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[期刊] 水产学报
[作者]
李佩芬 林志华 包永波
通过已构建的泥蚶转录组文库EST,利用SMART RACE技术扩增得到泥蚶Tg-TIMP-3基因全长c DNA序列,并对其进行生物信息学和组织表达相关分析。结果显示,泥蚶Tg-TIMP-3 c DNA全长为804 bp,其中开放阅读框为570 bp,编码189个氨基酸;氨基酸序列比对发现其氨基酸序列与其他动物的相似性并不高,与长牡蛎的相似性仅为35.8%,但TIMP基因的两个功能域(N端和C端)相对保守。qRT-PCR检测结果显示:Tg-TIMP-3 mRNA在鳃中表达最高,外套膜和肝胰腺次之,表达量最低的是血液。在不同浓度重金属镉(Cd)攻毒后,泥蚶鳃中的Tg-TIMP-3 mRNA表达量先...
[期刊] 水产学报
[作者]
李石磊 杨爱馥 董颖 高杉 陈仲 孙红娟 周遵春
基质金属蛋白酶(MMPs)是一种能够降解细胞外基质的蛋白水解酶类。为研究MMPs在仿刺参免疫防御中的作用,本实验采用RACE技术克隆了仿刺参基质金属蛋白酶16基因(Aj-MMP-16)的cDNA全长序列,并对其序列特征和功能进行了初步分析;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,分别分析了Aj-MMP-16基因在仿刺参不同组织、不同"化皮"体壁组织以及病原菌刺激后体腔细胞中的表达情况。结果显示,Aj-MMP-16基因的cDNA全长为2 976 bp,包括一个342 bp的5′非编码区,一个963 bp的3′非编码区;开放阅读框(ORF)为1 671 bp,编码557个氨基酸,预测蛋白分子量为63.11 ku,等电点为4.79。Aj-MMP-16具有典型的MMPs家族蛋白结构:N-端前肽区、铰链区、催化区、C-端类血红素结合区和跨膜区。Aj-MMP-16与其他物种的MMPs具有一定的相似性,与紫色球海胆的MMP-16相似性最高。Aj-MMP-16基因mRNA在仿刺参各组织中均有表达,表达量由高到低为呼吸树、肠、体腔细胞、管足、肌肉、体壁;在"化皮病"不同阶段,AjMMP-16基因mRNA在"化皮"体壁组织中的表达量显著高于正常体壁组织;灿烂弧菌和蜡样芽孢杆菌刺激后,体腔细胞中Aj-MMP-16基因mRNA表达量显著升高。Aj-MMP-16基因可能在仿刺参内脏再生、炎症发生以及免疫应答中起着重要的作用。
[期刊] 水产学报
[作者]
罗少杰 闫芳 郑哲 田荣荣 邓岳文 焦钰
基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinases,MMP)是一种能够降解细胞外基质的蛋白水解酶。MMP-17是一种膜型基质金属蛋白酶,通过糖基磷脂酰肌醇连接于细胞表面,参与调控有机体的内环境稳定、宿主防御等多种生理过程。为研究MMP-17在马氏珠母贝免疫反应中的作用,实验运用RACE技术,克隆得到马氏珠母贝MMP-17(Pinctada martensii MMP,PmMMP-17)基因c DNA全长序列,并对其序列特征及功能进行初步分析。结果显示,Pm-MMP-17基因c DNA全长2 794 bp,开放阅读框(ORF)为1 923 bp,编码640个氨基酸,5'UTR长1...
[期刊] 中国水产科学
[作者]
江红霞 李喜莲 侯富军 刘勇杰 李飞 张宇飞 郭建林 贾永义 顾志敏 刘小林
半胱氨酸蛋白酶抑制因子(CST)是一种能够可逆结合并抑制半胱氨酸蛋白酶类的活性的蛋白,为了明确日本沼虾(Macrobrachium nipponense)CST基因(Mn CST)序列及其在日本沼虾卵巢中的作用,本研究利用RACE方法克隆获得日本沼虾Mn CST全长cDNA序列,利用qRT-PCR分析了其在不同组织和不同发育阶段的卵巢中的表达情况,并利用RNA干扰(RNAi)技术初步分析了Mn CST在日本沼虾卵巢发育中的作用。结果显示,Mn CST cDNA序列全长6199 bp,包含1183 bp 5′非编码区、2304 bp 3′非编码区和2709 bp开放阅读框,编码903个氨基酸残基,其氨基酸序列上有6个cystatin-like(半胱氨酸蛋白酶抑制因子样)结构域和42个磷酸化位点;Mn CST基因在各个组织中均有表达,肠中表达量最高;日本沼虾不同发育阶段的卵巢中均有Mn CST基因表达,Ⅳ期卵巢中表达量最高,Ⅱ期卵巢中表达量最低;Mn CST基因在日本沼虾卵巢中的表达变化与组织蛋白酶B(Cts B)和组织蛋白酶L(Cts L)基因的表达变化基本是一致的,但对卵黄蛋白原(Vg)基因的表达没有直接影响。Mn CST在日本沼虾卵巢中的作用可能主要是抑制Cts B和Cts L的活性,在日本沼虾卵巢发育过程中对Vg的水解起间接的调控作用。
[期刊] 华北农学报
[作者]
李鑫淳 宋阳 路妍 景岚
为了研究向日葵锈病的致病机制,将向日葵锈菌转录组中表达量较高的一个基因(KU994904)中成熟部分进行生物信息学分析及基因克隆。利用Interpro对蛋白ORF区域进行分析,确定其成熟区域,通过生物信息学相关软件对其进行结构预测及预测分析,从向日葵锈菌中提取总RNA,并利用RT-PCR方法扩增此蛋白酶成熟基因并克隆。结果显示:该蛋白酶成熟基因序列全长1 335 bp,编码445个氨基酸,分子质量49.5 ku,其与M36家族中5条序列具有较高相似性,并发现同胞外金属蛋白酶基因序列相似度达到53.77%。因此,推断其为弹性金属蛋白酶。
[期刊] 中国水产科学
[作者]
李洋 刘萍 李健 李吉涛 马朋 高保全
采用RACE方法获得了脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)丝氨酸蛋白酶抑制剂serpin基因的cDNA序列。该基因全长1 516 bp,开放阅读框1 245 bp,编码414个氨基酸,其预测分子量为45.06 kD,理论等电点为5.694,并含有两个糖基结合位点。同源性分析发现其与斑节对虾(Penaeus monodon)同源性最高,达到49%。组织表达分析表明,serpin基因在脊尾白虾血细胞中表达量最高,其次是肝胰腺和鳃组织,在肌肉中表达量最低。不同盐度胁迫后脊尾白虾的血细胞serpin基因表达量在盐度胁迫8 h时显著高于对照组(P<0.05),肝胰腺组织中serpi...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李广存 金黎平 谢开云 李颖 屈冬玉
【目的】克隆马铃薯蛋白酶抑制子基因StPI的全长cDNA。【方法】以马铃薯高抗青枯病二倍体基因型ED13为材料,采用RACE方法进行StPI基因全长cDNA的克隆,利用半定量RT-PCR方法进行该基因的诱导表达分析。【结果】获得了StPI基因的全长cDNA,序列分析表明:该基因具有完整的开放阅读框架,编码116个氨基酸,与马铃薯蛋白酶抑制子I前体具有较高的同源性(核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89%和74%)。该基因同时受青枯病菌的诱导和茉莉酸的调节,在6～12h内即达到最高表达水平,但二者又有明显不同。相对而言,StPI基因受青枯病菌的诱导较弱,而受茉莉酸(JA)的诱导较为强烈,在JA处理3...
[期刊] 林业科学研究
[作者]
梁文星 范在丰 李永 宋丽敏 李怀方 田国忠
杨树受损伤后能诱导一些基因的表达,其编码的蛋白质可能在杨树的防卫反应中起一定作用。用PCR方法从新疆杨叶片中克隆出一个损伤诱导型Kun itz胰蛋白酶抑制剂基因PaTI1。序列分析表明:此基因不含内含子,其翻译起点上游具有‘TATA’和‘CCAAT’等转录控制元件,包含的阅读框架能编码一个长为213个氨基酸的多肽。此多肽与克隆自美洲山杨的PtTI2和PtTI1氨基酸序列同源性最高,分别为95%和80%,其N端存在一长度为27个氨基酸的信号肽。将此基因以融合蛋白的形式在大肠杆菌中进行表达,纯化后的融合蛋白对胰蛋白酶的活性有抑制作用,每8.5μg融合蛋白可完全抑制1μg牛胰蛋白酶的活性。W est...
关键词：
蛋白酶抑制剂基因 新疆杨 损伤诱导
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
罗亦欣 奚绪光 单丽伟 范三红
【目的】建立范式酵母(Vanderwaltozyma polyspora)Wss1(VpWss1)金属蛋白酶的原核表达纯化系统,对该蛋白酶的均一性和自切活性进行初步分析,为VpWss1的晶体制备及结构解析奠定基础。【方法】构建VpWss1基因的融合表达载体,将其转化入E.coli 2566菌株中进行诱导表达,利用Ni-NTA亲和柱和SP阳离子交换柱对融合蛋白进行纯化。通过动态激光散射仪(DLS)和Superdex 200分子筛对该蛋白酶的均一性和聚集状态进行分析,同时与不同类型和长度的DNA底物孵育,分析
[期刊] 西南农业学报
[作者]
丁超琼 李娟娟 李洋洋 俞继华 王万军 廖海 周嘉裕
克隆决明胰蛋白酶抑制剂2(Cassia obtusifolia trypsin inhibitor 2,COTI2)基因序列,并考察其在不同环境下的表达模式。利用RACE方法克隆了COTI2基因的部分序列,利用定量PCR考察其在盐、低温、干旱及ABA处理下的表达模式。从决明种子c DNA中克隆出了长度为565 bp的基因片段,该片段具有典型的Kunitz蛋白酶抑制剂基因家族的结构域。将得到的序列提交GenBank,序列号为ku745416。对获得的COTI2的氨基酸序列进行比较分析,发现COTI2的P1位
[期刊] 中国农业科学
[作者]
刘安芳 朱庆 刘益平 张增荣
【目的】了解鸡钙蛋白酶抑制蛋白(calpastatin,CAST)基因的组织特异性表达情况和在不同鸡品种间的表达差异。【方法】利用半定量RT-PCR方法研究CAST基因在鸡不同组织和品种中的表达差异。【结果】CAST基因表达于鸡的各个不同组织中,在胸肌中的表达量最多并显著高于其它组织(P<0.05);不同鸡品种胸肌组织中CAST基因表达量差异显著(P<0.05),艾维茵肉鸡胸肌组织中CAST基因的表达量显著高于其它几个品种(P0.05),但显著高于蛋鸡(P<0.05)。【结论】结果表明钙蛋白酶抑制蛋白是一种在鸡体内普遍存在的蛋白,CAST基因在鸡不同...
[期刊] 湖南农业大学学报(自然科学版)
[作者]
邹智 杨礼富
半胱氨酸蛋白酶是一类重要蛋白水解酶,其广泛参与植物的生长发育及各种生物与非生物胁迫的应答。根据EST序列信息设计引物,从橡胶树的根中分离到1条1 056 bp的c DNA。该序列包含1个1 023 bp的开放阅读框(ORF),13 bp的5'UTR和20 bp的3'UTR。ORF预测编码340个氨基酸,相对分子质量为37 350,等电点为5.24,属于液泡定位的分泌型蛋白。该蛋白含有1个Inhibitor_I29和1个Peptidase_C1A结构域,可归为木瓜蛋白酶C1家族。该蛋白与蓖麻(Ricinus communis)和杨树(Populus trichocarpa)中同源蛋白的相似性都在...
关键词：
橡胶树 半胱氨酸蛋白酶 根特异性表达
[期刊] 水产学报
[作者]
彭扣 胡蓓娟 赵大显 王军花 盛军庆 吴娣 史建伍 洪一江
为了解淡水贝类是否存在组织蛋白酶Ｌ的亚型及其亚型的免疫相关作用，本实验利用已构建的池蝶蚌血细胞全长ｃ ＤＮＡ文库，筛选获得与之同源的ＥＳＴ序列，结合ＲＡｃＥ技术进一步克隆了池蝶蚌一个新的组织蛋白酶Ｌ基因的ｃ ＤＮＡ全长，命名为ＨＳ ｃＴＳ Ｌ１－ＬｉｋＥ基因（ＧＥＮ ＢＡＮｋ登录号为ｋＦ０１５２７３）。该序列全长为１２８０ Ｂｐ，５′－非翻译区（５′ＵＴＲ）为３１ Ｂｐ，３′－非翻译区（３′ＵＴＲ）为２５６ Ｂｐ，开放阅读框区（ＯＲＦ）为９９３ Ｂｐ，编码３３０个氨基酸，预测蛋白相对分子量为３６．８６ ｋＵ，理论等电点为６．２３。序列分析结果显示，ＨＳ ｃＴＳ Ｌ１－ＬｉｋＥ与其他软体动物相对．．．
[期刊] 水产学报
[作者]
蒋自立 李春涛 张其中 陈霞 李超 杨莹莹
应用同源克隆和RACE-PCR方法获得大鳍鳠免疫球蛋白轻链3型(IgL3)基因的全长cDNA序列,并分析了该基因在组织中的表达。大鳍鳠IgL3的cDNA全长为947 bp,包含5非编码区58 bp,3非编码区184 bp,开放阅读框705 bp,编码234个氨基酸。推测的蛋白质序列分为可变区(VL)和恒定区(CL)。VL被进一步划分为4个骨架区(FR)和3个互补决定区(CDR)。大鳍鳠与其它6种硬骨鱼类免疫球蛋白轻链L3氨基酸序列比对分析表明,大鳍鳠氨基酸序列与斑点叉尾IgL3型(F型)的相似性最高,为68.8%,与南极鱼IgL3型的相似性最低,为47.2%。进化树分析表明,大鳍鳠IgL与斑点...
[期刊] 中国农业科学
[作者]
李游山 赵萍 董照明 邹勇 夏庆友 向仲怀
【目的】鉴定新的家蚕蛋白酶抑制剂,探讨其在抵御病原微生物入侵方面的功能。【方法】对家蚕蛋白酶抑制剂BmSPI37进行T-A克隆、多序列比对、系统发育树构建、原核表达、RT-PCR时空表达特征及微生物诱导分析。【结果】克隆、表达了1个新的丝氨酸蛋白酶抑制剂,命名为BmSPI37。时空表达特征分析表明,BmSPI37在家蚕5龄幼虫后期表达量很高,而且在中部丝腺中高量表达;在蛹向蛾的变态发育时期,BmSPI37在雌蚕中的表达量显著高于雄蚕。微生物诱导试验表明,BmSPI37在大肠杆菌、黑胸败血菌、球孢白僵菌感染后,强烈上调表达。【结论】推测BmSPI37与防御病原微生物入侵有关。
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