显示,本研究获得的检测引物对多子小瓜虫有较高的扩增特异性,对同属纤毛虫类的草履虫、四膜虫和肠袋虫以及常见养殖鱼类宿主异育银鲫、草鱼、尼罗罗非鱼和团头鲂等样本均无扩增;扩增特异性和灵敏度都优于文献报道的方法。其中,普通PCR最低检测的样本浓度为掠食体2.67个/μL,荧光定量PCR在掠食体0.02个/μL时依然能有效检出,荧光定量PCR检测灵敏度高于普通PCR。研究表明,在临床样本和养殖水环境样本检测应用中,基于该引物的两种PCR方法表现出很高的一致性,能有效检出潜伏感染鱼体和养殖水环境中的多子小瓜虫。本研究所建立的多子小瓜虫的检测方法特异性强、灵敏度高,适用于淡水养殖中小瓜虫病的早期诊断和病原体的检测。
[期刊] 淡水渔业  [作者] 刘衍鹏  黄冠军  刘天强  李爱华  肖丹  
根据弧菌属细菌(Vibrio spp.)共有的rpo A基因序列,比对和设计了一对PCR引物,建立了能够快速而准确地检测弧菌属细菌的通用PCR检测方法,该方法对靶标DNA的检测灵敏度为58 fg/μL,对菌液的检测灵敏度为2.7×102cfu/m L,能够区分该属细菌与其它属的细菌,具有极高的特异性。使用建立的方法对分离自南美白对虾的病原菌进行了检验,并结合16S r DNA序列分析,结果显示待检测病原均为弧菌属的细菌,与测序结果一致,说明该检测方法可用于弧菌属细菌的检测和诊断。
[期刊] 中国水产科学  [作者] 杨坤  翟凯旋  习丙文  陈凯  谢骏  潘良坤  
洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis)是引起异育银鲫(Carassius auratus gibelio Bloch)“喉孢子病”的重要病原, 每年导致养殖苗种和成鱼大量死亡。本研究通过隐性感染异育银鲫母本人工受精、实验室条件下受精卵孵化和幼鱼培育, 采用单管半巢式PCR、荧光定量PCR和寡核苷酸荧光原位杂交等检测手段进行亲本、卵和幼鱼等环节的检测分析, 探究异育银鲫寄生洪湖碘泡虫是否存在经卵传播途径。结果表明, 实验所采用34尾异育银鲫母本(A1~A22, B1~B12)的洪湖碘泡虫隐性感染率达50%~75%, 其中, 卵和伪鳃检出率高于卵巢组织样品; 特异性寡核苷酸探针荧光原位杂交在隐性感染母本的卵巢、伪鳃、肾、脾组织检测到洪湖碘泡虫前孢子生成阶段营养体; 实验室条件下阳性母本所产的卵经孵化和培育出的幼鱼15 dph和30 dph样品可以检出阳性(A1、A18、B8和B9); 荧光原位杂交显示15 dph幼鱼在伪鳃、鳃和肾脏组织检测出阳性信号。本研究进一步揭示了异育银鲫寄生洪湖碘泡虫存在经鱼卵传播途径; 研究结果为相关疾病制定防控措施奠定重要的理论基础。
[期刊] 华北农学报  [作者] 路斌  王一成  吴润  袁秀芳  徐丽华  李军星  王朝文  
通过对Genbank登录的CSFV、PRRSV和JEV的核苷酸序列进行比对分析,找出CSFV的E2基因,PRRSV的Nsp2基因和JEV的E基因为相对保守区域[1]。利用生物学软件在保守序列分别设计一对引物,通过对PCR反应条件的优化,确定了最佳引物浓度、最佳Mg2+浓度和最佳退火温度,建立了多重二温式PCR方法检测CSFV、PRRSV和JEV。其扩增的目的片断大小分别为CSFV(482 bp)、PRRSV(576 bp)和JEV(375 bp),将传统三温式PCR过程中的退火与延伸合并为一步,从而大大节省临床检测时间,同时又能通过一个反应体系对CSFV、PRRSV及JEV三种猪主要RNA病毒...
[期刊] 华北农学报  [作者] 宏春慧  杨兵  覃湘婕  周宏专  徐福洲  苏霞  薛静  张晓东  王金洛  
为鉴别猪博卡病毒1型、2型和3型3种基因型,根据猪博卡病毒基因序列分别设计3对针对保守区域的引物进行PCR扩增,扩增目的片段大小分别为645 bP(PboV1型)、352 bP(PboV2型)和259 bP(PboV3型)。通过引物浓度和退火温度等条件优化,首次建立了同时检测猪博卡病毒3种基因型的三重PCR方法。所建立的三重PCR方法扩增其他猪病病毒结果均为阴性,最低检测限为8×10-7ng/μL。结果表明,该方法具有较好的特异性和敏感性。对临床样品进行三重PCR和单项PCR检测,对比结果显示符合率为100%。该方法的建立为猪博卡病毒3种不同基因型的鉴别检测提供了有效手段。
[期刊] 福建农林大学学报(自然科学版)  [作者] 姜海军  陈琼  孔繁德  李国平  黄印尧  徐淑菲  
参照GenBank收录的猪圆环病毒2型(PCV2)基因组全序列选择保守区域设计合成了引物及其探针,并对其进行了筛选;对荧光定量PCR的反应条件进行了优化,建立了TaqM an荧光定量PCR检测方法.用建立的检测方法对临床采集的组织病料进行了检测,并与常规PCR检测方法作比较.结果显示,所建立的方法灵敏度可达3×101拷贝.μL-1,比常规PCR检测方法灵敏度高10倍,而与猪圆环病毒1型(PCV1)、猪伪狂犬病毒(PRV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖和呼吸综合征病毒(PRRSV)没有交叉反应,具有灵敏度高、特异性强、操作简便等优点,适合于PCV2的流行病学调查和临床诊断.
[期刊] 华北农学报  [作者] 宋月  程琨  梁秀丽  王亚宾  付彤  韩立强  魏战勇  
为了建立绿脓杆菌的SYBR Green I实时定量PCR检测方法,以便更加快捷、方便的检测绿脓杆菌,根据16S rDNA高度保守的特性,在绿脓杆菌16S rDNA保守区设计1对引物,利用普通PCR技术扩增出绿脓杆菌16S rDNA保守区277 bp的片段,并克隆到pMD-18 T载体上,纯化的质粒作为模板进行SYBR GreenⅠ荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了绿脓杆菌的荧光定量PCR检测方法。并对方法的灵敏性、特异性、重复性进行评价,又进一步在临床实践中进行检验。结果显示,所建立的方法对标准样品的最小检出浓度为28拷贝/μL。并且特异性检验结果显示与常见的菌群没有交叉反应,重复性良好...
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