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[期刊] 中国水产科学
[作者]
杨坤 高志鹏 习丙文 陈凯 谢骏 潘良坤
在异育银鲫(Carassius auratus gibelio Bloch)养殖过程中，因感染洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis)引起的“喉孢子虫病”常会导致池塘养殖苗种和成鱼大量死亡。因此，建立一种特异性强、灵敏度高和易于操作的检测方法对于该病的早期诊断以及防治具有重要意义。本研究基于洪湖碘泡虫18S rDNA基因序列设计合成两组特异性引物，通过外引物组和单条内引物组合及条件优化，建立了洪湖碘泡虫单管半巢式PCR检测方法，并对该方法的特异性、灵敏度及临床应用分别进行了验证。结果显示，该检测方法特异性好，只有洪湖碘泡虫扩增为阳性，瓶囊碘泡虫(Myxobolus ampullicapsulatus)、吴李碘泡虫(Myxobolus wulii)、武汉单极虫(Thelohanellus wuhanensis)及异育银鲫肌肉样品等均为阴性；最低检测灵敏度极限为4.2 copy/μL；对疫区养殖池塘健康异育银鲫的卵巢、肾脏及脾脏组织样品检测发现洪湖碘泡虫阳性率分别为40%、32%和8%，检出率显著高于普通PCR。因此，本研究所建立的检测方法特异性强、灵敏度高，可应用于洪湖碘泡虫的早期快速检测。
关键词：
异育银鲫 洪湖碘泡虫 PCR 喉孢子虫病
[期刊] 淡水渔业
[作者]
李丹 柳阳 翟艳花 顾泽茂
为建立一种灵敏、特异的快速检测异育银鲫寄生洪湖碘泡虫(Myxobolus honghuensis)的方法,本研究根据洪湖碘泡虫ITS-5.8S r DNA基因序列筛选出一对特异性引物Mh F/R,建立PCR检测方法,对反应条件进行优化,并通过特异性试验、灵敏性试验与临床检测验证其可行性。结果显示,建立的PCR检测方法能特异性扩增洪湖碘泡虫相应的基因片段,长度为479 bp,而对试验中其他9种粘孢子虫的扩增结果均为阴性;最低能检测0.1 pg的虫体基因组DNA。通过临床样品检测,PCR方法比显微镜检测的检出
[期刊] 中国水产科学
[作者]
翟凯旋 曹泽艺 习丙文 陈凯 谢骏
为了阐明洪湖碘泡虫(Myxobolushonghuensis)在隐性感染异育银鲫(Carassiusauratusgibelio,Bloch)不同组织器官中的分布情况,本研究采集曾发生过喉孢子虫病养殖池塘的2龄健康异育银鲫的鳃(丝)、伪鳃、中肾、头肾、肌肉、脾脏、肝脏、卵巢、血液等9个组织器官,采用荧光定量PCR检测分析了不同组织器官的感染率和相对感染强度。结果显示,所采集的30尾异育银鲫都没有明显临床症状,但鱼体的洪湖碘泡虫感染率为100%,均为隐性感染个体;各组织器官间的感染率存在较大差异,除肌肉未检出外,感染率从高到低依次为:伪鳃(100.0%)、卵巢(83.3%)、鳃(73.3%)、脾脏(70.0%)、中肾(36.7%)、头肾(23.3%)、肝脏(10.0%)、血液(6.7%)、肌肉(0)。不同组织器官的相对感染强度由高到低依次为:伪鳃(14.4349±70.0529)、卵巢(0.9556±1.5627)、脾脏(0.3644±0.7854)、鳃(0.3339±0.2682)、头肾(0.2722±0.3761)、中肾(0.0379±0.1055)、肝脏(0.0019±0.0022)、血液(0.0012±0.0011)。研究表明,洪湖碘泡虫可系统感染异育银鲫多个组织器官,其中,伪鳃感染率和感染强度最高,可以作为该病早期检测和疫病监测的首选组织器官。
[期刊] 中国农业科学
[作者]
扈鸿霞 马宇轩 王艳红 林峻 李占武 季荣
【目的】建立一种灵敏、快捷的检测蝗虫微孢子虫（Ｐａｒａｎｏｓｅｍａ ｌｏｃｕｓｔａｅ）的套式Ｐｃｒ方法，为运用微孢子虫防治蝗虫提供技术支持。【方法】以ＧｅｎＢａｎｋ数据库中公布的保守性高的微孢子虫小核糖体亚单位ｒｎａ为目的基因，采用Ｐｒｉｍｅｒｓｅｌｅｃｔ软件设计两对特异的套式Ｐｃｒ引物Ｐ．ｌ．－Ｆ１／Ｐ．ｌ．－ｒ１和Ｐ．ｌ．－Ｆ２／Ｐ．ｌ．－ｒ２，将微孢子虫液用０．２ ｍｏｌ·ｌ～（－１） ｋｏＨ处理后得到的发芽液作为模板进行Ｐｃｒ扩增，建立以Ｐ．ｌ．－Ｆ１／Ｐ．ｌ．－ｒ１为外侧引物、Ｐ．ｌ．－Ｆ２／Ｐ．ｌ．－ｒ２为内侧引物的套式Ｐｃｒ，扩增产为分别为２９８和２４２ ＢＰ。对引物浓度、退火温．．．
关键词：
蝗虫微孢子虫 套式PCR 检测
[期刊] 中国农业科学
[作者]
肖淑敏 李国清 李韦华 周荣琼 杨建伟
【目的】建立牛源环孢子虫套式PCR检测方法并初步应用于临床检测。【方法】根据牛源环孢子虫18S rDNA序列,设计1对保守引物和1对特异性引物,建立牛源环孢子虫套式PCR检测方法。通过阳性参照摸索出该检测方法的最佳反应条件,进行特异性和敏感性试验。并对168份临床样品进行了检测。【结果】该套式PCR能特异性地扩增出牛源环孢子虫基因组DNA中相应片段,与艾美耳球虫、隐孢子虫、贾第虫等10种相关原虫基因组DNA无交叉反应;最低能检测到2.85×10-2fg的阳性参照DNA;对临床样品检测结果表明PCR技术检查阳性者显微镜检查都为阳性。【结论】建立的套式PCR方法具有高度的特异性和敏感性,有较好的临...
关键词：
环孢子虫 奶牛 套式PCR 检测
[期刊] 西南农业学报
[作者]
谢丽基 谢芝勋 庞耀珊 刘加波 邓显文 谢志勤
根据基因库中单孢子虫的基因保守序列,设计了1对特异性引物和1条TaqMan探针,对反应条件和试剂浓度进行优化,建立了检测单孢子虫的荧光定量PCR方法。该方法对单孢子虫的检测敏感性达到40拷贝数,比常规PCR敏感性高100倍;对派琴虫、折光马尔太虫、荧光假单胞菌、副溶血弧菌、溶藻弧菌、河弧菌和拟态弧菌等病原体的检测结果全为阴性。表明该研究建立的单孢子虫荧光定量PCR具有特异、敏感、快速、定量和重复性好等优点,可用于临床单孢子虫感染的快速检测。
关键词：
贝类 单孢子虫 荧光定量PCR 检测
[期刊] 水产学报
[作者]
张潇艺 丁鹏 张城豪 孙荣华 杨承忠 柳阳
为了完善瓶囊碘泡虫的分类学特征及厘清其与洪湖碘泡虫的分类关系，实验采用形态学、组织学和分子生物学方法对瓶囊碘泡虫进行了重描述，并与洪湖碘泡虫的分子标记进行了系统比较。结果显示，瓶囊碘泡虫寄生于异育银鲫的鳃，形成乳白色的圆形或椭圆形孢囊，直径为1.2～1.4 mm。成熟孢子壳面观呈梨形，前端较尖，后端钝圆，孢子长17.3～19.6μm，孢子宽7.4～9.9μm。两个极囊呈瓶状，大小不等。大极囊长6.4～9.7μm，大极囊宽2.1～3.3μm；小极囊长5.3～8.9μm，小极囊宽2.0～3.3μm。极丝圈数为8～11圈。组织学分析显示，瓶囊碘泡虫寄生于鳃小片间的上皮组织。BLAST分析显示，本研究获得的瓶囊碘泡虫的小亚基核糖体DNA (SSU rDNA)序列与GenBank中瓶囊碘泡虫序列的相似性为99.5%～99.8%(KC425223～KC425225、MH329620、JQ690361、JQ690373、KJ725082、MN227351、DQ339482)。系统发育分析表明，瓶囊碘泡虫与洪湖碘泡虫形成姐妹支。瓶囊碘泡虫与洪湖碘泡虫分子标记序列的比较结果显示，这两种碘泡虫的序列相似性为98.2%～98.8%，遗传距离为0.014～0.018，存在27个碱基差异。SSU rRNA二级结构分析显示，瓶囊碘泡虫和洪湖碘泡虫同一物种不同群体间的二级结构一致，两个物种间的二级结构存在明显差异，表明SSU rRNA二级结构可以作为鉴别瓶囊碘泡虫和洪湖碘泡虫的分子特征。本研究完善了瓶囊碘泡虫在异育银鲫鳃部的详细寄生部位，提出SSU rRNA二级结构可以作为有效鉴别瓶囊碘泡虫和洪湖碘泡虫的分子标记。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
邵辰 易弋 黎娅 黄荷 伍时华 杨军
根据无乳链球菌（ＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕＳ ａｇａｌａｃｔｉａｅ）ｃｆｂ基因序列，设计、合成２对引物，优化扩增条件，建立了快速高灵敏度鉴别无乳链球菌的巢式ｐｃｒ方法。结果显示：使用该方法对罗非鱼（ｏｒｅｏｃｈｒｏｍｉＳ ｍｏＳＳａｍｂｉｃｕＳ）血液样品进行检测，可检测到活菌浓度为８．７×１０４ｃｆｕ／ｍ ｌ的无乳链球菌。对采自广西地区受无乳链球菌感染的１９份罗非鱼样品进行检测，１８份可获得目的片段，扩增到的序列均为无乳链球菌ｃｆｂ基因序列，检测准确度达到９４．７％。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
张旻 林祥梅 江育林
蛙虹彩病毒属(Ranavirus)病毒宿主广泛,可以感染爬行类、鱼类和两栖类,大部分病毒对宿主都有较强的致病性和致死性。为建立一种快速高效的蛙虹彩病毒的检测方法,本研究利用中华鳖虹彩病毒(Soft-shelled Turtle Iridovirus,STIV)核衣壳蛋白(Major Capsid Protein,MCP)基因保守区设计内引物和外引物,建立了特异性检测流行性造血器官坏死病毒(Epizootic Haematopoietic Necrosis Virus,EHNV)、中华鳖虹彩病毒和虎纹蛙虹彩病毒(Tiger Frog Virus,TFV)的巢式PCR(巢式PCR)检测方法,并制备...
[期刊] 海洋水产研究
[作者]
刘宗晓 刘荭 史秀杰 高隆英 岳志芹 吕建强 何俊强 江育林 谢从新
选取杀鲑气单胞菌A层A蛋白(VapA)保守序列,利用Primer Express 2.0软件设计引物和探针。以ATCC标准株10倍系列稀释,通过血球计数板计数后进行实时定量PCR,制作标准曲线。通过SDS软件获得细菌数量(X)与Ct值的关系为:Ct=-3.1574lgX+43.6841(相关系数R2=0.992)。实时定量PCR的检测限为6个细菌。建立的方法对杀鲑气单胞菌典型株和非典型株具有较好的特异性,与其他细菌没有交叉反应。杀鲑气单胞菌实时定量PCR方法的建立,对于快速口岸检疫、临床诊断和疫病监测具有重要的应用价值。
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
谢丽基 谢芝勋 庞耀珊 刘加波 邓显文 谢志勤
根据派琴虫的基因保守序列设计了特异性引物,对派琴虫的DNA进行PCR扩增并将产物克隆到pMD18-T载体后测序。结果表明,扩增大小为596bp,与预期扩增序列同源性为99.8%。该PCR方法检测灵敏度高,最低可检测1pg的派琴虫DNA;特异性强,对荧光假单胞菌、嗜水气单胞菌、大肠杆菌、葡萄球菌、副溶血弧菌、沙门氏菌、诺瓦克样病毒等贝类病原体的扩增均为阴性。用该PCR技术对广西沿海的104份牡蛎、49份贻贝和20份文蛤病料进行检测,阳性率分别为14.6%、10.6%和15.0%。结果显示,派琴虫广泛存在于中国南方沿海的养殖贝类中,建立的PCR方法可用于贝类派琴虫的临床快速检测。
关键词：
派琴虫 PCR 应用
[期刊] 水产学报
[作者]
高文辉 白昌明 蔡生力 王崇明
为了建立适用于Ｏｓ ＨＶ－１不同变异株的检测方法，在牡蛎疱疹病毒（Ｏｓ ＨＶ－１）３个变异株全基因组序列比对的基础上，筛选到牡蛎疱疹病毒基因组中高度保守的ＤＮＡ聚合酶（ＤＮＡ ｐＯｌｙｍｅｒＡｓｅ）基因，据此设计巢式ｐＣｒ引物，优化ｐＣｒ反应体系和条件，建立了基于Ｏｓ ＨＶ－１ ＤＮＡ聚合酶基因的巢氏ｐＣｒ检测方法（ｐ－Ｎ ｐＣｒ检测方法），利用ｐ－Ｎ ｐＣｒ与ＣＮ ｐＣｒ检测方法对不同年份和宿主来源的Ｏｓ ＨＶ－１疑似感染样本进行检测。结果显示，ｐＮ ｐＣｒ检测方法能稳定地检出１００拷贝／μｌ的病毒ＤＮＡ；ｐ－Ｎ ｐＣｒ较Ｃ－Ｎ ｐＣｒ检测方法具有更强的特异性和更高的检出率。研究表明，本研究．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
罗明菊 李宁求 林强 牛银杰 刘礼辉 梁红茹 罗霞 付小哲
为有效预防大口黑鲈双RNA病毒(largemouth bass birnavirus, LBBV),实验针对LBBV保守基因VP1设计特异性引物,构建重组质粒pMD-LBBV-VP1,通过优化PCR反应条件,提高检测方法的灵敏度和特异性,建立了大口黑鲈双RNA病毒的巢式RTPCR检测方法,并采用该方法对实验室2017—2020年收集的304株样本进行检测。结果显示,巢氏引物F1/R1、F2/R2最佳工作浓度均为4×10~(-12) mol,最佳退火温度分别为64.1℃和61.5℃,当巢氏RT-PCR扩增35个循环时,可以检测质粒最低浓度为4.15个/μL拷贝数,最低模拟样品浓度为10~2 PFU/mL,与第1轮PCR相比,灵敏度均提高了10 000倍,同时检测9种不同病毒,仅LBBV出现明亮特异性条带,在304个样品中,第1轮PCR检出阳性样品14株,检出率为4.60%,巢式RT-PCR检出阳性样品28株,检出率为9.21%;本实验建立的巢式RT-PCR检测方法灵敏度高且特异性好,可用于LBBV的早期检测及防控。
[期刊] 水产学报
[作者]
曹泽艺 周庆杰 陈凯 习丙文 谢骏 潘良坤 毛颖
为克服现有小瓜虫病的显微镜检和PCR诊断等方法在该寄生虫的感染早期阶段和环境样本检测中存在的缺陷，建立特异性强、灵敏度高的多子小瓜虫PCR检测方法，实验根据多子小瓜虫线粒体COⅠ序列设计和筛选了一对引物，经过PCR程序优化、特异性、灵敏性验证以及临床和环境样品检测分析，分别建立了普通PCR和荧光定量PCR检测方法。结果显示，本研究获得的检测引物对多子小瓜虫有较高的扩增特异性，对同属纤毛虫类的草履虫、四膜虫和肠袋虫以及常见养殖鱼类宿主异育银鲫、草鱼、尼罗罗非鱼和团头鲂等样本均无扩增；扩增特异性和灵敏度都优于文献报道的方法。其中，普通PCR最低检测的样本浓度为掠食体2.67个/μL，荧光定量PCR在掠食体0.02个/μL时依然能有效检出，荧光定量PCR检测灵敏度高于普通PCR。研究表明，在临床样本和养殖水环境样本检测应用中，基于该引物的两种PCR方法表现出很高的一致性，能有效检出潜伏感染鱼体和养殖水环境中的多子小瓜虫。本研究所建立的多子小瓜虫的检测方法特异性强、灵敏度高，适用于淡水养殖中小瓜虫病的早期诊断和病原体的检测。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
刘衍鹏 黄冠军 刘天强 李爱华 肖丹
根据弧菌属细菌(Vibrio spp.)共有的rpo A基因序列,比对和设计了一对PCR引物,建立了能够快速而准确地检测弧菌属细菌的通用PCR检测方法,该方法对靶标DNA的检测灵敏度为58 fg/μL,对菌液的检测灵敏度为2.7×102cfu/m L,能够区分该属细菌与其它属的细菌,具有极高的特异性。使用建立的方法对分离自南美白对虾的病原菌进行了检验,并结合16S r DNA序列分析,结果显示待检测病原均为弧菌属的细菌,与测序结果一致,说明该检测方法可用于弧菌属细菌的检测和诊断。
关键词：
弧菌属细菌 rpo A基因 特异性 检验
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