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[期刊] 华北农学报
[作者]
蒋忠荣 申飞 刘志 郭瑞 李桥 闫海芳
为阐释津田芜菁Br UBC11基因的表达特性,克隆了津田芜菁UBC11基因的全长c DNA序列,命名为Br UBC11,Gen Bank登录号为KM396887。其c DNA全长685 bp,ORF区全长447 bp,编码148个氨基酸的开放阅读框;亚细胞定位结果显示,Br UBC11-GFP定位于细胞核内,表明Br UBC11蛋白可能在细胞核中发挥其功能。荧光定量PCR检测Br UBC11在芜菁不同组织中的表达结果表明,该基因在花瓣中表达量最高,花蕾中次之,具有组织特异性。而且Br UBC11在芜菁白色根皮中的表达受长波紫外线(UV-A)诱导。研究结果显示,在芜菁中,UBC11属于多功能基因...
关键词：
津田芜菁 UBC11 基因克隆 表达分析
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
钱照君 祝天谅 姜虎成 石宝通 李家乐
为了解泛素结合酶Ｅ２ｒ基因在克氏原螯虾性腺发育中的作用，利用ｒＡＣＥ技术得到了Ｃ ＤＮＡ全序列，命名为ＰＣ－ＵＢＥ２ｒ。该基因序列全长为３ ６７１ ＢＰ，包含泛素结合酶的特有结构域，以及半胱氨酸残基活化位点。开放阅读框为７２９ ＢＰ，编码２４２个氨基酸，预测蛋白分子量约为２７．６ ｋＵ。ＢＬＡＳＴ比对发现，克氏原螯虾ＵＢＥ２ｒ基因与节肢动物ＵＢＥ２ｒ基因具有较高的同源性。系统进化分析表明，ＰＣ－ＵＢＥ２ｒ基因与日本囊对虾聚为一枝。ｑｒＴ－ＰＣｒ研究表明，ＰＣ－ＵＢＥ２ｒ基因在性腺中的表达量显著高于其他组织（Ｐ＜０．０５）。在卵巢中，ＰＣＵＢＥ２ｒ基因的表达量在未发育期最低，在卵黄发生前期表达量．．．
[期刊] 上海海洋大学学报
[作者]
石宝通 钱照君 王辉 陆伟 牛东红 李家乐
利用RACE技术获得了UB-E2基因c DNA全长,通过RT-PCR技术研究UB-E2基因在不同组织、发育时期的表达量和17α-羟孕酮激素刺激后UB-E2表达量及性腺发育情况。结果表明:该基因序列全长3 943bp,开放阅读框675 bp,编码224个氨基酸,相对分子量23. 93 ku,等电点8. 61,82～219位氨基酸序列为泛素结合酶家族特有的结构域。氨基酸序列比对发现,克氏原螯虾UB-E2基因与节肢动物UB-E2基因有较高的同源性;系统进化分析表明,UB-E2基因与凡纳滨对虾和斑节对虾聚为一支。荧光定量结果显示,UB-E2基因在克氏原螯虾卵巢组织中的表达量显著高于其他组织(P
关键词：
克氏原螯虾 性腺 UB-E2 表达
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李传香 薛淑霞 刘逸尘 耿绪云 孙金生
首先在凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)转录组测序的基础上,应用RT-PCR方法获得了凡纳滨对虾泛素交联酶E2(UE2)基因的开放阅读框序列。该序列长为447 bp,编码148个氨基酸,理论相对分子量为16.84 kD,等电点为4.90。同源性比对和系统进化分析显示,不同物种的UE2基因具有较高的同源性,其中凡纳滨对虾与中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)的同源性最高并聚为一支。半定量RT-PCR分析表明,UE2基因在所检测的组织中均有表达;实时定量PCR分析表明,UE2基因在肝胰腺和肠中的表达量最高,在心脏、鳃、胃和肌肉组织中的表达量略低,在血淋...
[期刊] 华北农学报
[作者]
张梅娟 沙伟 刘博 安洪雪 宋璐
为研究类泛素蛋白基因在苔藓植物中的生物学功能,从毛尖紫萼藓干旱c DNA文库中获得了类泛素蛋白基因c DNA全长序列,命名为Gp-UBL5。该基因c DNA全长471 bp,包含1个222 bp的完整开放阅读框,编码73个氨基酸组成的蛋白。生物信息学分析表明,Gp-UBL5基因编码蛋白分子质量为8.525 k Da,等电点为7.84,为稳定型蛋白。进化分析显示,该编码蛋白与二穗短柄草、大麦等类泛素蛋白具有较高一致性,达96%~99%。实时荧光定量PCR结果表明,Gp-UBL5基因在复水和快速干旱的各个时期均有表达,推测该基因可能在毛尖紫萼藓的抗旱机制中发挥作用。
[期刊] 西南农业学报
[作者]
赵秋芳 马海洋 马智玲 魏长宾 陈曙
【目的】开展番茄泛素结合酶变体(UEV)家族基因鉴定、组织特异性和非生物胁迫表达模式分析，为阐明UEV基因在番茄生长和逆境响应中的功能研究奠定基础。【方法】利用已知拟南芥UEV家族基因为探针，在番茄基因组数据库中查找并下载番茄UEV基因序列，同时查找其CDS、氨基酸长度及染色体位置等信息。利用生物信息学方法，通过在线工具GSDS 2.0、Expasy-protparam、Plant-PLoc、MEME对获得序列的基因结构、蛋白质分子量、等电点、亚细胞定位、保守结构域、保守基序原件等进行预测和分析。利用ClustalX（1.83）和MEGA 6.0软件进行同源序列比对并构建系统进化树。运用实时荧光定量RT-PCR分析番茄UEV基因组织表达特异性及高盐、干旱、高温、低温胁迫下UEV基因的表达差异。【结果】从番茄基因组数据库中共鉴定到5个UEV家族基因，分别命名为SlUEV1～SlUEV5，分布在1、4、10三条染色体上。SlUEV 的CDS长度为441～855 bp，氨基酸数目为146～284 aa，分子量在16.2～33.14 kD。SlUEV分为3个亚家族，其中SlUEV1、SlUEV2、SlUEV5属于UEV1亚家族，且其基因结构、保守结构域和保守基序均相似；SlUEV4属于COP10亚家族，而SlUEV3在拟南芥中并未找到同源蛋白，表明UEV家族在进化过程中发生分离。组织表达分析发现SlUEV1、SlUEV3分别在番茄花和茎中表达量高，SlUEV4在果实发育期表达量高，而SlUEV2和SlUEV5呈组成性表达。非生物胁迫试验发现SlUEV对干旱胁迫较为敏感，多个SlUEV基因上调表达，表明SlUEV基因响应番茄干旱胁迫。【结论】番茄基因组中包括5个UEV家族基因，系统进化树分析将其分为3个亚家族。多个SlUEV基因在番茄不同组织表达存在差异，表明UEV基因影响番茄的生长发育。多个SlUEV基因在干旱胁迫下显著上调表达，推测其在番茄适应干旱胁迫过程中起着重要作用。该研究为后续开展番茄UEV基因调控植物生长和逆境胁迫功能研究提供理论基础。
[期刊] 林业科学
[作者]
林同 张宇宏 常润磊 张琪 温秀军
设计一对简并引物,应用RT-PCR技术,从松褐天牛细胞中克隆泛素基因的编码区,GenBank登录号EU433567。序列分析表明:该编码区的长度为228bp,编码76个氨基酸,编码蛋白的相对分子质量为8.49ku,理论等电点为5.83。同源性比较发现,松褐天牛泛素基因与其他10种昆虫泛素基因在氨基酸水平上具有94%～98%的相似性。基于核苷酸水平上的系统发育树显示松褐天牛与斜纹夜蛾、草地贪夜蛾遗传距离较近;通过同源建模获得了松褐天牛泛素基因编码蛋白的理论三维结构。将泛素基因与pET-32a(+)连接,构建原核表达载体pET-32a-ub,经IPTG诱导,松褐天牛泛素基因在大肠杆菌BL21(DE...
[期刊] 水产学报
[作者]
易乐飞 刘楚吾 王萍 周向红
泛素蛋白酶体系统(ubiquitin-proteasomes system,UPS)是真核生物重要的翻译后修饰系统,参与了许多重要的生理反应,同时也参与了蛋白质的质量控制和细胞的稳态维持,因此研究条斑紫菜UPS有助于阐明条斑紫菜在逆境胁迫下通过UPS降解异常蛋白和调节蛋白的生物学活性。泛素结合酶(ubiquitin-conjugating enzyme,E2)是UPS的重要组成部分。根据电子克隆结果指导RT-PCR实验,成功克隆了条斑紫菜泛素结合酶基因(PyE2)的cDNA序列(GenBank accession:FJ232910)。该cDNA序列含有长444 nt的完整ORF,编码蛋白(Py...
关键词：
条斑紫菜 泛素结合酶 克隆 生物信息学
[期刊] 中国水产科学
[作者]
赵俊霞 赵明 张凤英 蒋科技 马春艳 王伟 马凌波
甲基法尼酯(MF)是甲壳类的保幼激素(JH), MF的代谢可能主要由保幼激素酯酶(JHE)催化完成,保幼激素酯酶结合蛋白(JHEBP)能紧密结合JHE,在JHE的代谢中具有重要作用,研究JHEBP对于MF降解通路的探究具有一定促进作用。本研究获得了拟穴青蟹JHEBP基因的cDNA全序列,命名为Sp-JHEBP。Sp-JHEBP序列全长为1647 bp,包含一个891 bp的开放阅读框(ORF),可编码296个氨基酸,预测相对分子质量33.79 kD,等电点8.63。利用Target P预测Sp-JHEBP定位于线粒体, Mitoprot预测Sp-JHEBP的前31个氨基酸组成的肽段为线粒体定位信号肽。多重序列比对分析发现, Sp-JHEBP的氨基酸序列与多齿新米虾(Neocaridina denticulata)的一致度最高(67%),其次为黑脉金斑蝶(Danaus plexippus)(43%)。系统发育树分析JHEBP与物种分化并不一致,这表明JHEBP随着物种分化,功能上可能也出现了分化。Sp-JHEBP在所检测的9个组织中均有表达,在卵巢中的表达量远高于其它组织,其次是鳃、血淋巴、肝胰腺。在幼体发育过程中,Sp-JHEBP在受精卵时期最高,从Z1至Z5期逐渐升高,到Z5期达到最高,随后逐渐下降到C1期。体外处理MF和法尼酸(FA)显示Sp-JHEBP受高浓度MF上调,在0.1～5μmol/L之间随着FA浓度升高Sp-JHEBP表达量升高。综合分析我们认为Sp-JHEBP可能通过降解JHE来参与MF的代谢,该研究结果对青蟹MF降解分子网络的研究具有一定的推动作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李明想 柏素花 张玉刚 祝军 戴洪义
以苹果幼叶为试验材料,通过同源克隆和RT-PCR方法分离出B_LECTIN基因家族中的一个基因,命名为MdMBL。分析结果表明,克隆得到的MdMBL长度为1 181 bp,包括20 bp的5'非编码区、81 bp的3'非编码区和一个长度为1 080 bp编码359个氨基酸的开放阅读框,推测该蛋白质分子量为39.76 kDa,其等电点为8.72。在构建的MBL系统进化树中,MdMBL与葡萄的MBL的关系最近,其次为橹豆的MBL,与苹果的MBL2同源基因进化关系最远。相对荧光定量RT-PCR分析表明,MdMBL具有组织特异性,在茎中表达量最高,在花中表达量最低;低温胁迫促使MdMBL表达量升高,M...
[期刊] 浙江农林大学学报
[作者]
庞景 童再康 黄华宏 林二培 刘琼瑶
通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)结合c DNA末端快速扩增(RACE)技术,从杉木Cunninghamia lanceolata中克隆到2个全长为3 235 bp和3 876 bp的纤维素合成酶基因c DNA序列,被分别命名为Cl Ces A1和Cl Ces A2,Gen Bank登录号分别为JQ844574和JQ844575。相应编码蛋白分别包含992和1 092个氨基酸残基,推测分子量为111 845.3 D和123 105.7 D,等电点为6.04和6.65。氨基酸序列分析发现,它们具有植物纤维素合成酶基因相应的结构特征——锌指结构,2个易变区CSRI和CSRII,2个保守区CR...
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
李晓梅 陈永 李珣 钟国华
利用RT-PCR和RACE技术,以小菜蛾(Plutella xylostella)3龄幼虫的cDNA为模板,克隆获得泛素延伸蛋白基因Px-ubi(GenBank No.FJ527489),核苷酸序列全长537 bp,其中开放阅读框全长387 bp,编码129个氨基酸残基,预测分子质量为16.7 ku,等电点为9.1,与已知真核生物泛素延伸蛋白的同源性为92%～98%。RT-PCR结果显示Px-ubi在小菜蛾不同生长发育时期均有表达,其中卵期、3龄期和预蛹期含量较高,而成虫期含量较低。同源建模显示,Px-ubi的3D结构主要由1个α螺旋、4个β折叠以及β转角和不规则卷曲组成,4个β折叠两两反向平...
关键词：
小菜蛾 泛素 基因 克隆 原核表达
[期刊] 华北农学报
[作者]
李雅轩 李蕊 孟凡臣 蔡明华 胡英考
以拟南芥吡哆醛激酶基因(PK)的蛋白质序列为信息探针,对大豆(Glycine max)EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了全长为1 102 bp的大豆吡哆醛激酶基因的cDNA序列,经RT-PCR克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列一致(GenBank登录号为DQ006813)。该cDNA序列的开放阅读框(ORF)位于第119~1 045位,推测编码308个氨基酸。采用半定量RT-PCR方法研究了该基因的组织特异性表达情况和对强光逆境的反应,结果表明该基因在大豆根茎叶中都有表达,对强光逆境不敏感。将大豆PK基因编码的蛋白序列与马铃薯(Solanum tuberosum,AAY8518...
关键词：
大豆 电子克隆 吡哆醛激酶
[期刊] 华北农学报
[作者]
高璐瑶 曹嘉健 王春华 武涛 杜亚琳
GDSL脂解酶是影响角质层发育的重要基因，克隆黄瓜GDSL脂解酶基因，并分析其表达模式，旨在为黄瓜角质层发育及黄瓜果实光泽的研究奠定基础。根据黄瓜基因组数据库中的参考序列，对黄瓜GDSL脂解酶基因进行克隆，并进行生物信息学分析。利用qRT-PCR技术明确该基因在黄瓜各组织部位中的表达情况。以6份光泽性不同的黄瓜为材料，对该基因序列进行克隆，以明确该基因在不同光泽性黄瓜中的作用。对黄瓜GDSL脂解酶基因启动子进行克隆并分析其作用元件。参照黄瓜基因组数据库设计扩增引物进行PCR扩增，获得CsGDSL基因，CDS长度1 059 bp,编码352个氨基酸，二级结构以无规卷曲(45.45%)与α-螺旋(33.24%)为主；该基因在进化过程中较为保守，与甜瓜CmGDSL亲缘关系最为紧密；在黄瓜花后3 d的子房中表达量较开花0 d的子房高；在6个品种中CsGDSL基因CDS序列保守；CsGDSL基因与逆境胁迫、激素及光等具有响应。获得了CsGDSL脂解酶基因，明确了其在黄瓜不同组织部位中的表达情况，该基因在不同材料中较为保守，由此推测，黄瓜CsGDSL可能影响黄瓜果皮光泽。
关键词：
黄瓜 角质层 GDSL基因 脂解酶
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
武悦 徐良 王娟娟 龚义勤 谢洋 柳李旺
[目的]为揭示萝卜(Raphanus sativus L.)硝酸还原酶基因(RsNR)的分子特征,降低硝酸盐含量,对萝卜RsNR基因进行分离与表达特性研究。[方法]基于本实验室转录组测序所得unigene序列分离RsNR基因cDNA,利用生物信息学方法进行序列分析,采用RT-qPCR方法对不同浓度KNO3(0、5、20、30和50mmol·L-1)和不同时间(0、4、8、12和24h)处理的萝卜中RsNR基因表达进行检测,并测定硝酸盐含量和硝酸还原酶活性(NRA)。[结果]获得萝卜RsNR基因cDNA序列(GenBank登录号:KM272859),开放阅读框为2742bp,编码913个氨基酸,...
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