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[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
张钢民 刘红梅 杨文利 张宪春
泽泻蕨的系统位置一直存有争议。该文根据叶绿体基因rbcL序列,用最大似然法构建它的系统发育关系。结果表明:①4种美洲典型的泽泻蕨属成员聚为一个很强支持的支,并与泽泻蕨形成姊妹群的关系,说明将泽泻蕨从泽泻蕨属中独立出来,放入拟泽泻蕨属更为合适。②泽泻蕨被聚在碎米蕨群分支,得到强烈支持。它与银粉背蕨和黑心蕨的关系比与拟金毛裸蕨属的关系更为近缘,不支持秦仁昌将泽泻蕨置于裸子蕨科的分类处理。③同意Panigrahi的观点,泽泻蕨的正确名称应为Parahemionitis cordata (Hooker&Greville) Fraser-Jenkins。
[期刊] 北京林业大学学报
[作者]
穆琳 谢磊
槭叶铁线莲是分布于北京附近低山峭壁之上的特有濒危植物,其分布区域狭窄。在传统分类处理中将槭叶铁线莲置于绣球藤组中,但是其形态特征、地理分布及生长环境与组中其他种类有较大差异。本文根据核核糖体DNA中的ITS序列片段和3个叶绿体DNA序列片段(atpB-rbcL间隔区、psbA-trnQ间隔区和rpoB-trnC间隔区),采用最大简约法(MP)和贝叶斯法(Bayes)构建铁线莲属系统发育关系,从而探讨槭叶铁线莲在属中的系统位置问题。结果表明:1)单独的ITS片段和叶绿体片段分析所得到的系统树分辨率较低,而合并分析可以得到相对较高的分辨率和支持率。2)铁线莲属与锡兰莲属共同组成一单系类群,二属应予...
[期刊] 水产学报
[作者]
应成琦 尹顺吉 林森杰 沈轶 何培民
对缘管浒苔光合作用第一关键酶Rubisco大亚基基因(rbcL)全长cDNA序列进行了克隆分离。首先应用RT-PCR方法获得了rbcL大片段cDNA序列,序列长度为1101bp,并进行了测序分析。然后分别应用5′RACE方法和3′RACE方法获得2个克隆序列,其序列长度分别为371bp和579bp,并进行了测序分析。在此基础上,将3个片段序列进行拼接,获得了Rubisco大亚基全长cDNA序列(1472bp),其中包括1425bp的编码区序列及47bp的前导序列(NCBI登录号:DQ813496),并推断出蛋白质序列(474个氨基酸)。对序列进行了相关生物信息分析和同源性比对,结果显示与已克隆...
[期刊] 水产学报
[作者]
孙雪 吴晓微 李兴文 裴鲁青
用核基因组rDNA的内转录间隔区(ITS)和叶绿体rbcL基因对小球藻属(Chlorella)6株小球藻的种间和种内关系进行了分析。克隆序列与GenBank数据库检索到的相关小球藻序列(ITS和rbcL序列各为15条)一起进行比较分析。结果显示:ITS序列长度在小球藻种内高度保守,在种间变异较大;而rbcL序列长度在种间和种内水平都高度保守。15株小球藻ITS序列间遗传距离在0.000~0.663之间;而15株小球藻rbcL序列间距离在0.000~0.216之间。6株实验藻中原始小球藻F-2与蛋白核小球藻F-5、F-9近似种内关系;蛋白核小球藻820与普通小球藻Cvq亲缘关系极近;椭圆小球藻C...
[期刊] 中南林业科技大学学报
[作者]
屈燕 赵琬玥 区智 冷秋思 熊健
应用叶绿体ndhF和rbcL序列对绿绒蒿属藏药植物欧贝:长叶绿绒蒿Meconopsis lancifolia、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、尼泊尔绿绒蒿Meconopsis napaulensis;刺儿恩:总状绿绒蒿Meconopsis racemosa、多刺绿绒蒿Meconopsis horridula进行鉴别,对其序列特征差异和亲缘关系进行分析。PCR直接测序后获得六种绿绒蒿的rbcL和ndhF的部分序列。用Clustal X2.1和MEGA6.06等软件分析得到任意两种间均有变异位点和遗传距离,根据rbcL和ndhF基因部分序列数据分别建立系统树。rbcL序列分析显示,任意两种间有变异位点;ndhF序列分析显示,除总状绿绒蒿(居群1)和多刺绿绒蒿序列无明显差异外,其他任意两种间均有位点变异。根据叶绿体ndhF和rbcL基因序列数据可以很好的鉴别6种绿绒蒿属藏药植物。
[期刊] 淡水渔业
[作者]
王朋云
采用透射电镜对丛粒藻(Botryococcus braunii)藻株AGB-Bb02和AGB-Bb03进行了亚显微结构观察,以rbcL和18S rRNA序列为目标基因进行克隆,结合研究从GenBank获取的黄藻纲、绿藻纲和共球藻纲13株相关微藻的rbcL、18S rRNA基因序列,运用Clustal X 1.8和MEGA4.0软件进行分析,用邻接法构建了系统发育树,并计算bootstrap值以评估其可靠性。结果显示,丛粒藻细胞由多层细胞壁包被,细胞内壁和外壁的腔隙中含有烃类物质,独特而发达的内质网膜系统与细胞质膜部分相连,叶绿体基质类囊体平行紧贴、无基粒结构,脂滴的分布与内质网和叶绿体相关;A...
[期刊] 水产学报
[作者]
李渊 孙典荣 李文涛 张沛东 江鑫 郭栋 高天翔
运用PCR直接测序法,对采自爱尔兰、日本、韩国和中国的大叶藻、矮大叶藻、丛生大叶藻和红须根虾形藻及GenBank中的宽叶大叶藻5种大叶藻叶绿体的matK、rbcL和核糖体ITS的部分序列进行测定,并比较分析了5种大叶藻3个目的片段的核苷酸序列,结果发现胞嘧啶(C)在3个目的片段上的含量均较低。ITS片段检测到172处核苷酸替换,表现出丰富的遗传多态性。matK基因片段上有52处核苷酸替换,rbcL基因片段上有20处核苷酸替换,且大部分替换来自于第三密码子的同义替换,种间在氨基酸水平上产生了一定的分化。基于ITS、matK和rbcL 3个目的片段,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建...
[期刊] 西南农业学报
[作者]
祁寒松 吴鹏 赵光伟 杨晓伟
【目的】本文研究了重庆地区猪流行性腹泻病毒(Porcine Epidemic Diarrhea Virus,PEDV)M基因序列的特征。【方法】2015年期间采集了来自重庆地区3家规模猪场的病料,采用RT-PCR的方法对PEDV的M基因进行了扩增,测序后进行了分析,并与中国其他省份、美国、韩国的PEDV毒株进行同源性比较,完成了进化树的构建。【结果】3份病料中M基因片段长为426 bp,编码142个氨基酸。测序表明,3份毒株M基因同源性为98.7%99.8%。与经典毒株CV777相比,核酸序列同源性为97
关键词：
猪流行性腹泻病毒 M基因 序列分析
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
王誉杰 宋松柏
【目的】研究P-Ⅲ型分布序列无偏绘点位置计算公式。【方法】应用次序统计量数学期望值原理、双指数变换数值积分方法,求解P-Ⅲ型分布绘点位置的数值解。在此基础上采用线性回归法概化出近似无偏绘点位置公式,并通过蒙特卡洛统计试验将文中近似无偏绘点位置公式与现有绘点位置公式的计算结果进行比较。【结果】用双指数变换数值积分可计算出P-Ⅲ型分布任意绘点位置的高精度数值解。由此推导的近似无偏绘点位置公式具有较好的描述能力和预测能力。在陕西关中地区36个测站年降水数据频率计算和拟合优度评估中的应用表明,在概率点据相关系数、
[期刊] 华中农业大学学报
[作者]
吴美洲 陈芳洲 李中华 万胜锋 叶十一 何启盖
为研究猪流行性腹泻病毒（ＰＥＤＶ）变异株特性，通过细胞培养、细胞病变（ＣＰＥ）观察、ＲＴ－ＰＣＲ、间接免疫荧光实验和透射电镜观察分离鉴定１株ＰＥＤＶ变异株（ＣＨ／ＹＮＫＭ－８／２０１３株）并分析了全基因组序列。运用基因组分段扩增方法，测得该毒株的全基因组序列（ＧＥＮＢａＮＫ登录号为ＫＦ７６１６７５．１）。该毒株Ｓ基因Ｎ端比ＣＶ７７７毒株Ｓ基因的Ｎ端长９ＢＰ，包括１５ＢＰ的插入和６ＢＰ的缺失，表明ＣＨ／ＹＮＫＭ－８／２０１３为变异毒株。同源性分析显示，该毒株的基因组序列与我国广东２０１１年分离毒株ＬＣ的同源关系最近，相似性为９９．６％，与韩国毒株ＫＮＵ－１３０５和美国毒株ＵＳａ／ＭｉＮＮＥＳｏＴ．．．
[期刊] 华北农学报
[作者]
刘文俊 王娟萍 姚敬明 吴忻 孟帆 韩一超 樊振华 薛翼鹏 米瑞娟 李红丽 赵岳
为了研究山西地区猪流行性腹泻病毒ORF3基因的遗传变异情况,2014-2015年从山西地区11个地市收集的PEDV阳性病料中扩增到4株PEDV的ORF3基因,并进行序列比对及遗传分析。序列分析结果表明,4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因与CV777毒株相比,无核苷酸插入和缺失,有部分核苷酸及氨基酸发生变异;4株PEDV山西分离毒株的ORF3基因之间核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.6%100.0%和98.7%99.6%,与CV777、疫苗株CV777 truncated和attenuated DR13
[期刊] 华北农学报
[作者]
赵丽 韩昊莹 张鸿鑫 卢婷婷 王文静 陈红英
为了分析河南省猪流行性腹泻病毒(PEDV)毒株S和ORF3基因变异情况,于2015年1-12月收集河南省规模化猪场的150份PED疑似病料利用RT-PCR方法进行S和ORF3基因检测,共扩增到15株PEDV的S和ORF3基因,回收纯化PCR产物克隆至T载体,并进行序列分析,结果显示,15株S基因与CV777相比,核苷酸同源性为93. 6%~93. 9%,氨基酸同源性为92. 2%~93. 1%,而且存在不同碱基插入和缺失; ORF3基因与CV777相比,核苷酸同源性为97. 7%~100%,氨基酸同源性为93. 7%~100%,与疫苗毒株相比,不存在氨基酸的缺失现象。进化树分析基于S基因扩增的15株独立成群,与其他参考毒株亲缘较远;基于ORF3基因扩增的15个毒株与国内分离株、美国株及韩国株均有较近的亲缘关系,与经典毒株CV777株亲缘关系较远。对于S和ORF3基因在整个进化关系中,试验中的15个河南株均相对独立成群,与经典毒株CV777及国内所使用的疫苗株,亲缘关系较远,15株河南株的S和ORF3基因存在基因变异,为河南省PED的分子流行病学研究和防控提供技术支持。
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
顾超逸 孙裴 施雷
【目的】研究安徽地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)ORF3基因序列特征。【方法】于2012-2013年,从安徽省合肥、肥东、肥西、滁州、亳州、阜阳、马鞍山、蚌埠、宿州、巢湖、六安、淮南、宣城和淮北地区的19个不同猪场采集93份病料,采用RT-PCR方法对PEDV ORF3基因进行扩增,测序后进行序列分析,并与韩国、欧洲及中国其他省份PEDV毒株进行同源性比较,并构建遗传进化树。【结果】在93份病料中,自20份病料中获得的PEDVORF3基因开放阅读框全长为810bp,编码224个氨基酸,较多的基因位点发生了突变,没有缺失和插入。安徽...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
陈仁芳 余茂德 刘秀群 陈龙清
目的分析桑ITS序列,为桑系统位置、进化关系、DNA指纹鉴别、育种亲本选择提供分子生物学依据。方法利用收集的73份桑资源,总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank下载桑科Moraceae,桑属MorusITS序列,软件分析ITS长度、变异位点、G+C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统位置与进化关系。结果获得ITS完整序列,基本序列全长576bp,G+C含量59.55%。(ITS1:174bp,G+C含量61.49%,ITS2:302bp,G+C含量62.25%,5.8S:100bp,G+C含量48.00%)。序列比对表明,共166个变异位点,(ITS1:100,ITS2:66,5...
关键词：
桑 ITS 指纹鉴别 进化关系
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
孙广宇 彭友良 李振歧 张天宇
讨论了将核苷酸序列分析应用于真菌系统学研究的优越性,分析了分子系统学在解决一些传统分类学难题中的作用,并对分子系统学与传统形态分类学之间的关系提出了作者的观点。
关键词：
核苷酸序列 系统发育 真菌 核糖体
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