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[期刊] 水产学报
[作者]
姚韩韩 董迎辉 姚彬彬 包永波 林志华
为探索贝类乙二醛酶Ⅰ基因的结构及功能特征,实验利用RACE技术首次克隆获得泥蚶乙二醛Ⅰ基因(Tg-GLOI)的cDNA全长序列,并对其氨基酸序列特征及时空表达特征进行了研究。结果发现,Tg-GLOI基因的cDNA全长序列为1 807 bp,开放阅读框为540 bp,编码180个氨基酸,在27~169 aa处具有典型的乙二醛酶系保守序列;成熟的乙二醛酶Ⅰ由2个相同的亚基组成,每个亚基由乙二醛Ⅰ基因编码,其二级结构由18个α-螺旋、20个β-折叠片和36个转角组成,每个亚基各含1个Zn2+;氨基酸序列比对发现,Tg-GLOI氨基酸序列与太平洋牡蛎的同源性达到86.1%,与其他脊椎动物的同源性也都在...
[期刊] 水产学报
[作者]
钱雪骏 董迎辉 姚韩韩 林志华
为了研究Ｓｍａｄ１／５基因在泥蚶生长、发育过程中的调控作用，本研究利用ＳｍａＲＴ ＲａＣＥ方法克隆得到泥蚶Ｓｍａｄ１／５基因（Ｔｇ－Ｓｍａｄ１／５）的Ｃ ｄＮａ全长序列，该序列全长２ ４２４ｂｐ，开放阅读框１ ３８６ ｂｐ，编码４６２个氨基酸。Ｔｇ－Ｓｍａｄ１／５蛋白与合浦珠母贝Ｓｍａｄ５、太平洋牡蛎Ｓｍａｄ５和大西洋舟螺Ｓｍａｄ１的同源性分别达到了９２．３％、９１．２％和８０．４％，与脊椎动物的同源性都在７０％以上；该蛋白包含ｍＨ１和ｍＨ２区２个较为保守的结构域，此结构与高等动物Ｓｍａｄ１和Ｓｍａｄ５蛋白极为相似，表明该基因在物种进化过程中比较保守。利用ｑＲＴｐＣＲ技术，研究了Ｓｍａｄ１／５．．．
关键词：
泥蚶 Smad1/5 基因克隆 时空表达
[期刊] 水产学报
[作者]
钱雪骏 董迎辉 姚韩韩 林志华
为了研究Smad1/5基因在泥蚶生长、发育过程中的调控作用,本研究利用SMART RACE方法克隆得到泥蚶Smad1/5基因(Tg-Smad1/5)的c DNA全长序列,该序列全长2 424bp,开放阅读框1 386 bp,编码462个氨基酸。Tg-Smad1/5蛋白与合浦珠母贝Smad5、太平洋牡蛎Smad5和大西洋舟螺Smad1的同源性分别达到了92.3%、91.2%和80.4%,与脊椎动物的同源性都在70%以上;该蛋白包含MH1和MH2区2个较为保守的结构域,此结构与高等动物Smad1和Smad5蛋白极为相似,表明该基因在物种进化过程中比较保守。利用qRTPCR技术,研究了Smad1/5...
关键词：
泥蚶 Smad1/5 基因克隆 时空表达
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
仲旭晴 阮瑞 李勇智 岳华梅 叶欢 李忠 李创举
[目的]克隆黄鳝csf1r基因,并对其时空表达特性进行分析,为探明csf1r基因在黄鳝不同体色形成中的作用奠定基础。[方法]采用RACEs(Rapid-amplification of cDNA ends)技术从黄鳝皮肤cDNAs中克隆得到csf1r基因的全长cDNA序列,对其编码蛋白进行生物信息学分析。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测csf1r基因在黄鳝不同组织、不同发育时期胚胎或个体及3种体色黄鳝(黄黑斑鳝、碎花斑鳝和隐花斑鳝)皮肤和肾脏中的相对表达量,分析该基因的表达特征。测定3种体色黄鳝肝脏中的碱性磷酸酶(AKP)、超氧化物歧化酶(SOD)活性和总抗氧化能力(T-AOC)。[结果]黄鳝csf1r cDNA序列全长为4 430 bp(GenBank收录号:OP589303),其编码区长度为2 937 bp,编码978个氨基酸,存在免疫球蛋白结构域和蛋白激酶催化结构域2个保守结构域。荧光定量PCR结果表明,csf1r基因在黄鳝脑、精巢、卵巢、肠、心脏、肾脏、肝脏、肌肉、皮肤和脾脏等组织中均有表达,在脾脏和心脏中表达量较高,其次是肾脏、皮肤和肌肉,卵巢中表达量最低;csf1r在胚胎眼晶体形成期开始大量表达,显微观察发现该时期胚胎的躯干上开始有色素颗粒出现。在3种体色黄鳝皮肤和肾脏中,csf1r基因在黄黑斑鳝的皮肤中表达量最低,而在其肾脏中表达量最高。3种体色黄鳝肝脏氧化应激指标测定结果发现,黄黑斑鳝肝脏中的碱性磷酸酶(AKP)、超氧化物歧化酶(SOD))活性和总抗氧化能力(T-AOC)比其他2种体色黄鳝高,但是差异未达显著水平。[结论]csf1r基因可能不仅参与了黄鳝体色的形成,还与黄鳝非特异性免疫相关。
关键词：
黄鳝 csf1r 时空表达分析 体色
[期刊] 中国农业科学
[作者]
张积森 郭春芳 王冰梅 张木清 陈由强 陈如凯
【目的】筛选并克隆与水分胁迫相关的基因,通过对目的基因的表达分析进一步解析植物的抗旱机制,为甘蔗抗逆育种提供候选基因和理论依据。【方法】应用消减文库技术结合cDNA芯片技术筛选水分胁迫诱导的基因的EST序列,根据筛选到感兴趣的上调表达基因的EST序列,用RACE技术获得SSADH的全长cDNA序列,并通过实时荧光RT-PCR技术对该基因的表达特征进行分析。【结果】通过消减文库技术结合cDNA芯片技术筛选的EST中含有4个推测为基因SSADH的EST,其在水分胁迫处理的斑茅中均明显上调表达。通过RACE扩增获得甘蔗SSADH全长cDNA序列为1914bp,其中5′端非编码区25bp,开放阅读框为...
[期刊] 水产学报
[作者]
冯建军 姚志刚 张子平 钟恩惠 庄道华 林鹏 郭松林 关瑞章 王艺磊
碱性磷酸酶(alkaline phosphatase,ALP)是一种广泛分布的单脂磷酸水解酶,是动物生物代谢过程中重要的调控酶。实验首次克隆了大黄鱼ALP基因cDNA全序列,命名为LcALP,其全长为2 345 bp,开放阅读框为1 629 bp,编码543个氨基酸。实时荧光定量PCR检测发现,LcALP在大黄鱼雌雄各组织中均有表达,其中在眼和头肾的表达量最高,雌性鳃和脑中LcALP表达量显著高于雄性,而在性腺和脾脏中的表达量则显著低于雄性;胚胎发育过程中,多细胞期、囊胚期和原肠期LcALP基因表达水平相对较低,在卵黄栓形成期明显提高,至孵出期达到峰值,而初孵仔鱼期则显著下调;大黄鱼肌肉细胞系...
关键词：
大黄鱼 碱性磷酸酶 脂多糖 胚胎发育
[期刊] 西北农林科技大学学报(自然科学版)
[作者]
黄雪玲 冯浩 康振生
【目的】克隆小麦蒜氨酸酶基因CDs区,并对其进行序列特征分析和实时定量表达检测。【方法】采用电子延伸结合RT-PCR方法,从小麦叶片分离出蒜氨酸酶基因,网络资源分析其序列特征,实时定量PCR技术检测其在不同条件下的表达情况。【结果】克隆到1个小麦蒜氨酸酶基因TaAly1,其开放阅读框全长1 023bp,编码340个氨基酸,与水稻和玉米蒜氨酸酶基因的同源性为70%,其基因组DNA序列含有3个内含子;TaAly1在小麦幼苗根部几乎不表达,在叶部表达量最高,其次是茎部;植物激素GA、MeJA、SA处理及条锈菌接种和干旱、低温处理,均能诱导该基因的表达量迅速增加。【结论】成功克隆了小麦TaAly1基因...
关键词：
小麦 蒜氨酸酶 RT-PCR 克隆
[期刊] 水产学报
[作者]
任付真 姚韩韩 钱雪骏 林志华 董迎辉
为了研究IGF1R基因在泥蚶生长、发育过程中的调控作用,本研究基于泥蚶转录组文库的EST,利用SMART RACE技术首次克隆获得泥蚶IGF1R基因(Tg-IGF1R)c DNA全长序列,该序列全长为5793 bp,开放阅读框为4638 bp,编码1546个氨基酸。经生物信息学分析发现,该基因5′端非编码区为810 bp,3′端非编码区为345 bp,Tg-IGF1R蛋白分子量为176.01 ku,等电点为6.04,包含4个Ⅲ型纤粘连蛋白结构域,1个半胱氨酸富集区和1个酪氨酸激酶结构域,属于亲水性跨膜蛋白
[期刊] 西南农业学报
[作者]
姚悦梅 任杰 山溪 戴忠良 张振超
【目的】探究羽衣甘蓝裂叶表型形成的分子机制，研究BoLMI基因对裂叶形成的作用。【方法】以裂叶羽衣甘蓝DH系为试验材料，利用同源克隆技术，成功获取基因完整的cDNA序列，将其命名为BoLMI。【结果】序列分析发现，BoLMI基因全长531 个碱基对，共编码176个氨基酸，其蛋白分子量为20 789.35 Da，理论等电点为7.24。根据Pfam保守结构域分析，BoLMI蛋白包含homeobox保守结构域。系统发育分析结果显示，羽衣甘蓝的BoLMI基因与甘蓝型油菜以及结球甘蓝的BoLMI基因同属于一个分支，亲缘关系较近。BoLMI蛋白是位于细胞核内的可溶性蛋白，包含1个跨膜结构域，无信号肽序列。qRT-PCR分析表明，BoLMI基因在裂叶羽衣甘蓝的幼苗期表达水平较高，在莲座期表达水平较低；在羽衣甘蓝莲座期，裂叶品种不同部位叶片BoLMI基因的表达水平均高于圆叶品种，其中在第1片叶的表达量最高。裂叶品种和圆叶品种不同叶片BoLMI基因的表达量差异显著。【结论】推测BoLMI基因在羽衣甘蓝裂叶形成中起重要作用，为加速羽衣甘蓝叶形育种提供了理论基础。
关键词：
羽衣甘蓝 BoLMI基因 克隆 表达分析
[期刊] 林业科学
[作者]
陈新 王贵禧 梁丽松 马庆华
低温是影响植物分布、进而影响生长和产量的关键因素之一。Weiser(1970)指出低温导致植物的基因表达发生变化;早在20世纪90年代研究者就发现了植物的冷适应现象(Guyetal.,1985)。虽然迄今为止植物抗寒的分子机制还没完全清楚,但研
[期刊] 水产学报
[作者]
周蓉 伍艳红 姚潇 凌欣 刘文彬 刘少军
为了探寻不同倍性鱼生殖育性的表观遗传调控规律，实验基于不同倍性鲫鲤精巢的转录本信息库设计引物克隆了不同倍性鲫鲤的ＭｅＣＰ２基因。序列比对结果发现，在远缘杂交的过程中基因组发生了遗传重组和变异。基于序列公共部分设计引物，通过半定量ＰＣＲ和实时定量ＰＣＲ的方法分析了ＭｅＣＰ２基因在不同倍性鱼发育过程中的时空表达特征。结果还发现，ＭｅＣＰ２基因在所有组织中都有表达，但在脑组织中的表达量最高；纵向对比性腺的发育过程，ＭｅＣＰ２基因的表达量会随着性腺发育成熟而下降；横向对比不同倍性鱼的性腺发育，ＭｅＣＰ２基因在三倍体鱼卵巢中的表达量明显高于二倍体和四倍体鱼，但在精巢中的表达量随鱼的倍性增加而增加。研究表．．．
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
胡黎明 申建梅 宾淑英 廖泓之 林进添
采用RT-PCR及RACE技术克隆了桔小实蝇(Bactrocera dorsalis(Hendel))takeout基因的cDNA全长序列,命名为BdorTO。测序结果表明:BdorTO开放阅读框全长747 bp,编码248个氨基酸,相对分子质量约为28.15×103,等电点为5.29。Signal P软件分析表明,该蛋白N端具21个氨基酸的信号肽,为分泌型蛋白。氨基酸序列比对表明,BdorTO蛋白与其他昆虫TO蛋白的序列一致性较低,其中与刺舌蝇(Glossina morsitans)的序列一致性最高,一致性值为48.6%。荧光定量PCR分析表明,BdorTO在触角中的表达量最高,推测Bdor...
[期刊] 南京农业大学学报
[作者]
徐永杰 郭英 王延博 金芳芳 刘邓英 梁小娟 宋新强 陈世锋 熊远著 马云
基于2-DE和MS的蛋白质组学方法分析梅山猪骨骼肌发育过程中蛋白质动态表达变化,发现CCT5差异表达。为进一步获得猪CCT5基因的序列特征、时空表达及生物学功能等相关信息,克隆猪CCT5基因,分析不同物种序列进化关系,检测CCT5在猪不同组织和骨骼肌不同发育阶段中的表达。序列分析结果表明:在获得的2 286 bp猪CCT5 cDNA序列中包括1 626 bp的完整开放阅读框(ORF),编码541个氨基酸,其氨基酸序列与人的相似性为97%,表明该蛋白在不同物种间高度保守。荧光定量PCR结果显示,CCT5基因在猪肌肉和脂肪中表达量最高,心、肝等组织中表达量很低,没有肌纤维特异性;不同发育阶段骨骼肌...
关键词：
猪 CCT5 骨骼肌 克隆 表达
[期刊] 渔业科学进展
[作者]
赵庆 吴彪 刘志鸿 孙秀俊 周丽青 杨爱国 张高伟
血红蛋白是红细胞的主要组成成分,在高等动物中分布广泛,具有运载氧气等多种重要功能。然而,软体动物血红蛋白的相关研究较少。魁蚶(Scapharca broughtonii)作为重要的大型经济蚶类,其血淋巴因含有红细胞而不同于其他多数双壳贝类。为明确魁蚶血红蛋白基因的结构特征、组织分布以及发生、免疫活性等特点,本研究以从魁蚶转录组数据库中获得的部分序列为基础,通过cDNA末端快速扩增(rapid amplication of cDNA ends,RACE)技术克隆获得了一种魁蚶血红蛋白基因cDNA全长序列(命
关键词：
魁蚶 血红蛋白 基因克隆 表达特征
[期刊] 水产学报
[作者]
李佩芬 林志华 包永波
通过已构建的泥蚶转录组文库EST,利用SMART RACE技术扩增得到泥蚶Tg-TIMP-3基因全长c DNA序列,并对其进行生物信息学和组织表达相关分析。结果显示,泥蚶Tg-TIMP-3 c DNA全长为804 bp,其中开放阅读框为570 bp,编码189个氨基酸;氨基酸序列比对发现其氨基酸序列与其他动物的相似性并不高,与长牡蛎的相似性仅为35.8%,但TIMP基因的两个功能域(N端和C端)相对保守。qRT-PCR检测结果显示:Tg-TIMP-3 mRNA在鳃中表达最高,外套膜和肝胰腺次之,表达量最低的是血液。在不同浓度重金属镉(Cd)攻毒后,泥蚶鳃中的Tg-TIMP-3 mRNA表达量先...
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